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- EMDB-49573: Cryo-EM structure of a de-novo designed binder NY1-B04 in complex... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-49573
タイトルCryo-EM structure of a de-novo designed binder NY1-B04 in complex with HLA-A*02:01 and NY-ESO-1-derived peptide SLLMWITQC
マップデータ
試料
  • 複合体: de-novo designed binder NY1-B04 in complex with HLA-A*02:01 and NY-ESO-1-derived peptide SLLMWITQC
    • タンパク質・ペプチド: De-novo designed binder NY1-B04
    • タンパク質・ペプチド: HLA class I histocompatibility antigen, A alpha chain
    • タンパク質・ペプチド: Beta-2-microglobulin
    • タンパク質・ペプチド: NY-ESO-1-derived peptide SLLMWITQC
キーワードDe novo-designed pMHC binders / HLA / IMMUNE SYSTEM
機能・相同性
機能・相同性情報


antigen processing and presentation of peptide antigen via MHC class I / early endosome lumen / Nef mediated downregulation of MHC class I complex cell surface expression / DAP12 interactions / Endosomal/Vacuolar pathway / T cell mediated cytotoxicity / Antigen Presentation: Folding, assembly and peptide loading of class I MHC / lumenal side of endoplasmic reticulum membrane / regulation of iron ion transport / cellular response to iron(III) ion ...antigen processing and presentation of peptide antigen via MHC class I / early endosome lumen / Nef mediated downregulation of MHC class I complex cell surface expression / DAP12 interactions / Endosomal/Vacuolar pathway / T cell mediated cytotoxicity / Antigen Presentation: Folding, assembly and peptide loading of class I MHC / lumenal side of endoplasmic reticulum membrane / regulation of iron ion transport / cellular response to iron(III) ion / negative regulation of iron ion transport / negative regulation of forebrain neuron differentiation / antigen processing and presentation of exogenous protein antigen via MHC class Ib, TAP-dependent / ER to Golgi transport vesicle membrane / peptide antigen assembly with MHC class I protein complex / regulation of erythrocyte differentiation / response to molecule of bacterial origin / HFE-transferrin receptor complex / transferrin transport / MHC class I peptide loading complex / cellular response to iron ion / negative regulation of receptor-mediated endocytosis / positive regulation of T cell cytokine production / antigen processing and presentation of endogenous peptide antigen via MHC class I / MHC class I protein complex / peptide antigen assembly with MHC class II protein complex / negative regulation of neurogenesis / cellular response to nicotine / MHC class II protein complex / positive regulation of receptor-mediated endocytosis / multicellular organismal-level iron ion homeostasis / positive regulation of T cell mediated cytotoxicity / specific granule lumen / positive regulation of immune response / antigen processing and presentation of exogenous peptide antigen via MHC class II / peptide antigen binding / phagocytic vesicle membrane / recycling endosome membrane / positive regulation of T cell activation / negative regulation of epithelial cell proliferation / Interferon gamma signaling / Immunoregulatory interactions between a Lymphoid and a non-Lymphoid cell / Modulation by Mtb of host immune system / positive regulation of cellular senescence / sensory perception of smell / tertiary granule lumen / MHC class II protein complex binding / DAP12 signaling / T cell differentiation in thymus / late endosome membrane / negative regulation of neuron projection development / ER-Phagosome pathway / protein refolding / early endosome membrane / amyloid fibril formation / protein homotetramerization / intracellular iron ion homeostasis / learning or memory / immune response / endoplasmic reticulum lumen / Amyloid fiber formation / Golgi membrane / external side of plasma membrane / lysosomal membrane / focal adhesion / Neutrophil degranulation / SARS-CoV-2 activates/modulates innate and adaptive immune responses / structural molecule activity / cell surface / endoplasmic reticulum / Golgi apparatus / protein homodimerization activity / : / extracellular exosome / extracellular region / membrane / metal ion binding / identical protein binding / plasma membrane / cytosol
類似検索 - 分子機能
