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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-50637 | ||||||||||||||||||||||||
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タイトル | Structure of the NbNRC2 hexameric resistosome | ||||||||||||||||||||||||
マップデータ | NRC2 EM map (sharpened) | ||||||||||||||||||||||||
試料 |
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キーワード | Plant immunity / complex / IMMUNE SYSTEM | ||||||||||||||||||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 | ||||||||||||||||||||||||
生物種 | Nicotiana benthamiana (ナス科) | ||||||||||||||||||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.9 Å | ||||||||||||||||||||||||
データ登録者 | Webster MW / Madhuprakash J / Kamoun S | ||||||||||||||||||||||||
資金援助 | 英国, European Union, 7件
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引用 | ジャーナル: To Be Published タイトル: Cryo-EM structure of the NbNRC2 hexameric resistosome 著者: Webster MW / Madhuprakash J / Kamoun S | ||||||||||||||||||||||||
履歴 |
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-構造の表示
添付画像 |
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-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_50637.map.gz | 398.5 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-50637-v30.xml emd-50637.xml | 19.7 KB 19.7 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
FSC (解像度算出) | emd_50637_fsc.xml | 15.9 KB | 表示 | FSCデータファイル |
画像 | emd_50637.png | 94.3 KB | ||
Filedesc metadata | emd-50637.cif.gz | 6.2 KB | ||
その他 | emd_50637_additional_1.map.gz emd_50637_half_map_1.map.gz emd_50637_half_map_2.map.gz | 208.9 MB 391.8 MB 391.8 MB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-50637 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-50637 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_50637_validation.pdf.gz | 984.6 KB | 表示 | EMDB検証レポート |
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文書・詳細版 | emd_50637_full_validation.pdf.gz | 984.2 KB | 表示 | |
XML形式データ | emd_50637_validation.xml.gz | 24.7 KB | 表示 | |
CIF形式データ | emd_50637_validation.cif.gz | 32 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-50637 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-50637 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 9fp6MC M: このマップから作成された原子モデル C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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「今月の分子」の関連する項目 |
-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_50637.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 421.9 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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注釈 | NRC2 EM map (sharpened) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
投影像・断面図 | 画像のコントロール
画像は Spider により作成 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 0.828 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
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-添付データ
-追加マップ: NRC2 EM map (unsharpened)
ファイル | emd_50637_additional_1.map | ||||||||||||
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注釈 | NRC2 EM map (unsharpened) | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: NRC2 EM map (half map 1)
ファイル | emd_50637_half_map_1.map | ||||||||||||
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注釈 | NRC2 EM map (half map 1) | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: NRC2 EM map (half map 2)
ファイル | emd_50637_half_map_2.map | ||||||||||||
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注釈 | NRC2 EM map (half map 2) | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-試料の構成要素
-全体 : NbNRC2a
全体 | 名称: NbNRC2a |
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要素 |
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-超分子 #1: NbNRC2a
超分子 | 名称: NbNRC2a / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1 詳細: The NbNRC2 was activated in planta to a hexameric resistosome using the sensor Rx and PVX coat protein. |
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由来(天然) | 生物種: Nicotiana benthamiana (ナス科) |
分子量 | 理論値: 606 KDa |
-分子 #1: NRC2a
分子 | 名称: NRC2a / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 6 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Nicotiana benthamiana (ナス科) |
分子量 | 理論値: 101.27 KDa |
組換発現 | 生物種: Nicotiana benthamiana (ナス科) |
配列 | 文字列: MANVAVEFLV QNLMQLLRDN AELIVGVKDS AESLLQDLND FNAFLKQTAK SRTENDVHKE LVKKIKTVVN SAEDAIDKFV IEAKLHKDK GVGRFVDVKH YKRVYDVAGE IKTIRDKVKE IRLNNALDLQ ALQDEDQSAK GVQERKPPVV EEDDVVGFEE E ADKVINRL ...文字列: MANVAVEFLV QNLMQLLRDN AELIVGVKDS AESLLQDLND FNAFLKQTAK SRTENDVHKE LVKKIKTVVN SAEDAIDKFV IEAKLHKDK GVGRFVDVKH YKRVYDVAGE IKTIRDKVKE IRLNNALDLQ ALQDEDQSAK GVQERKPPVV EEDDVVGFEE E ADKVINRL LGGSSGLEVV PVVGMPGLGK TTLANKIYKH PDIGYQFFTR IWVYVSQSYR RRELFLNIIS KFTRNTKQYH DM CEEDLAD EIEDFLGKGG KYLIVLDDVW SPDAWERIRI AFPNNNKSNR ILLTTRDSKV AKQCKQCIGI PHDLKFLTED ESW ILLEKK VFHKDKCPPE LELSGKSIAK KCNGLPLAIV VIAGALIGKG KTSREWKQVD ESVGEHLINK DQPENCNKLV QLSY DRLSY DLKACFLYCG AFPGGFEIPA WKLIRLWIAE GFIQYKGHLS LECKAEDNLN DLINRNLVMV MQRTSDGQIK TCRLH DMLH EFCRQEAMKE ENLFQEIKLG AEQYFPGKRE LATYRRLCIH SSVLEFISTK PSGEHVRSFL SFSLKKIEMP SVDIPT IPK GFPLLRVFDV ESINFSRFSK EFFQLYHLRY IAFSSDTIKI IPKHIGELWN IQTLIINTQQ RSLDIQANIW NMERLRH LH TNSSAKLPVP VTPRSSKVPL VNQSLQTLST IAPESCTEEV FARTPNLKKL GIRGKIAVLL EPNKSLLKNV KKLESLEN L KLINDSSQTG KGLRLPPSYI FPTKLRKLSL VDTWLEWNDM SILGQMEHLE VLKLKENGFM GECWESVGGF CSLLVLWIE RTDLVSWKAS ADHFPRLKHL VLICCDKLKE IPIGLADIRS FQVMELQNST KTAAISARGI RDKKDKQTQE GTNNNGFKLS IFPPDL UniProtKB: NRC2a |
-分子 #2: ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE
分子 | 名称: ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / タイプ: ligand / ID: 2 / コピー数: 6 / 式: ATP |
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分子量 | 理論値: 507.181 Da |
Chemical component information | ChemComp-ATP: |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
濃度 | 2.4 mg/mL |
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緩衝液 | pH: 7.5 詳細: 100mM Tris HCl (pH 7.5), 150 mM NaCl, 1 mM MgCl2, 3% glycerol |
グリッド | モデル: Quantifoil R2/1 / 材質: COPPER / メッシュ: 300 / 支持フィルム - 材質: GRAPHENE OXIDE / 支持フィルム - トポロジー: CONTINUOUS / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE |
凍結 | 凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 90 % / チャンバー内温度: 277.15 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 実像数: 12908 / 平均露光時間: 1.95 sec. / 平均電子線量: 49.5 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | C2レンズ絞り径: 50.0 µm / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス(公称値): 4.0 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 0.6 µm / 倍率(公称値): 105000 |
試料ステージ | 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |