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万見
- EMDB-50628: Structure of heteromeric amyloid filament of TDP-43 and AXNA11 fr... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-50628
タイトルStructure of heteromeric amyloid filament of TDP-43 and AXNA11 from FTLD-TDP Type C (variant 1)
マップデータheteromeric amyloid filament composed of TDP-43 and AXNA11 from FTLD-TDP type C variant 1 map
試料
  • 組織: Heteromeric amyloid filament of TDP-43 and AXNA11 from FTLD-TDP Type C (variant 1)
    • タンパク質・ペプチド: TAR DNA-binding protein 43
    • タンパク質・ペプチド: Annexin A11
キーワードTDP-43 / ANXA11 / amyloid / heteromeric amyloid / FTLD-TDP / FTLD-TDP Type C / neurodegeneration / neurodegenerative disease / dementia / brain / PROTEIN FIBRIL / filament
機能・相同性
機能・相同性情報


cytokinetic process / nuclear inner membrane organization / interchromatin granule / perichromatin fibrils / 3'-UTR-mediated mRNA destabilization / specific granule / calcium-dependent phospholipid binding / phosphatidylethanolamine binding / S100 protein binding / vesicle membrane ...cytokinetic process / nuclear inner membrane organization / interchromatin granule / perichromatin fibrils / 3'-UTR-mediated mRNA destabilization / specific granule / calcium-dependent phospholipid binding / phosphatidylethanolamine binding / S100 protein binding / vesicle membrane / azurophil granule / 3'-UTR-mediated mRNA stabilization / intracellular membraneless organelle / phosphatidylserine binding / negative regulation by host of viral transcription / phagocytosis / phagocytic vesicle / pre-mRNA intronic binding / response to endoplasmic reticulum stress / RNA splicing / negative regulation of protein phosphorylation / mRNA 3'-UTR binding / molecular condensate scaffold activity / regulation of circadian rhythm / regulation of protein stability / positive regulation of insulin secretion / positive regulation of protein import into nucleus / spindle / response to calcium ion / cytoplasmic stress granule / mRNA processing / calcium-dependent protein binding / rhythmic process / melanosome / MHC class II protein complex binding / nuclear envelope / double-stranded DNA binding / midbody / regulation of gene expression / collagen-containing extracellular matrix / regulation of apoptotic process / amyloid fibril formation / regulation of cell cycle / nuclear speck / RNA polymerase II cis-regulatory region sequence-specific DNA binding / negative regulation of gene expression / lipid binding / calcium ion binding / chromatin / mitochondrion / DNA binding / RNA binding / extracellular exosome / nucleoplasm / identical protein binding / membrane / nucleus / plasma membrane / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Annexin A11 / TAR DNA-binding protein 43, N-terminal / : / TAR DNA-binding protein 43, N-terminal domain / TAR DNA-binding protein 43, C-terminal / Annexin repeat, conserved site / Annexin repeat signature. / Annexin / Annexin / Annexin repeats ...Annexin A11 / TAR DNA-binding protein 43, N-terminal / : / TAR DNA-binding protein 43, N-terminal domain / TAR DNA-binding protein 43, C-terminal / Annexin repeat, conserved site / Annexin repeat signature. / Annexin / Annexin / Annexin repeats / Annexin repeat / Annexin superfamily / Annexin repeat profile. / RNA recognition motif / RNA recognition motif / Eukaryotic RNA Recognition Motif (RRM) profile. / RNA recognition motif domain / RNA-binding domain superfamily / Nucleotide-binding alpha-beta plait domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Annexin A11 / TAR DNA-binding protein 43
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法らせん対称体再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.75 Å
データ登録者Arseni D / Ryskeldi-Falcon B
資金援助 英国, 1件
OrganizationGrant number国
Medical Research Council (MRC, United Kingdom) 英国
引用ジャーナル: bioRxiv / 年: 2024
タイトル: Heteromeric amyloid filaments of ANXA11 and TDP-43 in FTLD-TDP Type C.
著者: Diana Arseni / Takashi Nonaka / Max H Jacobsen / Alexey G Murzin / Laura Cracco / Sew Y Peak-Chew / Holly J Garringer / Ito Kawakami / Hisaomi Suzuki / Misumoto Onaya / Yuko Saito / Shigeo ...著者: Diana Arseni / Takashi Nonaka / Max H Jacobsen / Alexey G Murzin / Laura Cracco / Sew Y Peak-Chew / Holly J Garringer / Ito Kawakami / Hisaomi Suzuki / Misumoto Onaya / Yuko Saito / Shigeo Murayama / Changiz Geula / Ruben Vidal / Kathy L Newell / Marsel Mesulam / Bernardino Ghetti / Masato Hasegawa / Benjamin Ryskeldi-Falcon
要旨: Neurodegenerative diseases are characterised by the abnormal filamentous assembly of specific proteins in the central nervous system . Human genetic studies established a causal role for protein ...Neurodegenerative diseases are characterised by the abnormal filamentous assembly of specific proteins in the central nervous system . Human genetic studies established a causal role for protein assembly in neurodegeneration . However, the underlying molecular mechanisms remain largely unknown, which is limiting progress in developing clinical tools for these diseases. Recent advances in electron cryo-microscopy (cryo-EM) have enabled the structures of the protein filaments to be determined from patient brains . All diseases studied to date have been characterised by the self-assembly of a single intracellular protein in homomeric amyloid filaments, including that of TAR DNA-binding protein 43 (TDP-43) in amyotrophic lateral sclerosis (ALS) and frontotemporal lobar degeneration with TDP-43 inclusions (FTLD-TDP) Types A and B . Here, we used cryo-EM to determine filament structures from the brains of individuals with FTLD-TDP Type C, one of the most common forms of sporadic FTLD-TDP. Unexpectedly, the structures revealed that a second protein, annexin A11 (ANXA11), co-assembles with TDP-43 in heteromeric amyloid filaments. The ordered filament fold is formed by TDP-43 residues G282/284-N345 and ANXA11 residues L39-L74 from their respective low-complexity domains (LCDs). Regions of TDP-43 and ANXA11 previously implicated in protein-protein interactions form an extensive hydrophobic interface at the centre of the filament fold. Immunoblots of the filaments revealed that the majority of ANXA11 exists as a ∼22 kDa N-terminal fragment (NTF) lacking the annexin core domain. Immunohistochemistry of brain sections confirmed the co-localisation of ANXA11 and TDP-43 in inclusions, redefining the histopathology of FTLD-TDP Type C. This work establishes a central role for ANXA11 in FTLD-TDP Type C. The unprecedented formation of heteromeric amyloid filaments in human brain revises our understanding of amyloid assembly and may be of significance for the pathogenesis of neurodegenerative diseases.
履歴
登録2024年6月12日-
ヘッダ(付随情報) 公開2024年7月24日-
マップ公開2024年7月24日-
更新2024年10月23日-
現状2024年10月23日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_50628.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_50628.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 64 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈heteromeric amyloid filament composed of TDP-43 and AXNA11 from FTLD-TDP type C variant 1 map
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
0.86 Å/pix.
x 256 pix.
= 220.16 Å		0.86 Å/pix.
x 256 pix.
= 220.16 Å		0.86 Å/pix.
x 256 pix.
= 220.16 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.86 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.0171
最小 - 最大-0.04762734 - 0.0918991
平均 (標準偏差)0.00014957535 (±0.0047506997)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ256256256
Spacing256256256
セルA=B=C: 220.16 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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マスク #1

