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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-48848
タイトルCryo EM structure of LukAB (LukGH) toxin from Staphylococcus aureus in complex with neutralizing Fab STAU-15
マップデータStructure of LukAB (LukGH) toxin from Staphylococcus aureus in complex with neutralizing Fab STAU-15structure of LukAB (LukGH) toxin from Staphylococcus aureus in complex with neutralizing Fab STAU-15
試料
  • 複合体: LukAB (LukGH) toxin from Staphylococcus aureus in complex with neutralizing Fab STAU-15
    • タンパク質・ペプチド: leukocidin-like protein 1
    • タンパク質・ペプチド: leukocidin-like protein 2
    • タンパク質・ペプチド: STAU-15 Heavy Chain
    • タンパク質・ペプチド: STAU-15 Light Chain
キーワードmAb / TOXIN / IMMUNE SYSTEM-Toxin complex
機能・相同性Bi-component toxin, staphylococci / Leukocidin/Hemolysin toxin / Leukocidin/Hemolysin toxin family / Leukocidin/porin MspA superfamily / cytolysis in another organism / extracellular region / Uncharacterized leukocidin-like protein 2 / Uncharacterized leukocidin-like protein 1
機能・相同性情報
生物種Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌) / Homo sapiens (ヒト)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.9 Å
データ登録者Binshtein E / Crowe JE
資金援助 米国, 1件
OrganizationGrant number国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)R01 AI139172 米国
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Cryo EM structure of LukAB (LukGH) toxin from Staphylococcus aureus in complex with neutralizing Fab STAU-15
著者: Binshtein E / Crowe JE
履歴
登録2025年1月30日-
ヘッダ(付随情報) 公開2026年2月4日-
マップ公開2026年2月4日-
更新2026年2月4日-
現状2026年2月4日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_48848.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_48848.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 125 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Structure of LukAB (LukGH) toxin from Staphylococcus aureus in complex with neutralizing Fab STAU-15structure of LukAB (LukGH) toxin from Staphylococcus aureus in complex with neutralizing Fab STAU-15
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.12 Å/pix.
x 320 pix.
= 359.92 Å		1.12 Å/pix.
x 320 pix.
= 359.92 Å		1.12 Å/pix.
x 320 pix.
= 359.92 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.12475 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.03
最小 - 最大-0.0017840378 - 2.146112
平均 (標準偏差)0.00036706813 (±0.014236644)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ320320320
Spacing320320320
セルA=B=C: 359.92 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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ハーフマップ: Half Map A

ファイルemd_48848_half_map_1.map
注釈Half Map A
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: Half Map B

ファイルemd_48848_half_map_2.map
注釈Half Map B
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : LukAB (LukGH) toxin from Staphylococcus aureus in complex with ne...

全体名称: LukAB (LukGH) toxin from Staphylococcus aureus in complex with neutralizing Fab STAU-15
要素
  • 複合体: LukAB (LukGH) toxin from Staphylococcus aureus in complex with neutralizing Fab STAU-15
    • タンパク質・ペプチド: leukocidin-like protein 1
    • タンパク質・ペプチド: leukocidin-like protein 2
    • タンパク質・ペプチド: STAU-15 Heavy Chain
    • タンパク質・ペプチド: STAU-15 Light Chain

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超分子 #1: LukAB (LukGH) toxin from Staphylococcus aureus in complex with ne...

超分子名称: LukAB (LukGH) toxin from Staphylococcus aureus in complex with neutralizing Fab STAU-15
タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all
由来(天然)生物種: Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌)

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分子 #1: leukocidin-like protein 1

