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万見
- EMDB-48863: Type IV-A1 CRISPR effector complex bound to dsDNA and CasDinG - l... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-48863
タイトルType IV-A1 CRISPR effector complex bound to dsDNA and CasDinG - locked state
マップデータ
試料
  • 複合体: Type IV-A1 effector complex bound to CasDinG (locked state)
    • タンパク質・ペプチド: CRISPR type AFERR-associated protein Csf1 (Cas8)
    • タンパク質・ペプチド: CCRISPR type AFERR-associated protein Csf3 (Cas5)
    • タンパク質・ペプチド: CRISPR type AFERR-associated protein Csf2 (Cas7)
    • タンパク質・ペプチド: CRISPR type AFERR-associated protein Csf5 (Cas6)
    • RNA: crRNA (61-MER)
    • DNA: DNA, non-target strand (47-MER)
    • DNA: DNA, target strand (47-MER)
    • タンパク質・ペプチド: CRISPR-associated DEAD/DEAH-box helicase CasDinG
  • リガンド: ZINC ION
キーワードCRISPR / transcriptional regulation / helicase / DNA BINDING PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


hydrolase activity, acting on acid anhydrides, in phosphorus-containing anhydrides / helicase activity / nucleic acid binding / metal ion binding / ATP binding
類似検索 - 分子機能
CRISPR-associated protein, Csf1 family / CRISPR type IV/AFERR-associated protein Csf2 / : / CRISPR-associated protein Csf1 / CRISPR type IV associated protein Csf3 / : / Type IV CRISPR-associated endonuclease Csf5 / ATP-dependent helicase, C-terminal / Helicase C-terminal domain / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase
類似検索 - ドメイン・相同性
CasDinG / Csf1 / Csf3 / Csf2 / Csf5
類似検索 - 構成要素
生物種Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌) / synthetic construct (人工物)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.04 Å
データ登録者Kiernan KA / Taylor DW
資金援助 米国, 3件
OrganizationGrant number国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)R35GM138348 米国
Welch FoundationF-1938-20200401 米国
American Cancer SocietyRSG-21-050-01-DMC 米国
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Locked and loaded: mechanisms of CasDinG recruitment to the type IV-A1 CRISPR effector complex
著者: Kiernan KA / Taylor DW
履歴
登録2025年2月1日-
ヘッダ(付随情報) 公開2026年8月5日-
マップ公開2026年8月5日-
更新2026年8月12日-
現状2026年8月12日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_48863.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_48863.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 512 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
0.83 Å/pix.
x 512 pix.
= 426.598 Å		0.83 Å/pix.
x 512 pix.
= 426.598 Å		0.83 Å/pix.
x 512 pix.
= 426.598 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.8332 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.3
最小 - 最大-0.32744005 - 1.2788124
平均 (標準偏差)0.004425407 (±0.032989614)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ512512512
Spacing512512512
セルA=B=C: 426.5984 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : Type IV-A1 effector complex bound to CasDinG (locked state)

全体名称: Type IV-A1 effector complex bound to CasDinG (locked state)
要素
  • 複合体: Type IV-A1 effector complex bound to CasDinG (locked state)
    • タンパク質・ペプチド: CRISPR type AFERR-associated protein Csf1 (Cas8)
    • タンパク質・ペプチド: CCRISPR type AFERR-associated protein Csf3 (Cas5)
    • タンパク質・ペプチド: CRISPR type AFERR-associated protein Csf2 (Cas7)
    • タンパク質・ペプチド: CRISPR type AFERR-associated protein Csf5 (Cas6)
    • RNA: crRNA (61-MER)
    • DNA: DNA, non-target strand (47-MER)
    • DNA: DNA, target strand (47-MER)
    • タンパク質・ペプチド: CRISPR-associated DEAD/DEAH-box helicase CasDinG
  • リガンド: ZINC ION

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超分子 #1: Type IV-A1 effector complex bound to CasDinG (locked state)

超分子名称: Type IV-A1 effector complex bound to CasDinG (locked state)
タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#8
由来(天然)生物種: Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌)

+
分子 #1: CRISPR type AFERR-associated protein Csf1 (Cas8)

分子名称: CRISPR type AFERR-associated protein Csf1 (Cas8) / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌)
分子量理論値: 27.036002 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列: MRYPSDIVDQ VLKAGPDKGL LTWEGVDAAC SHCSRPIQNG DLYSPSSVGA FFSDTRDLAS TSRSICWRCV VLRKKPMLYG LSAAVVTQD GIYSISKDVN KAWLFTTPPP APFLVVHSSS TMQHLSWRTP VTLDNRRIHV RYGPNLFIVR PEVVRKALSI A DRVNEGQK ...文字列:
MRYPSDIVDQ VLKAGPDKGL LTWEGVDAAC SHCSRPIQNG DLYSPSSVGA FFSDTRDLAS TSRSICWRCV VLRKKPMLYG LSAAVVTQD GIYSISKDVN KAWLFTTPPP APFLVVHSSS TMQHLSWRTP VTLDNRRIHV RYGPNLFIVR PEVVRKALSI A DRVNEGQK KWVTPVYFDR KAAAMGHGLI TRAGAEMLTQ EEQEFFQSVT PGERWALSYL MHSKRPEPEV GECITEKVMT SL N

