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万見
- EMDB-48508: Complex of FMDV Asia1/JS/05 and porcine-derived neutralizing mono... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-48508
タイトルComplex of FMDV Asia1/JS/05 and porcine-derived neutralizing monoclonal antibody PAS12
マップデータ
試料
  • 複合体: Complex of FMDV Asia1/JS/05 and porcine-derived neutralizing monoclonal antibody PAS12
    • 複合体: porcine-derived neutralizing monoclonal antibody PAS12
      • タンパク質・ペプチド: PAS12 Fv Heavy chain
      • タンパク質・ペプチド: PAS12 Fv Light chain
    • ウイルス: Foot-and-mouth disease virus Asia 1 (ウイルス)
      • タンパク質・ペプチド: Capsid protein VP1
      • タンパク質・ペプチド: Capsid protein VP2
      • タンパク質・ペプチド: Capsid protein VP3
      • タンパク質・ペプチド: Capsid protein VP4
キーワードFoot-and-mouth disease virus Asia1 / Sus scrofa / VIRUS/IMMUNE SYSTEM / VIRUS / VIRUS-IMMUNE SYSTEM complex
機能・相同性
機能・相同性情報


L-peptidase / symbiont-mediated perturbation of host chromatin organization / picornain 3C / T=pseudo3 icosahedral viral capsid / host cell cytoplasmic vesicle membrane / ribonucleoside triphosphate phosphatase activity / nucleoside-triphosphate phosphatase / channel activity / monoatomic ion transmembrane transport / clathrin-dependent endocytosis of virus by host cell ...L-peptidase / symbiont-mediated perturbation of host chromatin organization / picornain 3C / T=pseudo3 icosahedral viral capsid / host cell cytoplasmic vesicle membrane / ribonucleoside triphosphate phosphatase activity / nucleoside-triphosphate phosphatase / channel activity / monoatomic ion transmembrane transport / clathrin-dependent endocytosis of virus by host cell / RNA helicase activity / viral protein processing / host cell endoplasmic reticulum membrane / RNA-directed RNA polymerase / cysteine-type endopeptidase activity / viral RNA genome replication / RNA-directed RNA polymerase activity / DNA-templated transcription / virion attachment to host cell / host cell nucleus / structural molecule activity / proteolysis / RNA binding / ATP binding
類似検索 - 分子機能
Peptidase C28, foot-and-mouth virus L-proteinase / Foot-and-mouth virus L-proteinase / Aphthovirus leader protease (L(pro)) domain profile. / Foot-and-mouth disease virus VP1 coat / Capsid protein VP4 superfamily, Picornavirus / Helicase/polymerase/peptidase polyprotein, Calicivirus-type / Papain-like cysteine peptidase superfamily / Peptidase C3A/C3B, picornaviral / 3C cysteine protease (picornain 3C) / Picornavirales 3C/3C-like protease domain ...Peptidase C28, foot-and-mouth virus L-proteinase / Foot-and-mouth virus L-proteinase / Aphthovirus leader protease (L(pro)) domain profile. / Foot-and-mouth disease virus VP1 coat / Capsid protein VP4 superfamily, Picornavirus / Helicase/polymerase/peptidase polyprotein, Calicivirus-type / Papain-like cysteine peptidase superfamily / Peptidase C3A/C3B, picornaviral / 3C cysteine protease (picornain 3C) / Picornavirales 3C/3C-like protease domain / Picornavirales 3C/3C-like protease domain profile. / Picornavirus capsid / picornavirus capsid protein / Helicase, superfamily 3, single-stranded RNA virus / Superfamily 3 helicase of positive ssRNA viruses domain profile. / Helicase, superfamily 3, single-stranded DNA/RNA virus / RNA helicase / Picornavirus/Calicivirus coat protein / Viral coat protein subunit / Reverse transcriptase/Diguanylate cyclase domain / RNA-directed RNA polymerase, C-terminal domain / Viral RNA-dependent RNA polymerase / RNA-directed RNA polymerase, catalytic domain / RdRp of positive ssRNA viruses catalytic domain profile. / Peptidase S1, PA clan, chymotrypsin-like fold / Peptidase S1, PA clan / DNA/RNA polymerase superfamily / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase
類似検索 - ドメイン・相同性
Genome polyprotein
類似検索 - 構成要素
生物種Sus scrofa (ブタ) / Foot-and-mouth disease virus Asia 1 (ウイルス)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.14 Å
データ登録者Wu S / Lei D
資金援助 中国, 5件
