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- EMDB-50511: Cryo-EM structure of Mycobacterium tuberculosis sigma-B RNA polym... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-50511
タイトルCryo-EM structure of Mycobacterium tuberculosis sigma-B RNA polymerase bound to -10 promoter element ssDNA oligo - sigma-B udocked conformation
マップデータprimary map
試料
  • 複合体: RNA polymerase holoenzyme bound to -10 promoter element ssDNA oligo
    • タンパク質・ペプチド: DNA-directed RNA polymerase subunit alpha
    • タンパク質・ペプチド: DNA-directed RNA polymerase subunit beta
    • タンパク質・ペプチド: DNA-directed RNA polymerase subunit beta'
    • タンパク質・ペプチド: DNA-directed RNA polymerase subunit omega
    • タンパク質・ペプチド: RNA polymerase sigma factor SigB
    • DNA: DNA (17-MER)
  • リガンド: ZINC ION
  • リガンド: MAGNESIUM ION
キーワードRNA polymerase / sigma factor / SigB / stress response / -10 promoter element / promoter recognition / tuberculosis / TRANSCRIPTION
機能・相同性
機能・相同性情報


RNA polymerase core enzyme binding / Antimicrobial action and antimicrobial resistance in Mtb / sigma factor activity / bacterial-type RNA polymerase core enzyme binding / cytosolic DNA-directed RNA polymerase complex / DNA-directed RNA polymerase complex / peptidoglycan-based cell wall / DNA-templated transcription initiation / : / : ...RNA polymerase core enzyme binding / Antimicrobial action and antimicrobial resistance in Mtb / sigma factor activity / bacterial-type RNA polymerase core enzyme binding / cytosolic DNA-directed RNA polymerase complex / DNA-directed RNA polymerase complex / peptidoglycan-based cell wall / DNA-templated transcription initiation / : / : / : / : / : / : / ribonucleoside binding / DNA-directed RNA polymerase / response to heat / response to hypoxia / protein dimerization activity / response to xenobiotic stimulus / response to antibiotic / positive regulation of DNA-templated transcription / magnesium ion binding / DNA binding / zinc ion binding / plasma membrane / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Sigma-70 factors family signature 1. / : / RNA polymerase sigma-70 region 1.2 / Sigma-70 factor, region 1.2 / RNA polymerase sigma-70 region 3 / Sigma-70 region 3 / Sigma-70 factors family signature 2. / RNA polymerase sigma-70 / RNA polymerase sigma-70 region 4 / Sigma-70, region 4 ...Sigma-70 factors family signature 1. / : / RNA polymerase sigma-70 region 1.2 / Sigma-70 factor, region 1.2 / RNA polymerase sigma-70 region 3 / Sigma-70 region 3 / Sigma-70 factors family signature 2. / RNA polymerase sigma-70 / RNA polymerase sigma-70 region 4 / Sigma-70, region 4 / RNA polymerase sigma-70 region 2 / RNA polymerase sigma-70 like domain / Sigma-70 region 2 / RNA polymerase sigma factor, region 2 / RNA polymerase sigma factor, region 3/4-like / DNA-directed RNA polymerase, omega subunit / DNA-directed RNA polymerase, subunit beta-prime, bacterial type / DNA-directed RNA polymerase, beta subunit, external 1 domain superfamily / DNA-directed RNA polymerase, beta subunit, external 1 domain / RNA polymerase beta subunit external 1 domain / RNA polymerase, alpha subunit, C-terminal / Bacterial RNA polymerase, alpha chain C terminal domain / DNA-directed RNA polymerase, alpha subunit / DNA-directed RNA polymerase beta subunit, bacterial-type / DNA-directed RNA polymerase, subunit beta-prime / RNA polymerase Rpb6 / RNA polymerase, subunit omega/Rpo6/RPB6 / RNA polymerase Rpb6 / RNA polymerase Rpb2, domain 2 superfamily / RNA polymerase Rpb1, domain 3 superfamily / RPB6/omega subunit-like superfamily / DNA-directed RNA polymerase, insert domain / DNA-directed RNA polymerase, RpoA/D/Rpb3-type / RNA polymerase Rpb3/RpoA insert domain / RNA polymerase Rpb3/Rpb11 dimerisation domain / RNA polymerases D / RNA polymerase Rpb1, clamp domain superfamily / RNA polymerase Rpb1, domain 3 / RNA polymerase Rpb1, domain 3 / RNA polymerase Rpb1, domain 1 / RNA polymerase, beta subunit, protrusion / RNA polymerase beta subunit / RNA polymerase Rpb1, domain 1 / RNA polymerase, alpha subunit / RNA polymerase Rpb1, domain 5 / RNA polymerase Rpb1, domain 4 / DNA-directed RNA polymerase, insert domain superfamily / RNA polymerase Rpb1, domain 2 / RNA polymerase Rpb1, domain 5 / RNA polymerase Rpb1, domain 4 / RNA polymerase Rpb2, domain 2 / RNA polymerase Rpb2, domain 2 / RNA polymerase, RBP11-like subunit / RNA polymerase, N-terminal / RNA polymerase Rpb1, funnel domain superfamily / RNA polymerase I subunit A N-terminus / RNA polymerase, beta subunit, conserved site / RNA polymerase Rpb2, domain 7 / RNA polymerase Rpb2, domain 3 / RNA polymerase Rpb2, OB-fold / RNA polymerase Rpb2, domain 7 / RNA polymerase Rpb2, domain 3 / RNA polymerases beta chain signature. / DNA-directed RNA polymerase, subunit 2, hybrid-binding domain / DNA-directed RNA polymerase, subunit 2 / DNA-directed RNA polymerase, subunit 2, hybrid-binding domain superfamily / RNA polymerase Rpb2, domain 6 / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
RNA polymerase sigma factor SigB / DNA-directed RNA polymerase subunit omega / DNA-directed RNA polymerase subunit beta' / DNA-directed RNA polymerase subunit beta / DNA-directed RNA polymerase subunit alpha
類似検索 - 構成要素
生物種Mycobacterium tuberculosis H37Rv (結核菌) / Escherichia coli (大腸菌)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.48 Å
データ登録者Brodolin K / Blaise M
資金援助 フランス, 3件
OrganizationGrant number国
Agence Nationale de la Recherche (ANR)ANR-20-CE44-0020-01 フランス
Agence Nationale de la Recherche (ANR)ANR-16-CE11-0025 フランス
Instruct-ERIC Center (Strasbourg Centre)19348 フランス
引用ジャーナル: Nucleic Acids Res / 年: 2018
タイトル: RbpA relaxes promoter selectivity of M. tuberculosis RNA polymerase.
著者: Ayyappasamy Sudalaiyadum Perumal / Rishi Kishore Vishwakarma / Yangbo Hu / Zakia Morichaud / Konstantin Brodolin /
要旨: The transcriptional activator RbpA associates with Mycobacterium tuberculosis RNA polymerase (MtbRNAP) during transcription initiation, and stimulates formation of the MtbRNAP-promoter open complex ...The transcriptional activator RbpA associates with Mycobacterium tuberculosis RNA polymerase (MtbRNAP) during transcription initiation, and stimulates formation of the MtbRNAP-promoter open complex (RPo). Here, we explored the influence of promoter motifs on RbpA-mediated activation of MtbRNAP containing the stress-response σB subunit. We show that both the 'extended -10' promoter motif (T-17G-16T-15G-14) and RbpA stabilized RPo and allowed promoter opening at suboptimal temperatures. Furthermore, in the presence of the T-17G-16T-15G-14 motif, RbpA was dispensable for RNA synthesis initiation, while exerting a stabilization effect on RPo. On the other hand, RbpA compensated for the lack of sequence-specific interactions of domains 3 and 4 of σB with the extended -10 and the -35 motifs, respectively. Mutations of the positively charged residues K73, K74 and R79 in RbpA basic linker (BL) had little effect on RPo formation, but affected MtbRNAP capacity for de novo transcription initiation. We propose that RbpA stimulates transcription by strengthening the non-specific interaction of the σ subunit with promoter DNA upstream of the -10 element, and by indirectly optimizing MtbRNAP interaction with initiation substrates. Consequently, RbpA renders MtbRNAP promiscuous in promoter selection, thus compensating for the weak conservation of the -35 motif in mycobacteria.
履歴
登録2024年5月31日-
ヘッダ(付随情報) 公開2025年4月2日-
マップ公開2025年4月2日-
更新2025年5月7日-
現状2025年5月7日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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添付画像

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_50511.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 178 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
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x 360 pix.
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表面レベル登録者による: 0.115
最小 - 最大-0.5259665 - 0.978114
平均 (標準偏差)0.002375959 (±0.025733074)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ360360360
Spacing360360360
セルA=B=C: 310.32 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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マスク #1

ファイルemd_50511_msk_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

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ファイルemd_50511_additional_1.map
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軸ZYX

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ハーフマップ: half-map A

ファイルemd_50511_half_map_1.map
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ハーフマップ: half-map B

ファイルemd_50511_half_map_2.map
注釈half-map B
投影像・断面図
軸ZYX

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密度ヒストグラム

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試料の構成要素

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全体 : RNA polymerase holoenzyme bound to -10 promoter element ssDNA oligo

全体名称: RNA polymerase holoenzyme bound to -10 promoter element ssDNA oligo
要素
  • 複合体: RNA polymerase holoenzyme bound to -10 promoter element ssDNA oligo
    • タンパク質・ペプチド: DNA-directed RNA polymerase subunit alpha
    • タンパク質・ペプチド: DNA-directed RNA polymerase subunit beta
    • タンパク質・ペプチド: DNA-directed RNA polymerase subunit beta'
    • タンパク質・ペプチド: DNA-directed RNA polymerase subunit omega
    • タンパク質・ペプチド: RNA polymerase sigma factor SigB
    • DNA: DNA (17-MER)
  • リガンド: ZINC ION
  • リガンド: MAGNESIUM ION

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超分子 #1: RNA polymerase holoenzyme bound to -10 promoter element ssDNA oligo

超分子名称: RNA polymerase holoenzyme bound to -10 promoter element ssDNA oligo
タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#6
由来(天然)生物種: Mycobacterium tuberculosis H37Rv (結核菌)
分子量理論値: 406 KDa

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分子 #1: DNA-directed RNA polymerase subunit alpha

分子名称: DNA-directed RNA polymerase subunit alpha / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO / EC番号: DNA-directed RNA polymerase
由来(天然)生物種: Mycobacterium tuberculosis H37Rv (結核菌)
分子量理論値: 37.745328 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
配列文字列: MLISQRPTLS EDVLTDNRSQ FVIEPLEPGF GYTLGNSLRR TLLSSIPGAA VTSIRIDGVL HEFTTVPGVK EDVTEIILNL KSLVVSSEE DEPVTMYLRK QGPGEVTAGD IVPPAGVTVH NPGMHIATLN DKGKLEVELV VERGRGYVPA VQNRASGAEI G RIPVDSIY ...文字列:
MLISQRPTLS EDVLTDNRSQ FVIEPLEPGF GYTLGNSLRR TLLSSIPGAA VTSIRIDGVL HEFTTVPGVK EDVTEIILNL KSLVVSSEE DEPVTMYLRK QGPGEVTAGD IVPPAGVTVH NPGMHIATLN DKGKLEVELV VERGRGYVPA VQNRASGAEI G RIPVDSIY SPVLKVTYKV DATRVEQRTD FDKLILDVET KNSISPRDAL ASAGKTLVEL FGLARELNVE AEGIEIGPSP AE ADHIASF ALPIDDLDLT VRSYNCLKRE GVHTVGELVA RTESDLLDIR NFGQKSIDEV KIKLHQLGLS LKDSPPSFDP SEV AGYDVA TGTWSTEGAY DEQDYAETEQ L

UniProtKB: DNA-directed RNA polymerase subunit alpha

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分子 #2: DNA-directed RNA polymerase subunit beta

