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- EMDB-46888: human Argonaute-2 R315V/H316A - miR-122 in complex with a fully c... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-46888
タイトルhuman Argonaute-2 R315V/H316A - miR-122 in complex with a fully complementary target
マップデータ
試料
  • 複合体: human Argonaute-2 R315V/H316A - miR-122 in complex with a fully complementary target
    • タンパク質・ペプチド: Argonaute2 R315V/H316A
    • RNA: miR-122
    • RNA: target RNA
  • リガンド: MAGNESIUM ION
  • リガンド: water
キーワードRNA binding protein / RNP / RNA / Argonaute2 / Ago2
機能・相同性
機能・相同性情報


: / endoribonuclease activity, cleaving miRNA-paired mRNA / endoribonuclease activity, cleaving siRNA-paired mRNA / siRNA-mediated gene silencing by mRNA destabilization / Post-transcriptional silencing by small RNAs / Competing endogenous RNAs (ceRNAs) regulate PTEN translation / Regulation of CDH11 mRNA translation by microRNAs / Regulation of NPAS4 mRNA translation / Regulation of PTEN mRNA translation / miRNA-mediated gene silencing by mRNA destabilization ...: / endoribonuclease activity, cleaving miRNA-paired mRNA / endoribonuclease activity, cleaving siRNA-paired mRNA / siRNA-mediated gene silencing by mRNA destabilization / Post-transcriptional silencing by small RNAs / Competing endogenous RNAs (ceRNAs) regulate PTEN translation / Regulation of CDH11 mRNA translation by microRNAs / Regulation of NPAS4 mRNA translation / Regulation of PTEN mRNA translation / miRNA-mediated gene silencing by mRNA destabilization / negative regulation of amyloid precursor protein biosynthetic process / RNA stabilization / Small interfering RNA (siRNA) biogenesis / positive regulation of trophoblast cell migration / Regulation of CDH1 mRNA translation by microRNAs / Transcriptional Regulation by MECP2 / RISC-loading complex / miRNA metabolic process / mRNA cap binding / RISC complex assembly / regulatory ncRNA-mediated post-transcriptional gene silencing / miRNA-mediated gene silencing by inhibition of translation / miRNA processing / RNA 7-methylguanosine cap binding / pre-miRNA processing / regulation of synapse maturation / siRNA processing / siRNA binding / M-decay: degradation of maternal mRNAs by maternally stored factors / mRNA 3'-UTR AU-rich region binding / Regulation of MITF-M-dependent genes involved in apoptosis / RISC complex / TGFBR3 expression / regulatory ncRNA-mediated gene silencing / Regulation of RUNX1 Expression and Activity / P-body assembly / miRNA binding / MicroRNA (miRNA) biogenesis / positive regulation of nuclear-transcribed mRNA catabolic process, deadenylation-dependent decay / positive regulation of nuclear-transcribed mRNA poly(A) tail shortening / RNA polymerase II complex binding / Regulation of MECP2 expression and activity / core promoter sequence-specific DNA binding / NR1H3 & NR1H2 regulate gene expression linked to cholesterol transport and efflux / Nuclear events stimulated by ALK signaling in cancer / RNA endonuclease activity / translation initiation factor activity / negative regulation of translational initiation / post-embryonic development / positive regulation of translation / TP53 Regulates Metabolic Genes / P-body / Transcriptional regulation by small RNAs / MAPK6/MAPK4 signaling / Pre-NOTCH Transcription and Translation / positive regulation of angiogenesis / cytoplasmic ribonucleoprotein granule / double-stranded RNA binding / Ca2+ pathway / Estrogen-dependent gene expression / single-stranded RNA binding / postsynapse / translation / dendrite / glutamatergic synapse / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / RNA binding / extracellular exosome / nucleoplasm / membrane / metal ion binding / nucleus / cytoplasm / cytosol
類似検索 - 分子機能
Protein argonaute-2 / Protein argonaute, Mid domain / Mid domain of argonaute / Argonaute linker 2 domain / Protein argonaute, N-terminal / Argonaute-like, PIWI domain / N-terminal domain of argonaute / Argonaute linker 2 domain / DUF1785 / Argonaute, linker 1 domain ...Protein argonaute-2 / Protein argonaute, Mid domain / Mid domain of argonaute / Argonaute linker 2 domain / Protein argonaute, N-terminal / Argonaute-like, PIWI domain / N-terminal domain of argonaute / Argonaute linker 2 domain / DUF1785 / Argonaute, linker 1 domain / Argonaute linker 1 domain / Piwi domain profile. / Piwi domain / Piwi domain / Piwi / PAZ domain superfamily / PAZ / PAZ domain / PAZ domain profile. / PAZ domain / Ribonuclease H superfamily / Ribonuclease H-like superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Protein argonaute-2
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト) / synthetic construct (人工物)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.1 Å
データ登録者Sarkar S / Gebert LFR / MacRae IJ
資金援助 米国, 1件
OrganizationGrant number国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)5R35GM127090 米国
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: human Argonaute2 R315V/H316A - miR-122 in complex with a fully complementary target
著者: Sarkar S / Gebert LFR / MacRae IJ
履歴
登録2024年9月4日-
ヘッダ(付随情報) 公開2026年3月4日-
マップ公開2026年3月4日-
更新2026年3月11日-
現状2026年3月11日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_46888.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_46888.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 64 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
0.74 Å/pix.
x 256 pix.
= 189.44 Å		0.74 Å/pix.
x 256 pix.
= 189.44 Å		0.74 Å/pix.
x 256 pix.
= 189.44 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.74 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.1
最小 - 最大-0.9340129 - 1.3238559
平均 (標準偏差)-0.00009878025 (±0.03594337)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ256256256
Spacing256256256
セルA=B=C: 189.44 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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ハーフマップ: #2

