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- EMDB-51101: Semi-active PSII dimer from native Peak4 PSII dimers -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-51101
タイトルSemi-active PSII dimer from native Peak4 PSII dimers
マップデータ
試料
  • 複合体: Semi-active PSII dimer with one PSII lacking extrinsic subunits
    • タンパク質・ペプチド: x 20種
  • リガンド: x 20種
キーワードPSII / native intermediate / photodamage / PSII assembly / PHOTOSYNTHESIS
機能・相同性
機能・相同性情報


photosystem II oxygen evolving complex / photosystem II assembly / oxygen evolving activity / photosystem II stabilization / photosystem II reaction center / photosystem II / oxidoreductase activity, acting on diphenols and related substances as donors, oxygen as acceptor / photosynthetic electron transport chain / : / photosystem II ...photosystem II oxygen evolving complex / photosystem II assembly / oxygen evolving activity / photosystem II stabilization / photosystem II reaction center / photosystem II / oxidoreductase activity, acting on diphenols and related substances as donors, oxygen as acceptor / photosynthetic electron transport chain / : / photosystem II / response to herbicide / extrinsic component of membrane / plasma membrane-derived thylakoid membrane / chlorophyll binding / photosynthetic electron transport in photosystem II / phosphate ion binding / photosynthesis, light reaction / photosynthesis / respiratory electron transport chain / electron transfer activity / protein stabilization / iron ion binding / heme binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Photosystem II PsbU, oxygen evolving complex / Photosystem II 12 kDa extrinsic protein (PsbU) / Photosystem II PsbV, cytochrome c-550 precursor / Photosystem II cytochrome c-550 precursor / Cytochrome c-550 domain / Cytochrome c-550 domain / Photosystem II PsbJ / Photosystem II PsbX, type 1 subfamily / Photosystem II PsbJ superfamily / PsbJ ...Photosystem II PsbU, oxygen evolving complex / Photosystem II 12 kDa extrinsic protein (PsbU) / Photosystem II PsbV, cytochrome c-550 precursor / Photosystem II cytochrome c-550 precursor / Cytochrome c-550 domain / Cytochrome c-550 domain / Photosystem II PsbJ / Photosystem II PsbX, type 1 subfamily / Photosystem II PsbJ superfamily / PsbJ / Photosystem II PsbO, manganese-stabilising / Manganese-stabilising protein / photosystem II polypeptide / Photosystem II reaction centre protein Ycf12 / Photosystem II complex subunit Ycf12 / Photosystem II reaction centre M protein (PsbM) / Photosystem II PsbM superfamily / Photosystem II PsbM / Photosystem II PsbZ, reaction centre / Photosystem II PsbZ superfamily / YCF9 / Photosystem II PsbX / Photosystem II reaction centre X protein (PsbX) / Photosystem II PsbT / Photosystem II PsbL / Photosystem II PsbL superfamily / Photosystem II PsbT superfamily / Photosystem II reaction centre T protein / PsbL protein / Photosystem II PsbK / Photosystem II CP43 reaction centre protein / Photosystem II PsbK superfamily / Photosystem II CP43 reaction centre protein superfamily / Photosystem II 4 kDa reaction centre component / Photosystem II PsbI / Photosystem II CP47 reaction centre protein / Photosystem II PsbI superfamily / Photosystem II reaction centre I protein (PSII 4.8 kDa protein) / Photosystem II reaction centre protein H / Photosystem II protein D1 / Photosystem II D2 protein / Photosystem II cytochrome b559, conserved site / Photosystem II cytochrome b559, alpha subunit / Photosystem II cytochrome b559, beta subunit / Photosystem II cytochrome b559, N-terminal / Photosystem II cytochrome b559, alpha subunit, lumenal region / Photosystem II reaction centre protein H superfamily / Photosystem II cytochrome b559, alpha subunit superfamily / Cytochrome b559, alpha (gene psbE) and beta (gene psbF)subunits / Lumenal portion of Cytochrome b559, alpha (gene psbE) subunit / Photosystem II 10 kDa phosphoprotein / Cytochrome b559 subunits heme-binding site signature. / : / Photosystem antenna protein-like / Photosystem antenna protein-like superfamily / Photosystem II protein / Outer membrane protein/outer membrane enzyme PagP, beta-barrel / : / Photosynthetic reaction centre, L/M / Photosystem II protein D1/D2 superfamily / Photosynthetic reaction centre protein / Photosynthetic reaction center proteins signature. / Cytochrome c family profile. / Cytochrome c-like domain / Cytochrome c-like domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Photosystem II extrinsic protein V / Photosystem II extrinsic protein O / Photosystem II protein D1 1 / Photosystem II reaction center protein J / Photosystem II D2 protein / Photosystem II reaction center protein M / Photosystem II reaction center protein Z / Photosystem II CP43 reaction center protein / Photosystem II reaction center protein L / Cytochrome b559 subunit beta ...Photosystem II extrinsic protein V / Photosystem II extrinsic protein O / Photosystem II protein D1 1 / Photosystem II reaction center protein J / Photosystem II D2 protein / Photosystem II reaction center protein M / Photosystem II reaction center protein Z / Photosystem II CP43 reaction center protein / Photosystem II reaction center protein L / Cytochrome b559 subunit beta / Cytochrome b559 subunit alpha / Photosystem II reaction center protein T / Photosystem II CP47 reaction center protein / Photosystem II reaction center protein H / Photosystem II reaction center protein Psb30 / Photosystem II reaction center protein I / Photosystem II reaction center protein K / Photosystem II extrinsic protein U / Photosystem II reaction center protein X
類似検索 - 構成要素
生物種Thermosynechococcus vestitus BP-1 (バクテリア)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.2 Å
データ登録者Zhao Z / Vercellino I / Nixon PJ / Sazanov LA
資金援助 英国, 2件
OrganizationGrant number国
Biotechnology and Biological Sciences Research Council (BBSRC)BB/I00937X/1 英国
Biotechnology and Biological Sciences Research Council (BBSRC)BB/V002007/1 英国
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Semi-active PSII dimer from the Peak4 PSII dimers
著者: Zhao Z / Vercellino I / Nixon PJ / Sazanov LA
履歴
登録2024年7月18日-
ヘッダ(付随情報) 公開2025年7月30日-
マップ公開2025年7月30日-
更新2025年7月30日-
現状2025年7月30日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_51101.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_51101.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 103.7 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸X (Sec.)Y (Row.)Z (Col.)
0.5 Å/pix.
x 274 pix.
= 137. Å		0.5 Å/pix.
x 417 pix.
= 208.5 Å		0.5 Å/pix.
x 238 pix.
= 119. Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

