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- EMDB-48791: 2.71A Bornavirus L-P complex (after incubation with RNA/NTP) (state 1) -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-48791
タイトル2.71A Bornavirus L-P complex (after incubation with RNA/NTP) (state 1)
マップデータ2.71A Bornavirus L-P complex (after incubation with RNA/NTP) - sharpened map (state 1)
試料
  • 複合体: Bornavirus L-P complex (after incubation with RNA/NTP) (state 1)
    • タンパク質・ペプチド: RNA-directed RNA polymerase
    • タンパク質・ペプチド: P protein
  • リガンド: ZINC ION
キーワードBornavirus / L protein / phosphoprotein / RNA-dependent RNA polymerase / PRNTase / GDP polyribonucleotidyl transferase / RNA capping / viral replication / TRANSFERASE / VIRAL PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


virion component / host cell / mRNA 5'-cap (guanine-N7-)-methyltransferase activity / RNA-directed RNA polymerase / RNA-directed RNA polymerase activity / ATP binding
類似検索 - 分子機能
Borna disease virus P24 / Borna disease virus P24 protein / Mononegavirales RNA-directed RNA polymerase catalytic domain / Mononegavirales mRNA-capping domain V / Mononegavirales RNA dependent RNA polymerase / Mononegavirales mRNA-capping region V / RdRp of negative ssRNA viruses with non-segmented genomes catalytic domain profile.
類似検索 - ドメイン・相同性
RNA-directed RNA polymerase / P protein
類似検索 - 構成要素
生物種Orthobornavirus (ウイルス)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.71 Å
データ登録者Liu B / Yang G / Wang D
資金援助1件
OrganizationGrant number国
Not funded
引用ジャーナル: Proc Natl Acad Sci U S A / 年: 2025
タイトル: Structural insights into the dynamic mechanism of bornavirus polymerase.
著者: Ge Yang / Dong Wang / Bin Liu /
要旨: Borna disease virus 1 (BoDV-1), an emerging zoonotic pathogen from the family, is neurotropic and can infect a variety of mammalian hosts, including humans. Linked to severe encephalitis and high ...Borna disease virus 1 (BoDV-1), an emerging zoonotic pathogen from the family, is neurotropic and can infect a variety of mammalian hosts, including humans. Linked to severe encephalitis and high mortality, BoDV-1 currently lacks licensed treatments or vaccines. The BoDV-1 polymerase complex, comprising the large (L) and phosphoprotein (P) subunits, is crucial for viral replication and transcription, making it a promising target for antiviral intervention. Here, we present the cryoelectron microscopy structure of the apo BoDV-1 L-P complex, revealing a unique "mitten-shaped" architecture. The structure characterizes key domains involved in RNA synthesis, including RNA-dependent RNA polymerase, polyribonucleotidyltransferase, and an inactive methyltransferase domain. While no RNA or NTPs were visible, we observed distinct conformational states, showing large-scale rearrangements of the P tetramer and L domains, as well as remodeling of the RNA template, nucleoside triphosphates, and nascent RNA entrances and/or exits, upon introducing RNA and NTPs. These findings highlight the dynamic structural changes probably associated with polymerase activity and advance the understanding of the BoDV-1 polymerase mechanisms, offering a basis for developing targeted antiviral strategies against this deadly pathogen.
履歴
登録2025年1月24日-
ヘッダ(付随情報) 公開2025年9月10日-
マップ公開2025年9月10日-
更新2025年10月15日-
現状2025年10月15日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_48791.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_48791.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 216 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈2.71A Bornavirus L-P complex (after incubation with RNA/NTP) - sharpened map (state 1)
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
0.66 Å/pix.
x 384 pix.
= 254.976 Å		0.66 Å/pix.
x 384 pix.
= 254.976 Å		0.66 Å/pix.
x 384 pix.
= 254.976 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.664 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.01
最小 - 最大-0.051619537 - 1.7770463
平均 (標準偏差)0.0015130816 (±0.026222061)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ384384384
Spacing384384384
セルA=B=C: 254.97598 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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追加マップ: 2.71A Bornavirus L-P complex (after incubation with RNA/NTP)...