UniProtKB: Csf1

+
分子 #2: CCRISPR type AFERR-associated protein Csf3 (Cas5)

分子名称: CCRISPR type AFERR-associated protein Csf3 (Cas5) / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌)
分子量理論値: 24.421953 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列: MVNLKVTIDL SNPMMEPGDL LHLDALLGAL RVSRARAEHG DAINPRDYHY DLPLERYQAP SGDWVFKASA FKLKRQLPNQ MWMQTGRLS IVEAARHRQS GYLQLRAGKP NPAGGPFKTS IYHRPIVQAE LTAFCVGDQQ GIEALLSECR QIGGKRGVGF G QVAGFKVE ...文字列:
MVNLKVTIDL SNPMMEPGDL LHLDALLGAL RVSRARAEHG DAINPRDYHY DLPLERYQAP SGDWVFKASA FKLKRQLPNQ MWMQTGRLS IVEAARHRQS GYLQLRAGKP NPAGGPFKTS IYHRPIVQAE LTAFCVGDQQ GIEALLSECR QIGGKRGVGF G QVAGFKVE PVAETDCPWS WRALPADADP RLVTSEHARC IAAIRGPYWD RTLHVEALAP TP

UniProtKB: Csf3

+
分子 #3: CRISPR type AFERR-associated protein Csf2 (Cas7)

分子名称: CRISPR type AFERR-associated protein Csf2 (Cas7) / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 5 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌)
分子量理論値: 38.623707 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列: MWSHPQFEKG AMQIEVTVRN ITPIFSAAPG SNYITIDGTI NPPPGVSRFP LVRTRMMYVA ADVGDGVIKS VPLQIVPGNT MRSLLRRTM LKHVIEPALV EKGNKLSIGA YATAYSGNAT GNPDGVPSSF DEIATMRAHP FIGLFGGGPR MLEGRLMVDS L YPIHTNAE ...文字列:
MWSHPQFEKG AMQIEVTVRN ITPIFSAAPG SNYITIDGTI NPPPGVSRFP LVRTRMMYVA ADVGDGVIKS VPLQIVPGNT MRSLLRRTM LKHVIEPALV EKGNKLSIGA YATAYSGNAT GNPDGVPSSF DEIATMRAHP FIGLFGGGPR MLEGRLMVDS L YPIHTNAE RILGAGYENE MMSGPITQVV WARRMDPILN LGSSEDVEVI NGGAVAANGW IQDLLANSKA AASKKKKAAA DE DESDGAA EENGRGLKAF NAHEVVIPGL KWVWRISLDR PTDAQVGLVL LALNKMTNER IAGGHSKDYG RFVIDGVSLN GEQ VWSQSG ITGGEQYFDA VAEAIDGLSS KEFEQFAQSA KEA

UniProtKB: Csf2

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分子 #4: CRISPR type AFERR-associated protein Csf5 (Cas6)

分子名称: CRISPR type AFERR-associated protein Csf5 (Cas6) / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌)
分子量理論値: 25.398381 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列: MFVKQVFFDL GARIHADEAR ALVAKLLDDT QPGLVSALMN YMPASKTSKT EFPLVQFSNF NQGFALLGFG EVGAQILSDA TPIIHDAMA KLFASRGQGV VVQVSSRDVP LSCEKRPYGL QYTVAKMVVQ KKHEHRERLA NPETGKVFLE GLFLRSLERQ A AAVGMVLP ...文字列:
MFVKQVFFDL GARIHADEAR ALVAKLLDDT QPGLVSALMN YMPASKTSKT EFPLVQFSNF NQGFALLGFG EVGAQILSDA TPIIHDAMA KLFASRGQGV VVQVSSRDVP LSCEKRPYGL QYTVAKMVVQ KKHEHRERLA NPETGKVFLE GLFLRSLERQ A AAVGMVLP RDLVVSFKGA ERVSSVKLRP DSTLAHGSLR HAVFEVNARL GGLWSVGFLL SKGFGHINTD LQLG

UniProtKB: Csf5

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分子 #8: CRISPR-associated DEAD/DEAH-box helicase CasDinG