これらの図は立方格子座標系で作成されたものです

ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.5 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.039
最小 - 最大-0.12877771 - 0.38329488
平均 (標準偏差)0.003504643 (±0.025210757)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderZYX
Origin213324287
サイズ417238274
Spacing274417238
セルA: 137.0 Å / B: 208.5 Å / C: 119.0 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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ハーフマップ: #2

ファイルemd_51101_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
ハーフマップ: #1

ファイルemd_51101_half_map_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Semi-active PSII dimer with one PSII lacking extrinsic subunits

全体名称: Semi-active PSII dimer with one PSII lacking extrinsic subunits
要素
  • 複合体: Semi-active PSII dimer with one PSII lacking extrinsic subunits
    • タンパク質・ペプチド: Photosystem II protein D1 1
    • タンパク質・ペプチド: Photosystem II CP47 reaction center protein
    • タンパク質・ペプチド: Photosystem II CP43 reaction center protein
    • タンパク質・ペプチド: Photosystem II D2 protein
    • タンパク質・ペプチド: Cytochrome b559 subunit alpha
    • タンパク質・ペプチド: Cytochrome b559 subunit beta
    • タンパク質・ペプチド: Photosystem II reaction center protein H
    • タンパク質・ペプチド: Photosystem II reaction center protein I
    • タンパク質・ペプチド: Photosystem II reaction center protein J
    • タンパク質・ペプチド: Photosystem II reaction center protein K
    • タンパク質・ペプチド: Photosystem II reaction center protein L
    • タンパク質・ペプチド: Photosystem II reaction center protein M
    • タンパク質・ペプチド: Photosystem II manganese-stabilizing polypeptide
    • タンパク質・ペプチド: Photosystem II reaction center protein T
    • タンパク質・ペプチド: Photosystem II 12 kDa extrinsic protein
    • タンパク質・ペプチド: Cytochrome c-550
    • タンパク質・ペプチド: Photosystem II reaction center X protein
    • タンパク質・ペプチド: Photosystem II reaction center protein Ycf12
    • タンパク質・ペプチド: Photosystem II reaction center protein Z
    • タンパク質・ペプチド: Photosystem II protein D1 1
  • リガンド: FE (II) ION
  • リガンド: CHLORIDE ION
  • リガンド: CHLOROPHYLL A
  • リガンド: PHEOPHYTIN A
  • リガンド: BETA-CAROTENE
  • リガンド: 2,3-DIMETHYL-5-(3,7,11,15,19,23,27,31,35-NONAMETHYL-2,6,10,14,18,22,26,30,34-HEXATRIACONTANONAENYL-2,5-CYCLOHEXADIENE-1,4-DIONE-2,3-DIMETHYL-5-SOLANESYL-1,4-BENZOQUINONE
  • リガンド: 1,2-DI-O-ACYL-3-O-[6-DEOXY-6-SULFO-ALPHA-D-GLUCOPYRANOSYL]-SN-GLYCEROL
  • リガンド: EICOSANE
  • リガンド: CA-MN4-O5 CLUSTER
  • リガンド: DODECYL-BETA-D-MALTOSIDE
  • リガンド: BICARBONATE ION
  • リガンド: PALMITIC ACID
  • リガンド: 1,2-DISTEAROYL-MONOGALACTOSYL-DIGLYCERIDE
  • リガンド: GLYCEROL
  • リガンド: DIGALACTOSYL DIACYL GLYCEROL (DGDG)
  • リガンド: 1,2-DIPALMITOYL-PHOSPHATIDYL-GLYCEROLE
  • リガンド: PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE
  • リガンド: (3R)-beta,beta-caroten-3-ol
  • リガンド: CALCIUM ION
  • リガンド: water

