+
データを開く
-
基本情報
| 登録情報 | ![]() | |||||||||||||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| タイトル | Cryo-EM structure of the alpha1beta3gamma2 GABA(A) receptor in complex with GABA and Nb38 in the short-lived asymmetric open1 state | |||||||||||||||||||||
マップデータ | Unsharpened map | |||||||||||||||||||||
試料 |
| |||||||||||||||||||||
キーワード | GABA / neurotransmission / gating cycle / time-resolved cryo-EM / MEMBRANE PROTEIN | |||||||||||||||||||||
| 機能・相同性 | 機能・相同性情報benzodiazepine receptor activity / circadian sleep/wake cycle, REM sleep / reproductive behavior / GABA receptor complex / hard palate development / cellular response to histamine / GABA receptor activation / inner ear receptor cell development / inhibitory synapse assembly / GABA-A receptor activity ...benzodiazepine receptor activity / circadian sleep/wake cycle, REM sleep / reproductive behavior / GABA receptor complex / hard palate development / cellular response to histamine / GABA receptor activation / inner ear receptor cell development / inhibitory synapse assembly / GABA-A receptor activity / GABA-gated chloride ion channel activity / GABA-A receptor complex / innervation / response to anesthetic / postsynaptic specialization membrane / inhibitory postsynaptic potential / gamma-aminobutyric acid signaling pathway / synaptic transmission, GABAergic / cellular response to zinc ion / exploration behavior / chloride channel activity / adult behavior / motor behavior / roof of mouth development / Signaling by ERBB4 / cochlea development / social behavior / chloride channel complex / dendrite membrane / cytoplasmic vesicle membrane / chloride transmembrane transport / cerebellum development / post-embryonic development / learning / transmitter-gated monoatomic ion channel activity involved in regulation of postsynaptic membrane potential / GABA-ergic synapse / memory / dendritic spine / postsynaptic membrane / postsynapse / response to xenobiotic stimulus / axon / cell surface / signal transduction / identical protein binding / plasma membrane 類似検索 - 分子機能 | |||||||||||||||||||||
| 生物種 | Homo sapiens (ヒト) / ![]() | |||||||||||||||||||||
| 手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.1 Å | |||||||||||||||||||||
データ登録者 | Mihaylov DB / Malinauskas T / Aricescu AR | |||||||||||||||||||||
| 資金援助 | 英国, 米国, 6件
| |||||||||||||||||||||
引用 | ジャーナル: Acta Crystallogr D Struct Biol / 年: 2019 タイトル: Macromolecular structure determination using X-rays, neutrons and electrons: recent developments in Phenix. 著者: Dorothee Liebschner / Pavel V Afonine / Matthew L Baker / Gábor Bunkóczi / Vincent B Chen / Tristan I Croll / Bradley Hintze / Li Wei Hung / Swati Jain / Airlie J McCoy / Nigel W Moriarty / ...著者: Dorothee Liebschner / Pavel V Afonine / Matthew L Baker / Gábor Bunkóczi / Vincent B Chen / Tristan I Croll / Bradley Hintze / Li Wei Hung / Swati Jain / Airlie J McCoy / Nigel W Moriarty / Robert D Oeffner / Billy K Poon / Michael G Prisant / Randy J Read / Jane S Richardson / David C Richardson / Massimo D Sammito / Oleg V Sobolev / Duncan H Stockwell / Thomas C Terwilliger / Alexandre G Urzhumtsev / Lizbeth L Videau / Christopher J Williams / Paul D Adams / ![]() 要旨: Diffraction (X-ray, neutron and electron) and electron cryo-microscopy are powerful methods to determine three-dimensional macromolecular structures, which are required to understand biological ...Diffraction (X-ray, neutron and electron) and electron cryo-microscopy are powerful methods to determine three-dimensional macromolecular structures, which are required to understand biological processes and to develop new therapeutics against diseases. The overall structure-solution workflow is similar for these techniques, but nuances exist because the properties of the reduced experimental data are different. Software tools for structure determination should therefore be tailored for