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- EMDB-46690: Cryo-EM Structure of the Multimeric Phosphoenolpyruvate Binding D... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-46690
タイトルCryo-EM Structure of the Multimeric Phosphoenolpyruvate Binding Domain of Staphylothermus marinus Phosphoenolpyruvate Synthase
マップデータ
試料
  • 複合体: 24-meric Phosphoenolpyruvate Binding Domain of Staphylothermus marinus Phosphoenolpyruvate Synthase
    • タンパク質・ペプチド: Phosphoenolpyruvate synthase
  • リガンド: MAGNESIUM ION
キーワードphosphoenolpyruvate / enzyme / multimeric / pyruvate / CYTOSOLIC PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


pyruvate, water dikinase / pyruvate, water dikinase activity / gluconeogenesis / ATP binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Phosphoenolpyruvate synthase / Pyruvate phosphate dikinase, AMP/ATP-binding / Pyruvate phosphate dikinase, AMP/ATP-binding domain / PEP-utilising enzyme, active site / PEP-utilizing enzymes phosphorylation site signature. / PEP-utilising enzyme, conserved site / PEP-utilizing enzymes signature 2. / PEP-utilising enzyme, C-terminal / PEP-utilising enzyme, PEP-binding domain / PEP-utilising enzyme, mobile domain ...Phosphoenolpyruvate synthase / Pyruvate phosphate dikinase, AMP/ATP-binding / Pyruvate phosphate dikinase, AMP/ATP-binding domain / PEP-utilising enzyme, active site / PEP-utilizing enzymes phosphorylation site signature. / PEP-utilising enzyme, conserved site / PEP-utilizing enzymes signature 2. / PEP-utilising enzyme, C-terminal / PEP-utilising enzyme, PEP-binding domain / PEP-utilising enzyme, mobile domain / Phosphohistidine domain superfamily / PEP-utilising enzyme, mobile domain / Pyruvate kinase-like domain superfamily / Pyruvate/Phosphoenolpyruvate kinase-like domain superfamily / ATP-grasp fold, subdomain 1
類似検索 - ドメイン・相同性
Probable phosphoenolpyruvate synthase
類似検索 - 構成要素
生物種Staphylothermus marinus F1 (古細菌)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.24 Å
データ登録者Legare S / Kirby MW / Stetefeld J
資金援助1件
OrganizationGrant number国
Not funded
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Cryo-EM Structure of the Multimeric Phosphoenolpyruvate Binding Domain of Staphylothermus marinus Phosphoenolpyruvate Synthase
著者: Legare S / Kirby MW / Stetefeld J
履歴
登録2024年8月22日-
ヘッダ(付随情報) 公開2025年10月29日-
マップ公開2025年10月29日-
更新2025年10月29日-
現状2025年10月29日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_46690.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_46690.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 229.8 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.03 Å/pix.
x 392 pix.
= 403.76 Å		1.03 Å/pix.
x 392 pix.
= 403.76 Å		1.03 Å/pix.
x 392 pix.
= 403.76 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.03 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベルBy EMDB: 0.04
最小 - 最大-0.040112827 - 0.17825322
平均 (標準偏差)-0.00019413757 (±0.0064176884)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ392392392
Spacing392392392
セルA=B=C: 403.75998 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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マスク #1

ファイルemd_46690_msk_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #1

ファイルemd_46690_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #2

ファイルemd_46690_half_map_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : 24-meric Phosphoenolpyruvate Binding Domain of Staphylothermus ma...

全体名称: 24-meric Phosphoenolpyruvate Binding Domain of Staphylothermus marinus Phosphoenolpyruvate Synthase
要素
  • 複合体: 24-meric Phosphoenolpyruvate Binding Domain of Staphylothermus marinus Phosphoenolpyruvate Synthase
    • タンパク質・ペプチド: Phosphoenolpyruvate synthase
  • リガンド: MAGNESIUM ION

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超分子 #1: 24-meric Phosphoenolpyruvate Binding Domain of Staphylothermus ma...