+
超分子 #1: Semi-active PSII dimer with one PSII lacking extrinsic subunits

超分子名称: Semi-active PSII dimer with one PSII lacking extrinsic subunits
タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#20
詳細: This semi-active complex is a PSII dimer with one monomer containing the extrinsic subunits, while the other monomer lacks the extrinsic subunits. This structure was obtained from the Peak4 ...詳細: This semi-active complex is a PSII dimer with one monomer containing the extrinsic subunits, while the other monomer lacks the extrinsic subunits. This structure was obtained from the Peak4 PSII, which was eluted as the fourth fraction in the ion exchange chromatography after the nickel affinity pull-down.
由来(天然)生物種: Thermosynechococcus vestitus BP-1 (バクテリア)
細胞中の位置: thylakoid membrane

+
分子 #1: Photosystem II protein D1 1

分子名称: Photosystem II protein D1 1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO / EC番号: photosystem II
由来(天然)生物種: Thermosynechococcus vestitus BP-1 (バクテリア)
分子量理論値: 39.762309 KDa
配列文字列: MTTTLQRRES ANLWERFCNW VTSTDNRLYV GWFGVIMIPT LLAATICFVI AFIAAPPVDI DGIREPVSGS LLYGNNIITG AVVPSSNAI GLHFYPIWEA ASLDEWLYNG GPYQLIIFHF LLGASCYMGR QWELSYRLGM RPWICVAYSA PLASAFAVFL I YPIGQGSF ...文字列:
MTTTLQRRES ANLWERFCNW VTSTDNRLYV GWFGVIMIPT LLAATICFVI AFIAAPPVDI DGIREPVSGS LLYGNNIITG AVVPSSNAI GLHFYPIWEA ASLDEWLYNG GPYQLIIFHF LLGASCYMGR QWELSYRLGM RPWICVAYSA PLASAFAVFL I YPIGQGSF SDGMPLGISG TFNFMIVFQA EHNILMHPFH QLGVAGVFGG ALFCAMHGSL VTSSLIRETT ETESANYGYK FG QEEETYN IVAAHGYFGR LIFQYASFNN SRSLHFFLAA WPVVGVWFTA LGISTMAFNL NGFNFNHSVI DAKGNVINTW ADI INRANL GMEVMHERNA HNFPLDLASA ESAPVAMIAP SING

UniProtKB: Photosystem II protein D1 1

+
分子 #2: Photosystem II CP47 reaction center protein

分子名称: Photosystem II CP47 reaction center protein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Thermosynechococcus vestitus BP-1 (バクテリア)
分子量理論値: 56.656457 KDa
配列文字列: MGLPWYRVHT VLINDPGRLI AAHLMHTALV AGWAGSMALY ELATFDPSDP VLNPMWRQGM FVLPFMARLG VTGSWSGWSI TGETGIDPG FWSFEGVALA HIVLSGLLFL AACWHWVYWD LELFRDPRTG EPALDLPKMF GIHLFLAGLL CFGFGAFHLT G LFGPGMWV ...文字列:
MGLPWYRVHT VLINDPGRLI AAHLMHTALV AGWAGSMALY ELATFDPSDP VLNPMWRQGM FVLPFMARLG VTGSWSGWSI TGETGIDPG FWSFEGVALA HIVLSGLLFL AACWHWVYWD LELFRDPRTG EPALDLPKMF GIHLFLAGLL CFGFGAFHLT G LFGPGMWV SDPYGLTGSV QPVAPEWGPD GFNPYNPGGV VAHHIAAGIV GIIAGLFHIL VRPPQRLYKA LRMGNIETVL SS SIAAVFF AAFVVAGTMW YGSATTPIEL FGPTRYQWDS SYFQQEINRR VQASLASGAT LEEAWSAIPE KLAFYDYIGN NPA KGGLFR TGPMNKGDGI AQAWKGHAVF RNKEGEELFV RRMPAFFESF PVILTDKNGV VKADIPFRRA ESKYSFEQQG VTVS FYGGE LNGQTFTDPP TVKSYARKAI FGEIFEFDTE TLNSDGIFRT SPRGWFTFAH AVFALLFFFG HIWHGARTLF RDVFS GIDP ELSPEQVEWG FYQKVGDVTT RRKEAV