each method. Phenix is a comprehensive software package for macromolecular structure determination that handles data from any of these techniques. Tasks performed with Phenix include data-quality assessment, map improvement, model building, the validation/rebuilding/refinement cycle and deposition. Each tool caters to the type of experimental data. The design of Phenix emphasizes the automation of procedures, where possible, to minimize repetitive and time-consuming manual tasks, while default parameters are chosen to encourage best practice. A graphical user interface provides access to many command-line features of Phenix and streamlines the transition between programs, project tracking and re-running of previous tasks. | |||||||||||||||||||||
| 履歴 |
|
-
構造の表示
| 添付画像 |
|---|
-
ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
| マップデータ | emd_50378.map.gz | 17.8 MB | EMDBマップデータ形式 | |
|---|---|---|---|---|
| ヘッダ (付随情報) | emd-50378-v30.xml emd-50378.xml | 31.7 KB 31.7 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
| FSC (解像度算出) | emd_50378_fsc.xml | 7.5 KB | 表示 | FSCデータファイル |
| 画像 | emd_50378.png | 69.2 KB | ||
| マスクデータ | emd_50378_msk_1.map | 35.3 MB | マスクマップ | |
| Filedesc metadata | emd-50378.cif.gz | 8.6 KB | ||
| その他 | emd_50378_additional_1.map.gz emd_50378_half_map_1.map.gz emd_50378_half_map_2.map.gz | 4.5 MB 32.8 MB 32.8 MB | ||
| アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-50378 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-50378 | HTTPS FTP |
-検証レポート
| 文書・要旨 | emd_50378_validation.pdf.gz | 900.8 KB | 表示 | EMDB検証レポート |
|---|---|---|---|---|
| 文書・詳細版 | emd_50378_full_validation.pdf.gz | 900.4 KB | 表示 | |
| XML形式データ | emd_50378_validation.xml.gz | 13.4 KB | 表示 | |
| CIF形式データ | emd_50378_validation.cif.gz | 18.7 KB | 表示 | |
| アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-50378 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-50378 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
| 関連構造データ | ![]() 9ffyMC M: このマップから作成された原子モデル C: 同じ文献を引用 ( |
|---|---|
| 類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性 F&H 検索 |
-
リンク
| EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
|---|---|
| 「今月の分子」の関連する項目 |
-
マップ
| ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_50378.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 35.3 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 注釈 | Unsharpened map | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| 投影像・断面図 | 画像のコントロール
画像は Spider により作成 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.23992 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| 密度 |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| 対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| 詳細 | EMDB XML:
|
-添付データ
-マスク #1
| ファイル | emd_50378_msk_1.map | ||||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 投影像・断面図 |
| ||||||||||||
| 密度ヒストグラム |
-追加マップ: Sharpened map
| ファイル | emd_50378_additional_1.map | ||||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 注釈 | Sharpened map | ||||||||||||
| 投影像・断面図 |
| ||||||||||||
| 密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: One of the half maps
| ファイル | emd_50378_half_map_1.map | ||||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 注釈 | One of the half maps | ||||||||||||
| 投影像・断面図 |
| ||||||||||||
| 密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: One of the half maps
| ファイル | emd_50378_half_map_2.map | ||||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 注釈 | One of the half maps | ||||||||||||
| 投影像・断面図 |
| ||||||||||||
| 密度ヒストグラム |
-
試料の構成要素
-全体 : Cryo-EM structure of the alpha1beta3gamma2 GABA(A) receptor in co...
| 全体 | 名称: Cryo-EM structure of the alpha1beta3gamma2 GABA(A) receptor in complex with GABA and Nb38 in the short-lived asymmetric open1 state |
|---|---|
| 要素 |
|
-超分子 #1: Cryo-EM structure of the alpha1beta3gamma2 GABA(A) receptor in co...
