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万見
- EMDB-49119: PROTAC-induced IRE1 ternary complex -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-49119
タイトルPROTAC-induced IRE1 ternary complex
マップデータ
試料
  • 複合体: IRE1:G6374:VHL:Eloc:Elob
    • タンパク質・ペプチド: Serine/threonine-protein kinase/endoribonuclease IRE1
    • タンパク質・ペプチド: von Hippel-Lindau disease tumor suppressor
    • タンパク質・ペプチド: Elongin-C
  • タンパク質・ペプチド: Elongin-B peptide
  • リガンド: 3-methyl-N-(5-{4-[(1r,4S)-4-{[7-oxo-8-(propan-2-yl)-7,8-dihydropyrido[2,3-d]pyrimidin-2-yl]amino}cyclohexyl]piperazin-1-yl}pentanoyl)-L-valyl-(4R)-4-hydroxy-N-{[4-(4-methyl-1,3-thiazol-5-yl)phenyl]methyl}-L-prolinamide
  • リガンド: water
キーワードComplex / degrader / TRANSFERASE
機能・相同性
機能・相同性情報


peptidyl-serine trans-autophosphorylation / mRNA splicing, via endonucleolytic cleavage and ligation / AIP1-IRE1 complex / Ire1 complex / IRE1alpha activates chaperones / IRE1-TRAF2-ASK1 complex / insulin metabolic process / positive regulation of endoplasmic reticulum unfolded protein response / regulation of cellular response to hypoxia / RHOBTB3 ATPase cycle ...peptidyl-serine trans-autophosphorylation / mRNA splicing, via endonucleolytic cleavage and ligation / AIP1-IRE1 complex / Ire1 complex / IRE1alpha activates chaperones / IRE1-TRAF2-ASK1 complex / insulin metabolic process / positive regulation of endoplasmic reticulum unfolded protein response / regulation of cellular response to hypoxia / RHOBTB3 ATPase cycle / negative regulation of receptor signaling pathway via JAK-STAT / transcription elongation factor activity / target-directed miRNA degradation / elongin complex / IRE1-RACK1-PP2A complex / platelet-derived growth factor receptor binding / nuclear inner membrane / endothelial cell proliferation / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素; 5'-リン酸モノエステル産生エンドリボヌクレアーゼ / Replication of the SARS-CoV-1 genome / VCB complex / Cul5-RING ubiquitin ligase complex / Cul2-RING ubiquitin ligase complex / intracellular membraneless organelle / IRE1-mediated unfolded protein response / SUMOylation of ubiquitinylation proteins / mRNA catabolic process / positive regulation of JUN kinase activity / Pausing and recovery of Tat-mediated HIV elongation / Tat-mediated HIV elongation arrest and recovery / negative regulation of transcription elongation by RNA polymerase II / HIV elongation arrest and recovery / Pausing and recovery of HIV elongation / intrinsic apoptotic signaling pathway in response to endoplasmic reticulum stress / cellular response to vascular endothelial growth factor stimulus / cellular response to unfolded protein / regulation of macroautophagy / negative regulation of signal transduction / Tat-mediated elongation of the HIV-1 transcript / Formation of HIV-1 elongation complex containing HIV-1 Tat / ubiquitin-like ligase-substrate adaptor activity / Formation of HIV elongation complex in the absence of HIV Tat / positive regulation of vascular associated smooth muscle cell proliferation / RNA Polymerase II Transcription Elongation / Formation of RNA Pol II elongation complex / negative regulation of TORC1 signaling / RNA Polymerase II Pre-transcription Events / Hsp70 protein binding / RNA endonuclease activity / protein serine/threonine kinase binding / negative regulation of autophagy / response to endoplasmic reticulum stress / positive regulation of RNA splicing / transcription corepressor binding / positive regulation of cell differentiation / TP53 Regulates Transcription of DNA Repair Genes / transcription initiation at RNA polymerase II promoter / cellular response to glucose stimulus / transcription elongation by RNA polymerase II / Hsp90 protein binding / Vif-mediated degradation of APOBEC3G / Inactivation of CSF3 (G-CSF) signaling / ADP binding / Oxygen-dependent proline hydroxylation of Hypoxia-inducible Factor Alpha / Evasion by RSV of host interferon responses / Regulation of expression of SLITs and ROBOs / cellular response to hydrogen peroxide / cell morphogenesis / ubiquitin-protein transferase activity / transcription corepressor activity / unfolded protein binding / Antigen processing: Ubiquitination & Proteasome degradation / positive