UniProtKB: Photosystem II CP47 reaction center protein

+
分子 #3: Photosystem II CP43 reaction center protein

分子名称: Photosystem II CP43 reaction center protein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Thermosynechococcus vestitus BP-1 (バクテリア)
分子量理論値: 50.2875 KDa
配列文字列: MVTLSSNSIF ATNRDQESSG FAWWAGNARL INLSGKLLGA HVAHAGLIVF WAGAMTLFEL AHFIPEKPMY EQGLILIPHI ATLGWGVGP GGEVVDTFPF FVVGVVHLIS SAVLGFGGVY HAIRGPETLE EYSSFFGYDW KDKNKMTTIL GFHLIVLGIG A LLLVAKAM ...文字列:
MVTLSSNSIF ATNRDQESSG FAWWAGNARL INLSGKLLGA HVAHAGLIVF WAGAMTLFEL AHFIPEKPMY EQGLILIPHI ATLGWGVGP GGEVVDTFPF FVVGVVHLIS SAVLGFGGVY HAIRGPETLE EYSSFFGYDW KDKNKMTTIL GFHLIVLGIG A LLLVAKAM FFGGLYDTWA PGGGDVRVIT NPTLDPRVIF GYLLKSPFGG EGWIVSVNNL EDVVGGHIWI GLICIAGGIW HI LTTPFGW ARRAFIWSGE AYLSYSLGAL SMMGFIATCF VWFNNTVYPS EFYGPTGPEA SQAQAMTFLI RDQKLGANVG SAQ GPTGLG KYLMRSPTGE IIFGGETMRF WDFRGPWLEP LRGPNGLDLN KIKNDIQPWQ ERRAAEYMTH APLGSLNSVG GVAT EINSV NFVSPRSWLA TSHFVLAFFF LVGHLWHAGR ARAAAAGFEK GIDRESEPVL SMPSLD

UniProtKB: Photosystem II CP43 reaction center protein

+
分子 #4: Photosystem II D2 protein

分子名称: Photosystem II D2 protein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO / EC番号: photosystem II
由来(天然)生物種: Thermosynechococcus vestitus BP-1 (バクテリア)
分子量理論値: 39.388156 KDa
配列文字列: MTIAIGRAPA ERGWFDILDD WLKRDRFVFV GWSGILLFPC AYLALGGWLT GTTFVTSWYT HGLASSYLEG CNFLTVAVST PANSMGHSL LLLWGPEAQG DFTRWCQLGG LWTFIALHGA FGLIGFMLRQ FEIARLVGVR PYNAIAFSAP IAVFVSVFLI Y PLGQSSWF ...文字列:
MTIAIGRAPA ERGWFDILDD WLKRDRFVFV GWSGILLFPC AYLALGGWLT GTTFVTSWYT HGLASSYLEG CNFLTVAVST PANSMGHSL LLLWGPEAQG DFTRWCQLGG LWTFIALHGA FGLIGFMLRQ FEIARLVGVR PYNAIAFSAP IAVFVSVFLI Y PLGQSSWF FAPSFGVAAI FRFLLFFQGF HNWTLNPFHM MGVAGVLGGA LLCAIHGATV ENTLFQDGEG ASTFRAFNPT QA EETYSMV TANRFWSQIF GIAFSNKRWL HFFMLFVPVT GLWMSAIGVV GLALNLRSYD FISQEIRAAE DPEFETFYTK NLL LNEGIR AWMAPQDQPH ENFVFPEEVL PRGNAL

UniProtKB: Photosystem II D2 protein

+
分子 #5: Cytochrome b559 subunit alpha

分子名称: Cytochrome b559 subunit alpha / タイプ: protein_or_peptide / ID: 5 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Thermosynechococcus vestitus BP-1 (バクテリア)
分子量理論値: 9.58084 KDa
配列文字列:
MAGTTGERPF SDIITSVRYW VIHSITIPAL FIAGWLFVST GLAYDVFGTP RPDSYYAQEQ RSIPLVTDRF EAKQQVETFL EQLK

UniProtKB: Cytochrome b559 subunit alpha

+
分子 #6: Cytochrome b559 subunit beta

分子名称: Cytochrome b559 subunit beta / タイプ: protein_or_peptide / ID: 6 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Thermosynechococcus vestitus BP-1 (バクテリア)
分子量理論値: 5.0679 KDa
配列文字列:
MTSNTPNQEP VSYPIFTVRW VAVHTLAVPT IFFLGAIAAM QFIQR

UniProtKB: Cytochrome b559 subunit beta

+
分子 #7: Photosystem II reaction center protein H

分子名称: Photosystem II reaction center protein H / タイプ: protein_or_peptide / ID: 7 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Thermosynechococcus vestitus BP-1 (バクテリア)
分子量理論値: 7.358754 KDa
配列文字列:
MARRTWLGDI LRPLNSEYGK VAPGWGTTPL MAVFMGLFLV FLLIILEIYN STLILDGVNV SWKALG

