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- EMDB-51067: Beta carbonic anhydrase CsoSCA from the Halothiobacillus neapolit... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-51067
タイトルBeta carbonic anhydrase CsoSCA from the Halothiobacillus neapolitanus alpha-carboxysome
マップデータPrimary map
試料
  • 複合体: Carbonic anhydrase complex
    • タンパク質・ペプチド: Immunoglobulin G-binding protein G,Carboxysome shell carbonic anhydrase
  • リガンド: ZINC ION
キーワードCarbonic anhydrase / Carboxysome / rubisco / LYASE
機能・相同性
機能・相同性情報


carboxysome / carbon fixation / IgG binding / carbonic anhydrase / carbonate dehydratase activity / extracellular region / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Carboxysome shell carbonic anhydrase / Carboxysome shell carbonic anhydrase, N-terminal / Carboxysome shell carbonic anhydrase, C-terminal / : / : / : / Carboxysome Shell Carbonic Anhydrase, C-terminal / Carboxysome Shell Carbonic Anhydrase, catalytic domain / Carboxysome Shell Carbonic Anhydrase, N-terminal / IgG-binding B ...Carboxysome shell carbonic anhydrase / Carboxysome shell carbonic anhydrase, N-terminal / Carboxysome shell carbonic anhydrase, C-terminal / : / : / : / Carboxysome Shell Carbonic Anhydrase, C-terminal / Carboxysome Shell Carbonic Anhydrase, catalytic domain / Carboxysome Shell Carbonic Anhydrase, N-terminal / IgG-binding B / B domain / M protein-type anchor domain / GA-like domain / GA-like domain / Immunoglobulin/albumin-binding domain superfamily / YSIRK Gram-positive signal peptide / LPXTG cell wall anchor motif / Gram-positive cocci surface proteins LPxTG motif profile. / LPXTG cell wall anchor domain
類似検索 - ドメイン・相同性
Carboxysome shell carbonic anhydrase / Immunoglobulin G-binding protein G
類似検索 - 構成要素
生物種Halothiobacillus neapolitanus (紅色硫黄細菌)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.51 Å
データ登録者Ng PC / Marles-Wright J / Basle A / Liu L
資金援助 英国, 1件
OrganizationGrant number国
Biotechnology and Biological Sciences Research Council (BBSRC)2599456 英国
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Beta carbonic anhydrase CsoSCA from the Halothiobacillus neapolitanus alpha-carboxysome
著者: Ng PC / Marles-Wright J / Basle A / Liu L
履歴
登録2024年7月16日-
ヘッダ(付随情報) 公開2025年7月30日-
マップ公開2025年7月30日-
更新2025年7月30日-
現状2025年7月30日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_51067.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 64 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Primary map
ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.0762 Å
密度
表面レベル登録者による: 0.12
最小 - 最大-0.16891192 - 0.48832244
平均 (標準偏差)-0.00026578293 (±0.01924061)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ256256256
Spacing256256256
セルA=B=C: 275.5072 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : Carbonic anhydrase complex

全体名称: Carbonic anhydrase complex
要素
  • 複合体: Carbonic anhydrase complex
    • タンパク質・ペプチド: Immunoglobulin G-binding protein G,Carboxysome shell carbonic anhydrase
  • リガンド: ZINC ION

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超分子 #1: Carbonic anhydrase complex

超分子名称: Carbonic anhydrase complex / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1
由来(天然)生物種: Halothiobacillus neapolitanus (紅色硫黄細菌)
分子量理論値: 409 KDa

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分子 #1: Immunoglobulin G-binding protein G,Carboxysome shell carbonic anh...