分子名称: DNA-directed RNA polymerase subunit beta / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO / EC番号: DNA-directed RNA polymerase
由来(天然)生物種: Mycobacterium tuberculosis H37Rv (結核菌)
分子量理論値: 129.602344 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
配列文字列: MVLADSRQSK TAASPSPSRP QSSSNNSVPG APNRVSFAKL REPLEVPGLL DVQTDSFEWL IGSPRWRESA AERGDVNPVG GLEEVLYEL SPIEDFSGSM SLSFSDPRFD DVKAPVDECK DKDMTYAAPL FVTAEFINNN TGEIKSQTVF MGDFPMMTEK G TFIINGTE ...文字列:
MVLADSRQSK TAASPSPSRP QSSSNNSVPG APNRVSFAKL REPLEVPGLL DVQTDSFEWL IGSPRWRESA AERGDVNPVG GLEEVLYEL SPIEDFSGSM SLSFSDPRFD DVKAPVDECK DKDMTYAAPL FVTAEFINNN TGEIKSQTVF MGDFPMMTEK G TFIINGTE RVVVSQLVRS PGVYFDETID KSTDKTLHSV KVIPSRGAWL EFDVDKRDTV GVRIDRKRRQ PVTVLLKALG WT SEQIVER FGFSEIMRST LEKDNTVGTD EALLDIYRKL RPGEPPTKES AQTLLENLFF KEKRYDLARV GRYKVNKKLG LHV GEPITS STLTEEDVVA TIEYLVRLHE GQTTMTVPGG VEVPVETDDI DHFGNRRLRT VGELIQNQIR VGMSRMERVV RERM TTQDV EAITPQTLIN IRPVVAAIKE FFGTSQLSQF MDQNNPLSGL THKRRLSALG PGGLSRERAG LEVRDVHPSH YGRMC PIET PEGPNIGLIG SLSVYARVNP FGFIETPYRK VVDGVVSDEI VYLTADEEDR HVVAQANSPI DADGRFVEPR VLVRRK AGE VEYVPSSEVD YMDVSPRQMV SVATAMIPFL EHDDANRALM GANMQRQAVP LVRSEAPLVG TGMELRAAID AGDVVVA EE SGVIEEVSAD YITVMHDNGT RRTYRMRKFA RSNHGTCANQ CPIVDAGDRV EAGQVIADGP CTDDGEMALG KNLLVAIM P WEGHNYEDAI ILSNRLVEED VLTSIHIEEH EIDARDTKLG AEEITRDIPN ISDEVLADLD ERGIVRIGAE VRDGDILVG KVTPKGETEL TPEERLLRAI FGEKAREVRD TSLKVPHGES GKVIGIRVFS REDEDELPAG VNELVRVYVA QKRKISDGDK LAGRHGNKG VIGKILPVED MPFLADGTPV DIILNTHGVP RRMNIGQILE THLGWCAHSG WKVDAAKGVP DWAARLPDEL L EAQPNAIV STPVFDGAQE AELQGLLSCT LPNRDGDVLV DADGKAMLFD GRSGEPFPYP VTVGYMYIMK LHHLVDDKIH AR STGPYSM ITQQPLGGKA QFGGQRFGEM ECWAMQAYGA AYTLQELLTI KSDDTVGRVK VYEAIVKGEN IPEPGIPESF KVL LKELQS LCLNVEVLSS DGAAIELREG EDEDLERAAA NLGINLSRNE SASVEDLA

UniProtKB: DNA-directed RNA polymerase subunit beta

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分子 #3: DNA-directed RNA polymerase subunit beta'

分子名称: DNA-directed RNA polymerase subunit beta' / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO / EC番号: DNA-directed RNA polymerase
由来(天然)生物種: Mycobacterium tuberculosis H37Rv (結核菌)
分子量理論値: 147.438344 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
配列文字列: VNFFDELRIG LATAEDIRQW SYGEVKKPET INYRTLKPEK DGLFCEKIFG PTRDWECYCG KYKRVRFKGI ICERCGVEVT RAKVRRERM GHIELAAPVT HIWYFKGVPS RLGYLLDLAP KDLEKIIYFA AYVITSVDEE MRHNELSTLE AEMAVERKAV E DQRDGELE ...文字列:
VNFFDELRIG LATAEDIRQW SYGEVKKPET INYRTLKPEK DGLFCEKIFG PTRDWECYCG KYKRVRFKGI ICERCGVEVT RAKVRRERM GHIELAAPVT HIWYFKGVPS RLGYLLDLAP KDLEKIIYFA AYVITSVDEE MRHNELSTLE AEMAVERKAV E DQRDGELE ARAQKLEADL AELEAEGAKA DARRKVRDGG EREMRQIRDR AQRELDRLED IWSTFTKLAP KQLIVDENLY RE LVDRYGE YFTGAMGAES IQKLIENFDI DAEAESLRDV IRNGKGQKKL RALKRLKVVA AFQQSGNSPM GMVLDAVPVI PPE LRPMVQ LDGGRFATSD LNDLYRRVIN RNNRLKRLID LGAPEIIVNN EKRMLQESVD ALFDNGRRGR PVTGPGNRPL KSLS DLLKG KQGRFRQNLL GKRVDYSGRS VIVVGPQLKL HQCGLPKLMA LELFKPFVMK RLVDLNHAQN IKSAKRMVER QRPQV WDVL EEVIAEHPVL LNRAPTLHRL GIQAFEPMLV EGKAIQLHPL VCEAFNADFD GDQMAVHLPL SAEAQAEARI LMLSSN NIL SPASGRPLAM PRLDMVTGLY YLTTEVPGDT GEYQPASGDH PETGVYSSPA EAIMAADRGV LSVRAKIKVR LTQLRPP VE IEAELFGHSG WQPGDAWMAE TTLGRVMFNE LLPLGYPFVN KQMHKKVQAA IINDLAERYP MIVVAQTVDK LKDAGFYW A TRSGVTVSMA DVLVPPRKKE ILDHYEERAD KVEKQFQRGA LNHDERNEAL VEIWKEATDE VGQALREHYP DDNPIITIV DSGATGNFTQ TRTLAGMKGL VTNPKGEFIP RPVKSSFREG LTVLEYFINT HGARKGLADT ALRTADSGYL TRRLVDVSQD VIVREHDCQ TERGIVVELA ERAPDGTLIR DPYIETSAYA RTLGTDAVDE AGNVIVERGQ DLGDPEIDAL LAAGITQVKV R SVLTCATS TGVCATCYGR SMATGKLVDI GEAVGIVAAQ SIGEPGTQLT MRTFHQGGVG EDITGGLPRV QELFEARVPR GK APIADVT GRVRLEDGER FYKITIVPDD GGEEVVYDKI SKRQRLRVFK HEDGSERVLS DGDHVEVGQQ LMEGSADPHE VLR VQGPRE VQIHLVREVQ EVYRAQGVSI HDKHIEVIVR QMLRRVTIID SGSTEFLPGS LIDRAEFEAE NRRVVAEGGE PAAG RPVLM GITKASLATD SWLSAASFQE TTRVLTDAAI NCRSDKLNGL KENVIIGKLI PAGTGINRYR NIAVQPTEEA RAAAY TIPS YEDQYYSPDF GAATGAAVPL DDYGYSDYRH HHHHH

UniProtKB: DNA-directed RNA polymerase subunit beta'

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分子 #4: DNA-directed RNA polymerase subunit omega

分子名称: DNA-directed RNA polymerase subunit omega / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO / EC番号: DNA-directed RNA polymerase
由来(天然)生物種: Mycobacterium tuberculosis H37Rv (結核菌)
分子量理論値: 11.85114 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
配列文字列:
MSISQSDASL AAVPAVDQFD PSSGASGGYD TPLGITNPPI DELLDRVSSK YALVIYAAKR ARQINDYYNQ LGEGILEYVG PLVEPGLQE KPLSIALREI HADLLEHTEG E

UniProtKB: DNA-directed RNA polymerase subunit omega

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分子 #5: RNA polymerase sigma factor SigB