UniProtKB: Photosystem II reaction center protein H

+
分子 #8: Photosystem II reaction center protein I

分子名称: Photosystem II reaction center protein I / タイプ: protein_or_peptide / ID: 8 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Thermosynechococcus vestitus BP-1 (バクテリア)
分子量理論値: 4.438255 KDa
配列文字列:
(FME)ETLKITVYI VVTFFVLLFV FGFLSGDPAR NPKRKDLE

UniProtKB: Photosystem II reaction center protein I

+
分子 #9: Photosystem II reaction center protein J

分子名称: Photosystem II reaction center protein J / タイプ: protein_or_peptide / ID: 9 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Thermosynechococcus vestitus BP-1 (バクテリア)
分子量理論値: 4.105908 KDa
配列文字列:
MMSEGGRIPL WIVATVAGMG VIVIVGLFFY GAYAGLGSSL

UniProtKB: Photosystem II reaction center protein J

+
分子 #10: Photosystem II reaction center protein K

分子名称: Photosystem II reaction center protein K / タイプ: protein_or_peptide / ID: 10 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Thermosynechococcus vestitus BP-1 (バクテリア)
分子量理論値: 5.028083 KDa
配列文字列:
MIDALVLVAK LPEAYAIFDP LVDVLPVIPV LFLALAFVWQ AAVGFR

UniProtKB: Photosystem II reaction center protein K

+
分子 #11: Photosystem II reaction center protein L

分子名称: Photosystem II reaction center protein L / タイプ: protein_or_peptide / ID: 11 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Thermosynechococcus vestitus BP-1 (バクテリア)
分子量理論値: 4.299044 KDa
配列文字列:
MEPNPNRQPV ELNRTSLYLG LLLILVLALL FSSYFFN

UniProtKB: Photosystem II reaction center protein L

+
分子 #12: Photosystem II reaction center protein M

分子名称: Photosystem II reaction center protein M / タイプ: protein_or_peptide / ID: 12 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Thermosynechococcus vestitus BP-1 (バクテリア)
分子量理論値: 3.981673 KDa
配列文字列:
MEVNQLGLIA TALFVLVPSV FLIILYVQTE SQQKSS

UniProtKB: Photosystem II reaction center protein M

+
分子 #13: Photosystem II manganese-stabilizing polypeptide

分子名称: Photosystem II manganese-stabilizing polypeptide / タイプ: protein_or_peptide / ID: 13 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Thermosynechococcus vestitus BP-1 (バクテリア)
分子量理論値: 29.637443 KDa
配列文字列: MKYRILMATL LAVCLGIFSL SAPAFAAKQT LTYDDIVGTG LANKCPTLDD TARGAYPIDS SQTYRIARLC LQPTTFLVKE EPKNKRQEA EFVPTKLVTR ETTSLDQIQG ELKVNSDGSL TFVEEDGIDF QPVTVQMAGG ERIPLLFTVK NLVASTQPNV T SITTSTDF ...文字列:
MKYRILMATL LAVCLGIFSL SAPAFAAKQT LTYDDIVGTG LANKCPTLDD TARGAYPIDS SQTYRIARLC LQPTTFLVKE EPKNKRQEA EFVPTKLVTR ETTSLDQIQG ELKVNSDGSL TFVEEDGIDF QPVTVQMAGG ERIPLLFTVK NLVASTQPNV T SITTSTDF KGEFNVPSYR TANFLDPKGR GLASGYDSAI ALPQAKEEEL ARANVKRFSL TKGQISLNVA KVDGRTGEIA GT FESEQLS DDDMGAHEPH EVKIQGVFYA SIEPA

UniProtKB: Photosystem II extrinsic protein O

+
分子 #14: Photosystem II reaction center protein T

分子名称: Photosystem II reaction center protein T / タイプ: protein_or_peptide / ID: 14 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Thermosynechococcus vestitus BP-1 (バクテリア)
分子量理論値: 3.906738 KDa
配列文字列:
(FME)ETITYVFIF ACIIALFFFA IFFREPPRIT KK

UniProtKB: Photosystem II reaction center protein T

+
分子 #15: Photosystem II 12 kDa extrinsic protein

分子名称: Photosystem II 12 kDa extrinsic protein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 15 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Thermosynechococcus vestitus BP-1 (バクテリア)
分子量理論値: 15.030986 KDa
配列文字列:
MQRLGRWLAL AYFVGVSLLG WINWSAPTLA ATASTEEELV NVVDEKLGTA YGEKIDLNNT NIAAFIQYRG LYPTLAKLIV KNAPYESVE DVLNIPGLTE RQKQILRENL EHFTVTEVET ALVEGGDRYN NGLYK

UniProtKB: Photosystem II extrinsic protein U

+
分子 #16: Cytochrome c-550

分子名称: Cytochrome c-550 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 16 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Thermosynechococcus vestitus BP-1 (バクテリア)
分子量理論値: 18.046943 KDa
配列文字列:
MLKKCVWLAV ALCLCLWQFT MGTALAAELT PEVLTVPLNS EGKTITLTEK QYLEGKRLFQ YACASCHVGG ITKTNPSLDL RTETLALAT PPRDNIEGLV DYMKNPTTYD GEQEIAEVHP SLRSADIFPK MRNLTEKDLV AIAGHILVEP KILGDKWGGG K VYY

UniProtKB: Photosystem II extrinsic protein V

+
分子 #17: Photosystem II reaction center X protein

分子名称: Photosystem II reaction center X protein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 17 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Thermosynechococcus vestitus BP-1 (バクテリア)
分子量理論値: 4.322226 KDa
配列文字列:
MTITPSLKGF FIGLLSGAVV LGLTFAVLIA ISQIDKVQRS L

UniProtKB: Photosystem II reaction center protein X

+
分子 #18: Photosystem II reaction center protein Ycf12

分子名称: Photosystem II reaction center protein Ycf12 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 18 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Thermosynechococcus vestitus BP-1 (バクテリア)
分子量理論値: 5.039143 KDa
配列文字列:
MGIFNGIIEF LSNINFEVIA QLTMIAMIGI AGPMIIFLLA VRRGNL

UniProtKB: Photosystem II reaction center protein Psb30

+
分子 #19: Photosystem II reaction center protein Z

分子名称: Photosystem II reaction center protein Z / タイプ: protein_or_peptide / ID: 19 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Thermosynechococcus vestitus BP-1 (バクテリア)
分子量理論値: 6.766187 KDa
配列文字列:
MTILFQLALA ALVILSFVMV IGVPVAYASP QDWDRSKQLI FLGSGLWIAL VLVVGVLNFF VV

UniProtKB: Photosystem II reaction center protein Z

+
分子 #20: Photosystem II protein D1 1

分子名称: Photosystem II protein D1 1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 20 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO / EC番号: photosystem II
由来(天然)生物種: Thermosynechococcus vestitus BP-1 (バクテリア)
分子量理論値: 39.777301 KDa
配列文字列: MTTTLQRRES ANLWERFCNW VTSTDNRLYV GWFGVIMIPT LLAATICFVI AFIAAPPVDI DGIREPVSGS LLYGNNIITG AVVPSSNAI GLHFYPIWEA ASLDEWLYNG GPYQLIIFHF LLGASCYMGR QWELSYRLGM RPWICVAYSA PLASAFAVFL I YPIGQGSF ...文字列:
MTTTLQRRES ANLWERFCNW VTSTDNRLYV GWFGVIMIPT LLAATICFVI AFIAAPPVDI DGIREPVSGS LLYGNNIITG AVVPSSNAI GLHFYPIWEA ASLDEWLYNG GPYQLIIFHF LLGASCYMGR QWELSYRLGM RPWICVAYSA PLASAFAVFL I YPIGQGSF SDGMPLGISG TFNFMIVFQA EHNILMHPFH QLGVAGVFGG ALFCAMHGSL VTSSLIRETT ETESANYGYK FG QEEETYN IVAAHGYFGR LIFQYASFNN SRSLHFFLAA WPVVGVWFTA LGISTMAFNL NGFNFNHSVI DAKGNVINTW ADI INRANL GMEVM(HSK)ERNA HNFPLDLASA ESAPVAMIAP SING

UniProtKB: Photosystem II protein D1 1

+
分子 #21: FE (II) ION

分子名称: FE (II) ION / タイプ: ligand / ID: 21 / コピー数: 2 / 式: FE2
分子量理論値: 55.845 Da

+
分子 #22: CHLORIDE ION

分子名称: CHLORIDE ION / タイプ: ligand / ID: 22 / コピー数: 3 / 式: CL
分子量理論値: 35.453 Da

+
分子 #23: CHLOROPHYLL A

分子名称: CHLOROPHYLL A / タイプ: ligand / ID: 23 / コピー数: 70 / 式: CLA
分子量理論値: 893.489 Da
Chemical component information

ChemComp-CLA:
CHLOROPHYLL A

+
分子 #24: PHEOPHYTIN A

分子名称: PHEOPHYTIN A / タイプ: ligand / ID: 24 / コピー数: 4 / 式: PHO
分子量理論値: 871.2 Da
Chemical component information

ChemComp-PHO:
PHEOPHYTIN A / (7S,25R)-2,8α,12,17-テトラメチル-13-ビニル-18-エチル-25-(メトキシカルボニル)-26-(以下略)

+
分子 #25: BETA-CAROTENE

分子名称: BETA-CAROTENE / タイプ: ligand / ID: 25 / コピー数: 20 / 式: BCR
分子量理論値: 536.873 Da
Chemical component information

ChemComp-BCR:
BETA-CAROTENE / β-カロチン

+
分子 #26: 2,3-DIMETHYL-5-(3,7,11,15,19,23,27,31,35-NONAMETHYL-2,6,10,14,18,...

