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- EMDB-48060: Structure of HIV-1 BG505 SOSIP.664 Env trimer in complex with IOM... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-48060
タイトルStructure of HIV-1 BG505 SOSIP.664 Env trimer in complex with IOMAmin5 and 10-1074 Broadly Neutralizing Antibodies - Class II
マップデータ
試料
  • 複合体: Structure of HIV-1 BG505 SOSIP.664 Env trimer in complex with IOMAmin5 and 10-1074 Broadly Neutralizing Antibodies - Class II
    • タンパク質・ペプチド: HIV-1 BG505 SOSIP gp41
    • タンパク質・ペプチド: HIV-1 BG505 SOSIP gp120,Envelope glycoprotein gp120
    • タンパク質・ペプチド: 10-1074 Fab Heavy Chain
    • タンパク質・ペプチド: 10-1074 Fab Light Chain
    • タンパク質・ペプチド: IOMAmin5 Fab Heavy Chain
    • タンパク質・ペプチド: IOMAmin5 Fab Light Chain
  • リガンド: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
キーワードHIV-1 / Env / bNAb / VIRAL PROTEIN-IMMUNE SYSTEM complex
機能・相同性
機能・相同性情報


symbiont-mediated perturbation of host defense response / positive regulation of plasma membrane raft polarization / positive regulation of receptor clustering / host cell endosome membrane / clathrin-dependent endocytosis of virus by host cell / viral protein processing / fusion of virus membrane with host plasma membrane / fusion of virus membrane with host endosome membrane / viral envelope / virion attachment to host cell ...symbiont-mediated perturbation of host defense response / positive regulation of plasma membrane raft polarization / positive regulation of receptor clustering / host cell endosome membrane / clathrin-dependent endocytosis of virus by host cell / viral protein processing / fusion of virus membrane with host plasma membrane / fusion of virus membrane with host endosome membrane / viral envelope / virion attachment to host cell / host cell plasma membrane / virion membrane / structural molecule activity / membrane
類似検索 - 分子機能
Envelope glycoprotein Gp160 / Retroviral envelope protein / Retroviral envelope protein GP41-like / Gp120 core superfamily / Envelope glycoprotein GP120 / Human immunodeficiency virus 1, envelope glycoprotein Gp120
類似検索 - ドメイン・相同性
Envelope glycoprotein gp160
類似検索 - 構成要素
生物種Human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス) / Homo sapiens (ヒト)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 4.2 Å
データ登録者Dam KA / Yang Z / Bjorkman PJ
資金援助 米国, 3件
OrganizationGrant number国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)HIVRAD P01 AI100148 米国
Bill & Melinda Gates FoundationCAVD INV-002143 米国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)1U54 AI170856 米国
引用ジャーナル: Cell Rep / 年: 2025
タイトル: Mapping essential somatic hypermutations in a CD4-binding site bNAb informs HIV-1 vaccine design.
著者: Kim-Marie A Dam / Harry B Gristick / Yancheng E Li / Zhi Yang / Priyanthi N P Gnanapragasam / Anthony P West / Michael S Seaman / Pamela J Bjorkman /
要旨: HIV-1 broadly neutralizing antibodies (bNAbs) targeting the CD4-binding site (CD4bs) contain rare features that pose challenges to elicit these bNAbs through vaccination. The IOMA class of CD4bs ...HIV-1 broadly neutralizing antibodies (bNAbs) targeting the CD4-binding site (CD4bs) contain rare features that pose challenges to elicit these bNAbs through vaccination. The IOMA class of CD4bs bNAbs includes fewer rare features and somatic hypermutations (SHMs) to achieve broad neutralization, thus presenting a potentially accessible pathway for vaccine-induced bNAb development. Here, we created a library of IOMA variants in which each SHM was individually reverted to the inferred germline counterpart to investigate the roles of SHMs in conferring IOMA's neutralization potency and breadth. Impacts on neutralization for each variant were evaluated, and this information was used to design minimally mutated IOMA-class variants (IOMAmin) that incorporated the fewest SHMs required for achieving IOMA's neutralization breadth. A cryoelectron microscopy (cryo-EM) structure of an IOMAmin variant bound to Env was used to further interpret characteristics of IOMA variants to elucidate how IOMA's structural features correlate with its neutralization mechanism, informing the design of IOMA-targeting immunogens.
履歴
登録2024年11月23日-
ヘッダ(付随情報) 公開2025年5月21日-
マップ公開2025年5月21日-
更新2025年5月28日-
現状2025年5月28日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_48060.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_48060.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 178 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
0.83 Å/pix.
x 360 pix.
= 299.52 Å		0.83 Å/pix.
x 360 pix.
= 299.52 Å		0.83 Å/pix.
x 360 pix.
= 299.52 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.832 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.00028
最小 - 最大-0.009698132 - 0.025213212
平均 (標準偏差)0.00010043853 (±0.0007962758)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ360360360
Spacing360360360
セルA=B=C: 299.52002 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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ハーフマップ: #2

