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万見- EMDB-50271: Additional cryo-EM structure of cardiac amyloid AL59 - bent polymorph -
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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-50271 | |||||||||
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タイトル | Additional cryo-EM structure of cardiac amyloid AL59 - bent polymorph | |||||||||
マップデータ | ||||||||||
試料 |
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キーワード | systemic AL amyloid fibril / PROTEIN FIBRIL | |||||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | |||||||||
手法 | らせん対称体再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.9 Å | |||||||||
データ登録者 | Schulte T / Speranzini V / Chaves-Sanjuan A / Milazzo M / Ricagno S | |||||||||
資金援助 | イタリア, 1件
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引用 | ジャーナル: To be published タイトル: Additional cryo-EM structure of cardiac amyloid AL59 - bent polymorph 著者: Schulte T / Chaves-Sanjuan A / Speranzini V / Sicking K / Milazzo M / Mazzini G / Rognoni P / Caminito S / Milani P / Marabelli C / Corbelli A / Diomede L / Fiordaliso F / Anastasia L / ...著者: Schulte T / Chaves-Sanjuan A / Speranzini V / Sicking K / Milazzo M / Mazzini G / Rognoni P / Caminito S / Milani P / Marabelli C / Corbelli A / Diomede L / Fiordaliso F / Anastasia L / Pappone C / Merlini G / Bolognesi M / Nuvolone M / Fernandez-Busnadiego R / Palladini G / Ricagno S | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
添付画像 |
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-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_50271.map.gz | 8.7 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-50271-v30.xml emd-50271.xml | 14.7 KB 14.7 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
FSC (解像度算出) | emd_50271_fsc.xml | 12.1 KB | 表示 | FSCデータファイル |
画像 | emd_50271.png | 86.3 KB | ||
マスクデータ | emd_50271_msk_1.map | 149.9 MB | マスクマップ | |
Filedesc metadata | emd-50271.cif.gz | 5.3 KB | ||
その他 | emd_50271_half_map_1.map.gz emd_50271_half_map_2.map.gz | 118.3 MB 118.4 MB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-50271 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-50271 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_50271_validation.pdf.gz | 850.1 KB | 表示 | EMDB検証レポート |
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文書・詳細版 | emd_50271_full_validation.pdf.gz | 849.6 KB | 表示 | |
XML形式データ | emd_50271_validation.xml.gz | 19.5 KB | 表示 | |
CIF形式データ | emd_50271_validation.cif.gz | 25.6 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-50271 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-50271 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_50271.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 149.9 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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投影像・断面図 | 画像のコントロール
画像は Spider により作成 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 0.889 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
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-添付データ
-マスク #1
ファイル | emd_50271_msk_1.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: #1
ファイル | emd_50271_half_map_1.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: #2
ファイル | emd_50271_half_map_2.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-試料の構成要素
-全体 : Monoclonal immunoglobulin light chains (LC), fibrillar form
全体 | 名称: Monoclonal immunoglobulin light chains (LC), fibrillar form |
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要素 |
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-超分子 #1: Monoclonal immunoglobulin light chains (LC), fibrillar form
超分子 | 名称: Monoclonal immunoglobulin light chains (LC), fibrillar form タイプ: tissue / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1 詳細: Amyloid fibrils extracted ex vivo from cardiac tissue of AL patient |
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由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
-分子 #1: Monoclonal immunoglobulin light chains (LC)
分子 | 名称: Monoclonal immunoglobulin light chains (LC) / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 5 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
分子量 | 理論値: 13.923335 KDa |
配列 | 文字列: SFELTQPSSV SVSPGQTANI TCSGGYLGET YRSWYQQKPG QSPVLVIYQS SKRPSGIPGR FSGSNSGNTA TLTISGTQPL DEADYFCQA WDFTSVVFGG GTKLTVLGQP KAAPSVTLFP PSSEELQANK ATL |
-分子 #2: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
分子 | 名称: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / タイプ: ligand / ID: 2 / コピー数: 5 / 式: NAG |
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分子量 | 理論値: 221.208 Da |
Chemical component information | ChemComp-NAG: |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | らせん対称体再構成法 |
試料の集合状態 | filament |
-試料調製
緩衝液 | pH: 7 |
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凍結 | 凍結剤: ETHANE / 装置: FEI VITROBOT MARK IV |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TALOS ARCTICA |
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撮影 | フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON III (4k x 4k) 検出モード: COUNTING / 実像数: 2049 / 平均電子線量: 40.0 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 200 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス(公称値): 2.0 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 0.5 µm / 倍率(公称値): 120000 |
実験機器 | モデル: Talos Arctica / 画像提供: FEI Company |