分子名称: 2,3-DIMETHYL-5-(3,7,11,15,19,23,27,31,35-NONAMETHYL-2,6,10,14,18,22,26,30,34-HEXATRIACONTANONAENYL-2,5-CYCLOHEXADIENE-1,4-DIONE-2,3-DIMETHYL-5-SOLANESYL-1,4-BENZOQUINONE
タイプ: ligand / ID: 26 / コピー数: 4 / 式: PL9
分子量理論値: 749.201 Da
Chemical component information

ChemComp-PL9:
2,3-DIMETHYL-5-(3,7,11,15,19,23,27,31,35-NONAMETHYL-2,6,10,14,18,22,26,30,34-HEXATRIACONTANONAENYL-2,5-CYCLOHEXADIENE-1,4-DIONE-2,3-DIMETHYL-5-SOLANESYL-1,4-BENZOQUINONE

+
分子 #27: 1,2-DI-O-ACYL-3-O-[6-DEOXY-6-SULFO-ALPHA-D-GLUCOPYRANOSYL]-SN-GLYCEROL

分子名称: 1,2-DI-O-ACYL-3-O-[6-DEOXY-6-SULFO-ALPHA-D-GLUCOPYRANOSYL]-SN-GLYCEROL
タイプ: ligand / ID: 27 / コピー数: 9 / 式: SQD
分子量理論値: 795.116 Da
Chemical component information

ChemComp-SQD:
1,2-DI-O-ACYL-3-O-[6-DEOXY-6-SULFO-ALPHA-D-GLUCOPYRANOSYL]-SN-GLYCEROL / (2S)-1-O,2-O-ジパルミトイル-3-O-(6-スルホ-6-デオキシ-α-D-グルコピラノシル)グリセロ-ル

+
分子 #28: EICOSANE

分子名称: EICOSANE / タイプ: ligand / ID: 28 / コピー数: 30 / 式: LFA
分子量理論値: 282.547 Da
Chemical component information

ChemComp-LFA:
EICOSANE / イコサン

+
分子 #29: CA-MN4-O5 CLUSTER

分子名称: CA-MN4-O5 CLUSTER / タイプ: ligand / ID: 29 / コピー数: 1 / 式: OEX
分子量理論値: 339.827 Da
Chemical component information

ChemComp-OEX:
CA-MN4-O5 CLUSTER

+
分子 #30: DODECYL-BETA-D-MALTOSIDE

分子名称: DODECYL-BETA-D-MALTOSIDE / タイプ: ligand / ID: 30 / コピー数: 17 / 式: LMT
分子量理論値: 510.615 Da
Chemical component information

ChemComp-LMT:
DODECYL-BETA-D-MALTOSIDE / ドデシルβ-D-マルトシド / 可溶化剤*YM

+
分子 #31: BICARBONATE ION

分子名称: BICARBONATE ION / タイプ: ligand / ID: 31 / コピー数: 2 / 式: BCT
分子量理論値: 61.017 Da
Chemical component information

ChemComp-BCT:
BICARBONATE ION / オキシラトぎ酸 / pH緩衝剤*YM

+
分子 #32: PALMITIC ACID

分子名称: PALMITIC ACID / タイプ: ligand / ID: 32 / コピー数: 29 / 式: PLM
分子量理論値: 256.424 Da
Chemical component information

ChemComp-PLM:
PALMITIC ACID / パルミチン酸

+
分子 #33: 1,2-DISTEAROYL-MONOGALACTOSYL-DIGLYCERIDE

分子名称: 1,2-DISTEAROYL-MONOGALACTOSYL-DIGLYCERIDE / タイプ: ligand / ID: 33 / コピー数: 10 / 式: LMG
分子量理論値: 787.158 Da
Chemical component information

ChemComp-LMG:
1,2-DISTEAROYL-MONOGALACTOSYL-DIGLYCERIDE

+
分子 #34: GLYCEROL

分子名称: GLYCEROL / タイプ: ligand / ID: 34 / コピー数: 1 / 式: GOL
分子量理論値: 92.094 Da
Chemical component information

ChemComp-GOL:
GLYCEROL / グリセロ-ル

+
分子 #35: DIGALACTOSYL DIACYL GLYCEROL (DGDG)

分子名称: DIGALACTOSYL DIACYL GLYCEROL (DGDG) / タイプ: ligand / ID: 35 / コピー数: 10 / 式: DGD
分子量理論値: 949.299 Da
Chemical component information

ChemComp-DGD:
DIGALACTOSYL DIACYL GLYCEROL (DGDG)

+
分子 #36: 1,2-DIPALMITOYL-PHOSPHATIDYL-GLYCEROLE

分子名称: 1,2-DIPALMITOYL-PHOSPHATIDYL-GLYCEROLE / タイプ: ligand / ID: 36 / コピー数: 10 / 式: LHG
分子量理論値: 722.97 Da
Chemical component information

