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万見
- EMDB-45359: Assimilatory NADPH-dependent sulfite reductase minimal dimer -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-45359
タイトルAssimilatory NADPH-dependent sulfite reductase minimal dimer
マップデータmain map
試料
  • 複合体: sulfite reductase minimal dimer
    • タンパク質・ペプチド: Sulfite reductase [NADPH] flavoprotein alpha-component
    • タンパク質・ペプチド: Sulfite reductase [NADPH] hemoprotein beta-component
  • リガンド: FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE
  • リガンド: FLAVIN MONONUCLEOTIDE
  • リガンド: PHOSPHATE ION
  • リガンド: POTASSIUM ION
  • リガンド: IRON/SULFUR CLUSTER
  • リガンド: SIROHEME
キーワードsulfite reductase / hemoflavoprotein / oxidoreductase / cryo-EM / FLAVOPROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


sulfite reductase (ferredoxin) activity / assimilatory sulfite reductase (NADPH) / sulfite reductase (NADPH) activity / sulfite reductase complex (NADPH) / sulfate assimilation / hydrogen sulfide biosynthetic process / cysteine biosynthetic process / FMN binding / flavin adenine dinucleotide binding / NADP binding ...sulfite reductase (ferredoxin) activity / assimilatory sulfite reductase (NADPH) / sulfite reductase (NADPH) activity / sulfite reductase complex (NADPH) / sulfate assimilation / hydrogen sulfide biosynthetic process / cysteine biosynthetic process / FMN binding / flavin adenine dinucleotide binding / NADP binding / 4 iron, 4 sulfur cluster binding / heme binding / metal ion binding / cytosol
類似検索 - 分子機能
Sulphite reductase [NADPH] flavoprotein, alpha chain / Sulphite reductase [NADPH] flavoprotein, alpha chain, Proteobacteria / Sulphite reductase (NADPH) hemoprotein, beta subunit / Nitrite and sulphite reductase 4Fe-4S domain containing protein / Nitrite/sulphite reductase iron-sulphur/sirohaem-binding site / Nitrite and sulfite reductases iron-sulfur/siroheme-binding site. / Nitrite/Sulfite reductase ferredoxin-like domain / Nitrite/sulphite reductase 4Fe-4S domain / Nitrite/Sulfite reductase ferredoxin-like domain superfamily / Nitrite and sulphite reductase 4Fe-4S domain ...Sulphite reductase [NADPH] flavoprotein, alpha chain / Sulphite reductase [NADPH] flavoprotein, alpha chain, Proteobacteria / Sulphite reductase (NADPH) hemoprotein, beta subunit / Nitrite and sulphite reductase 4Fe-4S domain containing protein / Nitrite/sulphite reductase iron-sulphur/sirohaem-binding site / Nitrite and sulfite reductases iron-sulfur/siroheme-binding site. / Nitrite/Sulfite reductase ferredoxin-like domain / Nitrite/sulphite reductase 4Fe-4S domain / Nitrite/Sulfite reductase ferredoxin-like domain superfamily / Nitrite and sulphite reductase 4Fe-4S domain / Nitrite/Sulfite reductase ferredoxin-like half domain / Nitrite and sulphite reductase 4Fe-4S domain-like superfamily / Sulfite reductase [NADPH] flavoprotein alpha-component-like, FAD-binding / NADPH-cytochrome p450 reductase, FAD-binding, alpha-helical domain superfamily / FAD binding domain / Flavodoxin-like / Flavoprotein pyridine nucleotide cytochrome reductase / Flavodoxin / Flavodoxin-like domain profile. / Flavodoxin/nitric oxide synthase / Oxidoreductase FAD/NAD(P)-binding / Oxidoreductase NAD-binding domain / FAD-binding domain, ferredoxin reductase-type / Ferredoxin-NADP reductase (FNR), nucleotide-binding domain / Ferredoxin reductase-type FAD binding domain profile. / Riboflavin synthase-like beta-barrel / Flavoprotein-like superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Sulfite reductase [NADPH] hemoprotein beta-component / Sulfite reductase [NADPH] flavoprotein alpha-component
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli (大腸菌)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.78 Å
データ登録者Ghazi Esfahani B / Walia N / Neselu K / Aragon M / Askenasy I / Wei A / Mendez JH / Stroupe ME
資金援助 米国, 2件
OrganizationGrant number国
National Science Foundation (NSF, United States)MCB1856502 米国
National Science Foundation (NSF, United States)CHE1904612 米国
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2025
タイトル: Structure of dimerized assimilatory NADPH-dependent sulfite reductase reveals the minimal interface for diflavin reductase binding.
著者: Behrouz Ghazi Esfahani / Nidhi Walia / Kasahun Neselu / Yashika Garg / Mahira Aragon / Isabel Askenasy / Hui Alex Wei / Joshua H Mendez / M Elizabeth Stroupe /
要旨: Escherichia coli NADPH-dependent assimilatory sulfite reductase (SiR) reduces sulfite by six electrons to make sulfide for incorporation into sulfur-containing biomolecules. SiR has two subunits: an ...Escherichia coli NADPH-dependent assimilatory sulfite reductase (SiR) reduces sulfite by six electrons to make sulfide for incorporation into sulfur-containing biomolecules. SiR has two subunits: an NADPH, FMN, and FAD-binding diflavin flavoprotein and a siroheme/FeS cluster-containing hemoprotein. The molecular interactions that govern subunit binding have been unknown since the discovery of SiR over 50 years ago because SiR is flexible, thus has been intransigent for traditional high-resolution structural analysis. We use a combination of the chameleon® plunging system with a fluorinated lipid to overcome the challenges of preserving a flexible molecule to determine a 2.78 Å-resolution cryo-EM structure of a minimal heterodimer complex. Chameleon®, combined with the fluorinated lipid, overcomes persistent denaturation at the air-water interface. Using a previously characterized minimal heterodimer reduces the heterogeneity of a structurally heterogeneous complex to a level that we analyze using multi-conformer cryo-EM image analysis algorithms. Here, we report the near-atomic resolution structure of the flavoprotein/hemoprotein complex, revealing how they interact in a minimal interface. Further, we determine the structural elements that discriminate between pairing a hemoprotein with a diflavin reductase, as in the E. coli homolog, or a ferredoxin partner, as in maize (Zea mays).
履歴
登録2024年6月13日-
ヘッダ(付随情報) 公開2025年2月12日-
マップ公開2025年2月12日-
更新2025年8月27日-
現状2025年8月27日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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ファイルダウンロード / ファイル: emd_45359.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 125 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
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平均 (標準偏差)0.0015131062 (±0.06590137)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ320320320
Spacing320320320
セルA=B=C: 244.79999 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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追加マップ: dimer obtained from the SiRFPdelta-SiRHP dataset