ファイルemd_48060_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #1

ファイルemd_48060_half_map_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Structure of HIV-1 BG505 SOSIP.664 Env trimer in complex with IOM...

全体名称: Structure of HIV-1 BG505 SOSIP.664 Env trimer in complex with IOMAmin5 and 10-1074 Broadly Neutralizing Antibodies - Class II
要素
  • 複合体: Structure of HIV-1 BG505 SOSIP.664 Env trimer in complex with IOMAmin5 and 10-1074 Broadly Neutralizing Antibodies - Class II
    • タンパク質・ペプチド: HIV-1 BG505 SOSIP gp41
    • タンパク質・ペプチド: HIV-1 BG505 SOSIP gp120,Envelope glycoprotein gp120
    • タンパク質・ペプチド: 10-1074 Fab Heavy Chain
    • タンパク質・ペプチド: 10-1074 Fab Light Chain
    • タンパク質・ペプチド: IOMAmin5 Fab Heavy Chain
    • タンパク質・ペプチド: IOMAmin5 Fab Light Chain
  • リガンド: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose

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超分子 #1: Structure of HIV-1 BG505 SOSIP.664 Env trimer in complex with IOM...

超分子名称: Structure of HIV-1 BG505 SOSIP.664 Env trimer in complex with IOMAmin5 and 10-1074 Broadly Neutralizing Antibodies - Class II
タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #2, #1, #5-#6, #3-#4
由来(天然)生物種: Human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス)

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分子 #1: HIV-1 BG505 SOSIP gp120,Envelope glycoprotein gp120

分子名称: HIV-1 BG505 SOSIP gp120,Envelope glycoprotein gp120 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス)
分子量理論値: 56.518332 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: MDAMKRGLCC VLLLCGAVFV SPAGAGSNLW VTVYYGVPVW KDAETTLFCA SDAKAYETEK HNVWATHACV PTDPNPQEIH LENVTEEFN MWKNNMVEQM HTDIISLWDQ SLKPCVKLTP LCVTLQCTNV TNNITDDMRG ELKNCSFNMT TELRDKKQKV Y SLFYRLDV ...文字列:
MDAMKRGLCC VLLLCGAVFV SPAGAGSNLW VTVYYGVPVW KDAETTLFCA SDAKAYETEK HNVWATHACV PTDPNPQEIH LENVTEEFN MWKNNMVEQM HTDIISLWDQ SLKPCVKLTP LCVTLQCTNV TNNITDDMRG ELKNCSFNMT TELRDKKQKV Y SLFYRLDV VQINENQGNR SNNSNKEYRL INCNTSAITQ ACPKVSFEPI PIHYCAPAGF AILKCKDKKF NGTGPCPSVS TV QCTHGIK PVVSTQLLLN GSLAEEEVMI RSENITNNAK NILVQFNTPV QINCTRPNNN TRKSIRIGPG QAFYATGDII GDI RQAHCN VSKATWNETL GKVVKQLRKH FGNNTIIRFA NSSGGDLEVT THSFNCGGEF FYCNTSGLFN STWISNTSVQ GSNS TGSND SITLPCRIKQ IINMWQRIGQ AMYAPPIQGV IRCVSNITGL ILTRDGGSTN STTETFRPGG GDMRDNWRSE LYKYK VVKI EPLGVAPTRC KRRVVGRRRR RR