ChemComp-LHG:
1,2-DIPALMITOYL-PHOSPHATIDYL-GLYCEROLE / ジパルミトイルホスファチジルグリセロ-ル / リン脂質*YM

+
分子 #37: PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE

分子名称: PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / タイプ: ligand / ID: 37 / コピー数: 3 / 式: HEM
分子量理論値: 616.487 Da
Chemical component information

ChemComp-HEM:
PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE

+
分子 #38: (3R)-beta,beta-caroten-3-ol

分子名称: (3R)-beta,beta-caroten-3-ol / タイプ: ligand / ID: 38 / コピー数: 2 / 式: RRX
分子量理論値: 552.872 Da
Chemical component information

ChemComp-RRX:
(3R)-beta,beta-caroten-3-ol / β-クリプトキサンチン

+
分子 #39: CALCIUM ION

分子名称: CALCIUM ION / タイプ: ligand / ID: 39 / コピー数: 1 / 式: CA
分子量理論値: 40.078 Da

+
分子 #40: water

分子名称: water / タイプ: ligand / ID: 40 / コピー数: 960 / 式: HOH
分子量理論値: 18.015 Da
Chemical component information

ChemComp-HOH:
WATER

-
実験情報

-
構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

-
試料調製

濃度0.3 mg/mL
緩衝液pH: 6.5
詳細: 20 mM MES pH 6.5, 2.5 mM MgCl2, 2.5 mM CaCl2, 7 mM MgSO4, 0.03% DDM, 0.05% CHAPS
グリッドモデル: Quantifoil R0.6/1 / 材質: COPPER / メッシュ: 300 / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: HOLEY / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 前処理 - 時間: 5 sec.
詳細: The grids were glow-discharged for 5 sec at 25 mA before freezing.
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 277.15 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV

-
電子顕微鏡法

顕微鏡TFS KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k)
撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 9173 / 平均電子線量: 80.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.0 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 0.6 µm / 倍率（公称値）: 81000
試料ステージ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
ホルダー冷却材: NITROGEN
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

+
画像解析

粒子像選択選択した数: 5900000
CTF補正ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 4.0.0) / タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
初期モデルモデルのタイプ: PDB ENTRY
PDBモデル - PDB ID:

7nho


詳細: also with 3KZI
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 2.2 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 272215
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 4.0.0)
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 4.0.0)
最終 3次元分類ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 4.0.0)
FSC曲線 (解像度の算出)

-
原子モデル構築 1

初期モデル
PDB IDChain

7nho

chain_id: a, source_name: PDB, initial_model_type: experimental model

7nho

chain_id: b, source_name: PDB, initial_model_type: experimental model

7nho

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7nho

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7nho

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7nho

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7nho

chain_id: h, source_name: PDB, initial_model_type: experimental model

7nho

chain_id: i, source_name: PDB, initial_model_type: experimental model

3kzi

chain_id: j, source_name: PDB, initial_model_type: experimental model

7nho

chain_id: k, source_name: PDB, initial_model_type: experimental model

7nho

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7nho

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7nho

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7nho

chain_id: x, source_name: PDB, initial_model_type: experimental model

7nho

chain_id: y, source_name: PDB, initial_model_type: experimental model

7nho

chain_id: z, source_name: PDB, initial_model_type: experimental model

3kzi

chain_id: A, source_name: PDB, initial_model_type: experimental model

3kzi

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3kzi

chain_id: C, source_name: PDB, initial_model_type: experimental model

3kzi

chain_id: D, source_name: PDB, initial_model_type: experimental model

3kzi

chain_id: E, source_name: PDB, initial_model_type: experimental model

3kzi

chain_id: F, source_name: PDB, initial_model_type: experimental model

3kzi

chain_id: H, source_name: PDB, initial_model_type: experimental model

3kzi

chain_id: I, source_name: PDB, initial_model_type: experimental model

3kzi

chain_id: J, source_name: PDB, initial_model_type: experimental model

3kzi

chain_id: K, source_name: PDB, initial_model_type: experimental model

3kzi

chain_id: L, source_name: PDB, initial_model_type: experimental model

3kzi

chain_id: M, source_name: PDB, initial_model_type: experimental model

3kzi

chain_id: T, source_name: PDB, initial_model_type: experimental model

3kzi

chain_id: X, source_name: PDB, initial_model_type: experimental model

3kzi

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3kzi

chain_id: Z, source_name: PDB, initial_model_type: experimental model

3kzi

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3kzi

chain_id: U, source_name: PDB, initial_model_type: experimental model

3kzi

chain_id: V, source_name: PDB, initial_model_type: experimental model
精密化空間: REAL / プロトコル: FLEXIBLE FIT
得られたモデル

PDB-9g6g:
Semi-active PSII dimer from native Peak4 PSII dimers

+
万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る