[日本語] English
万見
- EMDB-48923: Cryo-EM structure of the magnesium transporter MgtA in the E2 con... -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-48923
タイトルCryo-EM structure of the magnesium transporter MgtA in the E2 conformation with bound beryllium fluoride (BeF3-) and Mg2+ at 2.65 A resolution.
マップデータ
試料
  • 細胞器官・細胞要素: P-Type ATPase
    • タンパク質・ペプチド: Magnesium-transporting ATPase, P-type 1
  • リガンド: MAGNESIUM ION
  • リガンド: BERYLLIUM TRIFLUORIDE ION
キーワードP-type ATPase / Metal Transport / TRANSPORT PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


P-type Mg2+ transporter / P-type magnesium transporter activity / ATP hydrolysis activity / ATP binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
P-type ATPase, subfamily IIIB / Cation-transporting P-type ATPase, C-terminal / Cation transporting ATPase, C-terminus / Cation transporter/ATPase, N-terminus / Cation-transporting P-type ATPase, N-terminal / Cation transporter/ATPase, N-terminus / P-type ATPase, cytoplasmic domain N / : / P-type ATPase actuator domain / P-type ATPase, haloacid dehalogenase domain ...P-type ATPase, subfamily IIIB / Cation-transporting P-type ATPase, C-terminal / Cation transporting ATPase, C-terminus / Cation transporter/ATPase, N-terminus / Cation-transporting P-type ATPase, N-terminal / Cation transporter/ATPase, N-terminus / P-type ATPase, cytoplasmic domain N / : / P-type ATPase actuator domain / P-type ATPase, haloacid dehalogenase domain / P-type ATPase, phosphorylation site / P-type ATPase, cytoplasmic domain N / E1-E2 ATPases phosphorylation site. / P-type ATPase, A domain superfamily / P-type ATPase / P-type ATPase, transmembrane domain superfamily / HAD superfamily / HAD-like superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Magnesium-transporting ATPase, P-type 1
類似検索 - 構成要素
生物種Lactococcus lactis subsp. lactis (乳酸菌)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.59 Å
データ登録者Khan MB / Primeau JO / Basu PC / Morth JP / Lemieux MJ / Young HS
資金援助 カナダ, 1件
OrganizationGrant number国
Canadian Institutes of Health Research (CIHR) カナダ
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Cryo-EM structure of a membrane transport protein
著者: Khan MB / Primeau JO / Basu PC / Morth JP / Lemieux MJ / Young HS
履歴
登録2025年2月4日-
ヘッダ(付随情報) 公開2026年2月18日-
マップ公開2026年2月18日-
更新2026年3月4日-
現状2026年3月4日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

-
構造の表示

添付画像

emd_48923.png

ダウンロードとリンク

-
マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_48923.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 303.3 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
0.93 Å/pix.
x 430 pix.
= 399.9 Å		0.93 Å/pix.
x 430 pix.
= 399.9 Å		0.93 Å/pix.
x 430 pix.
= 399.9 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.93 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.11
最小 - 最大-0.34601504 - 0.89887154
平均 (標準偏差)0.00010923378 (±0.013770425)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ430430430
Spacing430430430
セルA=B=C: 399.9 Å
α=β=γ: 90.0 °

-
添付データ

-
ハーフマップ: #1

ファイルemd_48923_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
ハーフマップ: #2

ファイルemd_48923_half_map_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
試料の構成要素

-
全体 : P-Type ATPase

全体名称: P-Type ATPase
要素
  • 細胞器官・細胞要素: P-Type ATPase
    • タンパク質・ペプチド: Magnesium-transporting ATPase, P-type 1
  • リガンド: MAGNESIUM ION
  • リガンド: BERYLLIUM TRIFLUORIDE ION

-
超分子 #1: P-Type ATPase

超分子名称: P-Type ATPase / タイプ: organelle_or_cellular_component / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1
由来(天然)生物種: Lactococcus lactis subsp. lactis (乳酸菌)