MHC class I, alpha chain, C-terminal / MHC_I C-terminus / MHC class I alpha chain, alpha1 alpha2 domains / Class I Histocompatibility antigen, domains alpha 1 and 2 / Beta-2-Microglobulin / : / MHC class I-like antigen recognition-like / MHC class I-like antigen recognition-like superfamily / MHC classes I/II-like antigen recognition protein / : ...MHC class I, alpha chain, C-terminal / MHC_I C-terminus / MHC class I alpha chain, alpha1 alpha2 domains / Class I Histocompatibility antigen, domains alpha 1 and 2 / Beta-2-Microglobulin / : / MHC class I-like antigen recognition-like / MHC class I-like antigen recognition-like superfamily / MHC classes I/II-like antigen recognition protein / : / Immunoglobulin/major histocompatibility complex, conserved site / Immunoglobulins and major histocompatibility complex proteins signature. / Immunoglobulin C-Type / Immunoglobulin C1-set / Immunoglobulin C1-set domain / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / Immunoglobulin-like fold
類似検索 - ドメイン・相同性
Beta-2-microglobulin / MHC class I antigen
類似検索 - 構成要素
生物種Bacillus subtilis (枯草菌) / synthetic construct (人工物) / Homo sapiens (ヒト) / Escherichia coli (大腸菌)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.8 Å
データ登録者Gharpure A / Fernandez-Quintero ML / Ward AB
資金援助1件
OrganizationGrant number国
Not funded
引用ジャーナル: Science / 年: 2025
タイトル: De novo-designed pMHC binders facilitate T cell-mediated cytotoxicity toward cancer cells.
著者: Kristoffer Haurum Johansen / Darian Stephan Wolff / Beatrice Scapolo / Monica L Fernández-Quintero / Charlotte Risager Christensen / Johannes R Loeffler / Esperanza Rivera-de-Torre / Max D ...著者: Kristoffer Haurum Johansen / Darian Stephan Wolff / Beatrice Scapolo / Monica L Fernández-Quintero / Charlotte Risager Christensen / Johannes R Loeffler / Esperanza Rivera-de-Torre / Max D Overath / Kamilla Kjærgaard Munk / Oliver Morell / Marie Christine Viuff / Iñigo Lacunza / Alberte T Damm Englund / Mathilde Due / Anant Gharpure / Stefano Forli / Carlos Rodriguez Pardo / Tripti Tamhane / Emma Qingjie Andersen / Kasper Haldrup Björnsson / Jordan Sylvester Fernandes / Lasse Frank Voss / Suthimon Thumtecho / Andrew B Ward / Maria Ormhøj / Sine Reker Hadrup / Timothy P Jenkins /
要旨: The recognition of intracellular antigens by CD8 T cells through T cell receptors (TCRs) is central for adaptive immunity against infections and cancer. However, the identification of TCRs from ...The recognition of intracellular antigens by CD8 T cells through T cell receptors (TCRs) is central for adaptive immunity against infections and cancer. However, the identification of TCRs from patient material remains complex. We present a rapid de novo minibinder (miBd) design platform leveraging state-of-the-art generative models to engineer miBds targeting the cancer-associated peptide-bound major histocompatibility complex (pMHC) SLLMWITQC/HLA-A*02:01 (NY-ESO-1). Incorporating in silico cross-panning enabled computational prescreening of specificity, and molecular dynamics simulations allowed for improved predictability of in vitro success. We identified a high-affinity NY-ESO-1 binder and confirmed its structure using cryo-electron microscopy, which, when incorporated in a chimeric antigen receptor, induced killing of NY-ESO-1 melanoma cells. We further designed and validated binders to a neoantigen pMHC complex, RVTDESILSY/HLA-A*01:01, with unknown structure, demonstrating the potential for precision immunotherapy.
履歴
登録2025年3月5日-
ヘッダ(付随情報) 公開2025年7月23日-
マップ公開2025年7月23日-
更新2025年8月6日-
現状2025年8月6日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_49573.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_49573.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 64 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
0.72 Å/pix.
x 256 pix.
= 183.808 Å		0.72 Å/pix.
x 256 pix.
= 183.808 Å		0.72 Å/pix.
x 256 pix.
= 183.808 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.718 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.09
最小 - 最大-0.8628758 - 1.023015
平均 (標準偏差)-0.000097440585 (±0.0239402)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ256256256
Spacing256256256
セルA=B=C: 183.808 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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ハーフマップ: #2

ファイルemd_49573_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #1

ファイルemd_49573_half_map_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : de-novo designed binder NY1-B04 in complex with HLA-A*02:01 and N...