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注釈dimer obtained from the SiRFPdelta-SiRHP dataset
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試料の構成要素

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全体 : sulfite reductase minimal dimer

全体名称: sulfite reductase minimal dimer
要素
  • 複合体: sulfite reductase minimal dimer
    • タンパク質・ペプチド: Sulfite reductase [NADPH] flavoprotein alpha-component
    • タンパク質・ペプチド: Sulfite reductase [NADPH] hemoprotein beta-component
  • リガンド: FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE
  • リガンド: FLAVIN MONONUCLEOTIDE
  • リガンド: PHOSPHATE ION
  • リガンド: POTASSIUM ION
  • リガンド: IRON/SULFUR CLUSTER
  • リガンド: SIROHEME

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超分子 #1: sulfite reductase minimal dimer

超分子名称: sulfite reductase minimal dimer / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#2
由来(天然)生物種: Escherichia coli (大腸菌)
分子量理論値: 124 KDa

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分子 #1: Sulfite reductase [NADPH] flavoprotein alpha-component

分子名称: Sulfite reductase [NADPH] flavoprotein alpha-component
タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO / EC番号: assimilatory sulfite reductase (NADPH)
由来(天然)生物種: Escherichia coli (大腸菌)
分子量理論値: 64.093684 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列: MGGSHHHHHH GMASMTGGNN MGRDLYDDDD KDRWGSELEI TIISASQTGN ARRVAEALRD DLLAAKLNVK LVNAGDYKFK QIASEKLLI VVTSTQGCGE PPEEAVALHK FLFSKKAPKL ENTAFAVFSL GDSSYEFFTQ SGKDFDSKLA ELGGERLLDR V DADVEYQA ...文字列:
MGGSHHHHHH GMASMTGGNN MGRDLYDDDD KDRWGSELEI TIISASQTGN ARRVAEALRD DLLAAKLNVK LVNAGDYKFK QIASEKLLI VVTSTQGCGE PPEEAVALHK FLFSKKAPKL ENTAFAVFSL GDSSYEFFTQ SGKDFDSKLA ELGGERLLDR V DADVEYQA AASEWRARVV DALKSRAPVA APSQSVATGA VNEIHTSPYS KDAPLVASLS VNQKITGRNS EKDVRHIEID LG DSGLRYQ PGDALGVWYQ NDPALVKELV ELLWLKGDEP VTVEGKTLPL NEALQWHFEL TVNTANIVEN YATLTRSETL LPL VGDKAK LQHYAATTPI VDMVRFSPAQ LDAEALINLL RPLTPRLYSI ASSQAEVENE VHVTVGVVRY DVEGRARAGG ASSF LADRV EEEGEVRVFI EHNDNFRLPA NPETPVIMIG PGTGIAPFRA FMQQRAADEA PGKNWLFFGN PHFTEDFLYQ VEWQR YVKE GVLTRIDLAW SRDQKEKVYV QDKLREQGAE LWRWINDGAH IYVSGDACRM AKDVEQALLE VIAEFGGMDT EAADEF LSE LRVERRYQRD VY

