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- EMDB-47274: Cryo-EM structure of human MCT8 in complex with thyroid hormone T3 -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-47274
タイトルCryo-EM structure of human MCT8 in complex with thyroid hormone T3
マップデータ
試料
  • 複合体: human MCT8 in complex with thyroid hormone T3
    • タンパク質・ペプチド: Monocarboxylate transporter 8
  • リガンド: 3,5,3'TRIIODOTHYRONINE
キーワードSLC transporter / thyroid hormone / TRANSPORT PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


thyroid-stimulating hormone secretion / monocarboxylic acid transmembrane transporter activity / monocarboxylic acid transport / Transport of organic anions / thyroid hormone metabolic process / negative regulation of neural precursor cell proliferation / thyroid hormone transmembrane transporter activity / thyroid hormone transport / amino acid import across plasma membrane / amino acid transmembrane transporter activity ...thyroid-stimulating hormone secretion / monocarboxylic acid transmembrane transporter activity / monocarboxylic acid transport / Transport of organic anions / thyroid hormone metabolic process / negative regulation of neural precursor cell proliferation / thyroid hormone transmembrane transporter activity / thyroid hormone transport / amino acid import across plasma membrane / amino acid transmembrane transporter activity / thyroid hormone generation / amino acid metabolic process / transport across blood-brain barrier / apical plasma membrane / identical protein binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
: / Major facilitator superfamily / Major Facilitator Superfamily / Major facilitator superfamily domain / Major facilitator superfamily (MFS) profile. / MFS transporter superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Monocarboxylate transporter 8
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.9 Å
データ登録者Ge Y / Dou T / Jiang J / Huang P
資金援助 米国, 1件
OrganizationGrant number国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)R01 GM150878 米国
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Structural insights into brain thyroid hormone transport via MCT8 and OATP1C1
著者: Ge Y / Dou T / Nguyen TU / Yadav GP / Wensel TG / Jiang J / Huang P
履歴
登録2024年10月10日-
ヘッダ(付随情報) 公開2025年7月16日-
マップ公開2025年7月16日-
更新2025年7月16日-
現状2025年7月16日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_47274.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_47274.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 64 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
0.83 Å/pix.
x 256 pix.
= 212.48 Å		0.83 Å/pix.
x 256 pix.
= 212.48 Å		0.83 Å/pix.
x 256 pix.
= 212.48 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.83 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.125
最小 - 最大-0.6132982 - 0.90287906
平均 (標準偏差)0.000711194 (±0.013775083)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ256256256
Spacing256256256
セルA=B=C: 212.48 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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マスク #1

ファイルemd_47274_msk_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
ハーフマップ: #2

ファイルemd_47274_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
ハーフマップ: #1

ファイルemd_47274_half_map_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : human MCT8 in complex with thyroid hormone T3

全体名称: human MCT8 in complex with thyroid hormone T3
要素
  • 複合体: human MCT8 in complex with thyroid hormone T3
    • タンパク質・ペプチド: Monocarboxylate transporter 8
  • リガンド: 3,5,3'TRIIODOTHYRONINE

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超分子 #1: human MCT8 in complex with thyroid hormone T3

超分子名称: human MCT8 in complex with thyroid hormone T3 / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)

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分子 #1: Monocarboxylate transporter 8

分子名称: Monocarboxylate transporter 8 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 63.329227 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: MALQSQASEE AKGPWQEADQ EQQEPVGSPE PESEPEPEPE PEPVPVPPPE PQPEPQPLPD PAPLPELEFE SERVHEPEPT PTVETRGTA RGFQPPEGGF GWVVVFAATW CNGSIFGIHN SVGILYSMLL EEEKEKNRQV EFQAAWVGAL AMGMIFFCSP I VSIFTDRL ...文字列:
MALQSQASEE AKGPWQEADQ EQQEPVGSPE PESEPEPEPE PEPVPVPPPE PQPEPQPLPD PAPLPELEFE SERVHEPEPT PTVETRGTA RGFQPPEGGF GWVVVFAATW CNGSIFGIHN SVGILYSMLL EEEKEKNRQV EFQAAWVGAL AMGMIFFCSP I VSIFTDRL GCRITATAGA AVAFIGLHTS SFTSSLSLRY FTYGILFGCG CSFAFQPSLV ILGHYFQRRL GLANGVVSAG SS IFSMSFP FLIRMLGDKI KLAQTFQVLS TFMFVLMLLS LTYRPLLPSS QDTPSKRGVR TLHQRFLAQL RKYFNMRVFR QRT YRIWAF GIAAAALGYF VPYVHLMKYV EEEFSEIKET WVLLVCIGAT SGLGRLVSGH ISDSIPGLKK IYLQVLSFLL LGLM SMMIP LCRDFGGLIV VCLFLGLCDG FFITIMAPIA FELVGPMQAS QAIGYLLGMM ALPMIAGPPI AGLLRNCFGD YHVAF YFAG VPPIIGAVIL FFVPLMHQRM FKKEQRDSSK DKMLAPDPDP NGELLPGSPN PEEPIAAALE VLFQGPGAAE DQVDPR LID GKHHHHHHHH

UniProtKB: Monocarboxylate transporter 8

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分子 #2: 3,5,3'TRIIODOTHYRONINE

分子名称: 3,5,3'TRIIODOTHYRONINE / タイプ: ligand / ID: 2 / コピー数: 1 / 式: T3
分子量理論値: 650.973 Da
Chemical component information

ChemComp-T3:
3,5,3'TRIIODOTHYRONINE / トリヨ-ドチロニン / ホルモン*YM

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 7.5
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡TFS KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k)
平均電子線量: 60.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 3.0 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 0.5 µm
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
初期モデルモデルのタイプ: OTHER
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 2.9 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 59661
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
FSC曲線 (解像度の算出)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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