OrganizationGrant number国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)32373028 中国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)32171300 中国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)32072873 中国
Other government2021YFD1800304
Other governmentlzujbky-2021-ct05
引用ジャーナル: PLoS Pathog / 年: 2026
タイトル: Porcine B cell receptor repertoire uncovers balanced recognition of antigenic structures on serotype Asia1 foot-and-mouth disease virus.
著者: Shulun Huang / Shanquan Wu / Fengjuan Li / Pinghua Li / Pu Sun / Yimei Cao / Huifang Bao / Kaiheng Dong / Jiaxin Yang / Hehe Zhang / Qiongqiong Zhao / Ying Sun / Dong Li / Xingwen Bai / ...著者: Shulun Huang / Shanquan Wu / Fengjuan Li / Pinghua Li / Pu Sun / Yimei Cao / Huifang Bao / Kaiheng Dong / Jiaxin Yang / Hehe Zhang / Qiongqiong Zhao / Ying Sun / Dong Li / Xingwen Bai / Yuanfang Fu / Hong Yuan / Xueqing Ma / Zhixun Zhao / Jing Zhang / Jian Wang / Zaixin Liu / Yong Peng / Kun Li / Jinlian Hua / Zengjun Lu / Dongsheng Lei / Qiang Zhang /
要旨: Of the seven serotypes of foot-and-mouth disease virus (FMDV) strains circulating globally, serotype Asia1 has been effectively eradicated in China through systematic vaccination in livestock. The ...Of the seven serotypes of foot-and-mouth disease virus (FMDV) strains circulating globally, serotype Asia1 has been effectively eradicated in China through systematic vaccination in livestock. The structural characteristics of serotype Asia1 may enhance its immunogenicity compared to other serotypes. Herein, we present a preliminary exploration of Asia1-binding B-cell receptor repertoire, containing 3571 clones, and identified 17 porcine-derived neutralizing monoclonal antibodies (pnAbs) from the top 33 high-frequency clonotypes. The majority of pnAbs (14/17) recognized the epitopes on VP2, with a common determinant at residue 72 (D) on the B-C loop; two pnAbs (2/17) recognized a novel epitope spanning VP2 and VP3; and the remaining one (1/17) bound to the C-terminus of VP1. Furthermore, the antigenic structures on VP2 and spanning VP2 and VP3 were respectively elucidated by determining the cryo-EM structures of FMDV serotype Asia1 in complexes with two pnAbs, PAS5 and PAS12. The light chain of PAS5, forming the majority of contact sites with the viral particle, focuses on the βB, B-C loop, βC and H-I loop of VP2, with key determinants at residues 68, 72 and 77 around the three-fold axis, corresponding to antigenic site 2. The contact sites of both VH and VL of PAS12 uncover a novel antigenic structure comprising the B-C, and H-I loops on VP2, and the B-B knob and βB on VP3, with key determinants at residue 73 on VP2 and 59 on VP3. Subsequently, site-directed competitive ELISA analysis of sera from primary and booster vaccinated pigs revealed a balanced antibody response profile, suggesting a potentially even immunodominance among antigenic site 2, VP1 G-H loop, and the novel antigenic structure spanning VP2 and VP3 on FMDV serotype Asia1. Compared to the focused immunodominance observed in other serotypes, this balanced antigenic recognition across VP1, VP2, and VP3 of FMDV serotype Asia1 reflects a diversified antibody response that may contribute to effective neutralization and protection.
履歴
登録2025年1月1日-
ヘッダ(付随情報) 公開2026年1月21日-
マップ公開2026年1月21日-
更新2026年2月18日-
現状2026年2月18日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_48508.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_48508.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 421.9 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
0.97 Å/pix.
x 480 pix.
= 465.36 Å		0.97 Å/pix.
x 480 pix.
= 465.36 Å		0.97 Å/pix.
x 480 pix.
= 465.36 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.9695 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 7.0
最小 - 最大-1.1257359 - 25.595388
平均 (標準偏差)0.25980148 (±1.6735692)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ480480480
Spacing480480480
セルA=B=C: 465.36002 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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マスク #1