UniProtKB: Sulfite reductase [NADPH] flavoprotein alpha-component

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分子 #2: Sulfite reductase [NADPH] hemoprotein beta-component

分子名称: Sulfite reductase [NADPH] hemoprotein beta-component
タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO / EC番号: assimilatory sulfite reductase (NADPH)
由来(天然)生物種: Escherichia coli (大腸菌)
分子量理論値: 64.091102 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列: MSEKHPGPLV VEGKLTDAER MKHESNYLRG TIAEDLNDGL TGGFKGDNFL LIRFHGMYQQ DDRDIRAERA EQKLEPRHAM LLRCRLPGG VITTKQWQAI DKFAGENTIY GSIRLTNRQT FQFHGILKKN VKPVHQMLHS VGLDALATAN DMNRNVLCTS N PYESQLHA ...文字列:
MSEKHPGPLV VEGKLTDAER MKHESNYLRG TIAEDLNDGL TGGFKGDNFL LIRFHGMYQQ DDRDIRAERA EQKLEPRHAM LLRCRLPGG VITTKQWQAI DKFAGENTIY GSIRLTNRQT FQFHGILKKN VKPVHQMLHS VGLDALATAN DMNRNVLCTS N PYESQLHA EAYEWAKKIS EHLLPRTRAY AEIWLDQEKV ATTDEEPILG QTYLPRKFKT TVVIPPQNDI DLHANDMNFV AI AENGKLV GFNLLVGGGL SIEHGNKKTY ARTASEFGYL PLEHTLAVAE AVVTTQRDWG NRTDRKNAKT KYTLERVGVE TFK AEVERR AGIKFEPIRP YEFTGRGDRI GWVKGIDDNW HLTLFIENGR ILDYPARPLK TGLLEIAKIH KGDFRITANQ NLII AGVPE SEKAKIEKIA KESGLMNAVT PQRENSMACV SFPTCPLAMA EAERFLPSFI DNIDNLMAKH GVSDEHIVMR VTGCP NGCG RAMLAEVGLV GKAPGRYNLH LGGNRIGTRI PRMYKENITE PEILASLDEL IGRWAKEREA GEGFGDFTVR AGIIRP VLD PARDLWD

UniProtKB: Sulfite reductase [NADPH] hemoprotein beta-component

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分子 #3: FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE

分子名称: FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE / タイプ: ligand / ID: 3 / コピー数: 1 / 式: FAD
分子量理論値: 785.55 Da
Chemical component information

ChemComp-FAD:
FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE / FAD / FAD*YM

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分子 #4: FLAVIN MONONUCLEOTIDE

分子名称: FLAVIN MONONUCLEOTIDE / タイプ: ligand / ID: 4 / コピー数: 1 / 式: FMN
分子量理論値: 456.344 Da
Chemical component information

ChemComp-FMN:
FLAVIN MONONUCLEOTIDE / FMN

-
分子 #5: PHOSPHATE ION

分子名称: PHOSPHATE ION / タイプ: ligand / ID: 5 / コピー数: 1 / 式: PO4
分子量理論値: 94.971 Da
Chemical component information

ChemComp-PO4:
PHOSPHATE ION / ホスファ-ト

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分子 #6: POTASSIUM ION

分子名称: POTASSIUM ION / タイプ: ligand / ID: 6 / コピー数: 1 / 式: K
分子量理論値: 39.098 Da

-
分子 #7: IRON/SULFUR CLUSTER

分子名称: IRON/SULFUR CLUSTER / タイプ: ligand / ID: 7 / コピー数: 1 / 式: SF4
分子量理論値: 351.64 Da
Chemical component information

ChemComp-FS1:
IRON/SULFUR CLUSTER / 一硫化鉄

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分子 #8: SIROHEME

分子名称: SIROHEME / タイプ: ligand / ID: 8 / コピー数: 1 / 式: SRM
分子量理論値: 916.661 Da
Chemical component information

ChemComp-SRM:
SIROHEME

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度10 mg/mL
緩衝液pH: 6.8
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: DIRECT ELECTRON APOLLO (4k x 4k)
平均電子線量: 60.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 3.0 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 0.8 µm
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

CTF補正タイプ: NONE
初期モデルモデルのタイプ: OTHER
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 2.78 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 185000
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 角度割当タイプ: ANGULAR RECONSTITUTION
FSC曲線 (解像度の算出)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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