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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-50025 | |||||||||||||||
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タイトル | Cryo-EM structure of the Pseudomonas aeruginosa PAO1 Type IV pilus | |||||||||||||||
マップデータ | ||||||||||||||||
試料 |
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キーワード | Type IV pilus / CELL ADHESION | |||||||||||||||
機能・相同性 | Fimbrial protein pilin / Pilin (bacterial filament) / Prokaryotic N-terminal methylation motif / Prokaryotic N-terminal methylation site / Pilin-like / pilus / cell adhesion / membrane / Pilin 機能・相同性情報 | |||||||||||||||
生物種 | Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌) | |||||||||||||||
手法 | らせん対称体再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.17 Å | |||||||||||||||
データ登録者 | Ochner H / Boehning J / Wang Z / Tarafder A / Caspy I / Bharat TAM | |||||||||||||||
資金援助 | 英国, 4件
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引用 | ジャーナル: To Be Published タイトル: Structure of the Pseudomonas aeruginosa PAO1 Type-IV pilus 著者: Ochner H / Boehning J / Wang Z / Tarafder A / Caspy I / Bharat TAM | |||||||||||||||
履歴 |
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-構造の表示
添付画像 |
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-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_50025.map.gz | 228.7 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-50025-v30.xml emd-50025.xml | 14.9 KB 14.9 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
FSC (解像度算出) | emd_50025_fsc.xml | 14.2 KB | 表示 | FSCデータファイル |
画像 | emd_50025.png | 92.4 KB | ||
Filedesc metadata | emd-50025.cif.gz | 5.2 KB | ||
その他 | emd_50025_half_map_1.map.gz emd_50025_half_map_2.map.gz | 194.1 MB 194.1 MB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-50025 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-50025 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_50025_validation.pdf.gz | 1.2 MB | 表示 | EMDB検証レポート |
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文書・詳細版 | emd_50025_full_validation.pdf.gz | 1.2 MB | 表示 | |
XML形式データ | emd_50025_validation.xml.gz | 21.3 KB | 表示 | |
CIF形式データ | emd_50025_validation.cif.gz | 27.8 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-50025 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-50025 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 9ewxMC M: このマップから作成された原子モデル C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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「今月の分子」の関連する項目 |
-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_50025.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 244.1 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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投影像・断面図 | 画像のコントロール
画像は Spider により作成 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 0.824 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
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-添付データ
-ハーフマップ: #2
ファイル | emd_50025_half_map_1.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: #1
ファイル | emd_50025_half_map_2.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-試料の構成要素
-全体 : Pseudomonas aeruginosa PAO1 Type IV Pilus
全体 | 名称: Pseudomonas aeruginosa PAO1 Type IV Pilus |
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要素 |
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-超分子 #1: Pseudomonas aeruginosa PAO1 Type IV Pilus
超分子 | 名称: Pseudomonas aeruginosa PAO1 Type IV Pilus / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all |
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由来(天然) | 生物種: Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌) |
分子量 | 理論値: 15 KDa |
-分子 #1: Pilin
分子 | 名称: Pilin / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 23 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌) |
分子量 | 理論値: 14.878889 KDa |
配列 | 文字列: FTLIELMIVV AIIGILAAIA IPQYQNYVAR SEGASALATI NPLKTTVEES LSRGIAGSKI KIGTTASTAT ETYVGVEPDA NKLGVIAVA IEDSGAGDIT FTFQTGTSSP KNATKVITLN RTADGVWACK STQDPMFTPK GCDN UniProtKB: Pilin |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | らせん対称体再構成法 |
試料の集合状態 | helical array |
-試料調製
濃度 | 6.46 mg/mL |
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緩衝液 | pH: 7.5 / 詳細: 50 mM Tris pH 7.5, 150 mM NaCl |
グリッド | モデル: Quantifoil R3.5/1 / 材質: COPPER/RHODIUM / メッシュ: 200 / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: HOLEY / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 前処理 - 時間: 45 sec. |
凍結 | 凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 283 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | TFS KRIOS |
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撮影 | フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON IV (4k x 4k) 撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 5679 / 平均露光時間: 6.66 sec. / 平均電子線量: 40.0 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | C2レンズ絞り径: 50.0 µm / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス(公称値): 2.5 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 1.0 µm |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |