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データを開く
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基本情報
登録情報 | ![]() | |||||||||||||||
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タイトル | Myo-inositol-1-phosphate synthase from Thermochaetoides thermophila in complex with NAD | |||||||||||||||
![]() | Myo-inositol-1-phosphate synthase from Thermochaetoides thermophila; state 1 | |||||||||||||||
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![]() | inositol metabolism / endogenous / conformational selection / ISOMERASE | |||||||||||||||
機能・相同性 | ![]() inositol-3-phosphate synthase / inositol-3-phosphate synthase activity / inositol biosynthetic process / phospholipid biosynthetic process / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | |||||||||||||||
生物種 | ![]() | |||||||||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.48 Å | |||||||||||||||
![]() | Traeger TK / Kyrilis FL / Hamdi F / Kastritis PL | |||||||||||||||
資金援助 | European Union, ![]()
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![]() | ![]() タイトル: Disorder-to-order active site capping regulates the rate-limiting step of the inositol pathway 著者: Traeger TK / Kyrilis FL / Hamdi F / Kastritis PL | |||||||||||||||
履歴 |
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構造の表示
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ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | ![]() | |||
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ヘッダ (付随情報) | ![]() | |||
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 9f2kMC M: このマップから作成された原子モデル C: 同じ文献を引用 ( |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性 ![]() |
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リンク
EMDBのページ | ![]() ![]() |
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マップ
ファイル | ![]() | ||||||||||||||||||||
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注釈 | Myo-inositol-1-phosphate synthase from Thermochaetoides thermophila; state 1 | ||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 0.59 Å | ||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
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-添付データ
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試料の構成要素
-全体 : Native homotetramer of the Myo-inositol-1-phosphate synthase
全体 | 名称: Native homotetramer of the Myo-inositol-1-phosphate synthase |
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要素 |
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-超分子 #1: Native homotetramer of the Myo-inositol-1-phosphate synthase
超分子 | 名称: Native homotetramer of the Myo-inositol-1-phosphate synthase タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1 |
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由来(天然) | 生物種: ![]() |
分子量 | 理論値: 240 KDa |
-分子 #1: inositol-3-phosphate synthase
分子 | 名称: inositol-3-phosphate synthase / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO / EC番号: inositol-3-phosphate synthase |
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由来(天然) | 生物種: ![]() |
分子量 | 理論値: 56.735477 KDa |
配列 | 文字列: IFKVNSPNVV YTDDEIRSKY VYRTTEVTTA EDGSLIATPR ETVYDFKVDR KLPKLGVMLV GWGGNNGSTI TAGIIANRRG LVWETRNGK QEANYYGSVI MGSTIKLGTD AKTHKDINIP FHSVLPMVHP NDIVIGGWDI SGLNLADAMD RAQVLEPSLK A LVRKEMAS ...文字列: IFKVNSPNVV YTDDEIRSKY VYRTTEVTTA EDGSLIATPR ETVYDFKVDR KLPKLGVMLV GWGGNNGSTI TAGIIANRRG LVWETRNGK QEANYYGSVI MGSTIKLGTD AKTHKDINIP FHSVLPMVHP NDIVIGGWDI SGLNLADAMD RAQVLEPSLK A LVRKEMAS MKPLPSIYYP DFIAANQEDR ADNILPGNKK CWEHVEEIRK NIRDFKAANG LDKVIVLWTA NTERYASIIE GV NDTADNL LNAIKNGHEE VSPSTVFAVS SILEGVPFIN GSPQNTFVPG CIELAERHGA FIGGDDFKSG QTKMKSALVD FLI NAGIKL TSIASYNHLG NNDGKNLSSQ RQFRSKEISK SNVVDDMVEA NTVLYKPGEH PDHIVVIKYV PAVGDSKRAM DEYH GEIFL GGHQTISIAN VCEDSLLASP LIIDLVIVAE LMTRIQWRLH KEDATEADWK YFHSVLSILS YMLKAPMTPP GTPVV NALA KQRAAMANIF RACLGLDPEN DMTLEHKLF UniProtKB: inositol-3-phosphate synthase |
-分子 #2: NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE
分子 | 名称: NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE / タイプ: ligand / ID: 2 / コピー数: 1 / 式: NAD |
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分子量 | 理論値: 663.425 Da |
Chemical component information | ![]() ChemComp-NAD: |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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![]() | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
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試料調製
濃度 | 0.6 mg/mL | ||||||||||||||
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緩衝液 | pH: 7.4 構成要素:
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グリッド | モデル: Quantifoil R2/1 / 材質: COPPER / メッシュ: 200 / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: CONTINUOUS / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 前処理 - 時間: 25 sec. / 前処理 - 雰囲気: AIR / 前処理 - 気圧: 400.0 kPa / 詳細: 15 mA | ||||||||||||||
凍結 | 凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 277.15 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV / 詳細: 6 s blot time with a blot force of -1. |
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電子顕微鏡法
顕微鏡 | TFS GLACIOS |
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温度 | 最低: 77.15 K / 最高: 103.15 K |
撮影 | フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON III (4k x 4k) 検出モード: INTEGRATING / デジタル化 - サイズ - 横: 4000 pixel / デジタル化 - サイズ - 縦: 4000 pixel / 撮影したグリッド数: 2 / 実像数: 6261 / 平均電子線量: 28.0 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 200 kV / 電子線源: ![]() |
電子光学系 | C2レンズ絞り径: 100.0 µm / 照射モード: OTHER / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス(公称値): 2.0 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 0.8 µm / 倍率(公称値): 240000 |
試料ステージ | 試料ホルダーモデル: OTHER / ホルダー冷却材: NITROGEN |
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画像解析
-原子モデル構築 1
初期モデル | Chain - Source name: AlphaFold / Chain - Initial model type: in silico model / 詳細: Local Installation |
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精密化 | 空間: REAL / プロトコル: FLEXIBLE FIT |
得られたモデル | ![]() PDB-9f2k: |
-原子モデル構築 2
初期モデル | Chain - Source name: AlphaFold / Chain - Initial model type: in silico model / 詳細: Local Installation |
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精密化 | 空間: REAL / プロトコル: FLEXIBLE FIT |
得られたモデル | ![]() PDB-9f2k: |