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- EMDB-45798: Post-targeting aCascade Type IA CRISPR-Cas Surveillance Complexes -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-45798
タイトルPost-targeting aCascade Type IA CRISPR-Cas Surveillance Complexes
マップデータPost-targeting aCascade Type IA CRISPR-Cas Surveillance Complexes
試料
  • 複合体: Type I-A CRISPR_Cas post-targeting surveillance subcomplex from Saccharolobus solfataricus
    • タンパク質・ペプチド: CRISPR-associated aCascade subunit Cas7/Csa2 2
    • RNA: RNA (32-MER)
    • タンパク質・ペプチド: CRISPR system aCascade subunit Cas5 1
    • DNA: DNA (5'-D(P*GP*GP*GP*TP*TP*TP*TP*CP*CP*TP*CP*GP*GP*A)-3')
  • リガンド: 2-AMINO-2-HYDROXYMETHYL-PROPANE-1,3-DIOL
キーワードaCascade Cascade CRISPR CRISPR-Cas Cas Cas5 Cas7 crRNA TypeI-A / DNA-RNA HYBRID / RNA BINDING PROTEIN-RNA-DNA complex
機能・相同性
機能・相同性情報


defense response to virus / RNA binding
類似検索 - 分子機能
CRISPR-associated protein, Cas5a type / : / CRISPR-associated protein Cas7/Cst2/DevR, subtype I-a/Apern / CRISPR-associated protein Cas7/Cst2/DevR / : / CRISPR-associated negative auto-regulator DevR/Csa2 / CRISPR-associated protein Cas5, N-terminal
類似検索 - ドメイン・相同性
CRISPR-associated aCascade subunit Cas7/Csa2 2 / CRISPR system aCascade subunit Cas5 1
類似検索 - 構成要素
生物種Saccharolobus solfataricus (古細菌) / Saccharolobus solfataricus P2 (古細菌)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.94 Å
データ登録者Findlay JL / Gentry JK / Lawrence CM
資金援助 米国, 2件
OrganizationGrant number国
National Science Foundation (NSF, United States)DBI-1828765 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)P30GM140963 米国
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Post-targeting aCascade Type IA CRISPR_Cas Surveillance Complexes
著者: Gentry J / Findlay JL / Lawrence CM
履歴
登録2024年7月17日-
ヘッダ(付随情報) 公開2025年7月23日-
マップ公開2025年7月23日-
更新2025年7月23日-
現状2025年7月23日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_45798.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_45798.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 64 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Post-targeting aCascade Type IA CRISPR-Cas Surveillance Complexes
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.42 Å/pix.
x 256 pix.
= 363.52 Å		1.42 Å/pix.
x 256 pix.
= 363.52 Å		1.42 Å/pix.
x 256 pix.
= 363.52 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.42 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.057
最小 - 最大-0.64315784 - 1.3064853
平均 (標準偏差)0.000023890827 (±0.02354825)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ256256256
Spacing256256256
セルA=B=C: 363.52 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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ハーフマップ: Half Map B

ファイルemd_45798_half_map_1.map
注釈Half Map B
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: Half Map A

ファイルemd_45798_half_map_2.map
注釈Half Map A
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Type I-A CRISPR_Cas post-targeting surveillance subcomplex from S...

全体名称: Type I-A CRISPR_Cas post-targeting surveillance subcomplex from Saccharolobus solfataricus
要素
  • 複合体: Type I-A CRISPR_Cas post-targeting surveillance subcomplex from Saccharolobus solfataricus
    • タンパク質・ペプチド: CRISPR-associated aCascade subunit Cas7/Csa2 2
    • RNA: RNA (32-MER)
    • タンパク質・ペプチド: CRISPR system aCascade subunit Cas5 1
    • DNA: DNA (5'-D(P*GP*GP*GP*TP*TP*TP*TP*CP*CP*TP*CP*GP*GP*A)-3')
  • リガンド: 2-AMINO-2-HYDROXYMETHYL-PROPANE-1,3-DIOL

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超分子 #1: Type I-A CRISPR_Cas post-targeting surveillance subcomplex from S...

超分子名称: Type I-A CRISPR_Cas post-targeting surveillance subcomplex from Saccharolobus solfataricus
タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#4 / 詳細: Composed of Cas5, 5Cas7, crRNA and DNA
由来(天然)生物種: Saccharolobus solfataricus (古細菌) / 株: P2
分子量理論値: 218 KDa

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分子 #1: CRISPR-associated aCascade subunit Cas7/Csa2 2

分子名称: CRISPR-associated aCascade subunit Cas7/Csa2 2 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 5 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Saccharolobus solfataricus P2 (古細菌)
分子量理論値: 35.308508 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
配列文字列: MISGSVRFLV NLESLNGVES IGNLTKHRTA PVVLKTSTGY LVRYVPVISG EALAHAYQAS LVDIAKKEGL PVGSLSSQYE FIKFSTDEA LKIEGIKEPK DYNDARRFEV EVMLKDVIAD VGGFMYAGGA PVRRTSRIKL GYMIPALRGD EIPAQLEAQF H VRFSNKPV ...文字列:
MISGSVRFLV NLESLNGVES IGNLTKHRTA PVVLKTSTGY LVRYVPVISG EALAHAYQAS LVDIAKKEGL PVGSLSSQYE FIKFSTDEA LKIEGIKEPK DYNDARRFEV EVMLKDVIAD VGGFMYAGGA PVRRTSRIKL GYMIPALRGD EIPAQLEAQF H VRFSNKPV SGSQAIFNVE VSSALYTFSF ELDEDLIAVP STFGEKVKGE EELERQKAKR VKSAIKALYS LLSGNFGGKR SR FLPSMKL MSLVVTKTDF PFMPEPAHDD DYIKTTIMRL GKAKGVLNGN LAKAYVINNE GIEVGEGVTV LSTVEDLVVK LEE E