UniProtKB: Envelope glycoprotein gp160

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分子 #2: HIV-1 BG505 SOSIP gp41

分子名称: HIV-1 BG505 SOSIP gp41 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス)
分子量理論値: 17.146482 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列:
AVGIGAVFLG FLGAAGSTMG AASMTLTVQA RNLLSGIVQQ QSNLLRAPEA QQHLLKLTVW GIKQLQARVL AVERYLRDQQ LLGIWGCSG KLICCTNVPW NSSWSNRNLS EIWDNMTWLQ WDKEISNYTQ IIYGLLEESQ NQQEKNEQDL LALD

UniProtKB: Envelope glycoprotein gp160

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分子 #3: IOMAmin5 Fab Heavy Chain

分子名称: IOMAmin5 Fab Heavy Chain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 14.361222 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列:
QVQLVQSGAQ VKKPGASVTV SCTASGYTFT GYHMHWVRQA PGQGLEWMGW INPFRGAVKY AQKFRGRVSM TRDTSIEIFY MELSRLRSD DTAVYYCARE MFDSSADWSP WRGMVAWGQG TLVTVSSAS

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分子 #4: IOMAmin5 Fab Light Chain

分子名称: IOMAmin5 Fab Light Chain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 11.540678 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列:
QSALTQPASV SGSPGQSITI SCTGSSRDVG GFDLVSWYQQ HPGKAPKLMI YEVSKRPSGV SNRFSASKSG NTASLTISGL QAEDEADYY CYSYADGVAF GGGTKLTVLG QP

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分子 #5: 10-1074 Fab Heavy Chain

分子名称: 10-1074 Fab Heavy Chain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 5 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 14.878512 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列:
QVQLQESGPG LVKPSETLSV TCSVSGDSMN NYYWTWIRQS PGKGLEWIGY ISDRESATYN PSLNSRVVIS RDTSKNQLSL KLNSVTPAD TAVYYCATAR RGQRIYGVVS FGEFFYYYSM DVWGKGTTVT VSSAS

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分子 #6: 10-1074 Fab Light Chain

分子名称: 10-1074 Fab Light Chain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 6 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 12.089441 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列:
YVRPLSVALG ETARISCGRQ ALGSRAVQWY QHRPGQAPIL LIYNNQDRPS GIPERFSGTP DINFGTRATL TISGVEAGDE ADYYCHMWD SRSGFSWSFG GATRLTVLGQ P

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分子 #13: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose

分子名称: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / タイプ: ligand / ID: 13 / コピー数: 29 / 式: NAG
分子量理論値: 221.208 Da
Chemical component information

ChemComp-NAG:
2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度2 mg/mL
緩衝液pH: 8
グリッドモデル: Quantifoil R1.2/1.3 / 材質: GOLD / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: HOLEY
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡TFS KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 平均電子線量: 60.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 3.0 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.0 µm / 倍率（公称値）: 105000
試料ステージ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
ホルダー冷却材: NITROGEN
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

粒子像選択選択した数: 860116
CTF補正ソフトウェア - 名称: RELION / タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
初期モデルモデルのタイプ: PDB ENTRY
PDBモデル - PDB ID:

5t3x

最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 4.2 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: RELION / 使用した粒子像数: 60493
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: RELION
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: RELION
最終 3次元分類ソフトウェア - 名称: RELION

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原子モデル構築 1

精密化空間: REAL / プロトコル: RIGID BODY FIT
得られたモデル

PDB-9ehm:
Structure of HIV-1 BG505 SOSIP.664 Env trimer in complex with IOMAmin5 and 10-1074 Broadly Neutralizing Antibodies - Class II

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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