ファイルemd_48791_additional_1.map
注釈2.71A Bornavirus L-P complex (after incubation with RNA/NTP) - unsharpened map (state 1)
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: half map B

ファイルemd_48791_half_map_1.map
注釈half map B
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
ハーフマップ: half map A

ファイルemd_48791_half_map_2.map
注釈half map A
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Bornavirus L-P complex (after incubation with RNA/NTP) (state 1)

全体名称: Bornavirus L-P complex (after incubation with RNA/NTP) (state 1)
要素
  • 複合体: Bornavirus L-P complex (after incubation with RNA/NTP) (state 1)
    • タンパク質・ペプチド: RNA-directed RNA polymerase
    • タンパク質・ペプチド: P protein
  • リガンド: ZINC ION

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超分子 #1: Bornavirus L-P complex (after incubation with RNA/NTP) (state 1)

超分子名称: Bornavirus L-P complex (after incubation with RNA/NTP) (state 1)
タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#2
由来(天然)生物種: Orthobornavirus (ウイルス)
分子量理論値: 280 KDa

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分子 #1: RNA-directed RNA polymerase

分子名称: RNA-directed RNA polymerase / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO / EC番号: RNA-directed RNA polymerase
由来(天然)生物種: Orthobornavirus (ウイルス)
分子量理論値: 191.888734 KDa
組換発現生物種: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
配列文字列: MSFHASLLRE EETPRPVAGI NRTDQSLKNP LLGTEVSFCL KSSSLPHHVR ALGQIKARNL ASCDYYLLFR QVVLPPEVYP IGVLIRAAE AILTVIVSAW KLEHMTKTLY SSVRYALTNP RVRAQLELHI AYQRIVGQVS YSREADIGPK RLGNMSLQFV Q SLVIATID ...文字列:
MSFHASLLRE EETPRPVAGI NRTDQSLKNP LLGTEVSFCL KSSSLPHHVR ALGQIKARNL ASCDYYLLFR QVVLPPEVYP IGVLIRAAE AILTVIVSAW KLEHMTKTLY SSVRYALTNP RVRAQLELHI AYQRIVGQVS YSREADIGPK RLGNMSLQFV Q SLVIATID TTSCLMTYNH FLAAADTAKS RCHLLIASVV QGALWEQGSF LDHIINLIDT IDSINLPHDD YFTIIKSISP YS QGLVMGR HNVSVSSDFA SVFTIPESCP QLDSLLKKLL QLDPVLLLMV SSVQKSWYFP EIRMVDGSRE QLHKMRVELE TPQ ALLSYG HTLLSIFRAE FIKGYVSKNA KWPPVHLLPG CDKSIKNARE LGRWSPAFDR RWQLFAKVVI LRIADLDMDP DFND IVSDK AIISSRRDWV FEYNAAAFWK KYGERLERPP ARSGPSRLVN ALIDGRLDNI PALLEPFYRG AVEFEDRLTV LVPKE KELK VKGRFFSKQT LAIRIYQVVA EAALKNEVMP YLKTHSMTMS STALTHLLNR LSHTITKGDS FVINLDYSSW CNGFRP ELQ APICRQLDQM FNCGYFFRTG CTLPCFTTFI IQDRFNPPYS FRGEPVEDGV TCAVGTKTMG EGMRQKLWTI LTSCWEI IA LREINVTFNI LGQGDNQTII IHKSASQNNQ LLAERALGAL YKHARLAGHN LKVEECWVSD CLYEYGKKLF FRGVPVPG C LKQLSRVTDS TGELFPNLYS KLACLTSSCL SAAMADTSPW VALATGVCLY LIELYVELPP AIMQDESLLT TLCLVGPSI GGLPTPATLP SVFFRGMSDP LPFQLALLQT LIKTTGVTCS LVNRVVKLRI APYPDWLSLV TDPTSLNIAQ VYRPERQIRR WIEEAIATS SHSSRIATFF QQPLTEMAQL LARDLSTMMP LRPRDMSALF ALSNVAYGLS IIDLFQKSST VVSASQAVHI E DVALESVR YKESIIQGLL DTTEGYNMQP YLEGCTYLAA KQLRRLTWGR DLVGVTMPFV AEQFHPHSSV GAKAELYLDA II YCPQETL RSHHLTTRGD QPLYLGSNTA VKVQRGEITG LTKSRAANLV KDTLVLHQWY KVRKVTDPHL NTLMARFLLE KGY TSDARP SIQGGTLTHR LPSRGDSRQG LTGYVNILST WLRFSSDYLH SFSKSSDDYT IHFQHVFTYG CLYADSVIRS GGVI STPYL LSASCKTCFE KIDSEEFVLA CEPQYRGAEW LITKPVTVPE QIIDAEVEFD PCVSASYCLG ILIGKSFLVD IRASG QDIM EQRTWANLER FSISDMQKLP WSIVIRSLWR FLIGARLLQF EKAGLIRMLY AATGPTFSFL MKVFQDSALL MDCAPL DRL SPRINFHSRG DLVAKLVLLP FINPGIVEIE VSGINSKYHA VSEANMDLYI AAAKSVGVKP TQFVEETNDF TARGHHH GC YSLSWSKSRN QSQVLKMVVR KLKLCVLYIY PTVDPAVALD LCHLPALTII LVLGGDPAYY ERLLEMDLCG AVSSRVDI P HSLAARTHKG FTIGPDTGPG VIRLDKLESV CYAHPCLEEL EFNAYLDSEL VDISDMCCLP LATPCKALFR PIYRSLQSF RLALMDNYSF VMDLILIRGL DIRPHLEEFD ELLVVGQHIL GQPVLVEVVY YVGVVGKRPV LARHPWSADL KRITVGGRAP CPSAARLRD EDCQGSLLVG LPAGLTQLLI ID