UniProtKB: CRISPR-associated aCascade subunit Cas7/Csa2 2

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分子 #3: CRISPR system aCascade subunit Cas5 1

分子名称: CRISPR system aCascade subunit Cas5 1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Saccharolobus solfataricus P2 (古細菌)
分子量理論値: 27.431582 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
配列文字列: MIYSKVFLKL HWGFSVVKPL AAKAKPGFYL PPPTTLIGAL SYGKFRGVDN INLGNVYGSP AYNFRNIMAT ARLESEGVYT EDIIRNVIS YFQRKERREN PRYIYGVIPT GKVYIPNGRL VVVYVTDSIS KEELEKLCWS ITRIGCKECL ASVENVEVGE A KKVSGRVK ...文字列:
MIYSKVFLKL HWGFSVVKPL AAKAKPGFYL PPPTTLIGAL SYGKFRGVDN INLGNVYGSP AYNFRNIMAT ARLESEGVYT EDIIRNVIS YFQRKERREN PRYIYGVIPT GKVYIPNGRL VVVYVTDSIS KEELEKLCWS ITRIGCKECL ASVENVEVGE A KKVSGRVK TRYYFRDTVK VVGRKEFLEY VTFWEENGYI WGKEGSPVRY ILPITTYPLA SKEVEVEAKE AYEVGGEYVV FS

UniProtKB: CRISPR system aCascade subunit Cas5 1

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分子 #2: RNA (32-MER)

分子名称: RNA (32-MER) / タイプ: rna / ID: 2 / コピー数: 1
由来(天然)生物種: Saccharolobus solfataricus (古細菌) / 株: P1-16
分子量理論値: 20.161945 KDa
配列文字列:
AUUGAAAGUU CUGUUUCGAA GAAAACCCGC CUCAGAUUCA UUAUGGGGAU AAUCUCUUAU AGA

GENBANK: GENBANK: CP050869.1

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分子 #4: DNA (5'-D(P*GP*GP*GP*TP*TP*TP*TP*CP*CP*TP*CP*GP*GP*A)-3')

分子名称: DNA (5'-D(P*GP*GP*GP*TP*TP*TP*TP*CP*CP*TP*CP*GP*GP*A)-3')
タイプ: dna / ID: 4
詳細: Target DNA from the plasmid carrying the CRISPR array that copurified with the complex.
コピー数: 1 / 分類: DNA
由来(天然)生物種: Saccharolobus solfataricus P2 (古細菌)
分子量理論値: 4.302788 KDa
配列文字列:
(DG)(DG)(DG)(DT)(DT)(DT)(DT)(DC)(DC)(DT) (DC)(DG)(DG)(DA)

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分子 #5: 2-AMINO-2-HYDROXYMETHYL-PROPANE-1,3-DIOL

分子名称: 2-AMINO-2-HYDROXYMETHYL-PROPANE-1,3-DIOL / タイプ: ligand / ID: 5 / コピー数: 5 / 式: TRS
分子量理論値: 122.143 Da
Chemical component information

ChemComp-TRS:
2-AMINO-2-HYDROXYMETHYL-PROPANE-1,3-DIOL / トリス(ヒドロキシメチル)メチルアンモニウム / pH緩衝剤*YM

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度1.1 mg/mL
緩衝液pH: 8
構成要素:
濃度名称式
10.0 mMTris
50.0 mMsodium chlorideNaCl
グリッドモデル: Quantifoil R2/2 / 材質: COPPER / メッシュ: 300 / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: HOLEY / 支持フィルム - Film thickness: 11 / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 前処理 - 時間: 45 sec. / 前処理 - 雰囲気: OTHER / 前処理 - 気圧: 39.0 kPa
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 85 % / チャンバー内温度: 277 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV / 詳細: Blot time: 4 seconds Blot force: 5.
詳細The sample was a mixture of different subcomplex assemblies of aCASCADE purified by size-exclusion chromatography.

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電子顕微鏡法

顕微鏡TFS TALOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / デジタル化 - サイズ - 横: 5760 pixel / デジタル化 - サイズ - 縦: 4092 pixel / 実像数: 3901 / 平均露光時間: 3.7 sec. / 平均電子線量: 55.3 e/Å2
電子線加速電圧: 200 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系C2レンズ絞り径: 50.0 µm / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.5 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 0.5 µm / 倍率（公称値）: 36000
試料ステージ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
ホルダー冷却材: NITROGEN

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画像解析

粒子像選択選択した数: 5400000
詳細: Following blob picking and washing with 2D classification
CTF補正ソフトウェア - 名称: cryoSPARC / タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
初期モデルモデルのタイプ: INSILICO MODEL
最終 再構成想定した対称性 - 点群: C1 (非対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 2.94 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC / 使用した粒子像数: 488961
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC
最終 3次元分類ソフトウェア - 名称: cryoSPARC / 詳細: See manuscript
FSC曲線 (解像度の算出)

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原子モデル構築 1

初期モデルChain - Source name: AlphaFold / Chain - Initial model type: in silico model
詳細Alphafold 3 homology model including RNA was rigid body fit into the density. DNA modeling was ab initio. After rigid body fitting iterative real-space refinement and model building with PHENIX and Coot was performed.
精密化空間: REAL / プロトコル: FLEXIBLE FIT / 温度因子: 474 / 当てはまり具合の基準: Correlation Coefficient
得られたモデル

PDB-9cp3:
Post-targeting aCascade Type IA CRISPR-Cas Surveillance Complexes

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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