分子名称: leukocidin-like protein 1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌)
分子量理論値: 35.825539 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli BL21 (大腸菌)
配列文字列: SLKINSEIKQ VSEKNLDGDT KMYTRTATTS DSQKNITQSL QFNFLTEPNY DKETVFIKAK GTIGSGLRIL DPNGYWNSTL RWPGSYSVS IQNVDDNNNT NVTDFAPKNQ DESREVKYTY GYKTGGDFSI NRGGLTGNIT KESNYSETIS YQQPSYRTLL D QSTSHKGV ...文字列:
SLKINSEIKQ VSEKNLDGDT KMYTRTATTS DSQKNITQSL QFNFLTEPNY DKETVFIKAK GTIGSGLRIL DPNGYWNSTL RWPGSYSVS IQNVDDNNNT NVTDFAPKNQ DESREVKYTY GYKTGGDFSI NRGGLTGNIT KESNYSETIS YQQPSYRTLL D QSTSHKGV GWKVEAHLIN NMGHDHTRQL TNDSDNRTKS EIFSLTRNGN LWAKDNFTPK DKMPVTVSEG FNPEFLAVMS HD KKDKGKS QFVVHYKRSM DEFKIDWNRH GFWGYWSGEN HVDKKEEKLS ALYEVDWKTH NVKFVKVLND NEKK

UniProtKB: Uncharacterized leukocidin-like protein 1

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分子 #2: leukocidin-like protein 2

分子名称: leukocidin-like protein 2 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌)
分子量理論値: 37.143102 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli BL21 (大腸菌)
配列文字列: DSQDQNKKEH VDKSQQKDKR NVTNKDKNST APDDIGKNGK ITKRTETVYD EKTNILQNLQ FDFIDDPTYD KNVLLVKKQG SIHSNLKFE SHKEEKNSNW LKYPSEYHVD FQVKRNRKTE ILDQLPKNKI STAKVDSTFS YSSGGKFDST KGIGRTSSNS Y SKTISYNQ ...文字列:
DSQDQNKKEH VDKSQQKDKR NVTNKDKNST APDDIGKNGK ITKRTETVYD EKTNILQNLQ FDFIDDPTYD KNVLLVKKQG SIHSNLKFE SHKEEKNSNW LKYPSEYHVD FQVKRNRKTE ILDQLPKNKI STAKVDSTFS YSSGGKFDST KGIGRTSSNS Y SKTISYNQ QNYDTIASGK NNNWHVHWSV IANDLKYGGE VKNRNDELLF YRNTRIATVE NPELSFASKY RYPALVRSGF NP EFLTYLS NEKSNEKTQF EVTYTRNQDI LKNRPGIHYA PPILEKNKDG QRLIVTYEVD WKNKTVKVVD KYSDDNKPYK EG

UniProtKB: Uncharacterized leukocidin-like protein 2

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分子 #3: STAU-15 Heavy Chain

分子名称: STAU-15 Heavy Chain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 13.288911 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列:
QVQLVQSGGG VVQPGRSLRL SCAASGFSFS TYDMNWVRQA PGKGLEWLSI ISYDETNKYY ADSVKGRFTI SRDNSKNTLF LQMNSLKPE DSAVYHCVKV GWTLVGDGVD MWGQGTLVTV SS

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分子 #4: STAU-15 Light Chain

分子名称: STAU-15 Light Chain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 11.438823 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列:
AIRMTQSPSS LSASVGDRVT ISCRASQGIS HYLAWYQQQP GKVPKLLIYA ASTLQSGVPS RFSGSGSGTD FTLTISSLQP EDVATYYCQ KYNGAPFTFG PGTKVDIK

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 8
グリッドモデル: Quantifoil R1.2/1.3 / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 %

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電子顕微鏡法

顕微鏡TFS KRIOS
特殊光学系エネルギーフィルター - 名称: GIF Bioquantum / エネルギーフィルター - スリット幅: 20 eV
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 撮影したグリッド数: 3 / 実像数: 24959 / 平均電子線量: 61.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系C2レンズ絞り径: 50.0 µm / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.0 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.0 µm / 倍率（公称値）: 105000
試料ステージ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
ホルダー冷却材: NITROGEN
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

CTF補正ソフトウェア - 名称: CTFFIND / タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
初期モデルモデルのタイプ: INSILICO MODEL
最終 再構成想定した対称性 - 点群: C1 (非対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.9 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 121805
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
FSC曲線 (解像度の算出)

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原子モデル構築 1

初期モデルChain - Source name: AlphaFold / Chain - Initial model type: in silico model
精密化プロトコル: AB INITIO MODEL
得られたモデル

PDB-9n38:
Cryo EM structure of LukAB (LukGH) toxin from Staphylococcus aureus in complex with neutralizing Fab STAU-15

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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