ファイルemd_48508_msk_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #1

ファイルemd_48508_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #2

ファイルemd_48508_half_map_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Complex of FMDV Asia1/JS/05 and porcine-derived neutralizing mono...

全体名称: Complex of FMDV Asia1/JS/05 and porcine-derived neutralizing monoclonal antibody PAS12
要素
  • 複合体: Complex of FMDV Asia1/JS/05 and porcine-derived neutralizing monoclonal antibody PAS12
    • 複合体: porcine-derived neutralizing monoclonal antibody PAS12
      • タンパク質・ペプチド: PAS12 Fv Heavy chain
      • タンパク質・ペプチド: PAS12 Fv Light chain
    • ウイルス: Foot-and-mouth disease virus Asia 1 (ウイルス)
      • タンパク質・ペプチド: Capsid protein VP1
      • タンパク質・ペプチド: Capsid protein VP2
      • タンパク質・ペプチド: Capsid protein VP3
      • タンパク質・ペプチド: Capsid protein VP4

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超分子 #1: Complex of FMDV Asia1/JS/05 and porcine-derived neutralizing mono...

超分子名称: Complex of FMDV Asia1/JS/05 and porcine-derived neutralizing monoclonal antibody PAS12
タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all

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超分子 #3: porcine-derived neutralizing monoclonal antibody PAS12

超分子名称: porcine-derived neutralizing monoclonal antibody PAS12
タイプ: complex / ID: 3 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #5-#6
由来(天然)生物種: Sus scrofa (ブタ)

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超分子 #2: Foot-and-mouth disease virus Asia 1

超分子名称: Foot-and-mouth disease virus Asia 1 / タイプ: virus / ID: 2 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #1-#4 / NCBI-ID: 110195 / 生物種: Foot-and-mouth disease virus Asia 1 / ウイルスタイプ: VIRION / ウイルス・単離状態: OTHER / ウイルス・エンベロープ: No / ウイルス・中空状態: No

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分子 #1: Capsid protein VP1

分子名称: Capsid protein VP1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Foot-and-mouth disease virus Asia 1 (ウイルス)
分子量理論値: 23.471611 KDa
組換発現生物種: Mesocricetus auratus (ネズミ)
配列文字列: TTTTGESADP VTTTVENYGG ETQTARRLHT DVAFVLDRFV KLTQPKSTQT LDLMQIPSHT LVGALLRSAT YYFSDLEVAL VHTGPVTWV PNGAPKTALN NHTNPTAYQK QPITRLALPY TAPHRVLSTV YNGKTTYGEE SSRRGDLAAL ARRVNNRLPT S FNYGAVKA ...文字列:
TTTTGESADP VTTTVENYGG ETQTARRLHT DVAFVLDRFV KLTQPKSTQT LDLMQIPSHT LVGALLRSAT YYFSDLEVAL VHTGPVTWV PNGAPKTALN NHTNPTAYQK QPITRLALPY TAPHRVLSTV YNGKTTYGEE SSRRGDLAAL ARRVNNRLPT S FNYGAVKA DTITELLIRM KRAETYCPRP LLALDTTQDR RKQKIIAPEK QTL

