[日本語] English
万見
- EMDB-49565: E. coli Cir in Complex with the RBD of Microcin V -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-49565
タイトルE. coli Cir in Complex with the RBD of Microcin V
マップデータ
試料
  • 複合体: E. coli Cir in Complex with the RBD of Microcin V
    • タンパク質・ペプチド: Colicin I receptor
    • タンパク質・ペプチド: Colicin-V
キーワードTonB-dependent receptor / beta barrel / antimicrobial protein / MccV / MEMBRANE PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


siderophore-iron transmembrane transporter activity / colicin transmembrane transporter activity / siderophore transmembrane transport / siderophore uptake transmembrane transporter activity / transmembrane transporter complex / cell outer membrane / killing of cells of another organism / intracellular iron ion homeostasis / defense response to bacterium / extracellular region / membrane
類似検索 - 分子機能
Microcin V bacteriocin / Microcin V bacteriocin / TonB-dependent receptor (TBDR) proteins signature 1. / TonB box, conserved site / TonB-dependent receptor, conserved site / TonB-dependent receptor (TBDR) proteins signature 2. / TonB-dependent receptor-like, beta-barrel / TonB dependent receptor-like, beta-barrel / TonB-dependent receptor (TBDR) proteins profile. / Vitamin B12 transporter BtuB-like ...Microcin V bacteriocin / Microcin V bacteriocin / TonB-dependent receptor (TBDR) proteins signature 1. / TonB box, conserved site / TonB-dependent receptor, conserved site / TonB-dependent receptor (TBDR) proteins signature 2. / TonB-dependent receptor-like, beta-barrel / TonB dependent receptor-like, beta-barrel / TonB-dependent receptor (TBDR) proteins profile. / Vitamin B12 transporter BtuB-like / TonB-dependent receptor, plug domain superfamily / TonB-dependent receptor, plug domain / TonB-dependent Receptor Plug Domain / TonB-dependent receptor-like, beta-barrel domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Colicin I receptor / Colicin-V
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli (大腸菌) / Enterobacteriaceae (バクテリア)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.9 Å
データ登録者Maurakis SA / Botos I / Buchanan SK
資金援助 米国, 1件
OrganizationGrant number国
National Institutes of Health/National Institute of Diabetes and Digestive and Kidney Disease (NIH/NIDDK) 米国
引用ジャーナル: Commun Biol / 年: 2025
タイトル: Structural Insights into Cir-mediated Killing by the Antimicrobial Protein Microcin V
著者: Maurakis SA / O'Donnell AC / Botos I / Ghirlando R / Davies BW / Buchanan SK
履歴
登録2025年3月5日-
ヘッダ(付随情報) 公開2025年9月24日-
マップ公開2025年9月24日-
更新2025年9月24日-
現状2025年9月24日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

-
構造の表示

添付画像

emd_49565.png

ダウンロードとリンク

-
マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_49565.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 64 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
0.83 Å/pix.
x 256 pix.
= 212.48 Å		0.83 Å/pix.
x 256 pix.
= 212.48 Å		0.83 Å/pix.
x 256 pix.
= 212.48 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.83 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.105
最小 - 最大-0.2033532 - 0.4795409
平均 (標準偏差)-0.00090758206 (±0.014677139)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ256256256
Spacing256256256
セルA=B=C: 212.48 Å
α=β=γ: 90.0 °

-
添付データ

-
ハーフマップ: #2

ファイルemd_49565_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
ハーフマップ: #1

ファイルemd_49565_half_map_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
試料の構成要素

-
全体 : E. coli Cir in Complex with the RBD of Microcin V

全体名称: E. coli Cir in Complex with the RBD of Microcin V
要素
  • 複合体: E. coli Cir in Complex with the RBD of Microcin V
    • タンパク質・ペプチド: Colicin I receptor
    • タンパク質・ペプチド: Colicin-V

-
超分子 #1: E. coli Cir in Complex with the RBD of Microcin V

超分子名称: E. coli Cir in Complex with the RBD of Microcin V / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all
由来(天然)生物種: Escherichia coli (大腸菌)

-
分子 #1: Colicin I receptor

分子名称: Colicin I receptor / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Escherichia coli (大腸菌)
分子量理論値: 70.576594 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
配列文字列: TMVVTASSVE QNLKDAPASI SVITQEDLQR KPVQNLKDVL KEVPGVQLTN EGDNRKGVSI RGLDSSYTLI LVDGKRVNSR NAVFRHNDF DLNWIPVDSI ERIEVVRGPM SSLYGSDALG GVVNIITKKI GQKWSGTVTV DTTIQEHRDR GDTYNGQFFT S GPLIDGVL ...文字列:
TMVVTASSVE QNLKDAPASI SVITQEDLQR KPVQNLKDVL KEVPGVQLTN EGDNRKGVSI RGLDSSYTLI LVDGKRVNSR NAVFRHNDF DLNWIPVDSI ERIEVVRGPM SSLYGSDALG GVVNIITKKI GQKWSGTVTV DTTIQEHRDR GDTYNGQFFT S GPLIDGVL GMKAYGSLAK REKDDPQNST TTDTGETPRI EGFSSRDGNV EFAWTPNQNH DFTAGYGFDR QDRDSDSLDK NR LERQNYS VSHNGRWDYG TSELKYYGEK VENKNPGNSS PITSESNTVD GKYTLPLTAI NQFLTVGGEM RHDKMSDAVN LTG GTSSKT SASQYALFVE DEWRIFEPLA LTTGVRMDDH ETYGEHWSPR AYLVYNATDT VTVKGGWATA FKAPSLLQLS PDWT SNSCR GACKIVGSPD LKPETSESWE LGLYYMGEEG WLEGVESSVT VFRNDVKDRI SISRTSDVNA APGYQNFVGF ETGAN GRRI PVFSYYNVNK ARIQGVETEL KIPFNDEWKL SINYTYNDGR DVSNGENKPL SDLPFHTANG TLDWKPLALE DWSMYM SGH YTGQKRADSA TAKTPGGYTI WNTGAAWQVT KDVKLRAGVL NLGDKDLSRD DYSYNEDGRR YFMAVDYRF

UniProtKB: Colicin I receptor

-
分子 #2: Colicin-V

分子名称: Colicin-V / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Enterobacteriaceae (バクテリア)
分子量理論値: 3.564979 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
配列文字列:
KQKPEGIPSE AWNYAAGRLC NWSPNNLSDV CL

UniProtKB: Colicin-V

-
実験情報

-
構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

-
試料調製

緩衝液pH: 7.4 / 詳細: Phosphate Buffered Saline
グリッドモデル: Quantifoil R1.2/1.3 / 材質: COPPER / メッシュ: 300 / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: HOLEY / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 277 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV
詳細: Blot force +5 Wait time 0 Blot total 1 Blot time 5 seconds.

-
電子顕微鏡法

顕微鏡TFS KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k)
平均電子線量: 59.65 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.4 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 0.8 µm
試料ステージ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
ホルダー冷却材: NITROGEN
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

+
画像解析

CTF補正ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 4) / タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
初期モデルモデルのタイプ: INSILICO MODEL / In silico モデル: Alphafold2 multimer prediction
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 2.9 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 4) / 使用した粒子像数: 102419
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 4)
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 4)

-
原子モデル構築 1

初期モデルChain - Source name: AlphaFold / Chain - Initial model type: in silico model
精密化空間: REAL / プロトコル: FLEXIBLE FIT
得られたモデル

PDB-9nn6:
E. coli Cir in Complex with the RBD of Microcin V

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る