分子名称: CRISPR-associated DEAD/DEAH-box helicase CasDinG / タイプ: protein_or_peptide / ID: 8 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌)
分子量理論値: 81.111812 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列: MASWSHPQFE KGAENLYFQS NAMKLAQGAF VDVIRIGALS PPTDQRSLWA RTLLSEAVDQ GLDSLPVPLQ DVSTFTVTLQ PALAVRLKA LADQHNTPVS VYAAGLIEAM RRRSESGSVA EAPMELPADA LPGEGAVREV LRPLLKQAAE KTAAGKIVFA E AATGTGKG ...文字列:
MASWSHPQFE KGAENLYFQS NAMKLAQGAF VDVIRIGALS PPTDQRSLWA RTLLSEAVDQ GLDSLPVPLQ DVSTFTVTLQ PALAVRLKA LADQHNTPVS VYAAGLIEAM RRRSESGSVA EAPMELPADA LPGEGAVREV LRPLLKQAAE KTAAGKIVFA E AATGTGKG RMIASLAAAA AIKGDTVVVS APLAVTWQLV NDMKDIPEVR RVGLTLSLGR PNFISPQRTL EWAIDNERAD LA AWIEGGG KPLSLRSMET SKVISHELCW LLEDALLLAE DLPADSLLLT SEDPADCPAQ QLYVAMRSNY TEAGIILCSH FML AAHTRM MQMRGLGNDE ELDDEAPTGL SLPHFIDTLI VDEAHLLEQA FASVYTHTLR LRPLMRTIEG LGSRGRKPAL DALK ELFTQ MQVASARSTN TSLNVPLSDV PELIPALKDT VKTLGALPTK GMSRDARSVI RIATRAANDA LSGHSRLRIE VTPVH SYPM LLSGRSNLQR ALLGLWNATG GATLVSATLF TTGDNGSLTR WKLEVPTERA AFLPPVHPAW TTAPVLLHKE FCAHEP DDS PEWATECAQT IQGVASTAQG GTLVLCTSYQ NTELLAGRLG AALGDRLIVQ SKTSSAATCL AQFKAKHKAG IRPVWLG LG AAWTGIDLSD HSLPDNPELD RLLSDLVITR IPVGQNRSLT HERRTAIGGF RIISQEAAWH FRQGLGRLVR RPGVTHKN L WVLDARIYGG AAWVAPFRQI LDRYKKA

UniProtKB: CasDinG

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分子 #5: crRNA (61-MER)

分子名称: crRNA (61-MER) / タイプ: rna / ID: 5 / コピー数: 1
由来(天然)生物種: Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌)
分子量理論値: 19.837855 KDa
配列文字列:
GUGAACGGUG GAGCAACACC UGAAGGAAGG CUUGAUGAGC GUGUUCCCCG CAUACGCGGG G

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分子 #6: DNA, non-target strand (47-MER)

分子名称: DNA, non-target strand (47-MER) / タイプ: dna / ID: 6 / コピー数: 1 / 分類: DNA
由来(天然)生物種: synthetic construct (人工物)
分子量理論値: 14.603382 KDa
配列文字列:
(DT)(DC)(DA)(DC)(DG)(DC)(DT)(DA)(DG)(DT) (DG)(DG)(DA)(DG)(DC)(DA)(DA)(DC)(DA)(DC) (DC)(DT)(DG)(DA)(DA)(DG)(DG)(DA)(DA) (DG)(DG)(DC)(DT)(DT)(DG)(DA)(DT)(DG)(DA) (DG) (DC)(DA)(DA)(DG)(DT)(DG)(DC)

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分子 #7: DNA, target strand (47-MER)

分子名称: DNA, target strand (47-MER) / タイプ: dna / ID: 7 / コピー数: 1 / 分類: DNA
由来(天然)生物種: synthetic construct (人工物)
分子量理論値: 14.349179 KDa
配列文字列:
(DG)(DC)(DA)(DC)(DT)(DT)(DG)(DC)(DT)(DC) (DA)(DT)(DC)(DA)(DA)(DG)(DC)(DC)(DT)(DT) (DC)(DC)(DT)(DT)(DC)(DA)(DG)(DG)(DT) (DG)(DT)(DT)(DG)(DC)(DT)(DC)(DC)(DA)(DC) (DT) (DA)(DG)(DC)(DG)(DT)(DG)(DA)

+
分子 #9: ZINC ION

分子名称: ZINC ION / タイプ: ligand / ID: 9 / コピー数: 1 / 式: ZN
分子量理論値: 65.409 Da

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 8
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡TFS KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOCONTINUUM (6k x 4k)
平均電子線量: 80.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.2 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.2 µm
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
初期モデルモデルのタイプ: NONE
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.04 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 38045
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD

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原子モデル構築 1

初期モデルPDB ID:

7xg3


Chain - Source name: PDB / Chain - Initial model type: experimental model
得られたモデル

PDB-9n3z:
Type IV-A1 CRISPR effector complex bound to dsDNA and CasDinG - locked state

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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