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- EMDB-45440: Cryo-EM structure of a designed pyridoxal phosphate (PLP) synthas... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-45440
タイトルCryo-EM structure of a designed pyridoxal phosphate (PLP) synthase fused to a designed circumsporozoite protein antigen from Plasmodium falciparum (CSP-P1-CSP and CSP-P2-CSP)
マップデータ
試料
  • 複合体: Complex of CSP-P1-CSP and CSP-P2-CSP
    • 複合体: CSP-P1-CSP
      • タンパク質・ペプチド: Circumsporozoite protein,Pyridoxal 5'-phosphate synthase subunit Pdx1
    • 複合体: CSP-P2-CSP
      • タンパク質・ペプチド: Circumsporozoite protein,Pyridoxal 5'-phosphate synthase subunit PDX2
キーワードsynthase / complex / BIOSYNTHETIC PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


vitamin B6 biosynthetic process / pyridoxine metabolic process / glutaminase complex / amine-lyase activity / pyridoxal 5'-phosphate synthase (glutamine hydrolysing) / pyridoxal 5'-phosphate synthase (glutamine hydrolysing) activity / response to singlet oxygen / pyridoxal 5'-phosphate biosynthetic process / pyridoxine biosynthetic process / host cell surface binding ...vitamin B6 biosynthetic process / pyridoxine metabolic process / glutaminase complex / amine-lyase activity / pyridoxal 5'-phosphate synthase (glutamine hydrolysing) / pyridoxal 5'-phosphate synthase (glutamine hydrolysing) activity / response to singlet oxygen / pyridoxal 5'-phosphate biosynthetic process / pyridoxine biosynthetic process / host cell surface binding / glutaminase / symbiont entry into host / entry into host cell by a symbiont-containing vacuole / glutaminase activity / heparan sulfate proteoglycan binding / amino acid metabolic process / catalytic activity / side of membrane / cell surface / identical protein binding / plasma membrane / cytoplasm / cytosol
類似検索 - 分子機能
Pyridoxal 5'-phosphate synthase subunit PdxT/SNO / PdxT/SNO family, conserved site / SNO glutamine amidotransferase family / PdxT/SNO family family signature. / PdxT/SNO family profile. / Pyridoxal 5'-phosphate synthase subunit PdxS/SNZ / PdxS/SNZ N-terminal domain / SOR/SNZ family / PdxS/SNZ family signature. / PdxS/SNZ family profile. ...Pyridoxal 5'-phosphate synthase subunit PdxT/SNO / PdxT/SNO family, conserved site / SNO glutamine amidotransferase family / PdxT/SNO family family signature. / PdxT/SNO family profile. / Pyridoxal 5'-phosphate synthase subunit PdxS/SNZ / PdxS/SNZ N-terminal domain / SOR/SNZ family / PdxS/SNZ family signature. / PdxS/SNZ family profile. / : / Plasmodium circumsporozoite protein / Thrombospondin type 1 domain / Thrombospondin type-1 (TSP1) repeat superfamily / Thrombospondin type-1 (TSP1) repeat profile. / Thrombospondin type 1 repeats / Thrombospondin type-1 (TSP1) repeat / Ribulose-phosphate binding barrel / Class I glutamine amidotransferase-like / Aldolase-type TIM barrel
類似検索 - ドメイン・相同性
Pyridoxal 5'-phosphate synthase subunit Pdx1 / Circumsporozoite protein / Pyridoxal 5'-phosphate synthase subunit PDX2
類似検索 - 構成要素
生物種Plasmodium falciparum (マラリア病原虫)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.95 Å
データ登録者Shi D / Ma R / Tang WK / Tolia NH
資金援助 米国, 1件
OrganizationGrant number国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)1ZIAAI001253 米国
引用ジャーナル: Nat Microbiol / 年: 2026
タイトル: A Plasmodium-derived nanoparticle vaccine elicits sterile protection against malaria in mice.
著者: Dashuang Shi / Rui Ma / Richi Gupta / Thayne H Dickey / Palak N Patel / Nichole D Salinas / Wai Kwan Tang / Alaysies Queen / Myesha Singleton / Nida Delbe / Solomon Conteh / Lynn E Lambert / ...著者: Dashuang Shi / Rui Ma / Richi Gupta / Thayne H Dickey / Palak N Patel / Nichole D Salinas / Wai Kwan Tang / Alaysies Queen / Myesha Singleton / Nida Delbe / Solomon Conteh / Lynn E Lambert / Patrick E Duffy / Niraj H Tolia /
要旨: Protein nanoparticles in infectious disease vaccines enable protection through the periodic arrangement of antigens on their surface. These nanoparticles arise from organisms unrelated to the target ...Protein nanoparticles in infectious disease vaccines enable protection through the periodic arrangement of antigens on their surface. These nanoparticles arise from organisms unrelated to the target disease, limiting their role as presentation platforms. Nanoparticles may also be compromised by pre-existing immunity to the nanoparticle carrier and may induce autoimmunity if conserved epitopes exist. Here we developed a potent multivalent malaria vaccine using an engineered Plasmodium falciparum pyridoxal 5'-phosphate (PLP) synthase as a nanoparticle that presents a designed P. falciparum circumsporozoite protein (CSP) and the Plasmodium vivax cell-transversal protein for ookinetes and sporozoites (CelTOS). These engineered vaccines elicited high titres of anti-CSP and anti-CelTOS antibodies, and three doses provided complete sterile protection against malaria in a mouse model. Cryogenic electron microscopy resolved a 2.95-Å resolution structure of the PLP nanoparticle including amino acid changes engineered to stabilize the nanoparticle. PLP synthase has no identifiable human ortholog limiting its propensity for autoimmunity or pre-existing immunity, and the engineered nanoparticles possess desirable manufacturing characteristics. These studies established an effective nanoparticle platform for malaria and infectious disease vaccines.
履歴
登録2024年6月21日-
ヘッダ(付随情報) 公開2025年12月31日-
マップ公開2025年12月31日-
更新2026年1月14日-
現状2026年1月14日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_45440.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_45440.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 64 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸X (Sec.)Y (Row.)Z (Col.)
1.06 Å/pix.
x 256 pix.
= 270.336 Å		1.06 Å/pix.
x 256 pix.
= 270.336 Å		1.06 Å/pix.
x 256 pix.
= 270.336 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.056 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベルBy EMDB: 1.76
最小 - 最大-18.289476000000001 - 29.140779999999999
平均 (標準偏差)0.000000000003271 (±1.0)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderZYX
Origin000
サイズ256256256
Spacing256256256
セルA=B=C: 270.336 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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ハーフマップ: #1

ファイルemd_45440_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #2

ファイルemd_45440_half_map_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Complex of CSP-P1-CSP and CSP-P2-CSP

全体名称: Complex of CSP-P1-CSP and CSP-P2-CSP
要素
  • 複合体: Complex of CSP-P1-CSP and CSP-P2-CSP
    • 複合体: CSP-P1-CSP
      • タンパク質・ペプチド: Circumsporozoite protein,Pyridoxal 5'-phosphate synthase subunit Pdx1
    • 複合体: CSP-P2-CSP
      • タンパク質・ペプチド: Circumsporozoite protein,Pyridoxal 5'-phosphate synthase subunit PDX2

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超分子 #1: Complex of CSP-P1-CSP and CSP-P2-CSP

超分子名称: Complex of CSP-P1-CSP and CSP-P2-CSP / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all

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超分子 #2: CSP-P1-CSP

超分子名称: CSP-P1-CSP / タイプ: complex / ID: 2 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #1
由来(天然)生物種: Plasmodium falciparum (マラリア病原虫)

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超分子 #3: CSP-P2-CSP

超分子名称: CSP-P2-CSP / タイプ: complex / ID: 3 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #2
由来(天然)生物種: Plasmodium falciparum (マラリア病原虫)

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分子 #1: Circumsporozoite protein,Pyridoxal 5'-phosphate synthase subunit Pdx1

分子名称: Circumsporozoite protein,Pyridoxal 5'-phosphate synthase subunit Pdx1
タイプ: protein_or_peptide / ID: 1
詳細: Pdx1 between duplicated portions of CSP (residues 101 to 114, 131 to 150, 310 to 383), so that it is CSP-Pdx1-CSP
コピー数: 12 / 光学異性体: LEVO
EC番号: pyridoxal 5'-phosphate synthase (glutamine hydrolysing)
由来(天然)生物種: Plasmodium falciparum (マラリア病原虫)
分子量理論値: 58.417055 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列: MTGNPDPNAN PNVDPNANPN ANPNANPNAN PNANPNAEPS DKHIKEYLNK IQNSLSTEWS PCSVTCGNGI QVRIKPGSAN KPKDELDYA NDIEKKICKM EKCSSVFNVV NSGGSGTENH KDDAVLLKHG WCEMLKGGVI MDVKSVEQAK IAEEAGAIGV M VLENIPSE ...文字列:
MTGNPDPNAN PNVDPNANPN ANPNANPNAN PNANPNAEPS DKHIKEYLNK IQNSLSTEWS PCSVTCGNGI QVRIKPGSAN KPKDELDYA NDIEKKICKM EKCSSVFNVV NSGGSGTENH KDDAVLLKHG WCEMLKGGVI MDVKSVEQAK IAEEAGAIGV M VLENIPSE LRNKEGVARS VDPSKVEEIK KCVSINVLAR VRIGHFVEAQ ILEELKIDMI DESEVLTIAD EMHHIDKHKF KT PFVCGCT NLGEALRRIS EGASMIRTKG EAGTGNIIEA IKHIRTVNNE ICYLCCLSDS EVYHFAKKIN APIDLVLLTK KLK RLPVVN FAAGGVATPA DAAMCMQLGM DGVFVGSGIF ESENPRKMAA SIVSAVSNFN NPKILLDVSM NLGKAMCGST RVSD KWKNK NEEHTKFLTP QTGNPDPNAN PNVDPNANPN ANPNANPNAN PNANPNAEPS DKHIKEYLNK IQNSLSTEWS PCSVT CGNG IQVRIKPGSA NKPKDELDYA NDIEKKICKM EKCSSVFNVV NSGGSLEHHH HHH

UniProtKB: Circumsporozoite protein, Circumsporozoite protein, Circumsporozoite protein, Pyridoxal 5'-phosphate synthase subunit Pdx1

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分子 #2: Circumsporozoite protein,Pyridoxal 5'-phosphate synthase subunit PDX2

分子名称: Circumsporozoite protein,Pyridoxal 5'-phosphate synthase subunit PDX2
タイプ: protein_or_peptide / ID: 2
詳細: Pdx2 between duplicated portions of CSP (residues 101 to 114, 131 to 150, 310 to 383), so that it is CSP-Pdx2-CSP
コピー数: 12 / 光学異性体: LEVO
EC番号: pyridoxal 5'-phosphate synthase (glutamine hydrolysing)
由来(天然)生物種: Plasmodium falciparum (マラリア病原虫)
分子量理論値: 49.843617 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列: MTGNPDPNAN PNVDPNANPN ANPNANPNAN PNANPNAEPS DKHIKEYLNK IQNSLSTEWS PCSVTCGNGI QVRIKPGSAN KPKDELDYA NDIEKKICKM EKCSSVFNVV NSGGSGTEIT IGVLSLQGDF EPHINHFIKL QIPSLNIIQV RNVHDLGLCD G LVIPGGES ...文字列:
MTGNPDPNAN PNVDPNANPN ANPNANPNAN PNANPNAEPS DKHIKEYLNK IQNSLSTEWS PCSVTCGNGI QVRIKPGSAN KPKDELDYA NDIEKKICKM EKCSSVFNVV NSGGSGTEIT IGVLSLQGDF EPHINHFIKL QIPSLNIIQV RNVHDLGLCD G LVIPGGES TTVRRCCAYE QDTLYNALVH FIHVLKKPIW GTCAGCILLS KNVENIKLYS NFGNKFSFGG LDITICRNFY GS QQDSFIC SLNIISDSSA FKKDLTAACI RAPYIREILS DEVKVLATFS HESYGPNIIA AVEQNNCLGT VFNPELLPHT AFQ QYFYEK VKNYKYSTGN PDPNANPNVD PNANPNANPN ANPNANPNAN PNAEPSDKHI KEYLNKIQNS LSTEWSPCSV TCGN GIQVR IKPGSANKPK DELDYANDIE KKICKMEKCS SVFNVVNSGG SLEHHHHHH

UniProtKB: Circumsporozoite protein, Circumsporozoite protein, Circumsporozoite protein, Pyridoxal 5'-phosphate synthase subunit PDX2

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 7.4
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡TFS KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 平均電子線量: 53.8 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: SPOT SCAN / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.0 µm
最小 デフォーカス（公称値）: 0.7000000000000001 µm
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

CTF補正タイプ: NONE
初期モデルモデルのタイプ: NONE
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 2.95 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 251050
初期 角度割当タイプ: ANGULAR RECONSTITUTION
最終 角度割当タイプ: ANGULAR RECONSTITUTION
FSC曲線 (解像度の算出)

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原子モデル構築 1

初期モデル
PDB IDChain

4adt

source_name: PDB, initial_model_type: experimental model

2abw

source_name: PDB, initial_model_type: experimental model
精密化空間: REAL / プロトコル: FLEXIBLE FIT
当てはまり具合の基準: Cross-correlation coeffcient
得られたモデル

PDB-9cca:
Cryo-EM structure of a designed pyridoxal phosphate (PLP) synthase fused to a designed circumsporozoite protein antigen from Plasmodium falciparum (CSP-P1-CSP and CSP-P2-CSP)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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