| 超分子 | 名称: Cryo-EM structure of the alpha1beta3gamma2 GABA(A) receptor in complex with GABA and Nb38 in the short-lived asymmetric open1 state タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#4 |
|---|---|
| 由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
| 分子量 | 理論値: 250 KDa |
-分子 #1: Gamma-aminobutyric acid receptor subunit alpha-1
| 分子 | 名称: Gamma-aminobutyric acid receptor subunit alpha-1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO |
|---|---|
| 由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
| 分子量 | 理論値: 47.059648 KDa |
| 組換発現 | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
| 配列 | 文字列: MDEKTTGWRG GHVVEGLAGE LEQLRARLEH HPQGQREPDY DIPTTENLYF QGTGQPSQDE LKDNTTVFTR ILDRLLDGYD NRLRPGLGE RVTEVKTDIF VTSFGPVSDH DMEYTIDVFF RQSWKDERLK FKGPMTVLRL NNLMASKIWT PDTFFHNGKK S VAHNMTMP ...文字列: MDEKTTGWRG GHVVEGLAGE LEQLRARLEH HPQGQREPDY DIPTTENLYF QGTGQPSQDE LKDNTTVFTR ILDRLLDGYD NRLRPGLGE RVTEVKTDIF VTSFGPVSDH DMEYTIDVFF RQSWKDERLK FKGPMTVLRL NNLMASKIWT PDTFFHNGKK S VAHNMTMP NKLLRITEDG TLLYTMRLTV RAECPMHLED FPMDAHACPL KFGSYAYTRA EVVYEWTREP ARSVVVAEDG SR LNQYDLL GQTVDSGIVQ SSTGEYVVMT THFHLKRKIG YFVIQTYLPC IMTVILSQVS FWLNRESVPA RTVFGVTTVL TMT TLSISA RNSLPKVAYA TAMDWFIAVC YAFVFSALIE FATVNYFTKS QPARAAKIDR LSRIAFPLLF GIFNLVYWAT YLNR EPQLK APTPHQ UniProtKB: Gamma-aminobutyric acid receptor subunit alpha-1, Gamma-aminobutyric acid receptor subunit alpha-1 |
-分子 #2: Gamma-aminobutyric acid receptor subunit beta-3
| 分子 | 名称: Gamma-aminobutyric acid receptor subunit beta-3 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO |
|---|---|
| 由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
| 分子量 | 理論値: 45.643246 KDa |
| 組換発現 | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
| 配列 | 文字列: MDEKTTGWRG GHVVEGLAGE LEQLRARLEH HPQGQREPDY DIPTTENLYF QGTGQSVNDP GNMSFVKETV DKLLKGYDIR LRPDFGGPP VCVGMNIDIA SIDMVSEVNM DYTLTMYFQQ YWRDKRLAYS GIPLNLTLDN RVADQLWVPD TYFLNDKKSF V HGVTVKNR ...文字列: MDEKTTGWRG GHVVEGLAGE LEQLRARLEH HPQGQREPDY DIPTTENLYF QGTGQSVNDP GNMSFVKETV DKLLKGYDIR LRPDFGGPP VCVGMNIDIA SIDMVSEVNM DYTLTMYFQQ YWRDKRLAYS GIPLNLTLDN RVADQLWVPD TYFLNDKKSF V HGVTVKNR MIRLHPDGTV LYGLRITTTA ACMMDLRRYP LDEQNCTLEI ESYGYTTDDI EFYWRGGDKA VTGVERIELP QF SIVEHRL VSRNVVFATG AYPRLSLSFR LKRNIGYFIL QTYMPSILIT ILSWVSFWIN YDASAARVAL GITTVLTMTT INT HLRETL PKIPYVKAID MYLMGCFVFV FLALLEYAFV NYIFFSQPAR AAAIDRWSRI VFPFTFSLFN LVYWLYYVN UniProtKB: Gamma-aminobutyric acid receptor subunit beta-3, Gamma-aminobutyric acid receptor subunit beta-3 |
-分子 #3: Isoform 1 of Gamma-aminobutyric acid receptor subunit gamma-2
| 分子 | 名称: Isoform 1 of Gamma-aminobutyric acid receptor subunit gamma-2 タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO |
|---|---|
| 由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
| 分子量 | 理論値: 42.957027 KDa |
| 組換発現 | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
| 配列 | 文字列: TGQKSDDDYE DYTSNKTWVL TPKVPEGDVT VILNNLLEGY DNKLRPDIGV KPTLIHTDMY VNSIGPVNAI NMEYTIDIFF AQTWYDRRL KFNSTIKVLR LNSNMVGKIW IPDTFFRNSK KADAHWITTP NRMLRIWNDG RVLYTLRLTI DAECQLQLHN F PMDEHSCP ...文字列: TGQKSDDDYE DYTSNKTWVL TPKVPEGDVT VILNNLLEGY DNKLRPDIGV KPTLIHTDMY VNSIGPVNAI NMEYTIDIFF AQTWYDRRL KFNSTIKVLR LNSNMVGKIW IPDTFFRNSK KADAHWITTP NRMLRIWNDG RVLYTLRLTI DAECQLQLHN F PMDEHSCP LEFSSYGYPR EEIVYQWKRS SVEVGDTRSW RLYQFSFVGL RNTTEVVKTT SGDYVVMSVY FDLSRRMGYF TI QTYIPCT LIVVLSWVSF WINKDAVPAR TSLGITTVLT MTTLSTIARK SLPKVSYVTA MDLFVSVCFI FVFSALVEYG TLH YFVSSQ PARAAKMDSY ARIFFPTAFC LFNLVYWVSY LYLGTGGTTE TSQVAPA UniProtKB: Gamma-aminobutyric acid receptor subunit gamma-2, Gamma-aminobutyric acid receptor subunit gamma-2 |
-分子 #4: Nanobody38
| 分子 | 名称: Nanobody38 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO |
|---|---|
| 由来(天然) | 生物種: ![]() |
| 分子量 | 理論値: 14.748237 KDa |
| 組換発現 | 生物種: ![]() |
| 配列 | 文字列: QVQLQESGGG LVQAGGSLRV SCAASGRTFT TYIMAWFRQA PGKEREFLAA MDQGRIQYYG DSVRGRFTIS RDYAKNSVDL QLDGLRPED TAVYYCAAGA GFWGLRTASS YHYWGQGTQV TVSSHHHHHH EPEA |
-分子 #9: (19S,22R,25R)-22,25,26-trihydroxy-16,22-dioxo-17,21,23-trioxa-22l...
