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- EMDB-50975: Mouse Teneurin2 dimer variant A1B1 -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-50975
タイトルMouse Teneurin2 dimer variant A1B1
マップデータ
試料
  • 複合体: Dimeric complex of mouse Teneurin2 A1B1 variant
    • タンパク質・ペプチド: Teneurin transmembrane protein 2
  • リガンド: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
キーワードcell adhesion molecule / complex / homodimer / CELL ADHESION
機能・相同性
機能・相同性情報


filopodium / PML body / growth cone / presynaptic membrane / dendritic spine / postsynaptic membrane / cell adhesion / endoplasmic reticulum / Golgi apparatus / signal transduction / protein homodimerization activity
類似検索 - 分子機能
Teneurin intracellular, N-terminal / : / : / : / : / Teneurin Intracellular Region / Teneurin-3-like, galactose-binding domain-like / Teneurin antibiotic-binding-like domain / Teneurin 1-4, FN-plug domain / Teneurin TTR-like domain ...Teneurin intracellular, N-terminal / : / : / : / : / Teneurin Intracellular Region / Teneurin-3-like, galactose-binding domain-like / Teneurin antibiotic-binding-like domain / Teneurin 1-4, FN-plug domain / Teneurin TTR-like domain / Teneurin NHL domain / Teneurin N-terminal domain profile. / Tox-GHH domain / : / GHH signature containing HNH/Endo VII superfamily nuclease toxin / : / Teneurin YD-shell / YD repeat / Teneurin EGF domain / Rhs repeat-associated core / Carboxypeptidase-like, regulatory domain superfamily / Six-bladed beta-propeller, TolB-like / Epidermal growth factor-like domain. / EGF-like domain profile. / EGF-like domain signature 1. / EGF-like domain signature 2. / EGF-like domain
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.8 Å
データ登録者Berbeira-Santana M / Zhou JC / el Omari K / Baker L / Seiradake E
資金援助 英国, 1件
OrganizationGrant number国
Wellcome Trust226647/Z/22/Z 英国
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Mouse Teneurin2 dimer variant A1B1
著者: Berbeira-Santana M / Zhou CJ / el Omari K / Baker L / Seiradake E
履歴
登録2024年7月10日-
ヘッダ(付随情報) 公開2026年1月21日-
マップ公開2026年1月21日-
更新2026年1月21日-
現状2026年1月21日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_50975.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_50975.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 163.6 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
0.83 Å/pix.
x 350 pix.
= 290.5 Å		0.83 Å/pix.
x 350 pix.
= 290.5 Å		0.83 Å/pix.
x 350 pix.
= 290.5 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.83 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.12
最小 - 最大-0.024346143 - 1.6216593
平均 (標準偏差)0.0026857632 (±0.036216166)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ350350350
Spacing350350350
セルA=B=C: 290.5 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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追加マップ: #1

ファイルemd_50975_additional_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #2

ファイルemd_50975_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #1

ファイルemd_50975_half_map_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Dimeric complex of mouse Teneurin2 A1B1 variant

全体名称: Dimeric complex of mouse Teneurin2 A1B1 variant
要素
  • 複合体: Dimeric complex of mouse Teneurin2 A1B1 variant
    • タンパク質・ペプチド: Teneurin transmembrane protein 2
  • リガンド: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose

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超分子 #1: Dimeric complex of mouse Teneurin2 A1B1 variant

超分子名称: Dimeric complex of mouse Teneurin2 A1B1 variant / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1
詳細: Dimeric complex purified by SEC after recombinant expression in HEK293T cells.
由来(天然)生物種: Mus musculus (ハツカネズミ)
分子量理論値: 267.78383 KDa

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分子 #1: Teneurin transmembrane protein 2

