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- EMDB-50546: Cryo-EM structure of Influenza B/Washington/02/2019 virus hemaggl... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-50546
タイトルCryo-EM structure of Influenza B/Washington/02/2019 virus hemagglutinin in complex with single-domain antibody hVHH-69.
マップデータAnisotropic sharpened map of Influenza B/Washington/02/2019 hemagglutinin in complex with hVHH-69, used for model refinement in Phenix.
試料
  • 複合体: Complex between Influenza B/Washington/02/2019 virus hemagglutinin and single-domain antibody hVHH-69
    • タンパク質・ペプチド: Hemagglutinin
    • タンパク質・ペプチド: Single-domain antibody hVHH-69
  • リガンド: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
キーワードhemagglutinin / single-domain antibody / complex / ANTIVIRAL PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


viral budding from plasma membrane / host cell surface receptor binding / endocytosis involved in viral entry into host cell / fusion of virus membrane with host plasma membrane / fusion of virus membrane with host endosome membrane / viral envelope / virion attachment to host cell / host cell plasma membrane / virion membrane / membrane
類似検索 - 分子機能
Haemagglutinin, influenzavirus B / Haemagglutinin, HA1 chain, alpha/beta domain superfamily / Haemagglutinin / Haemagglutinin, influenzavirus A/B / Viral capsid/haemagglutinin protein
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Influenza B virus (B型インフルエンザウイルス) / Lama glama (ラマ)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.93 Å
データ登録者Felix J / Matthys A / Savvides SN / Saelens X
資金援助 ベルギー, 3件
OrganizationGrant number国
Research Foundation - Flanders (FWO)1S93223N ベルギー
Other privateFlanders Institute for Biotechnology (VIB) grant C0101
Other privateFlanders Institute for Biotechnology (VIB) grant C0301
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2025
タイトル: Single-domain antibodies directed against hemagglutinin and neuraminidase protect against influenza B viruses
著者: Matthys A / Felix J / Catani JPP / Roose K / Nerinckx W / Van Buyten B / Fijalkowska D / Callewaert N / Savvides SN / Saelens X
履歴
登録2024年6月5日-
ヘッダ(付随情報) 公開2025年7月9日-
マップ公開2025年7月9日-
更新2025年7月9日-
現状2025年7月9日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_50546.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_50546.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 178 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Anisotropic sharpened map of Influenza B/Washington/02/2019 hemagglutinin in complex with hVHH-69, used for model refinement in Phenix.
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸X (Sec.)Y (Row.)Z (Col.)
0.72 Å/pix.
x 360 pix.
= 259.2 Å		0.72 Å/pix.
x 360 pix.
= 259.2 Å		0.72 Å/pix.
x 360 pix.
= 259.2 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.72 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.08
最小 - 最大-0.22885256 - 0.39110792
平均 (標準偏差)0.00018461127 (±0.010661536)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderZYX
Origin000
サイズ360360360
Spacing360360360
セルA=B=C: 259.2 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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マスク #1

ファイルemd_50546_msk_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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追加マップ: Unsharpened, unfiltered full map of Influenza B/Washington/02/2019 hemagglutinin...

ファイルemd_50546_additional_1.map
注釈Unsharpened, unfiltered full map of Influenza B/Washington/02/2019 hemagglutinin in complex with hVHH-69, used for map and model validation.
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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追加マップ: DeepEMhancer sharpened map of Influenza B/Washington/02/2019 hemagglutinin in...

ファイルemd_50546_additional_2.map
注釈DeepEMhancer sharpened map of Influenza B/Washington/02/2019 hemagglutinin in complex with hVHH-69, used for model building and map visualization.
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: Half map 2 of Influenza B/Washington/02/2019 hemagglutinin in...

ファイルemd_50546_half_map_1.map
注釈Half map 2 of Influenza B/Washington/02/2019 hemagglutinin in complex with hVHH-69.
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: Half map 1 of Influenza B/Washington/02/2019 hemagglutinin in...

ファイルemd_50546_half_map_2.map
注釈Half map 1 of Influenza B/Washington/02/2019 hemagglutinin in complex with hVHH-69.
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Complex between Influenza B/Washington/02/2019 virus hemagglutini...

全体名称: Complex between Influenza B/Washington/02/2019 virus hemagglutinin and single-domain antibody hVHH-69
要素
  • 複合体: Complex between Influenza B/Washington/02/2019 virus hemagglutinin and single-domain antibody hVHH-69
    • タンパク質・ペプチド: Hemagglutinin
    • タンパク質・ペプチド: Single-domain antibody hVHH-69
  • リガンド: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose

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超分子 #1: Complex between Influenza B/Washington/02/2019 virus hemagglutini...

