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- EMDB-48430: SPA of purified HIV-1 CA protein in vitro assembled with IP6 (mat... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-48430
タイトルSPA of purified HIV-1 CA protein in vitro assembled with IP6 (mature morphology). 500 uM LEN was added post assembly.
マップデータRefine 3D map of purified HIV-1 CA protein in vitro assembled with IP6 (mature morphology). 500 uM LEN was added post assembly. Determined via SPA.
試料
  • ウイルス: HIV-1 (ヒト免疫不全ウイルス)
    • タンパク質・ペプチド: HIV-1 CA
  • リガンド: Lenacapavir
  • リガンド: INOSITOL HEXAKISPHOSPHATE
キーワードHIV / Mature / VLP / Lenacapavir / VIRUS LIKE PARTICLE
機能・相同性
機能・相同性情報


viral budding via host ESCRT complex / ISG15 antiviral mechanism / host multivesicular body / viral nucleocapsid / viral translational frameshifting / host cell plasma membrane / host cell nucleus / virion membrane / structural molecule activity / RNA binding / zinc ion binding
類似検索 - 分子機能
Gag protein p6 / Gag protein p6 / : / gag protein p24 N-terminal domain / Immunodeficiency lentiviral matrix, N-terminal / gag gene protein p17 (matrix protein) / Matrix protein, lentiviral and alpha-retroviral, N-terminal / Retroviral nucleocapsid Gag protein p24, C-terminal domain / Gag protein p24 C-terminal domain / Retrovirus capsid, C-terminal ...Gag protein p6 / Gag protein p6 / : / gag protein p24 N-terminal domain / Immunodeficiency lentiviral matrix, N-terminal / gag gene protein p17 (matrix protein) / Matrix protein, lentiviral and alpha-retroviral, N-terminal / Retroviral nucleocapsid Gag protein p24, C-terminal domain / Gag protein p24 C-terminal domain / Retrovirus capsid, C-terminal / Retroviral matrix protein / Retrovirus capsid, N-terminal / zinc finger / Zinc knuckle / Zinc finger, CCHC-type superfamily / Zinc finger, CCHC-type / Zinc finger CCHC-type profile.
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Human immunodeficiency virus type 1 BH10 (ヒト免疫不全ウイルス) / HIV-1 (ヒト免疫不全ウイルス)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.5 Å
データ登録者Ricana CL / Dick RA
資金援助 米国, 4件
OrganizationGrant number国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)R01AI147890 米国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)U54AI170855 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)U24GM129547 米国
National Science Foundation (NSF, United States)DMR-1719875 米国
引用ジャーナル: bioRxiv / 年: 2026
タイトル: Lenacapavir prevents production of infectious HIV-1 by abrogating immature virus assembly.
著者: Clifton L Ricaña / Savannah G Brancato / Carolyn M Highland / Fatemeh Ekbataniamiri / Krisztina Ambrus / Juan S Rey / Mia Faerch / Bruce E Torbett / Juan R Perilla / Robert A Dick /
要旨: The HIV-1 capsid effector Lenacapavir (LEN) acts by disrupting the early (reverse transcription and nuclear entry) and late (assembly and maturation) stages of the viral lifecycle. The early stage ...The HIV-1 capsid effector Lenacapavir (LEN) acts by disrupting the early (reverse transcription and nuclear entry) and late (assembly and maturation) stages of the viral lifecycle. The early stage requires an intact Capsid consisting of a lattice of capsid protein (CA) hexamers and pentamers. Phenylalanine-Glycine (FG) containing nuclear pore proteins interact with Capsid hexamers at their FG pockets, facilitating nuclear entry. Disruption of Capsid lattice stability, or competitive binding to the FG pocket, by LEN blocks infection. Here, we provide insight into the effects of LEN on the late stage. Using a combination of cryo-EM structure determination, assembly, and viral assays, we determined that treatment of producer cells with LEN abrogates the production of infectious virus via multiple mechanisms. Previous studies have shown that HIV-1 produced from LEN treated cells have improperly formed Capsids. However, how LEN interacts with the CA domain of the Gag polyprotein during assembly, prior to maturation, is unclear. Using a viral protease (PR) defective HIV-1 clone, which traps the Gag lattice in an immature state, we found that LEN dramatically remodulates the CA domain. The resulting CA layer was mature-like despite the absence of PR cleavage. We dubbed this unnatural state as "premature" lattice. Proper immature and mature lattice formation requires inositol hexakisphosphate (IP6), but our cryo-EM work revealed a lack of IP6 in the premature lattice. These findings provide insight into the mechanisms by which LEN prevents infectious HIV-1 production.
履歴
登録2024年12月22日-
ヘッダ(付随情報) 公開2026年1月14日-
マップ公開2026年1月14日-
更新2026年4月1日-
現状2026年4月1日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_48430.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_48430.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 178 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Refine 3D map of purified HIV-1 CA protein in vitro assembled with IP6 (mature morphology). 500 uM LEN was added post assembly. Determined via SPA.
ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.822 Å
密度
表面レベル登録者による: 0.0018
最小 - 最大-0.003998664 - 0.008762086
平均 (標準偏差)0.000007525749 (±0.00041589414)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ360360360
Spacing360360360
セルA=B=C: 295.92 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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マスク #1