分子名称: Teneurin transmembrane protein 2 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Mus musculus (ハツカネズミ)
分子量理論値: 268.078812 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: ETGHHHHHHR GGLNDIFEAQ KIEWHEGGST GHLLGLNWQL QPADGHTFNN GVRTGLPGND DVATVPSGGK VPWSLKNSSI DSGEAEVGR RVTQEVPPGV FWRSQIHISQ PQFLKFNISL GKDALFGVYI RRGLPPSHAQ YDFMERLDGK EKWSVVESPR E RRSIQTLV ...文字列:
ETGHHHHHHR GGLNDIFEAQ KIEWHEGGST GHLLGLNWQL QPADGHTFNN GVRTGLPGND DVATVPSGGK VPWSLKNSSI DSGEAEVGR RVTQEVPPGV FWRSQIHISQ PQFLKFNISL GKDALFGVYI RRGLPPSHAQ YDFMERLDGK EKWSVVESPR E RRSIQTLV QNEAVFVQYL DVGLWHLAFY NDGKDKEMVS FNTVVLDSVQ DCPRNCHGNG ECVSGLCHCF PGFLGADCAK AA CPVLCSG NGQYSKGTCQ CYSGWKGAEC DVPMNQCIDP SCGGHGSCID GNCVCAAGYK GEHCEEVDCL DPTCSSHGVC VNG ECLCSP GWGGLNCELA RVQCPDQCSG HGTYLPDSGL CSCDPNWMGP DCSVEVCSVD CGTHGVCIGG ACRCEEGWTG AACD QRVCH PRCIEHGTCK DGKCECREGW NGEHCTIGRQ TAGTETDGCP DLCNGNGRCT LGQNSWQCVC QTGWRGPGCN VAMET SCAD NKDNEGDGLV DCLDPDCCLQ SACQNSLLCR GSRDPLDIIQ QGQTDWPAVK SFYDRIKLLA GKDSTHIIPG DNPFNS SLV SLIRGQVVTM DGTPLVGVNV SFVKYPKYGY TITRQDGTFD LIANGGSALT LHFERAPFMS QERTVWLPWN SFYAMDT LV MKTEENSIPS CDLSGFVRPD PIIISSPLST FFSASPASNP IVPETQVLHE EIELPGTNVK LRYLSSRTAG YKSLLKIT M TQSTVPLNLI RVHLMVAVEG HLFQKSFQAS PNLAYTFIWD KTDAYGQRVY GLSDAVVSVG FEYETCPSLI LWEKRTALL QGFELDPSNL GGWSLDKHHT LNVKSGILHK GTGENQFLTQ QPAIITSIMG NGRRRSISCP SCNGLAEGNK LLAPVALAVG IDGSLFVGD FNYIRRIFPS RNVTSILELR NKEFKHSNSP GHKYYLAVDP VTGSLYVSDT NSRRIYRVKS LSGAKDLAGN S EVVAGTGE QCLPFDEARC GDGGKAVDAT LMSPRGIAVD KNGLMYFVDA TMIRKVDQNG IISTLLGSND LTAVRPLSCD SS MDVAQVR LEWPTDLAVN PMDNSLYVLE NNVILRITEN HQVSIIAGRP MHCQVPGIDY SLSKLAIHSA LESASAIAIS HTG VLYITE TDEKKINRLR QVTTNGEICL LAGAASDCDC KNDVNCICYS GDDAYATDAI LNSPSSLAVA PDGTIYIADL GNIR IRAVS KNKPVLNAFN QYEAASPGEQ ELYVFNADGI HQYTVSLVTG EYLYNFTYSA DNDVTELIDN NGNSLKIRRD SSGMP RHLL MPDNQIITLT VGTNGGLKAV STQNLELGLM TYDGNTGLLA TKSDETGWTT FYDYDHEGRL TNVTRPTGVV TSLHRE MEK SITIDIENSN RDDDVTVITN LSSVEASYTV VQDQVRNSYQ LCNNGTLRVM YANGMAVSFH SEPHVLAGTI TPTIGRC NI SLPMENGLNS IEWRLRKEQI KGKVTIFGRK LRVHGRNLLS IDYDRNIRTE KIYDDHRKFT LRIIYDQVGR PFLWLPSS G LAAVNVSYFF NGRLAGLQRG AMSERTDIDK QGRIVSRMFA DGKVWSYSYL DKSMVLLLQS QRQYIFEYDS SDRLHAVTM PSVARHSMST HTSIGYIRNI YNPPESNASV IFDYSDDGRI LKTSFLGTGR QVFYKYGKLS KLSEIVYDST AVTFGYDETT GVLKMVNLQ SGGFSCTIRY RKVGPLVDKQ IYRFSEEGMI NARFDYTYHD NSFRIASIKP VISETPLPVD LYRYDEISGK V EHFGKFGV IYYDINQIIT TAVMTLSKHF DTHGRIKEVQ YEMFRSLMYW MTVQYDSMGR VIKRELKLGP YANTTKYTYD YD GDGQLQS VAVNDRPTWR YSYDLNGNLH LLNPGNSARL MPLRYDLRDR ITRLGDVQYK IDDDGYLCQR GSDIFEYNSK GLL TRAYNK ASGWSVQYRY DGVGRRASYK TNLGHHLQYF YSDLHNPTRI THVYNHSNSE ITSLYYDLQG HLFAMESSSG EEYY VASDN TGTPLAVFSI NGLMIKQLQY TAYGEIYYDS NPDFQMVIGF HGGLYDPLTK LVHFTQRDYD VLAGRWTSPD YTMWR NVGK EPAPFNLYMF KNNNPLSNEL DLKNYVTDVK SWLVMFGFQL SNIIPGFPRA KMYFVPPPYE LSESQASENG QLITGV QQT TERHNQAFLA LEGQVITKKL HASIREKAGH WFATTTPIIG KGIMFAIKEG RVTTGVSSIA SEDSRKVASV LNNAYYL DK MHYSIEGKDT HYFVKIGAAD GDLVTLGTTI GRKVLESGVN VTVSQPTLLV NGRTRRFTNI EFQYSTLLLS IRYGLTPD T LDEEKARVLD QARQRALGTA WAKEQQKARD GREGSRLWTE GEKQQLLSTG RVQGYEGYYV LPVEQYPELA DSSSNIQFL RQNEMGKRGT