regulation of proteasomal ubiquitin-dependent protein catabolic process / Neddylation / microtubule cytoskeleton / regulation of gene expression / protein-containing complex assembly / Replication of the SARS-CoV-2 genome / ubiquitin-dependent protein catabolic process / protein-macromolecule adaptor activity / cellular response to hypoxia / DNA-binding transcription factor binding / molecular adaptor activity / amyloid fibril formation / proteasome-mediated ubiquitin-dependent protein catabolic process / protein phosphorylation / non-specific serine/threonine protein kinase / protein stabilization / protein ubiquitination / cilium / negative regulation of cell population proliferation / negative regulation of gene expression / protein serine kinase activity / protein serine/threonine kinase activity / ubiquitin protein ligase binding / regulation of DNA-templated transcription / regulation of transcription by RNA polymerase II / endoplasmic reticulum membrane / negative regulation of apoptotic process / positive regulation of DNA-templated transcription
類似検索 - 分子機能
Serine/threonine-protein kinase/endoribonuclease IRE1/2-like / KEN domain / KEN domain superfamily / Ribonuclease 2-5A / KEN domain profile. / domain in protein kinases, N-glycanases and other nuclear proteins / von Hippel-Lindau disease tumour suppressor, beta/alpha domain / von Hippel-Lindau disease tumour suppressor, alpha domain / von Hippel-Lindau disease tumour suppressor, beta domain / VHL superfamily ...Serine/threonine-protein kinase/endoribonuclease IRE1/2-like / KEN domain / KEN domain superfamily / Ribonuclease 2-5A / KEN domain profile. / domain in protein kinases, N-glycanases and other nuclear proteins / von Hippel-Lindau disease tumour suppressor, beta/alpha domain / von Hippel-Lindau disease tumour suppressor, alpha domain / von Hippel-Lindau disease tumour suppressor, beta domain / VHL superfamily / von Hippel-Lindau disease tumour suppressor, alpha domain superfamily / von Hippel-Lindau disease tumour suppressor, beta domain superfamily / VHL beta domain / VHL box domain / Pyrrolo-quinoline quinone beta-propeller repeat / beta-propeller repeat / Elongin-C / Elongin B / S-phase kinase-associated protein 1-like / SKP1 component, POZ domain / Skp1 family, tetramerisation domain / Found in Skp1 protein family / Quinoprotein alcohol dehydrogenase-like superfamily / SKP1/BTB/POZ domain superfamily / Ubiquitin family / Ubiquitin homologues / Ubiquitin domain profile. / Ubiquitin-like domain / Ubiquitin-like domain superfamily / Serine/threonine-protein kinase, active site / Serine/Threonine protein kinases active-site signature. / Protein kinase domain / Serine/Threonine protein kinases, catalytic domain / WD40/YVTN repeat-like-containing domain superfamily / Protein kinase domain profile. / Protein kinase domain / Protein kinase-like domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Serine/threonine-protein kinase/endoribonuclease IRE1 / von Hippel-Lindau disease tumor suppressor / Elongin-C / Elongin-B
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.6 Å
データ登録者Du J / Johnson M / Azumaya C / Rohou A / Hsu PL / Ashkenazi A
資金援助 米国, 1件
OrganizationGrant number国
Other private 米国
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: PROTAC-induced IRE1 ternary complex
著者: Du J / Johnson M / Azumaya C / Rohou A / Hsu PL / Ashkenazi A
履歴
登録2025年2月7日-
ヘッダ(付随情報) 公開2025年11月5日-
マップ公開2025年11月5日-
更新2025年11月5日-
現状2025年11月5日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_49119.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_49119.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 259.1 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
0.73 Å/pix.
x 408 pix.
= 298.248 Å		0.73 Å/pix.
x 408 pix.
= 298.248 Å		0.73 Å/pix.
x 408 pix.
= 298.248 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.731 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.03
最小 - 最大-0.0645948 - 0.1749696
平均 (標準偏差)-0.00004245554 (±0.0029520201)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ408408408
Spacing408408408
セルA=B=C: 298.24802 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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ハーフマップ: #2

