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- EMDB-47199: Thermus thermophilus MreC-MreD complex with an internal MreD BRIL... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-47199
タイトルThermus thermophilus MreC-MreD complex with an internal MreD BRIL fusion and an anti-BRIL Fab.
マップデータMreC and MreD with an internal BRIL fusion and anti-BRIL Fab
試料
  • 複合体: Complex containing two copies of TtMreC and TtMreD-BRIL with two BAG2 anti-BRIL Fabs bound.
    • タンパク質・ペプチド: Soluble cytochrome b562
    • タンパク質・ペプチド: Cell shape-determining protein MreC
    • タンパク質・ペプチド: Rod shape-determining protein MreD
    • タンパク質・ペプチド: BAG2 anti-BRIL Fab heavy chain
    • タンパク質・ペプチド: BAG2 anti-BRIL Fab light chain
キーワードPeptidoglycan synthesis regulator / S-component fold / Rod complex / SEDS activator / MEMBRANE PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


electron transport chain / regulation of cell shape / periplasmic space / electron transfer activity / iron ion binding / heme binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Cell shape-determining protein MreD / rod shape-determining protein MreD / : / Cell/Rod shape-determining protein MreC, domain 1 / Rod shape-determining protein MreC / Cell/Rod shape-determining protein MreC, domain 2 / Rod shape-determining protein MreC, barrel core / Cytochrome b562 / Cytochrome b562 / Cytochrome c/b562
類似検索 - ドメイン・相同性
Cell shape-determining protein MreC / Soluble cytochrome b562 / Rod shape-determining protein MreD
類似検索 - 構成要素
生物種Thermus thermophilus (バクテリア) / Escherichia coli (大腸菌) / synthetic construct (人工物)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.6 Å
データ登録者Gilman MSA / Kruse AC
資金援助 米国, 9件
OrganizationGrant number国
Howard Hughes Medical Institute (HHMI)Investigator Funds 米国
Howard Hughes Medical Institute (HHMI)Hanna H. Gray Fellows program 米国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)U19 AI158028 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)R01 GM114065 米国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)R01 AI083365 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)R00 GM135519 米国
National Science Foundation (NSF, United States)Graduate Research Fellowship Award 米国
Other privateVan Maanen Fellowship from the Department of Biological Chemistry and Molecular Pharmacology at Harvard Medical School 米国
Other privateInnovation Research Fund of the Dana-Farber Cancer Institute 米国
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: MreC-MreD structure reveals a multifaceted interface that controls MreC conformation
著者: Gilman MSA / Shlosman I / Same Guerra DD / Domecillo M / Fivenson EM / Bourett C / Bernhardt TG / Polizzi NF / Loparo JJ / Kruse AC
履歴
登録2024年10月7日-
ヘッダ(付随情報) 公開2025年10月15日-
マップ公開2025年10月15日-
更新2025年10月15日-
現状2025年10月15日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_47199.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_47199.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 166.4 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈MreC and MreD with an internal BRIL fusion and anti-BRIL Fab
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.1 Å/pix.
x 352 pix.
= 387.2 Å		1.1 Å/pix.
x 352 pix.
= 387.2 Å		1.1 Å/pix.
x 352 pix.
= 387.2 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.1 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.1
最小 - 最大-0.8864396 - 1.2648951
平均 (標準偏差)0.00018739882 (±0.014655275)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ352352352
Spacing352352352
セルA=B=C: 387.2 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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ハーフマップ: MreC and MreD with an internal BRIL fusion...

ファイルemd_47199_half_map_1.map
注釈MreC and MreD with an internal BRIL fusion and anti-BRIL Fab, Half map A
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: MreC and MreD with an internal BRIL fusion...

ファイルemd_47199_half_map_2.map
注釈MreC and MreD with an internal BRIL fusion and anti-BRIL Fab, Half map B
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Complex containing two copies of TtMreC and TtMreD-BRIL with two ...

全体名称: Complex containing two copies of TtMreC and TtMreD-BRIL with two BAG2 anti-BRIL Fabs bound.
要素
  • 複合体: Complex containing two copies of TtMreC and TtMreD-BRIL with two BAG2 anti-BRIL Fabs bound.
    • タンパク質・ペプチド: Soluble cytochrome b562
    • タンパク質・ペプチド: Cell shape-determining protein MreC
    • タンパク質・ペプチド: Rod shape-determining protein MreD
    • タンパク質・ペプチド: BAG2 anti-BRIL Fab heavy chain
    • タンパク質・ペプチド: BAG2 anti-BRIL Fab light chain

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超分子 #1: Complex containing two copies of TtMreC and TtMreD-BRIL with two ...

超分子名称: Complex containing two copies of TtMreC and TtMreD-BRIL with two BAG2 anti-BRIL Fabs bound.
タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all
詳細: Complex formed by two copies of Thermus thermophilus MreC and two copies of Thermus thermophilus MreD fused internally with a BRIL domain. Two copies of the BAG2 anti-BRIL Fab with hinge- ...詳細: Complex formed by two copies of Thermus thermophilus MreC and two copies of Thermus thermophilus MreD fused internally with a BRIL domain. Two copies of the BAG2 anti-BRIL Fab with hinge-stabilizing mutations in the heavy chain.
由来(天然)生物種: Thermus thermophilus (バクテリア)

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分子 #1: Soluble cytochrome b562

分子名称: Soluble cytochrome b562 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Escherichia coli (大腸菌)
分子量理論値: 12.760479 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列:
HAAVAAAEAT IKPAFETLND NLKVIEKADN AAQVKDALTK MRAAALDAQK ATPPKLEDKS PDSPEMKDFR HGFDILVGQI DDALKLANE GKVKEAQAAA EQLKTTLAEL QKRYWART

UniProtKB: Soluble cytochrome b562

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分子 #2: Cell shape-determining protein MreC

分子名称: Cell shape-determining protein MreC / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Thermus thermophilus (バクテリア)
分子量理論値: 27.798629 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列: MREHLLPRFL LALLLALGLA LAALTRPLAP GFALSFSPLT AFPLHLGHRL GQNLRAAWSA LSARQDLLAE NQRLKEEVAR LTTENARLR LEVARLARAL EVKAGQAPGV VAVAPVVAED ASGLYRRLVL GLGSQDGLRP GMPVTAPQGL VGLVVEVEAH R ALVRTLLD ...文字列:
MREHLLPRFL LALLLALGLA LAALTRPLAP GFALSFSPLT AFPLHLGHRL GQNLRAAWSA LSARQDLLAE NQRLKEEVAR LTTENARLR LEVARLARAL EVKAGQAPGV VAVAPVVAED ASGLYRRLVL GLGSQDGLRP GMPVTAPQGL VGLVVEVEAH R ALVRTLLD PESRVGVRVG EKPGRGVARG APPGLLVAEF PPTVAVAPGD LLLTGATLGL FPDGIPVGRV ERVERAQGGL KV RAWARPL VDLSLLEEVV VLRPL

UniProtKB: Cell shape-determining protein MreC

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分子 #3: Rod shape-determining protein MreD

分子名称: Rod shape-determining protein MreD / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Thermus thermophilus (バクテリア)
分子量理論値: 16.668936 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列:
MALVYLVLLL FLSGLLQALL PEGWPAPDLF LVYALWLAAS RPPLLGLALA FLVGLLQDLL GFGLLGLHAV GLLLAAYAYY GAARYLDLR SPAGALAAFA LAFLGKWFGY FLVAYWLRLD LPALFPWLPL GEGLLSLAFF WPLRPKAREE PKA

UniProtKB: Rod shape-determining protein MreD

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分子 #4: BAG2 anti-BRIL Fab heavy chain

分子名称: BAG2 anti-BRIL Fab heavy chain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: synthetic construct (人工物)
分子量理論値: 24.279115 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: EVQLVESGGG LVQPGGSLRL SCAASGFNVV DFSLHWVRQA PGKGLEWVAY ISSSSGSTSY ADSVKGRFTI SADTSKNTAY LQMNSLRAE DTAVYYCARW GYWPGEPWWK AFDYWGQGTL VTVFNQIKGP SVFPLAPSSK STSGGTAALG CLVKDYFPEP V TVSWNSGA ...文字列:
EVQLVESGGG LVQPGGSLRL SCAASGFNVV DFSLHWVRQA PGKGLEWVAY ISSSSGSTSY ADSVKGRFTI SADTSKNTAY LQMNSLRAE DTAVYYCARW GYWPGEPWWK AFDYWGQGTL VTVFNQIKGP SVFPLAPSSK STSGGTAALG CLVKDYFPEP V TVSWNSGA LTSGVHTFPA VLQSSGLYSL SSVVTVPSSS LGTQTYICNV NHKPSNTKVD KKVEPKSCD

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分子 #5: BAG2 anti-BRIL Fab light chain

分子名称: BAG2 anti-BRIL Fab light chain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 5 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: synthetic construct (人工物)
分子量理論値: 23.541164 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: DIQMTQSPSS LSASVGDRVT ITCRASQSVS SAVAWYQQKP GKAPKLLIYS ASSLYSGVPS RFSGSRSGTD FTLTISSLQP EDFATYYCQ QYLYYSLVTF GQGTKVEIKR TVAAPSVFIF PPSDEQLKSG TASVVCLLNN FYPREAKVQW KVDNALQSGN S QESVTEQD ...文字列:
DIQMTQSPSS LSASVGDRVT ITCRASQSVS SAVAWYQQKP GKAPKLLIYS ASSLYSGVPS RFSGSRSGTD FTLTISSLQP EDFATYYCQ QYLYYSLVTF GQGTKVEIKR TVAAPSVFIF PPSDEQLKSG TASVVCLLNN FYPREAKVQW KVDNALQSGN S QESVTEQD SKDSTYSLSS TLTLSKADYE KHKVYACEVT HQGLSSPVTK SFNRGEC

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 7.5
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TALOS ARCTICA
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 平均電子線量: 52.0 e/Å2
電子線加速電圧: 200 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 3.0 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.0 µm
実験機器
モデル: Talos Arctica / 画像提供: FEI Company

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画像解析

CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
初期モデルモデルのタイプ: OTHER / 詳細: Ab initio model generated using cryoSPARC
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.6 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 166346
初期 角度割当タイプ: RANDOM ASSIGNMENT / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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