分子名称: Immunoglobulin G-binding protein G,Carboxysome shell carbonic anhydrase
タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO / EC番号: carbonic anhydrase
由来(天然)生物種: Halothiobacillus neapolitanus (紅色硫黄細菌)
分子量理論値: 68.294305 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
配列文字列: MWSHPQFEKG GGSGGGSGGS SAWSHPQFEK YKLILNGKTL KGETTTEAVD AATAEKVFKQ YANDNGVDGE WTYDDATKTF TVTEPMSDY DIPTTENLYF QGNTRNTRSK QRAPFGVSSS VKPRLDLIEQ APNPAYDRHP ACITLPERTC RHPLTDLEAN E QLGRCEDS ...文字列:
MWSHPQFEKG GGSGGGSGGS SAWSHPQFEK YKLILNGKTL KGETTTEAVD AATAEKVFKQ YANDNGVDGE WTYDDATKTF TVTEPMSDY DIPTTENLYF QGNTRNTRSK QRAPFGVSSS VKPRLDLIEQ APNPAYDRHP ACITLPERTC RHPLTDLEAN E QLGRCEDS VKNRFDRVIP FLQVVAGIPL GLDYVTRVQE LAQSSLGHTL PEELLKDNWI SGHNLKGIFG YATAKALTAA TE QFSRKIM SEKDDSASAI GFFLDCGFHA VDISPCADGR LKGLLPYILR LPLTAFTYRK AYAGSMFDIE DDLAQWEKNE LRR YREGVP NTADQPTRYL KIAVYHFSTS DPTHSGCAAH GSNDRAALEA ALTQLMKFRE AVENAHCCGA SIDILLIGVD TDTD AIRVH IPDSKGFLNP YRYVDNTVTY AQTLHLAPDE ARVIIHEAIL NANRSDGWAK GNGVASEGMR RFIGQLLINN LSQID YVVN RHGGRYPPND IGHAERYISV GDGFDEVQIR NLAYYAHLDT VEENAIDVDV GIKIFTKLNL SRGLPIPIAI HYRYDP NVP GSRERTVVKA RRIYNAIKER FSSLDEQNLL QFRLSVQAQD IGSPIEEVAS A

UniProtKB: Immunoglobulin G-binding protein G, Carboxysome shell carbonic anhydrase

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分子 #2: ZINC ION

分子名称: ZINC ION / タイプ: ligand / ID: 2 / コピー数: 1 / 式: ZN
分子量理論値: 65.409 Da

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度1.5 mg/mL
緩衝液pH: 8
構成要素:
濃度式名称
100.0 mMTris/HClTris/Hydrochloric acid
150.0 mMNaClSodium chloride
1.0 mMEDTAEthylenediaminetetraacetic acid
グリッドモデル: Quantifoil R1.2/1.3 / 材質: COPPER / メッシュ: 200 / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: HOLEY / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 前処理 - 時間: 120 sec. / 前処理 - 雰囲気: AIR / 前処理 - 気圧: 0.026000000000000002 kPa
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 277.15 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV

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電子顕微鏡法

顕微鏡TFS GLACIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON IV (4k x 4k)
平均電子線量: 50.0 e/Å2
電子線加速電圧: 200 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系C2レンズ絞り径: 50.0 µm / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.0 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 0.6 µm / 倍率（公称値）: 240000
試料ステージホルダー冷却材: NITROGEN

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画像解析

粒子像選択選択した数: 1390946
詳細: Blob picker with 150 A diameter. Picks verified using inspect picks job.
CTF補正ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 4.5) / 詳細: Patch CTF in cryoSPARC / タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
初期モデルモデルのタイプ: INSILICO MODEL / In silico モデル: Ab initio asymmetric model / 詳細: Ab initio job in cryoSPARC
最終 再構成使用したクラス数: 1
想定した対称性 - 点群: D3 (2回x3回 2面回転対称)
アルゴリズム: FOURIER SPACE / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 2.51 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 4.5) / 詳細: Homogeneous refinement in cryoSPARC / 使用した粒子像数: 435319
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 4.5)
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 4.5) / 詳細: Homogeneous refinement
最終 3次元分類クラス数: 2 / 平均メンバー数/クラス: 200000 / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 4.5) / 詳細: 3D classification with 2 classes

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原子モデル構築 1

初期モデルChain - Source name: AlphaFold / Chain - Initial model type: in silico model
詳細Model fitting using ChimeraX
精密化空間: REAL / プロトコル: RIGID BODY FIT
当てはまり具合の基準: Cross-correlation coefficient
得られたモデル

PDB-9g4t:
Beta carbonic anhydrase CsoSCA from the Halothiobacillus neapolitanus alpha-carboxysome

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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