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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-4882 | |||||||||
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タイトル | Cryo-EM structure of E. coli RNA polymerase elongation complex bound to CTP substrate | |||||||||
マップデータ | ||||||||||
試料 |
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キーワード | E. coli RNA polymerase / CTP / GreB / Elongation complex / TRANSCRIPTION | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 submerged biofilm formation / cellular response to cell envelope stress / cytosolic DNA-directed RNA polymerase complex / regulation of DNA-templated transcription initiation / bacterial-type flagellum assembly / bacterial-type flagellum-dependent cell motility / nitrate assimilation / DNA-directed RNA polymerase complex / transcription elongation factor complex / regulation of DNA-templated transcription elongation ...submerged biofilm formation / cellular response to cell envelope stress / cytosolic DNA-directed RNA polymerase complex / regulation of DNA-templated transcription initiation / bacterial-type flagellum assembly / bacterial-type flagellum-dependent cell motility / nitrate assimilation / DNA-directed RNA polymerase complex / transcription elongation factor complex / regulation of DNA-templated transcription elongation / DNA-templated transcription initiation / transcription antitermination / cell motility / ribonucleoside binding / DNA-directed 5'-3' RNA polymerase activity / DNA-directed RNA polymerase / response to heat / intracellular iron ion homeostasis / protein dimerization activity / response to antibiotic / DNA-templated transcription / magnesium ion binding / DNA binding / zinc ion binding / membrane / cytosol / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Escherichia coli K-12 (大腸菌) | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.6 Å | |||||||||
データ登録者 | Abdelkareem M / Saint-Andre C | |||||||||
資金援助 | フランス, 1件
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引用 | ジャーナル: Mol Cell / 年: 2019 タイトル: Structural Basis of Transcription: RNA Polymerase Backtracking and Its Reactivation. 著者: Mo'men Abdelkareem / Charlotte Saint-André / Maria Takacs / Gabor Papai / Corinne Crucifix / Xieyang Guo / Julio Ortiz / Albert Weixlbaumer / 要旨: Regulatory sequences or erroneous incorporations during DNA transcription cause RNA polymerase backtracking and inactivation in all kingdoms of life. Reactivation requires RNA transcript cleavage. ...Regulatory sequences or erroneous incorporations during DNA transcription cause RNA polymerase backtracking and inactivation in all kingdoms of life. Reactivation requires RNA transcript cleavage. Essential transcription factors (GreA and GreB, or TFIIS) accelerate this reaction. We report four cryo-EM reconstructions of Escherichia coli RNA polymerase representing the entire reaction pathway: (1) a backtracked complex; a backtracked complex with GreB (2) before and (3) after RNA cleavage; and (4) a reactivated, substrate-bound complex with GreB before RNA extension. Compared with eukaryotes, the backtracked RNA adopts a different conformation. RNA polymerase conformational changes cause distinct GreB states: a fully engaged GreB before cleavage; a disengaged GreB after cleavage; and a dislodged, loosely bound GreB removed from the active site to allow RNA extension. These reconstructions provide insight into the catalytic mechanism and dynamics of RNA cleavage and extension and suggest how GreB targets backtracked complexes without interfering with canonical transcription. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | EMマップ: SurfViewMolmilJmol/JSmol |
添付画像 |
-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_4882.map.gz | 86 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-4882-v30.xml emd-4882.xml | 23.6 KB 23.6 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
画像 | emd_4882.png | 44.6 KB | ||
Filedesc metadata | emd-4882.cif.gz | 8.5 KB | ||
その他 | emd_4882_additional.map.gz | 3.7 MB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-4882 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-4882 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_4882_validation.pdf.gz | 549.2 KB | 表示 | EMDB検証レポート |
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文書・詳細版 | emd_4882_full_validation.pdf.gz | 548.8 KB | 表示 | |
XML形式データ | emd_4882_validation.xml.gz | 6.5 KB | 表示 | |
CIF形式データ | emd_4882_validation.cif.gz | 7.4 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-4882 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-4882 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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「今月の分子」の関連する項目 |
-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_4882.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 91.1 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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投影像・断面図 | 画像のコントロール
画像は Spider により作成 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.042 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
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-添付データ
-追加マップ: #1
ファイル | emd_4882_additional.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-試料の構成要素
+全体 : Cryo-EM structure of E. coli RNA polymerase elongation complex bo...
+超分子 #1: Cryo-EM structure of E. coli RNA polymerase elongation complex bo...
+超分子 #2: RNA polymerase
+超分子 #3: nucleic acids
+分子 #1: Non-template DNA
+分子 #2: Template DNA
+分子 #3: DNA-directed RNA polymerase subunit alpha
+分子 #4: DNA-directed RNA polymerase subunit beta
+分子 #5: DNA-directed RNA polymerase subunit beta'
+分子 #6: DNA-directed RNA polymerase subunit omega
+分子 #7: RNA
+分子 #8: ZINC ION
+分子 #9: CYTIDINE-5'-TRIPHOSPHATE
+分子 #10: MAGNESIUM ION
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
緩衝液 | pH: 8 |
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凍結 | 凍結剤: ETHANE |
詳細 | Cryo-EM structure of E. coli RNA polymerase elongation complex bound to CTP substrate |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k) 平均電子線量: 46.0 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
-画像解析
初期モデル | モデルのタイプ: NONE / 詳細: Ab-initio reconstruction |
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最終 再構成 | 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.6 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 107124 |
初期 角度割当 | タイプ: NOT APPLICABLE / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC |
最終 角度割当 | タイプ: NOT APPLICABLE / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC |