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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-45580 | |||||||||
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タイトル | Cryo-EM structure of the Nipah Virus polymerase (L) protein in complex with the tetrameric phosphoprotein (P) | |||||||||
マップデータ | The NiV L-P map | |||||||||
試料 |
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キーワード | Nipah virus / L protein / phosphoprotein / RNA-dependent RNA polymerase / PRNTase / GDP polyribonucleotidyl transferase / RNA capping / viral replication / TRANSFERASE / VIRAL PROTEIN | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 negative stranded viral RNA transcription / NNS virus cap methyltransferase / GDP polyribonucleotidyltransferase / negative stranded viral RNA replication / 加水分解酵素; 酸無水物に作用; リン含有酸無水物に作用 / virion component / mRNA 5'-cap (guanine-N7-)-methyltransferase activity / host cell cytoplasm / molecular adaptor activity / symbiont-mediated suppression of host innate immune response ...negative stranded viral RNA transcription / NNS virus cap methyltransferase / GDP polyribonucleotidyltransferase / negative stranded viral RNA replication / 加水分解酵素; 酸無水物に作用; リン含有酸無水物に作用 / virion component / mRNA 5'-cap (guanine-N7-)-methyltransferase activity / host cell cytoplasm / molecular adaptor activity / symbiont-mediated suppression of host innate immune response / RNA-directed RNA polymerase / RNA-dependent RNA polymerase activity / virus-mediated perturbation of host defense response / GTPase activity / ATP binding 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Henipavirus nipahense (ウイルス) | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.92 Å | |||||||||
データ登録者 | Liu B / Yang G / Wang D | |||||||||
資金援助 | 1件
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引用 | ジャーナル: Nat Commun / 年: 2024 タイトル: Structure of the Nipah virus polymerase phosphoprotein complex. 著者: Yang G / Wang D / Liu B | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
添付画像 |
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-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_45580.map.gz | 108.5 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-45580-v30.xml emd-45580.xml | 21.6 KB 21.6 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
FSC (解像度算出) | emd_45580_fsc.xml | 12.6 KB | 表示 | FSCデータファイル |
画像 | emd_45580.png | 88 KB | ||
Filedesc metadata | emd-45580.cif.gz | 7.9 KB | ||
その他 | emd_45580_additional_1.map.gz emd_45580_half_map_1.map.gz emd_45580_half_map_2.map.gz | 179.3 MB 200.7 MB 200.7 MB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-45580 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-45580 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_45580_validation.pdf.gz | 878.5 KB | 表示 | EMDB検証レポート |
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文書・詳細版 | emd_45580_full_validation.pdf.gz | 878.1 KB | 表示 | |
XML形式データ | emd_45580_validation.xml.gz | 21.1 KB | 表示 | |
CIF形式データ | emd_45580_validation.cif.gz | 26.9 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-45580 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-45580 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 9cgiMC M: このマップから作成された原子モデル C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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「今月の分子」の関連する項目 |
-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_45580.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 216 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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注釈 | The NiV L-P map | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
投影像・断面図 | 画像のコントロール
画像は Spider により作成 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 0.88533 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
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-添付データ
-試料の構成要素
-全体 : The Nipah virus L-P complex
全体 | 名称: The Nipah virus L-P complex |
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要素 |
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-超分子 #1: The Nipah virus L-P complex
超分子 | 名称: The Nipah virus L-P complex / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all |
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由来(天然) | 生物種: Henipavirus nipahense (ウイルス) |
分子量 | 理論値: 650 KDa |
-分子 #1: RNA-directed RNA polymerase L
分子 | 名称: RNA-directed RNA polymerase L / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO / EC番号: RNA-directed RNA polymerase |
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由来(天然) | 生物種: Henipavirus nipahense (ウイルス) |
分子量 | 理論値: 257.565156 KDa |
組換発現 | 生物種: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ) |
配列 | 文字列: MADELSISDI IYPECHLDSP IVSGKLISAI EYAQLRHNQP SDDKRLSENI RLNLHGKRKS LYILRQSKQG DYIRNNIKNL KEFMHIAYP ECNNILFSIT SQGMTSKLDN IMKKSFKAYN IISKKVIGML QNITRNLITQ DRRDEIINIH ECRRLGDLGK N MSQSKWYE ...文字列: MADELSISDI IYPECHLDSP IVSGKLISAI EYAQLRHNQP SDDKRLSENI RLNLHGKRKS LYILRQSKQG DYIRNNIKNL KEFMHIAYP ECNNILFSIT SQGMTSKLDN IMKKSFKAYN IISKKVIGML QNITRNLITQ DRRDEIINIH ECRRLGDLGK N MSQSKWYE CFLFWFTIKT EMRAVIKNSQ KPKFRSDSCI IHMRDKSTEI ILNPNLICIF KSDKTGKKCY YLTPEMVLMY CD VLEGRMM METTVKSDIK YQPLISRSNA LWGLIDPLFP VMGNRIYNIV SMIEPLVLAL LQLKDEARIL RGAFLHHCIK EMH QELSEC GFTDQKIRSM FIDDLLSILN IDNIHLLAEF FSFFRTFGHP ILEAKVAAEK VREHMLADKV LEYAPIMKAH AIFC GTIIN GYRDRHGGAW PPLYLPAHAS KHIIRLKNSG ESLTIDDCVK NWESFCGIQF DCFMELKLDS DLSMYMKDKA LSPIK DEWD SVYPREVLSY TPPKSTEPRR LVDVFVNDEN FDPYNMLEYV LSGAYLEDEQ FNVSYSLKEK ETKQAGRLFA KMTYKM RAC QVIAEALIAS GVGKYFKENG MVKDEHELLK TLFQLSISSV PRGNSQGNDP QSINNIERDF QYFKGVTTNV KDKKNNS FN KVKSALNNPC QADGVHHNMS PNTRNRYKCS NTSKSFLDYH TEFNPHNHYK SDNTEAAVLS RYEDNTGTKF DTVSAFLT T DLKKFCLNWR YESMAIFAER LDEIYGLPGF FNWMHKRLER SVIYVADPNC PPNIDKHMEL EKTPEDDIFI HYPKGGIEG YSQKTWTIAT IPFLFLSAYE TNTRIAAIVQ GDNESIAITQ KVHPNLPYKV KKEICAKQAQ LYFERLRMNL RALGHNLKAT ETIISTHLF IYSKKIHYDG AVLSQALKSM SRCCFWSETL VDETRSACSN ISTTIAKAIE NGLSRNVGYC INILKVIQQL L ISTEFSIN ETLTLDVTSP ISNNLDWLIT AALIPAPIGG FNYLNLSRIF VRNIGDPVTA SLADLKRMID HSIMTESVLQ KV MNQEPGD ASFLDWASDP YSGNLPDSQS ITKTIKNITA RTILRNSPNP MLKGLFHDKS FDEDLELASF LMDRRVILPR AAH EILDNS LTGAREEIAG LLDTTKGLIR SGLRKSGLQP KLVSRLSHHD YNQFLILNKL LSNRRQNDLI SSNTCSVDLA RALR SHMWR ELALGRVIYG LEVPDALEAM VGRYITGSLE CQICEQGNTM YGWFFVPRDS QLDQVDREHS SIRVPYVGSS TDERS DIKL GNVKRPTKAL RSAIRIATVY TWAYGDNEEC WYEAWYLASQ RVNIDLDVLK AITPVSTSNN LSHRLRDKST QFKFAG SVL NRVSRYVNIS NDNLDFRIEG EKVDTNLIYQ QAMLLGLSVL EGKFRLRLET DDYNGIYHLH VKDNCCVKEV ADVGQVD AE LPIPEYTEVD NNHLIYDPDP VSEIDCSRLS NQESKSRELD FPLWSTEELH DVLAKTVAQT VLEIITKADK DVLKQHLA I DSDDNINSLI TEFLIVDPEL FALYLGQSIS IKWAFEIHHR RPRGRHTMVD LLSDLVSNTS KHTYKVLSNA LSHPRVFKR FVNCGLLLPT QGPYLHQQDF EKLSQNLLVT SYMIYLMNWC DFKKSPFLIA EQDETVISLR EDIITSKHLC VIIDLYANHH KPPWIIDLN PQEKICVLRD FISKSRHVDT SSRSWNTSDL DFVIFYASLT YLRRGIIKQL RIRQVTEVID TTTMLRDNII V ENPPIKTG VLDIRGCIIY NLEEILSMNT KSASKKIFNL NSRPSVENHK YRRIGLNSSS CYKALNLSPL IQRYLPSGAQ RL FIGEGSG SMMLLYQSTL GQSISFYNSG IDGDYIPGQR ELKLFPSEYS IAEEDPSLTG KLKGLVVPLF NGRPETTWIG NLD SYEYII NRTAGRSIGL VHSDMESGID KNVEEILVEH SHLISIAINV MMEDGLLVSK IAYTPGFPIS RLFNMYRSYF GLVL VCFPV YSNPDSTEVY LLCLQKTVKT IVPPQKVLEH SNLHDEVNDQ GITSVIFKIK NSQSKQFHDD LKKYYQIDQP FFVPT KITS DEQVLLQAGL KLNGPEILKS EISYDIGSDI NTLRDTIIIM LNEAMNYFDD NRSPSHHLEP YPVLERTRIK TIMNCV TKK VIVYSLIKFK DTKSSELYHI KNNIRRKVLI LDFRSKLMTK TLPKGMQERR EKNGFKEVWI VDLSNREVKI WWKIIGY IS II UniProtKB: RNA-directed RNA polymerase L |
-分子 #2: Phosphoprotein
分子 | 名称: Phosphoprotein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 4 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Henipavirus nipahense (ウイルス) |
分子量 | 理論値: 78.39032 KDa |
組換発現 | 生物種: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ) |
配列 | 文字列: MDKLELVNDG LNIIDFIQKN QKEIQKTYGR SSIQQPSIKD QTKAWEDFLQ CTSGESEQVE GGMSKDDGDV ERRNLEDLSS TSPTDGTIG KRVSNTRDWA EGSDDIQLDP VVTDVVYHDH GGECTGYGFT SSPERGWSDY TSGANNGNVC LVSDAKMLSY A PEIAVSKE ...文字列: MDKLELVNDG LNIIDFIQKN QKEIQKTYGR SSIQQPSIKD QTKAWEDFLQ CTSGESEQVE GGMSKDDGDV ERRNLEDLSS TSPTDGTIG KRVSNTRDWA EGSDDIQLDP VVTDVVYHDH GGECTGYGFT SSPERGWSDY TSGANNGNVC LVSDAKMLSY A PEIAVSKE DRETDLVHLE NKLSTTGLNP TAVPFTLRNL SDPAKDSPVI AEHYYGLGVK EQNVGPQTSR NVNLDSIKLY TS DDEEADQ LEFEDEFAGS SSEVIVGISP EDEEPSSVGG KPNESIGRTI EGQSIRDNLQ AKDNKSTDVP GAGPKDSAVK EEP PQKRLP MLAEEFECSG SEDPIIRELL KENSLINCQQ GKDAQPPYHW SIERSISPDK TEIVNGAVQT ADRQRPGTPM PKSR GIPIK KGTDAKYPSA GTENVPGSKS GATRHVRGSP PYQEGKSVNA ENVQLNASTA VKETDKSEVN PVDDNDSLDD KYIMP SDDF SNTFFPHDTD RLNYHADHLG DYDLETLCEE SVLMGVINSI KLINLDMRLN HIEEQVKEIP KIINKLESID RVLAKT NTA LSTIEGHLVS MMIMIPGKGK GERKGKNNPE LKPVIGRDIL EQQSLFSFDN VKNFRDGSLT NEPYGAAVQL REDLILP EL NFEETNASQF VPMADDSSRD VIKTLIRTHI KDRELRSELI GYLNKAENDE EIQEIANTVN DIIDGNI UniProtKB: Phosphoprotein |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
緩衝液 | pH: 8 詳細: 50 mM Tris-HCl pH 8.0, 250 mM NaCl, 5% glycerol, 1 mM TCEP, and 4 mM MgCl2 |
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グリッド | モデル: Quantifoil R1.2/1.3 / 材質: COPPER / メッシュ: 300 / 支持フィルム - 材質: CARBON / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 前処理 - 時間: 60 sec. |
凍結 | 凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 277 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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温度 | 最低: 63.0 K / 最高: 77.0 K |
撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k) デジタル化 - サイズ - 横: 5760 pixel / デジタル化 - サイズ - 縦: 4092 pixel / 撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 6114 / 平均露光時間: 1.7 sec. / 平均電子線量: 54.8 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | C2レンズ絞り径: 50.0 µm / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス(公称値): 2.0 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 1.0 µm / 倍率(公称値): 130000 |
試料ステージ | 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER ホルダー冷却材: NITROGEN |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
+画像解析
-原子モデル構築 1
精密化 | 空間: REAL / プロトコル: OTHER / 温度因子: 73.5 |
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得られたモデル | PDB-9cgi: |