ファイルemd_48430_msk_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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追加マップ: Postprocess map of purified HIV-1 CA protein in...

ファイルemd_48430_additional_1.map
注釈Postprocess map of purified HIV-1 CA protein in vitro assembled with IP6 (mature morphology). 500 uM LEN was added post assembly. Determined via SPA.
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: Refine 3D half2 map of purified HIV-1 CA...

ファイルemd_48430_half_map_1.map
注釈Refine 3D half2 map of purified HIV-1 CA protein in vitro assembled with IP6 (mature morphology). 500 uM LEN was added post assembly. Determined via SPA.
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: Refine 3D half1 map of purified HIV-1 CA...

ファイルemd_48430_half_map_2.map
注釈Refine 3D half1 map of purified HIV-1 CA protein in vitro assembled with IP6 (mature morphology). 500 uM LEN was added post assembly. Determined via SPA.
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : HIV-1

全体名称: HIV-1 (ヒト免疫不全ウイルス)
要素
  • ウイルス: HIV-1 (ヒト免疫不全ウイルス)
    • タンパク質・ペプチド: HIV-1 CA
  • リガンド: Lenacapavir
  • リガンド: INOSITOL HEXAKISPHOSPHATE

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超分子 #1: HIV-1

超分子名称: HIV-1 / タイプ: virus / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1
詳細: Purified HIV-1 CA protein in vitro assembled with IP6 (mature morphology). 500 uM LEN was added post assembly.
NCBI-ID: 11698 / 生物種: HIV-1 / Sci species strain: BH10 / ウイルスタイプ: VIRUS-LIKE PARTICLE / ウイルス・単離状態: STRAIN / ウイルス・エンベロープ: No / ウイルス・中空状態: Yes
宿主生物種: Homo sapiens (ヒト)
ウイルス殻Shell ID: 1 / 名称: Capsid / 直径: 1000.0 Å

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分子 #1: HIV-1 CA

分子名称: HIV-1 CA / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 4 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Human immunodeficiency virus type 1 BH10 (ヒト免疫不全ウイルス)
株: BH10
分子量理論値: 25.630426 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列: PIVQNLQGQM VHQAISPRTL NAWVKVVEEK AFSPEVIPMF SALSEGATPQ DLNTMLNTVG GHQAAMQMLK ETINEEAAEW DRLHPVHAG PIAPGQMREP RGSDIAGTTS TLQEQIGWMT HNPPIPVGEI YKRWIILGLN KIVRMYSPTS ILDIRQGPKE P FRDYVDRF ...文字列:
PIVQNLQGQM VHQAISPRTL NAWVKVVEEK AFSPEVIPMF SALSEGATPQ DLNTMLNTVG GHQAAMQMLK ETINEEAAEW DRLHPVHAG PIAPGQMREP RGSDIAGTTS TLQEQIGWMT HNPPIPVGEI YKRWIILGLN KIVRMYSPTS ILDIRQGPKE P FRDYVDRF YKTLRAEQAS QEVKNWMTET LLVQNANPDC KTILKALGPG ATLEEMMTAC QGVGGPGHKA RVL

