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- EMDB-50748: Asgard ESCRT-IIIB filament structure -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-50748
タイトルAsgard ESCRT-IIIB filament structure
マップデータPostprocessed map of the Asgard ESCRT-IIIB filament
試料
  • 細胞器官・細胞要素: Four-protofilament helical structure of Asgard ESCRT-IIIB
    • タンパク質・ペプチド: Heimdallarchaeota archaeon AB_125 ESCRT-IIIB
キーワードESCRT-III / filament / membrane binding protein / membrane remodelling / Asgard archaea / MEMBRANE PROTEIN
機能・相同性Snf7 family / Snf7 / late endosome to vacuole transport via multivesicular body sorting pathway / vesicle budding from membrane / intracellular membrane-bounded organelle / endomembrane system / cytoplasmic side of plasma membrane / Uncharacterized protein
機能・相同性情報
生物種Candidatus Heimdallarchaeota archaeon (古細菌)
手法らせん対称体再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.91 Å
データ登録者Chaaban S / Souza DP / Baum B
資金援助 英国, 2件
OrganizationGrant number国
Wellcome Trust203276/Z/16/Z 英国
Wellcome Trust210711/Z/18/Z 英国
引用ジャーナル: Sci Adv / 年: 2025
タイトル: Asgard archaea reveal the conserved principles of ESCRT-III membrane remodeling.
著者: Diorge P Souza / Javier Espadas / Sami Chaaban / Edmund R R Moody / Tomoyuki Hatano / Mohan Balasubramanian / Tom A Williams / Aurélien Roux / Buzz Baum /
要旨: ESCRT-III proteins assemble into composite polymers that undergo stepwise changes in composition and structure to deform membranes across the tree of life. Here, using a phylogenetic analysis, we ...ESCRT-III proteins assemble into composite polymers that undergo stepwise changes in composition and structure to deform membranes across the tree of life. Here, using a phylogenetic analysis, we demonstrate that the two endosomal sorting complex required for transport III (ESCRT-III) proteins present in eukaryote's closest Asgard archaeal relatives are evolutionarily related to the B- and A-type eukaryotic paralogs that initiate and execute membrane remodeling, respectively. We show that Asgard ESCRT-IIIB assembles into parallel arrays on planar membranes to initiate membrane deformation, from where it recruits ESCRT-IIIA to generate composite polymers. Last, we show that Asgard ESCRT-IIIA is able to remodel membranes into tubes as a likely prelude to scission. Together, these data reveal a set of conserved principles governing ESCRT-III-dependent membrane remodeling that first emerged in a two-component ESCRT-III system in archaea.
履歴
登録2024年6月24日-
ヘッダ(付随情報) 公開2025年4月16日-
マップ公開2025年4月16日-
更新2025年4月16日-
現状2025年4月16日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_50748.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_50748.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 476.8 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Postprocessed map of the Asgard ESCRT-IIIB filament
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
0.83 Å/pix.
x 500 pix.
= 413. Å		0.83 Å/pix.
x 500 pix.
= 413. Å		0.83 Å/pix.
x 500 pix.
= 413. Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.826 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.00518
最小 - 最大-0.019235931 - 0.042970277
平均 (標準偏差)0.00002761466 (±0.0006114673)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ500500500
Spacing500500500
セルA=B=C: 413.0 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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マスク #1

ファイルemd_50748_msk_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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追加マップ: Unprocessed map of the Asgard ESCRT-IIIB filament

ファイルemd_50748_additional_1.map
注釈Unprocessed map of the Asgard ESCRT-IIIB filament
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: Half-map 1 of the Asgard ESCRT-IIIB filament

ファイルemd_50748_half_map_1.map
注釈Half-map 1 of the Asgard ESCRT-IIIB filament
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: Half-map 2 of the Asgard ESCRT-IIIB filament

ファイルemd_50748_half_map_2.map
注釈Half-map 2 of the Asgard ESCRT-IIIB filament
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Four-protofilament helical structure of Asgard ESCRT-IIIB

全体名称: Four-protofilament helical structure of Asgard ESCRT-IIIB
要素
  • 細胞器官・細胞要素: Four-protofilament helical structure of Asgard ESCRT-IIIB
    • タンパク質・ペプチド: Heimdallarchaeota archaeon AB_125 ESCRT-IIIB

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超分子 #1: Four-protofilament helical structure of Asgard ESCRT-IIIB

超分子名称: Four-protofilament helical structure of Asgard ESCRT-IIIB
タイプ: organelle_or_cellular_component / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all
由来(天然)生物種: Candidatus Heimdallarchaeota archaeon (古細菌)
分子量理論値: 3.140 kDa/nm

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分子 #1: Heimdallarchaeota archaeon AB_125 ESCRT-IIIB

分子名称: Heimdallarchaeota archaeon AB_125 ESCRT-IIIB / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Candidatus Heimdallarchaeota archaeon (古細菌)
分子量理論値: 24.130268 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列: MVKNWLFGKK RKEDADALAT LKGQQNRLQA EARNLERQSD EQKILASKML KAGNKAGARQ ALKRRAVFMK RLNTVHNTAM NLQAQIDSI QTATSTAETV KAMELGTKVV GEKIKTVSPE RTERVMDSVM EQRDQIEMMT EALSDPSLSE GILDFEDDAA I DEQLAQLE ...文字列:
MVKNWLFGKK RKEDADALAT LKGQQNRLQA EARNLERQSD EQKILASKML KAGNKAGARQ ALKRRAVFMK RLNTVHNTAM NLQAQIDSI QTATSTAETV KAMELGTKVV GEKIKTVSPE RTERVMDSVM EQRDQIEMMT EALSDPSLSE GILDFEDDAA I DEQLAQLE AEMDLGTTTS LPDVSGLPST PVGTGEKEED TSELEAELEG LKKKMSEDKQ

UniProtKB: Uncharacterized protein

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析らせん対称体再構成法
試料の集合状態filament

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試料調製

濃度0.5 mg/mL
緩衝液pH: 6 / 構成要素 - 濃度: 20.0 mM / 構成要素 - 式: Bis-Tris-HCl / 構成要素 - 名称: Bis-Tris-HCl
詳細: 20 mM Bis-Tris-HCl pH 6.0, 0.12 mM 1,2-dioleoyl-sn-glycero-3-phosphocholine, 0.08 mM 1,2-dioleoyl-sn-glycero-3-phospho-L-serine
グリッドモデル: Quantifoil R1.2/1.3 / 材質: GOLD / メッシュ: 300 / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: HOLEY / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 前処理 - 時間: 12 sec.
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 95 % / チャンバー内温度: 293.15 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k)
実像数: 29600 / 平均電子線量: 50.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.6 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 0.6 µm
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

最終 再構成想定した対称性 - らせんパラメータ - Δz: 15.4 Å
想定した対称性 - らせんパラメータ - ΔΦ: -178.5 °
想定した対称性 - らせんパラメータ - 軸対称性: C1 (非対称)
アルゴリズム: BACK PROJECTION / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 2.91 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 5) / 使用した粒子像数: 274671
初期モデルモデルのタイプ: NONE / 詳細: Ab initio
最終 角度割当タイプ: NOT APPLICABLE / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 5)

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原子モデル構築 1

初期モデルChain - Source name: Other / Chain - Initial model type: in silico model / 詳細: ModelAngelo
精密化空間: REAL / プロトコル: FLEXIBLE FIT
得られたモデル

PDB-9ftl:
Asgard ESCRT-IIIB filament structure

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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