ファイルemd_49119_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #1

ファイルemd_49119_half_map_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : IRE1:G6374:VHL:Eloc:Elob

全体名称: IRE1:G6374:VHL:Eloc:Elob
要素
  • 複合体: IRE1:G6374:VHL:Eloc:Elob
    • タンパク質・ペプチド: Serine/threonine-protein kinase/endoribonuclease IRE1
    • タンパク質・ペプチド: von Hippel-Lindau disease tumor suppressor
    • タンパク質・ペプチド: Elongin-C
  • タンパク質・ペプチド: Elongin-B peptide
  • リガンド: 3-methyl-N-(5-{4-[(1r,4S)-4-{[7-oxo-8-(propan-2-yl)-7,8-dihydropyrido[2,3-d]pyrimidin-2-yl]amino}cyclohexyl]piperazin-1-yl}pentanoyl)-L-valyl-(4R)-4-hydroxy-N-{[4-(4-methyl-1,3-thiazol-5-yl)phenyl]methyl}-L-prolinamide
  • リガンド: water

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超分子 #1: IRE1:G6374:VHL:Eloc:Elob

超分子名称: IRE1:G6374:VHL:Eloc:Elob / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#3
詳細: G6374 is the PROTAC that recruits VHL to IRE1. IRE1 is recombinantly expressed and purified from Sf9 cells, VHL is co-expressed and co-purified with Eloc and Elob in BL21 cells. The complex ...詳細: G6374 is the PROTAC that recruits VHL to IRE1. IRE1 is recombinantly expressed and purified from Sf9 cells, VHL is co-expressed and co-purified with Eloc and Elob in BL21 cells. The complex was formed by adding each component in vitro. Because the EloB density had insufficient quality for de novo modeling, we built only residues 68 to 73 into the structure.
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)

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分子 #1: Serine/threonine-protein kinase/endoribonuclease IRE1

分子名称: Serine/threonine-protein kinase/endoribonuclease IRE1
タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO / EC番号: non-specific serine/threonine protein kinase
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 46.329266 KDa
組換発現生物種: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
配列文字列: VVIVGKISFC PKDVLGHGAE GTIVYRGMFD NRDVAVKRIL PECFSFADRE VQLLRESDEH PNVIRYFCTE KDRQFQYIAI ELCAATLQE YVEQKDFAHL GLEPITLLQQ TTSGLAHLHS LNIVHRDLKP HNILISMPNA HGKIKAMISD FGLCKKLAVG R HSFSRRSG ...文字列:
VVIVGKISFC PKDVLGHGAE GTIVYRGMFD NRDVAVKRIL PECFSFADRE VQLLRESDEH PNVIRYFCTE KDRQFQYIAI ELCAATLQE YVEQKDFAHL GLEPITLLQQ TTSGLAHLHS LNIVHRDLKP HNILISMPNA HGKIKAMISD FGLCKKLAVG R HSFSRRSG VPGTEGWIAP EMLSEDCKEN PTYTVDIFSA GCVFYYVISE GSHPFGKSLQ RQANILLGAC SLDCLHPEKH ED VIARELI EKMIAMDPQK RPSAKHVLKH PFFWSLEKQL QFFQDVSDRI EKESLDGPIV KQLERGGRAV VKMDWRENIT VPL QTDLRK FRTYKGGSVR DLLRAMRNKK HHYRELPAEV RETLGSLPDD FVCYFTSRFP HLLAHTYRAM ELCSHERLFQ PYYF HE

UniProtKB: Serine/threonine-protein kinase/endoribonuclease IRE1

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分子 #2: von Hippel-Lindau disease tumor suppressor

分子名称: von Hippel-Lindau disease tumor suppressor / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 17.031412 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
配列文字列:
PVLRSVNSRE PSQVIFCNRS PRVVLPVWLN FDGEPQPYPT LPPGTGRRIH SYRGHLWLFR DAGTHDGLLV NQTELFVPSL NVDGQPIFA NITLPVYTLK ERCLQVVRSL VKPENYRRLD IVRSLYEDLE DHPNVQKDLE RLTQERIA

UniProtKB: von Hippel-Lindau disease tumor suppressor

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分子 #3: Elongin-C

分子名称: Elongin-C / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 10.62519 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
配列文字列:
MYVKLISSDG HEFIVKREHA LTSGTIKAML SGPGQFAENE TNEVNFREIP SHVLSKVCMY FTYKVRYTNS STEIPEFPIA PEIALELLM AANFL

UniProtKB: Elongin-C

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分子 #4: Elongin-B peptide

分子名称: Elongin-B peptide / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 639.723 Da
組換発現生物種: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
配列文字列:
RPQAPA

UniProtKB: Elongin-B

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分子 #5: 3-methyl-N-(5-{4-[(1r,4S)-4-{[7-oxo-8-(propan-2-yl)-7,8-dihydropy...

分子名称: 3-methyl-N-(5-{4-[(1r,4S)-4-{[7-oxo-8-(propan-2-yl)-7,8-dihydropyrido[2,3-d]pyrimidin-2-yl]amino}cyclohexyl]piperazin-1-yl}pentanoyl)-L-valyl-(4R)-4-hydroxy-N-{[4-(4-methyl-1,3-thiazol-5-yl) ...名称: 3-methyl-N-(5-{4-[(1r,4S)-4-{[7-oxo-8-(propan-2-yl)-7,8-dihydropyrido[2,3-d]pyrimidin-2-yl]amino}cyclohexyl]piperazin-1-yl}pentanoyl)-L-valyl-(4R)-4-hydroxy-N-{[4-(4-methyl-1,3-thiazol-5-yl)phenyl]methyl}-L-prolinamide
タイプ: ligand / ID: 5 / コピー数: 2 / 式: A1BWF
分子量理論値: 883.156 Da

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分子 #6: water

分子名称: water / タイプ: ligand / ID: 6 / コピー数: 6 / 式: HOH
分子量理論値: 18.015 Da
Chemical component information

ChemComp-HOH:
WATER

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度0.15 mg/mL
緩衝液pH: 7.2
構成要素:
濃度式名称
20.0 mMHEPES4-(2-hydroxyethyl)-1-piperazineethanesulfonic acid
150.0 mMNaClsodium chloride
1.0 mMTCEPtris(2-carboxyethyl)phosphine
0.005 %CTABcetrimonium bromide

詳細: I used 0.5 mM BS3 for crosslinking the protein complex, then diluted it to 0.05 mM for grid preparation.
グリッドモデル: UltrAuFoil R1.2/1.3 / 材質: GOLD / メッシュ: 300 / 支持フィルム - 材質: GOLD / 支持フィルム - トポロジー: HOLEY / 支持フィルム - Film thickness: 2.5
詳細: The grid was coated with a hydrophilic self-assembled PEG monolayer to improve particle distribution.
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 277.15 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV / 詳細: 7 force; 2 s blot time..
詳細Got monodispersed particles on the grid.

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電子顕微鏡法

顕微鏡TFS KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: TFS FALCON 4i (4k x 4k)
実像数: 12400 / 平均電子線量: 45.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 3.5 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 0.6 µm
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

粒子像選択選択した数: 5101645
CTF補正ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 4.6) / タイプ: PHASE FLIPPING ONLY
初期モデルモデルのタイプ: PDB ENTRY
PDBモデル - PDB ID:

6w3b


詳細: I have used 2 PDB entries to build the model: 6W3B 5T35
最終 再構成想定した対称性 - 点群: C2 (2回回転対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 2.6 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 4.6) / 使用した粒子像数: 400055
初期 角度割当タイプ: RANDOM ASSIGNMENT / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 4.6)
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 4.6)
FSC曲線 (解像度の算出)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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