UniProtKB: Gag polyprotein

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分子 #2: Lenacapavir

分子名称: Lenacapavir / タイプ: ligand / ID: 2 / コピー数: 3 / 式: QNG
分子量理論値: 968.282 Da

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分子 #3: INOSITOL HEXAKISPHOSPHATE

分子名称: INOSITOL HEXAKISPHOSPHATE / タイプ: ligand / ID: 3 / コピー数: 2 / 式: IHP
分子量理論値: 660.035 Da
Chemical component information

ChemComp-IHP:
INOSITOL HEXAKISPHOSPHATE

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度13 mg/mL
緩衝液pH: 6.2
構成要素:
濃度式名称
25.0 mMC6H13NO4SMES
2.0 mMC9H15O6PTCEP
500.0 uMC39H32ClF10N7O5S2Lenacapavir

詳細: 25 mM MES, 2mM TCEP, 500 uM LEN
グリッドモデル: Quantifoil R2/2 / 材質: GOLD / メッシュ: 300 / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: HOLEY / 支持フィルム - Film thickness: 120 / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 前処理 - 時間: 45 sec. / 前処理 - 雰囲気: AIR / 前処理 - 気圧: 0.027 kPa
詳細: Vacuum held for 30 sec before 20 mA were applied for 45 sec.
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 90 % / チャンバー内温度: 279 K / 装置: LEICA EM GP
詳細Purified HIV-1 CASPNC protein in vitro assembled with IP6 (immature morphology). 500 uM LEN was added post assembly.

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電子顕微鏡法

顕微鏡TFS KRIOS
温度最低: 93.15 K / 最高: 103.15 K
特殊光学系エネルギーフィルター - 名称: GIF Bioquantum / エネルギーフィルター - スリット幅: 20 eV
詳細Preliminary grid screening was performed manually.
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOCONTINUUM (6k x 4k)
デジタル化 - サイズ - 横: 11520 pixel / デジタル化 - サイズ - 縦: 8184 pixel / 撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 7510 / 平均露光時間: 1.731 sec. / 平均電子線量: 50.0 e/Å2
詳細: Images were collected in movie-mode with 50 frames per image at a total dose of 50 e-/A2.
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系C2レンズ絞り径: 70.0 µm / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.4 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 0.4 µm / 倍率（公称値）: 105000
試料ステージ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
ホルダー冷却材: NITROGEN
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

粒子像選択選択した数: 25118581
CTF補正ソフトウェア - 名称: CTFFIND (ver. 4.1.14) / タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
初期モデルモデルのタイプ: OTHER / 詳細: Ab-initio
最終 再構成想定した対称性 - 点群: C6 (6回回転対称) / アルゴリズム: BACK PROJECTION / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.5 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 5.0) / 使用した粒子像数: 594567
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 4.3.1)
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 5.0) / 詳細: Iterative Bayesian sampling approach via RELION 5.0
最終 3次元分類ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 5.0)

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原子モデル構築 1

初期モデルPDB ID:

8g6m


Chain - Source name: PDB / Chain - Initial model type: experimental model
詳細Molecular dynamics flexible fitting was done using NAMD targeting cross-correlation coefficients.
精密化空間: REAL / プロトコル: FLEXIBLE FIT
当てはまり具合の基準: Cross-correlation coefficient
得られたモデル

PDB-9mnm:
SPA of purified HIV-1 CA protein in vitro assembled with IP6 (mature morphology). 500 uM LEN was added post assembly.

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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