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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-4887 | |||||||||
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タイトル | Cryo-EM reconstruction of Thermus thermophilus bactofilin double helical filaments | |||||||||
マップデータ | Thermus thermophilus bactofilin double filament | |||||||||
試料 |
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キーワード | Prokaryotic cytoskeletons / PROTEIN FIBRIL | |||||||||
機能・相同性 | Bactofilin A/B / Polymer-forming cytoskeletal / Polymer-forming cytoskeletal protein 機能・相同性情報 | |||||||||
生物種 | Thermus thermophilus (strain HB8 / ATCC 27634 / DSM 579) (バクテリア) | |||||||||
手法 | らせん対称体再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 4.2 Å | |||||||||
データ登録者 | Deng X / Lowe J | |||||||||
資金援助 | 英国, 2件
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引用 | ジャーナル: Nat Microbiol / 年: 2019 タイトル: The structure of bactofilin filaments reveals their mode of membrane binding and lack of polarity. 著者: Xian Deng / Andres Gonzalez Llamazares / James M Wagstaff / Victoria L Hale / Giuseppe Cannone / Stephen H McLaughlin / Danguole Kureisaite-Ciziene / Jan Löwe / 要旨: Bactofilins are small β-helical proteins that form cytoskeletal filaments in a range of bacteria. Bactofilins have diverse functions, from cell stalk formation in Caulobacter crescentus to ...Bactofilins are small β-helical proteins that form cytoskeletal filaments in a range of bacteria. Bactofilins have diverse functions, from cell stalk formation in Caulobacter crescentus to chromosome segregation and motility in Myxococcus xanthus. However, the precise molecular architecture of bactofilin filaments has remained unclear. Here, sequence analysis and electron microscopy results reveal that, in addition to being widely distributed across bacteria and archaea, bactofilins are also present in a few eukaryotic lineages such as the Oomycetes. Electron cryomicroscopy analysis demonstrated that the sole bactofilin from Thermus thermophilus (TtBac) forms constitutive filaments that polymerize through end-to-end association of the β-helical domains. Using a nanobody, we determined the near-atomic filament structure, showing that the filaments are non-polar. A polymerization-impairing mutation enabled crystallization and structure determination, while reaffirming the lack of polarity and the strength of the β-stacking interface. To confirm the generality of the lack of polarity, we performed coevolutionary analysis on a large set of sequences. Finally, we determined that the widely conserved N-terminal disordered tail of TtBac is responsible for direct binding to lipid membranes, both on liposomes and in Escherichia coli cells. Membrane binding is probably a common feature of these widespread but only recently discovered filaments of the prokaryotic cytoskeleton. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | EMマップ: SurfViewMolmilJmol/JSmol |
添付画像 |
-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_4887.map.gz | 96.2 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-4887-v30.xml emd-4887.xml | 9.8 KB 9.8 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
画像 | emd_4887.png | 528.9 KB | ||
Filedesc metadata | emd-4887.cif.gz | 5.2 KB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-4887 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-4887 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_4887_validation.pdf.gz | 589.2 KB | 表示 | EMDB検証レポート |
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文書・詳細版 | emd_4887_full_validation.pdf.gz | 588.7 KB | 表示 | |
XML形式データ | emd_4887_validation.xml.gz | 6.7 KB | 表示 | |
CIF形式データ | emd_4887_validation.cif.gz | 7.6 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-4887 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-4887 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_4887.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 103 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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注釈 | Thermus thermophilus bactofilin double filament | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
投影像・断面図 | 画像のコントロール
画像は Spider により作成 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.07 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
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-添付データ
-試料の構成要素
-全体 : bactofilin
全体 | 名称: bactofilin |
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要素 |
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-超分子 #1: bactofilin
超分子 | 名称: bactofilin / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all |
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由来(天然) | 生物種: Thermus thermophilus (strain HB8 / ATCC 27634 / DSM 579) (バクテリア) |
-分子 #1: bactofilin
分子 | 名称: bactofilin / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 22 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Thermus thermophilus (strain HB8 / ATCC 27634 / DSM 579) (バクテリア) |
分子量 | 理論値: 13.142075 KDa |
組換発現 | 生物種: Escherichia coli (大腸菌) |
配列 | 文字列: MGRMLGRKER TLTYLGPDTE VLGDMRAKGQ VRIDGLVRGS VLVEGELEVG PTGRVEGERV EARSVLIHGE VKAELTAEKV VLSKTARFT GQLKAQALEV EAGAVFVGQS VAGEHKALEA PKEA UniProtKB: Polymer-forming cytoskeletal protein |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | らせん対称体再構成法 |
試料の集合状態 | helical array |
-試料調製
緩衝液 | pH: 11 |
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凍結 | 凍結剤: ETHANE |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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撮影 | フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON III (4k x 4k) 検出モード: COUNTING / 実像数: 2130 / 平均電子線量: 40.0 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
-画像解析
最終 再構成 | 想定した対称性 - らせんパラメータ - Δz: 57.46 Å 想定した対称性 - らせんパラメータ - ΔΦ: 4.89 ° 想定した対称性 - らせんパラメータ - 軸対称性: C1 (非対称) 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 4.2 Å / 解像度の算出法: OTHER / 詳細: FSC: map versus refined atomic model / 使用した粒子像数: 346000 |
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初期モデル | モデルのタイプ: OTHER / 詳細: RELION 3 |
最終 角度割当 | タイプ: NOT APPLICABLE |
-原子モデル構築 1
精密化 | プロトコル: AB INITIO MODEL |
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得られたモデル | PDB-6rib: |