超分子名称: 24-meric Phosphoenolpyruvate Binding Domain of Staphylothermus marinus Phosphoenolpyruvate Synthase
タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1
由来(天然)生物種: Staphylothermus marinus F1 (古細菌)
分子量理論値: 888.24 kDa/nm

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分子 #1: Phosphoenolpyruvate synthase

分子名称: Phosphoenolpyruvate synthase / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 24 / 光学異性体: LEVO / EC番号: pyruvate, water dikinase
由来(天然)生物種: Staphylothermus marinus F1 (古細菌) / 株: F1
分子量理論値: 95.153914 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
配列文字列: MGSSHHHHHH SSGSNVPKEK RFIVWLDEVT KDDVVLVGGK NANLGEMIRA GIPVPPGFAV TAYAYKYFIE KTGLKDKIYP LLNSIDVND KKVLDETTAK IRQWIMDTPM PPEVEEEIRK YYRELAKKIG MEPEKLRVAV RSSATAEDMP EASFAGQQDT Y LNVYGEDN ...文字列:
MGSSHHHHHH SSGSNVPKEK RFIVWLDEVT KDDVVLVGGK NANLGEMIRA GIPVPPGFAV TAYAYKYFIE KTGLKDKIYP LLNSIDVND KKVLDETTAK IRQWIMDTPM PPEVEEEIRK YYRELAKKIG MEPEKLRVAV RSSATAEDMP EASFAGQQDT Y LNVYGEDN VVYYVKRCWA SLFTSRAVFY RVAQGIPHEK SLMSVTVQKM VNSRTAGVMF TLHPVTGDEK VVVIEASWGL GE SVVGGKV TPDEWVVDKQ TLQIVDQKIH HKTLAIVFDP KKGKNVEIRW DENKQAWVSE EGPVDIEMVK HFHPDKPALK EEE VKRLAE LALLIEKHYG RHMDIEWAVD YDIPFPDNVF IVQARLETVW SVRKEKEKAE KKAEIKGKNI VKLSEAKVLV RGLP ASPGI GAGVAKVIFD PHSKEAQEFK EGEVLVTKMT DPDWVPLMKK AVAIVTDEGG MTSHAAIVSR ELGIPAIVGT GNATQ VIKS GIEVTVDGSR GVVYEGIVED LVKPKEEVKA EVAGVGISPE QLLPLYPVTA TKIYMNLGEP DAIEKYKDLP FDGIGL MRI EFIITDWVQY HPLYLIEQGK ESLFIDKLAE GIAKVAQAIY PRPVVVRFSD FKTNEYRGLK GGEKYEPEER NPMIGWR GV SRYIHPKYEP AFRLEVRAIK KVREEMGLTN VWVMFPFVRT TWELERALKI MEEEGLKRGK DFKVWAMAEV PSIVLLAD K FAEYVDGFSI GSNDLTQLIL GADRDSNILA EMGYFDERDP AVLAGIKMII EKAHSKGATV SICGQAPSVY PEIVEFLVE AGIDSISVNP DAVIATRRLV ASIERKIMLK RLNKIMDKLN KLELGF

UniProtKB: Probable phosphoenolpyruvate synthase

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分子 #2: MAGNESIUM ION

分子名称: MAGNESIUM ION / タイプ: ligand / ID: 2 / コピー数: 24 / 式: MG
分子量理論値: 24.305 Da

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度1.9 mg/mL
緩衝液pH: 7.3
構成要素:
濃度名称
20.0 mMHEPES
150.0 mMNaCl
10.0 mMMgCl2
グリッドモデル: Quantifoil R2/1 / 材質: COPPER / メッシュ: 300 / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: HOLEY / 支持フィルム - Film thickness: 1 / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 前処理 - 時間: 20 sec. / 前処理 - 雰囲気: AIR / 前処理 - 気圧: 0.12 kPa
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 295 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON IV (4k x 4k)
平均電子線量: 42.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系C2レンズ絞り径: 50.0 µm / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.0 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 0.8 µm / 倍率（公称値）: 75000
試料ステージホルダー冷却材: NITROGEN
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

CTF補正ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 4.5.3) / タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
初期モデルモデルのタイプ: OTHER / 詳細: ab-initio from cryoSPARC
最終 再構成想定した対称性 - 点群: O (正8面体型対称) / アルゴリズム: FOURIER SPACE / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 2.24 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 4.5.3) / 使用した粒子像数: 1138254
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 4.5.3)
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 4.5.3)
最終 3次元分類クラス数: 1 / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 4.5.3)
FSC曲線 (解像度の算出)

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原子モデル構築 1

初期モデルChain - Source name: AlphaFold / Chain - Initial model type: in silico model
精密化空間: REAL / プロトコル: FLEXIBLE FIT
得られたモデル

PDB-9dae:
Cryo-EM Structure of the Multimeric Phosphoenolpyruvate Binding Domain of Staphylothermus marinus Phosphoenolpyruvate Synthase

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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