ファイルemd_50628_msk_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: heteromeric amyloid filament composed of TDP-43 and AXNA11...

ファイルemd_50628_half_map_1.map
注釈heteromeric amyloid filament composed of TDP-43 and AXNA11 from FTLD-TDP type C variant 1 half 2
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: heteromeric amyloid filament composed of TDP-43 and AXNA11...

ファイルemd_50628_half_map_2.map
注釈heteromeric amyloid filament composed of TDP-43 and AXNA11 from FTLD-TDP type C variant 1 half 1
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Heteromeric amyloid filament of TDP-43 and AXNA11 from FTLD-TDP T...

全体名称: Heteromeric amyloid filament of TDP-43 and AXNA11 from FTLD-TDP Type C (variant 1)
要素
  • 組織: Heteromeric amyloid filament of TDP-43 and AXNA11 from FTLD-TDP Type C (variant 1)
    • タンパク質・ペプチド: TAR DNA-binding protein 43
    • タンパク質・ペプチド: Annexin A11

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超分子 #1: Heteromeric amyloid filament of TDP-43 and AXNA11 from FTLD-TDP T...

超分子名称: Heteromeric amyloid filament of TDP-43 and AXNA11 from FTLD-TDP Type C (variant 1)
タイプ: tissue / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト) / 組織: Brain

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分子 #1: TAR DNA-binding protein 43

分子名称: TAR DNA-binding protein 43 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 5 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト) / 組織: Brain
分子量理論値: 6.027645 KDa
配列文字列:
GNQGGFGNSR GGGAGLGNNQ GSNMGGGMNF GAFSINPAMM AAAQAALQSS WGMMGMLASQ QN

UniProtKB: TAR DNA-binding protein 43

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分子 #2: Annexin A11

分子名称: Annexin A11 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 5 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト) / 組織: Brain
分子量理論値: 3.805148 KDa
配列文字列:
LDNVATYAGQ FNQDYLSGMA ANMSGTFGGA NMPNLY

UniProtKB: Annexin A11

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析らせん対称体再構成法
試料の集合状態filament

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試料調製

緩衝液pH: 7.4
凍結凍結剤: ETHANE
詳細Heteromeric amyloid filament of TDP-43 and AXNA11 from FTLD-TDP Type C (variant 1)

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電子顕微鏡法

顕微鏡TFS KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k)
平均電子線量: 38.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.2 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.0 µm
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

最終 再構成想定した対称性 - らせんパラメータ - Δz: 4.98 Å
想定した対称性 - らせんパラメータ - ΔΦ: -1.83 °
想定した対称性 - らせんパラメータ - 軸対称性: C1 (非対称)
解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 2.75 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 5) / 使用した粒子像数: 18020
初期モデルモデルのタイプ: NONE
最終 角度割当タイプ: NOT APPLICABLE

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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