全体名称: de-novo designed binder NY1-B04 in complex with HLA-A*02:01 and NY-ESO-1-derived peptide SLLMWITQC
要素
  • 複合体: de-novo designed binder NY1-B04 in complex with HLA-A*02:01 and NY-ESO-1-derived peptide SLLMWITQC
    • タンパク質・ペプチド: De-novo designed binder NY1-B04
    • タンパク質・ペプチド: HLA class I histocompatibility antigen, A alpha chain
    • タンパク質・ペプチド: Beta-2-microglobulin
    • タンパク質・ペプチド: NY-ESO-1-derived peptide SLLMWITQC

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超分子 #1: de-novo designed binder NY1-B04 in complex with HLA-A*02:01 and N...

超分子名称: de-novo designed binder NY1-B04 in complex with HLA-A*02:01 and NY-ESO-1-derived peptide SLLMWITQC
タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all
由来(天然)生物種: Bacillus subtilis (枯草菌)
分子量理論値: 58 kDa/nm

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分子 #1: De-novo designed binder NY1-B04

分子名称: De-novo designed binder NY1-B04 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: synthetic construct (人工物)
分子量理論値: 15.054265 KDa
組換発現生物種: Bacillus subtilis (枯草菌)
配列文字列:
MKEELRAAAA ELLAAAEALA EELRRLGLEE AAAHVLAAAR HVAAALELIA ATPASELNPE LKREVAAHLR EAAAHFEAAA EIVAAEDPL AGAMLREAAL AARSMAAYVL HSSPEEALQQ AAVFATGLAG AMLTMTGLVR ERLAAR

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分子 #2: HLA class I histocompatibility antigen, A alpha chain

分子名称: HLA class I histocompatibility antigen, A alpha chain
タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 31.951316 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli 'BL21-Gold(DE3)pLysS AG' (大腸菌)
配列文字列: GSHSMRYFFT SVSRPGRGEP RFIAVGYVDD TQFVRFDSDA ASQRMEPRAP WIEQEGPEYW DGETRKVKAH SQTHRVDLGT LRGYYNQSE AGSHTVQRMY GCDVGSDWRF LRGYHQYAYD GKDYIALKED LRSWTAADMA AQTTKHKWEA AHVAEQLRAY L EGTCVEWL ...文字列:
GSHSMRYFFT SVSRPGRGEP RFIAVGYVDD TQFVRFDSDA ASQRMEPRAP WIEQEGPEYW DGETRKVKAH SQTHRVDLGT LRGYYNQSE AGSHTVQRMY GCDVGSDWRF LRGYHQYAYD GKDYIALKED LRSWTAADMA AQTTKHKWEA AHVAEQLRAY L EGTCVEWL RRYLENGKET LQRTDAPKTH MTHHAVSDHE ATLRCWALSF YPAEITLTWQ RDGEDQTQDT ELVETRPAGD GT FQKWAAV VVPSGQEQRY TCHVQHEGLP KPLTLRWEP

UniProtKB: MHC class I antigen

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分子 #3: Beta-2-microglobulin

分子名称: Beta-2-microglobulin / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 11.879356 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli 'BL21-Gold(DE3)pLysS AG' (大腸菌)
配列文字列:
MIQRTPKIQV YSRHPAENGK SNFLNCYVSG FHPSDIEVDL LKNGERIEKV EHSDLSFSKD WSFYLLYYTE FTPTEKDEYA CRVNHVTLS QPKIVKWDRD M

UniProtKB: Beta-2-microglobulin

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分子 #4: NY-ESO-1-derived peptide SLLMWITQC

分子名称: NY-ESO-1-derived peptide SLLMWITQC / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Escherichia coli (大腸菌)
分子量理論値: 1.094347 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列:
SLLMWITQC

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 7.4
グリッドモデル: Quantifoil R1.2/1.3 / 材質: GOLD / メッシュ: 300 / 支持フィルム - 材質: GOLD / 支持フィルム - トポロジー: HOLEY
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡TFS GLACIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON IV (4k x 4k)
平均電子線量: 59.82 e/Å2
電子線加速電圧: 200 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系C2レンズ絞り径: 50.0 µm / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: DIFFRACTION / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.0 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 0.9 µm

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画像解析

粒子像選択選択した数: 343587
詳細: two collections one with and one without tilt resulted in 1627079 + 1808795 particles
CTF補正タイプ: NONE
初期モデルモデルのタイプ: INSILICO MODEL
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.8 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 106421
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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