UniProtKB: Genome polyprotein

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分子 #2: Capsid protein VP2

分子名称: Capsid protein VP2 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Foot-and-mouth disease virus Asia 1 (ウイルス)
分子量理論値: 24.471596 KDa
組換発現生物種: Mesocricetus auratus (ネズミ)
配列文字列: DKKTEETTLL EDRILTTRNG HTTSTTQSSV GVTYGYAVAE DAVSGPNTSG LETRVTQAER FFKKHLFDWT PDLSFGHCHY LELPSEHKG VFGSLMSSYA YMRNGWDIEV TAVGNQFNGG CLLVALVPEL KELDTRQKYQ LTLFPHQFIN PRTNMTAHIN V PYVGVNRY ...文字列:
DKKTEETTLL EDRILTTRNG HTTSTTQSSV GVTYGYAVAE DAVSGPNTSG LETRVTQAER FFKKHLFDWT PDLSFGHCHY LELPSEHKG VFGSLMSSYA YMRNGWDIEV TAVGNQFNGG CLLVALVPEL KELDTRQKYQ LTLFPHQFIN PRTNMTAHIN V PYVGVNRY DQYELHKPWT LVVMVVAPLT VKTGGSEQIK VYMNAAPTYV HVAGELPSKE

UniProtKB: Genome polyprotein

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分子 #3: Capsid protein VP3

分子名称: Capsid protein VP3 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Foot-and-mouth disease virus Asia 1 (ウイルス)
分子量理論値: 23.845801 KDa
組換発現生物種: Mesocricetus auratus (ネズミ)
配列文字列: GIVPVACVDG YGNMVTTDPK TADPVYGKVS NPPRTSFPGR FTNFLDVAEA CPTFLRFGEV PFVKTVNSGD RLLAKFDVSL AAGHMSNTY LAGLAQYYTQ YSGTMNIHFM FTGPTDAKAR YMVAYIPPGM TPPTDPERAA HCIHSEWDTG LNSKFTFSIP Y LSAADYAY ...文字列:
GIVPVACVDG YGNMVTTDPK TADPVYGKVS NPPRTSFPGR FTNFLDVAEA CPTFLRFGEV PFVKTVNSGD RLLAKFDVSL AAGHMSNTY LAGLAQYYTQ YSGTMNIHFM FTGPTDAKAR YMVAYIPPGM TPPTDPERAA HCIHSEWDTG LNSKFTFSIP Y LSAADYAY TASDVAETTS VQGWVCIYQI THGKAEGDAL VVSVSAGKDF EFRLPVDARQ Q

UniProtKB: Genome polyprotein

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分子 #4: Capsid protein VP4

分子名称: Capsid protein VP4 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Foot-and-mouth disease virus Asia 1 (ウイルス)
分子量理論値: 8.789116 KDa
組換発現生物種: Mesocricetus auratus (ネズミ)
配列文字列:
GAGQSSPATG SQNQSGNTGS IINNYYMQQY QNSMDTQLGD NAISGGSNEG STDTTSTHTN NTQNNDWFSR LASSAFGGLF GALLA

UniProtKB: Genome polyprotein

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分子 #5: PAS12 Fv Heavy chain

分子名称: PAS12 Fv Heavy chain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 5 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Sus scrofa (ブタ)
分子量理論値: 13.321924 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列:
EEKLVESGGG LVQPGGSLRL SCVGSGFTFG GTYINWVRQI PGKGLEWLAT ISISGGVTYY GDSVKGRFTV SSDVSQNTAY LQMNSLRTE DTARYYCARG LSVGYCYEGC RMNLWGPGVE VVVSS

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分子 #6: PAS12 Fv Light chain

分子名称: PAS12 Fv Light chain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 6 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Sus scrofa (ブタ)
分子量理論値: 13.436797 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列:
QTVIQEPAMS VSPGGTVTLT CAFRSGSVTI MNYPSWFQQT PGQPPRQLIY STKNRPTGVP SRFSGAISEN KAALTITGAQ AEDEADYFC GLYKGSNNIF GGGTHLTVLD YKDDDDKGGH HHHHH

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 7.2
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡TFS KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k)
平均電子線量: 30.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 1.8 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 0.8 µm
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
初期モデルモデルのタイプ: NONE
最終 再構成想定した対称性 - 点群: I (正20面体型対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 2.14 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 17484
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
FSC曲線 (解像度の算出)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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