超分子名称: Complex between Influenza B/Washington/02/2019 virus hemagglutinin and single-domain antibody hVHH-69
タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#2
由来(天然)生物種: Influenza B virus (B型インフルエンザウイルス)
分子量理論値: 270 KDa

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分子 #1: Hemagglutinin

分子名称: Hemagglutinin / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Influenza B virus (B型インフルエンザウイルス)
分子量理論値: 65.530621 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: MPMGSLQPLA TLYLLGMLVA SVLGDRICTG ITSSNSPHVV KTATQGEVNV TGVIPLTTTP TKSHFANLKG TETRGKLCPK CLNCTDLDV ALGRPKCTGK IPSARVSILH EVRPVTSGCF PIMHDRTKIR QLPNLLRGYE HVRLSTHNVI NAEDAPGRPY E IGTSGSCP ...文字列:
MPMGSLQPLA TLYLLGMLVA SVLGDRICTG ITSSNSPHVV KTATQGEVNV TGVIPLTTTP TKSHFANLKG TETRGKLCPK CLNCTDLDV ALGRPKCTGK IPSARVSILH EVRPVTSGCF PIMHDRTKIR QLPNLLRGYE HVRLSTHNVI NAEDAPGRPY E IGTSGSCP NITNGNGFFA TMAWAVPKNK TATNPLTIEV PYICTEGEDQ ITVWGFHSDN ETQMAKLYGD SKPQKFTSSA NG VTTHYVS QIGGFPNQTE DGGLPQSGRI VVDYMVQKSG KTGTITYQRG ILLPQKVWCA SGRSKVIKGS LPLIGEADCL HEK YGGLNK SKPYYTGEHA KAIGNCPIWV KTPLKLANGT KYRPPAKLLK ERGFFGAIAG FLEGGWEGMI AGWHGYTSHG AHGV AVAAD LKSTQEAINK ITKNLNSLSE LEVKNLQRLS GAMDELHNEI LELDEKVDDL RADTISSQIE LAVLLSNEGI INSED EHLL ALERKLKKML GPSAVEIGNG CFETKHKCNQ TCLDRIAAGT FDAGEFSLPT FDSLNITAAS LNDDGLDNHT ISGKRM KQI EDKIEEIESK QKKIENEIAR IKKLIGERSA WSHPQFEK

UniProtKB: Hemagglutinin

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分子 #2: Single-domain antibody hVHH-69

分子名称: Single-domain antibody hVHH-69 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Lama glama (ラマ)
分子量理論値: 13.521857 KDa
組換発現生物種: Komagataella phaffii (菌類)
配列文字列:
DVQLVESGGG LVQPGGSLRL SCAASGLVDS ANVAWFRQAP GKEREFVAAV KWRSGSTIYA DSVEGRFTIS RDNAKSTVYL QMNSLRPED TAVYYCAANQ WYSGGYYGEK NYDYWGQGTL VTVSS

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分子 #3: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose

分子名称: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / タイプ: ligand / ID: 3 / コピー数: 6 / 式: NAG
分子量理論値: 221.208 Da
Chemical component information

ChemComp-NAG:
2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-アセチル-β-D-グルコサミン

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度0.4 mg/mL
緩衝液pH: 7.4
構成要素:
濃度名称
0.137 MSodium chloride
0.0027 MPotassium Chloride
0.01 MSodium Phosphate Dibasic
0.0018 MPotassium Phosphate Monobasic
グリッドモデル: Quantifoil R2/1 / 材質: COPPER / メッシュ: 300 / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: HOLEY / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡JEOL CRYO ARM 300
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 4352 / 平均電子線量: 60.0 e/Å2
詳細: Images were collected at 40 degree tilt to overcome preferred orientations.
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.5 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 0.5 µm

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画像解析

粒子像選択選択した数: 4124258
CTF補正ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 4.2) / タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
初期モデルモデルのタイプ: NONE
最終 再構成使用したクラス数: 1 / 想定した対称性 - 点群: C3 (3回回転対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 2.93 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 4.2) / 使用した粒子像数: 157829
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 4.2)
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 4.2)
最終 3次元分類クラス数: 2 / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 4.2)
FSC曲線 (解像度の算出)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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