分子名称: RNA polymerase sigma factor SigB / タイプ: protein_or_peptide / ID: 5
詳細: Addition of twenty N-terminal residues (MGSSHHHHHHSSGLVPRGSH) including 6xHIS tag
コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Mycobacterium tuberculosis H37Rv (結核菌)
分子量理論値: 38.572773 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
配列文字列: MGSSHHHHHH SSGLVPRGSH MADAPTRATT SRVDSDLDAQ SPAADLVRVY LNGIGKTALL NAAGEVELAK RIEAGLYAEH LLETRKRLG ENRKRDLAAV VRDGEAARRH LLEANLRLVV SLAKRYTGRG MPLLDLIQEG NLGLIRAMEK FDYTKGFKFS T YATWWIRQ ...文字列:
MGSSHHHHHH SSGLVPRGSH MADAPTRATT SRVDSDLDAQ SPAADLVRVY LNGIGKTALL NAAGEVELAK RIEAGLYAEH LLETRKRLG ENRKRDLAAV VRDGEAARRH LLEANLRLVV SLAKRYTGRG MPLLDLIQEG NLGLIRAMEK FDYTKGFKFS T YATWWIRQ AITRGMADQS RTIRLPVHLV EQVNKLARIK REMHQHLGRE ATDEELAAES GIPIDKINDL LEHSRDPVSL DM PVGSEEE APLGDFIEDA EAMSAENAVI AELLHTDIRS VLATLDEREH QVIRLRFGLD DGQPRTLDQI GKLFGLSRER VRQ IERDVM SKLRHGERAD RLRSYAS

UniProtKB: RNA polymerase sigma factor SigB

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分子 #6: DNA (17-MER)

分子名称: DNA (17-MER) / タイプ: dna / ID: 6 / 詳細: synthetic oligonucleotide / コピー数: 1 / 分類: DNA
由来(天然)生物種: Escherichia coli (大腸菌)
分子量理論値: 5.297444 KDa
配列文字列:
(DT)(DG)(DC)(DG)(DT)(DA)(DT)(DA)(DA)(DT) (DG)(DT)(DG)(DT)(DG)(DG)(DA)

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分子 #7: ZINC ION

分子名称: ZINC ION / タイプ: ligand / ID: 7 / コピー数: 2 / 式: ZN
分子量理論値: 65.409 Da

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分子 #8: MAGNESIUM ION

分子名称: MAGNESIUM ION / タイプ: ligand / ID: 8 / コピー数: 1 / 式: MG
分子量理論値: 24.305 Da

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度6 mg/mL
緩衝液pH: 7.9
構成要素:
濃度式名称
20.0 mMC8H18N2O4SHEPES
150.0 mMKClpotassium chloride
5.0 mMMgCl2magnesium chloride
2.0 mMC4H10O2S2dithiothreitol

詳細: 8 mM CHAPSO added before vitrificaion
グリッドモデル: Quantifoil R2/2 / 材質: GOLD / メッシュ: 200 / 前処理 - タイプ: PLASMA CLEANING
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 90 % / チャンバー内温度: 291.15 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 9202 / 平均露光時間: 1.997 sec. / 平均電子線量: 55.735 e/Å2 / 詳細: images were collected in super-resolution mode
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系C2レンズ絞り径: 50.0 µm / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 0.01 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.5 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 0.8 µm / 倍率（公称値）: 81000
試料ステージ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
ホルダー冷却材: NITROGEN
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

粒子像選択選択した数: 695496
CTF補正ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 3.3) / タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
初期モデルモデルのタイプ: OTHER
最終 再構成使用したクラス数: 1 / アルゴリズム: FOURIER SPACE / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.48 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 3.3) / 使用した粒子像数: 67957
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 3.3)
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 3.3)
最終 3次元分類ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 3.3)
FSC曲線 (解像度の算出)

-
原子モデル構築 1

初期モデル
PDB IDChain

7pp4

source_name: PDB, initial_model_type: experimental model
chain_id: f, residue_range: 159-323, source_name: AlphaFold, initial_model_type: in silico model
精密化空間: REAL / プロトコル: RIGID BODY FIT
得られたモデル

PDB-9fjs:
Cryo-EM structure of Mycobacterium tuberculosis sigma-B RNA polymerase bound to -10 promoter element ssDNA oligo - sigma-B undocked conformation

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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