-
分子 #1: Magnesium-transporting ATPase, P-type 1

分子名称: Magnesium-transporting ATPase, P-type 1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO / EC番号: P-type Mg2+ transporter
由来(天然)生物種: Lactococcus lactis subsp. lactis (乳酸菌)
分子量理論値: 101.503906 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列: MHHHHHHHHL EMKKIRKTLE NTKRATTFVD NNEINARLEF AKTSTKEELF QKFKTSNKGL SEEQVEISRE QYGDNTITRG KKSSLIKRL YQAFINPFTI ILFVLALVSA FTDIILAAPG EKNPQGLIII TTMVLISGIL RFVQETRSGN AAENLLKMIT T TTNVHRLE ...文字列:
MHHHHHHHHL EMKKIRKTLE NTKRATTFVD NNEINARLEF AKTSTKEELF QKFKTSNKGL SEEQVEISRE QYGDNTITRG KKSSLIKRL YQAFINPFTI ILFVLALVSA FTDIILAAPG EKNPQGLIII TTMVLISGIL RFVQETRSGN AAENLLKMIT T TTNVHRLE SGSQEIPIEE VLVGDIIHLS AGDMVPADLR IIQAKDLFIS QASLTGESEP VEKLDLATAA AAASITESVN LA FMGSNVI SGSAYGVVIA TGDATIFGEM AKSVTEDSTK TTFEKGVNSV SWVLIRFMLV MVPFVLLING FTKGDWMEAA LFA LAVAVG LTPEMLPMIV TTCLAKGAVT MSKEKTIIKN LNSIQNLGSM NILCTDKTGT LTQDKVVLMR HLDIHGQENI RVLR HGFLN SYYQTGLKNL MDLAIIEGAE AKQDKNPELG GLSSKYTKVD EIPFDFERRR MSVVVKSNTN GATSKTQMIT KGAAE EMLD ICTLVEDKGN VVHLTPELRA YILKKVDELN EEGMRVILVA QKTNPSPIDT FSVQDESEMV LMGYLAFLDP PKESTA KAI KALNKYGVSV KILTGDNDKV TRSVCKQVGL PVDKTILGSD IDQLDDNELA AVAAAASVFA KLSPQQKARI VTTLRNS GN SVGYMGDGIN DAAAMKSSDV GISVDSAVDI AKESADVILL EKDLMVLEKG IIEGRKTYAN MIKYIKMTAS SNFGNMFS V LIASAFLPFI PMLSIHILLL NLIYDFSCTA IPWDNVDEEY LVVPRKWDAS SVSKFMLWIG PTSSVFDITT YLLMFFVIC PATFGPFSSL VPGSVAYIGF IALFHTGWFV ESMWTQTLVI HMIRTPKIPF LQSRASAPLT ILTFMGIIGL TIIPFTSFGH SIGLMALPI NFFPWLILTV VMYMMLVTIF KKIFVSKYGE LL

UniProtKB: Magnesium-transporting ATPase, P-type 1

-
分子 #2: MAGNESIUM ION

分子名称: MAGNESIUM ION / タイプ: ligand / ID: 2 / コピー数: 4 / 式: MG
分子量理論値: 24.305 Da

-
分子 #3: BERYLLIUM TRIFLUORIDE ION

分子名称: BERYLLIUM TRIFLUORIDE ION / タイプ: ligand / ID: 3 / コピー数: 2 / 式: BEF
分子量理論値: 66.007 Da
Chemical component information

ChemComp-BEF:
BERYLLIUM TRIFLUORIDE ION

-
実験情報

-
構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

-
試料調製

濃度14 mg/mL
緩衝液pH: 7.5
凍結凍結剤: NITROGEN

-
電子顕微鏡法

顕微鏡TFS KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: TFS FALCON 4i (4k x 4k)
平均電子線量: 45.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.5 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 0.8 µm
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

+
画像解析

CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING ONLY
初期モデルモデルのタイプ: NONE
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 2.59 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 252574
初期 角度割当タイプ: NOT APPLICABLE
最終 角度割当タイプ: NOT APPLICABLE

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る