| 分子 | 名称: (19S,22R,25R)-22,25,26-trihydroxy-16,22-dioxo-17,21,23-trioxa-22lambda~5~-phosphahexacosan-19-yl (9E)-octadec-9-enoate タイプ: ligand / ID: 9 / コピー数: 1 / 式: D3D |
|---|---|
| 分子量 | 理論値: 749.007 Da |
| Chemical component information | ![]() ChemComp-D3D: |
-分子 #10: GAMMA-AMINO-BUTANOIC ACID
| 分子 | 名称: GAMMA-AMINO-BUTANOIC ACID / タイプ: ligand / ID: 10 / コピー数: 2 / 式: ABU |
|---|---|
| 分子量 | 理論値: 103.12 Da |
| Chemical component information | ![]() ChemComp-ABU: |
-実験情報
-構造解析
| 手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
|---|---|
解析 | 単粒子再構成法 |
| 試料の集合状態 | particle |
-
試料調製
| 濃度 | 1 mg/mL | ||||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 緩衝液 | pH: 7.4 構成要素:
詳細: 137 mM NaCl, 2.7 mM KCl, 4.3 mM Na2HPO | ||||||||||||
| グリッド | モデル: Quantifoil R1.2/1.3 / 材質: GOLD / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: HOLEY / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 前処理 - 時間: 60 sec. / 前処理 - 雰囲気: AIR / 前処理 - 気圧: 0.039 kPa / 詳細: current: 30mA | ||||||||||||
| 凍結 | 凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 95 % / チャンバー内温度: 281 K / 装置: HOMEMADE PLUNGER |
-
電子顕微鏡法
| 顕微鏡 | TFS KRIOS |
|---|---|
| 撮影 | フィルム・検出器のモデル: TFS FALCON 4i (4k x 4k) デジタル化 - サイズ - 横: 4096 pixel / デジタル化 - サイズ - 縦: 4096 pixel / 撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 20929 / 平均露光時間: 4.34 sec. / 平均電子線量: 40.0 e/Å2 |
| 電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
| 電子光学系 | C2レンズ絞り径: 50.0 µm / 倍率(補正後): 96000 / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス(公称値): 2.4 µm 最小 デフォーカス(公称値): 1.4000000000000001 µm 倍率(公称値): 96000 |
| 試料ステージ | 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER ホルダー冷却材: NITROGEN |
| 実験機器 | ![]() モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
+
画像解析
-原子モデル構築 1
| 初期モデル | PDB ID: Chain - Source name: PDB / Chain - Initial model type: experimental model |
|---|---|
| 精密化 | 空間: REAL / プロトコル: OTHER / 温度因子: 30 / 当てはまり具合の基準: FSC at 0.5 |
| 得られたモデル | ![]() PDB-9ffy: |
ムービー
コントローラー
万見について




キーワード
Homo sapiens (ヒト)
データ登録者
英国,
米国, 6件
引用




Z (Sec.)
Y (Row.)
X (Col.)























































FIELD EMISSION GUN