ファイルemd_46888_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #1

ファイルemd_46888_half_map_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : human Argonaute-2 R315V/H316A - miR-122 in complex with a fully c...

全体名称: human Argonaute-2 R315V/H316A - miR-122 in complex with a fully complementary target
要素
  • 複合体: human Argonaute-2 R315V/H316A - miR-122 in complex with a fully complementary target
    • タンパク質・ペプチド: Argonaute2 R315V/H316A
    • RNA: miR-122
    • RNA: target RNA
  • リガンド: MAGNESIUM ION
  • リガンド: water

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超分子 #1: human Argonaute-2 R315V/H316A - miR-122 in complex with a fully c...

超分子名称: human Argonaute-2 R315V/H316A - miR-122 in complex with a fully complementary target
タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#3
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)

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分子 #1: Argonaute2 R315V/H316A

分子名称: Argonaute2 R315V/H316A / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
EC番号: 加水分解酵素; エステル加水分解酵素; 5'-リン酸モノエステル産生エンドリボヌクレアーゼ
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 97.277062 KDa
組換発現生物種: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
配列文字列: MYSGAGPALA PPAPPPPIQG YAFKPPPRPD FGTSGRTIKL QANFFEMDIP KIDIYHYELD IKPEKCPRRV NREIVEHMVQ HFKTQIFGD RKPVFDGRKN LYTAMPLPIG RDKVELEVTL PGEGKDRIFK VSIKWVSCVS LQALHDALSG RLPSVPFETI Q ALDVVMRH ...文字列:
MYSGAGPALA PPAPPPPIQG YAFKPPPRPD FGTSGRTIKL QANFFEMDIP KIDIYHYELD IKPEKCPRRV NREIVEHMVQ HFKTQIFGD RKPVFDGRKN LYTAMPLPIG RDKVELEVTL PGEGKDRIFK VSIKWVSCVS LQALHDALSG RLPSVPFETI Q ALDVVMRH LPSMRYTPVG RSFFTASEGC SNPLGGGREV WFGFHQSVRP SLWKMMLNID VSATAFYKAQ PVIEFVCEVL DF KSIEEQQ KPLTDSQRVK FTKEIKGLKV EITHCGQMKR KYRVCNVTRR PASHQTFPLQ QESGQTVECT VAQYFKDVAK LVL RYPHLP CLQVGQEQKH TYLPLEVCNI VAGQRCIKKL TDNQTSTMIR ATARSAPDRQ EEISKLMRSA DFNTDPYVRE FGIM VKDEM TDVTGRVLQP PSILYGGRNK AIATPVQGVW DMRNKQFHTG IEIKVWAIAC FAPQRQCTEV HLKSFTEQLR KISRD AGMP IQGQPCFCKY AQGADSVEPM FRHLKNTYAG LQLVVVILPG KTPVYAEVKR VGDTVLGMAT QCVQMKNVQR TTPQTL SNL CLKINVKLGG VNNILLPQGR PPVFQQPVIF LGADVTHPPA GDGKKPSIAA VVGSMDAHPN RYCATVRVQQ HRQEIIQ DL AAMVRELLIQ FYKSTRFKPT RIIFYRDGVS EGQFQQVLHH ELLAIREACI KLEKDYQPGI TFIVVQKRHH TRLFCTDK N ERVGKSGNIP AGTTVDTKIT HPTEFDFYLC SHAGIQGTSR PSHYHVLWDD NRFSSDELQI LTYQLCHTYV RCTRSVSIP APAYYAHLVA FRARYHLVDK EHDAAEGDHT DGQANGRDHQ ALAKAVQVHQ DTLRTMYFA