UniProtKB: RNA-directed RNA polymerase

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分子 #2: P protein

分子名称: P protein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 4 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Orthobornavirus (ウイルス)
分子量理論値: 22.45957 KDa
組換発現生物種: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
配列文字列: MAARPSSLVD SLEDEEDPQT LRRERSGSPR PRKIPRNALT QPVDQLLKDL RKNPSMISDP DQRTGREQLS NDELIKKLVT ELAENSMIE AEEVRGTLGD ISARIEAGFE SLSALQVETI QTAQRCDHSD SIRILGENIK ILDRSMKTMM ETMKLMMEKV D LLYASTAV ...文字列:
MAARPSSLVD SLEDEEDPQT LRRERSGSPR PRKIPRNALT QPVDQLLKDL RKNPSMISDP DQRTGREQLS NDELIKKLVT ELAENSMIE AEEVRGTLGD ISARIEAGFE SLSALQVETI QTAQRCDHSD SIRILGENIK ILDRSMKTMM ETMKLMMEKV D LLYASTAV GTSAPMLPSH PAPPRIYPQL PSAPTADEWD IIP

UniProtKB: P protein

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分子 #3: ZINC ION

分子名称: ZINC ION / タイプ: ligand / ID: 3 / コピー数: 2 / 式: ZN
分子量理論値: 65.409 Da

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 8
詳細: 50 mM Tris-HCl pH 8.0, 250 mM NaCl, 5% glycerol, 1 mM TCEP, and 4 mM MgCl2
グリッドモデル: Quantifoil R1.2/1.3 / 材質: COPPER / メッシュ: 300 / 支持フィルム - 材質: CARBON / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 前処理 - 時間: 60 sec.
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 277 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV

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電子顕微鏡法

顕微鏡TFS KRIOS
温度最低: 63.0 K / 最高: 77.0 K
ソフトウェア名称: EPU
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k)
デジタル化 - サイズ - 横: 5760 pixel / デジタル化 - サイズ - 縦: 4092 pixel / 撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 12867 / 平均露光時間: 1.7 sec. / 平均電子線量: 50.5 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系C2レンズ絞り径: 50.0 µm / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.0 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.0 µm / 倍率（公称値）: 130000
試料ステージ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
ホルダー冷却材: NITROGEN
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

粒子像選択選択した数: 9320492
CTF補正ソフトウェア - 名称: cryoSPARC / タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
初期モデルモデルのタイプ: NONE
最終 再構成想定した対称性 - 点群: C1 (非対称) / アルゴリズム: SIMULTANEOUS ITERATIVE (SIRT) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 2.71 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC / 使用した粒子像数: 547433
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC
FSC曲線 (解像度の算出)

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原子モデル構築 1

精密化空間: REAL / プロトコル: OTHER / 温度因子: 73.5
得られたモデル

PDB-9n0r:
2.71A Bornavirus L-P complex (after incubation with RNA/NTP) (state 1)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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