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基本情報
登録情報 | ![]() | |||||||||
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タイトル | Helical reconstruction of human TIRAP | |||||||||
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![]() | Filament / TIR-domain / TLR-signalling / IMMUNE SYSTEM | |||||||||
機能・相同性 | ![]() positive regulation of interleukin-15 production / TIRAP-dependent toll-like receptor 4 signaling pathway / cellular response to bacterial lipopeptide / regulation of interferon-beta production / positive regulation of toll-like receptor 3 signaling pathway / Toll-like receptor 4 binding / positive regulation of toll-like receptor 2 signaling pathway / Toll-like receptor 2 binding / positive regulation of chemokine (C-X-C motif) ligand 1 production / positive regulation of toll-like receptor 4 signaling pathway ...positive regulation of interleukin-15 production / TIRAP-dependent toll-like receptor 4 signaling pathway / cellular response to bacterial lipopeptide / regulation of interferon-beta production / positive regulation of toll-like receptor 3 signaling pathway / Toll-like receptor 4 binding / positive regulation of toll-like receptor 2 signaling pathway / Toll-like receptor 2 binding / positive regulation of chemokine (C-X-C motif) ligand 1 production / positive regulation of toll-like receptor 4 signaling pathway / myeloid cell differentiation / MyD88 deficiency (TLR2/4) / positive regulation of neutrophil chemotaxis / positive regulation of chemokine (C-X-C motif) ligand 2 production / IRAK4 deficiency (TLR2/4) / extrinsic component of cytoplasmic side of plasma membrane / MyD88-dependent toll-like receptor signaling pathway / 3'-UTR-mediated mRNA stabilization / MyD88:MAL(TIRAP) cascade initiated on plasma membrane / toll-like receptor 4 signaling pathway / regulation of innate immune response / cellular response to lipoteichoic acid / endocytic vesicle / positive regulation of B cell proliferation / phosphatidylinositol-4,5-bisphosphate binding / signaling adaptor activity / positive regulation of interleukin-12 production / protein kinase C binding / positive regulation of interleukin-8 production / positive regulation of JNK cascade / positive regulation of protein-containing complex assembly / positive regulation of interleukin-6 production / ruffle membrane / positive regulation of tumor necrosis factor production / ER-Phagosome pathway / protein-macromolecule adaptor activity / response to lipopolysaccharide / molecular adaptor activity / cell surface receptor signaling pathway / positive regulation of ERK1 and ERK2 cascade / positive regulation of canonical NF-kappaB signal transduction / defense response to Gram-positive bacterium / inflammatory response / innate immune response / cell surface / identical protein binding / plasma membrane / cytosol / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | ![]() | |||||||||
手法 | らせん対称体再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.3 Å | |||||||||
![]() | Schaefer JH / Piehler J / Moeller A | |||||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: Helical reconstruction of human TIRAP 著者: Schaefer JH / Piehler J / Moeller A | |||||||||
履歴 |
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構造の表示
添付画像 |
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ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | ![]() | 10.2 MB | ![]() | |
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ヘッダ (付随情報) | ![]() ![]() | 14.5 KB 14.5 KB | 表示 表示 | ![]() |
FSC (解像度算出) | ![]() | 9.9 KB | 表示 | ![]() |
画像 | ![]() | 92.7 KB | ||
マスクデータ | ![]() | 103 MB | ![]() | |
Filedesc metadata | ![]() | 5.3 KB | ||
その他 | ![]() ![]() | 95.5 MB 95.5 MB | ||
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 892.8 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 892.2 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 18.5 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 23.8 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 9fqmMC M: このマップから作成された原子モデル C: 同じ文献を引用 ( |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性 ![]() |
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リンク
EMDBのページ | ![]() ![]() |
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「今月の分子」の関連する項目 |
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マップ
ファイル | ![]() | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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投影像・断面図 | 画像のコントロール
画像は Spider により作成 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 0.924 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
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-添付データ
-マスク #1
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: #1
ファイル | emd_50657_half_map_1.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: #2
ファイル | emd_50657_half_map_2.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
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試料の構成要素
-全体 : Helical Filament of TIRAP
全体 | 名称: Helical Filament of TIRAP |
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要素 |
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-超分子 #1: Helical Filament of TIRAP
超分子 | 名称: Helical Filament of TIRAP / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all |
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由来(天然) | 生物種: ![]() |
-分子 #1: Toll/interleukin-1 receptor domain-containing adapter protein
分子 | 名称: Toll/interleukin-1 receptor domain-containing adapter protein タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 8 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: ![]() |
分子量 | 理論値: 27.738143 KDa |
組換発現 | 生物種: ![]() ![]() |
配列 | 文字列: MGSSHHHHHH SSGEQKLISE EDLSSGENLY FQGHMASSTS LPAPGSRPKK PLGKMADWFR QTLLKKPKKR PNSPESTSSD ASQPTSQDS PLPPSLSSVT SPSLPPTHAS DSGSSRWSKD YDVCVCHSEE DLVAAQDLVS YLEGSTASLR CFLQLRDATP G GAIVSELC ...文字列: MGSSHHHHHH SSGEQKLISE EDLSSGENLY FQGHMASSTS LPAPGSRPKK PLGKMADWFR QTLLKKPKKR PNSPESTSSD ASQPTSQDS PLPPSLSSVT SPSLPPTHAS DSGSSRWSKD YDVCVCHSEE DLVAAQDLVS YLEGSTASLR CFLQLRDATP G GAIVSELC QALSSSHCRV LLITPGFLQD PWCKYQMLQA LTEAPGAEGC TIPLLSGLSR AAYPPELRFM YYVDGRGPDG GF RQVKEAV MRYLQTLS UniProtKB: Toll/interleukin-1 receptor domain-containing adapter protein |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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![]() | らせん対称体再構成法 |
試料の集合状態 | filament |
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試料調製
緩衝液 | pH: 8 |
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凍結 | 凍結剤: ETHANE |
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電子顕微鏡法
顕微鏡 | TFS GLACIOS |
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撮影 | フィルム・検出器のモデル: TFS FALCON 4i (4k x 4k) 平均電子線量: 50.0 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 200 kV / 電子線源: ![]() |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス(公称値): 2.0 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 0.8 µm |