UniProtKB: Protein argonaute-2

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分子 #2: miR-122

分子名称: miR-122 / タイプ: rna / ID: 2 / コピー数: 1
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 6.481856 KDa
配列文字列:
UGGAGUGUGA CAAUGGUGUU

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分子 #3: target RNA

分子名称: target RNA / タイプ: rna / ID: 3 / コピー数: 1
由来(天然)生物種: synthetic construct (人工物)
分子量理論値: 6.600012 KDa
配列文字列:
AACACCAUUG UCACACUCCA A

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分子 #4: MAGNESIUM ION

分子名称: MAGNESIUM ION / タイプ: ligand / ID: 4 / コピー数: 1 / 式: MG
分子量理論値: 24.305 Da

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分子 #5: water

分子名称: water / タイプ: ligand / ID: 5 / コピー数: 2 / 式: HOH
分子量理論値: 18.015 Da
Chemical component information

ChemComp-HOH:
WATER

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度1.4 mg/mL
緩衝液pH: 8
構成要素:
濃度式名称
50.0 mMTRISTRIS
100.0 mMNaClNaCl
0.5 mMTCEPTCEP
グリッドモデル: UltrAuFoil R1.2/1.3 / 材質: GOLD / メッシュ: 300 / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 前処理 - 時間: 25 sec. / 前処理 - 雰囲気: AIR / 前処理 - 気圧: 0.026000000000000002 kPa / 詳細: 15 mA
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 277.15 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TALOS ARCTICA
撮影フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON IV (4k x 4k)
デジタル化 - サイズ - 横: 4096 pixel / デジタル化 - サイズ - 縦: 4096 pixel / 撮影したグリッド数: 6 / 実像数: 15000 / 平均露光時間: 3.2 sec. / 平均電子線量: 40.0 e/Å2
電子線加速電圧: 200 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系C2レンズ絞り径: 50.0 µm / 照射モード: OTHER / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 3.0 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.0 µm / 倍率（公称値）: 190000
試料ステージ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
ホルダー冷却材: NITROGEN
実験機器
モデル: Talos Arctica / 画像提供: FEI Company

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画像解析

粒子像選択選択した数: 3286293
CTF補正ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 4.3) / タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
初期モデルモデルのタイプ: NONE
最終 再構成使用したクラス数: 1 / 想定した対称性 - 点群: C1 (非対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.1 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 4.3) / 使用した粒子像数: 264433
初期 角度割当タイプ: NOT APPLICABLE
最終 角度割当タイプ: NOT APPLICABLE
最終 3次元分類クラス数: 5 / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 4.3)

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原子モデル構築 1

初期モデルPDB ID:

6n4o


Chain - Chain ID: A / Chain - Source name: PDB / Chain - Initial model type: experimental model
精密化空間: REAL / プロトコル: FLEXIBLE FIT
得られたモデル

PDB-9dhx:
human Argonaute2 R315V/H316A - miR-122 in complex with a fully complementary target

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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