UniProtKB: Teneurin-2

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分子 #5: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose

分子名称: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / タイプ: ligand / ID: 5 / コピー数: 6 / 式: NAG
分子量理論値: 221.208 Da
Chemical component information

ChemComp-NAG:
2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度0.48 mg/mL
緩衝液pH: 7.5
構成要素:
濃度式名称
300.0 mMNaClsodium chloride
25.0 mMHEPES

詳細: 25 mM HEPES, 300 mM NaCl, pH 7.5
グリッドモデル: Quantifoil R1.2/1.3 / 材質: COPPER / メッシュ: 300 / 前処理 - タイプ: PLASMA CLEANING / 前処理 - 時間: 120 sec. / 前処理 - 雰囲気: AIR / 前処理 - 気圧: 0.0001 kPa
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 277.15 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV
詳細Sample was monodisperse

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
特殊光学系エネルギーフィルター - 名称: GIF Bioquantum / エネルギーフィルター - スリット幅: 20 eV
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 8975 / 平均電子線量: 42.303 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.0 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.0 µm / 倍率（公称値）: 105000
試料ステージ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
ホルダー冷却材: NITROGEN
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

粒子像選択選択した数: 6799146
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
初期モデルモデルのタイプ: NONE
最終 再構成想定した対称性 - 点群: C2 (2回回転対称) / アルゴリズム: FOURIER SPACE / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 2.8 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 19620
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 3次元分類クラス数: 10 / 平均メンバー数/クラス: 15000
FSC曲線 (解像度の算出)

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原子モデル構築 1

初期モデルChain - Source name: Other / Chain - Initial model type: in silico model / 詳細: SWISSMODEL
精密化空間: REAL / プロトコル: RIGID BODY FIT
得られたモデル

PDB-9g2f:
Mouse Teneurin2 dimer variant A1B1

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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