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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-45294 | ||||||||||||
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タイトル | Structure of the human truncated BOS complex in GDN | ||||||||||||
マップデータ | |||||||||||||
試料 |
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キーワード | membrane protein biogenesis / membrane protein complex / MEMBRANE PROTEIN | ||||||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 multi-pass transmembrane protein insertion into ER membrane / multi-pass translocon complex / regulation of protein complex stability / regulation of protein-containing complex assembly / regulation of signal transduction / ribosome binding / carbohydrate binding / membrane => GO:0016020 / protein stabilization / endoplasmic reticulum membrane ...multi-pass transmembrane protein insertion into ER membrane / multi-pass translocon complex / regulation of protein complex stability / regulation of protein-containing complex assembly / regulation of signal transduction / ribosome binding / carbohydrate binding / membrane => GO:0016020 / protein stabilization / endoplasmic reticulum membrane / protein-containing complex / membrane / plasma membrane 類似検索 - 分子機能 | ||||||||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | ||||||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.65 Å | ||||||||||||
データ登録者 | Nguyen VN / Tomaleri GP / Voorhees RM | ||||||||||||
資金援助 | 米国, 3件
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引用 | ジャーナル: To Be Published タイトル: Role of a holo-insertase complex in the biogenesis of biophysically diverse ER membrane proteins 著者: Page KR / Nguyen VN / Pleiner T / Tomaleri GP / Wang ML / Guna A / Hazu M / Wang T / Chou T / Voorhees RM | ||||||||||||
履歴 |
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-構造の表示
添付画像 |
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-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_45294.map.gz | 175.4 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-45294-v30.xml emd-45294.xml | 24.4 KB 24.4 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
画像 | emd_45294.png | 46.3 KB | ||
Filedesc metadata | emd-45294.cif.gz | 7.2 KB | ||
その他 | emd_45294_additional_1.map.gz emd_45294_half_map_1.map.gz emd_45294_half_map_2.map.gz | 170.2 MB 318.7 MB 318.7 MB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-45294 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-45294 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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「今月の分子」の関連する項目 |
-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_45294.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 343 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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投影像・断面図 | 画像のコントロール
画像は Spider により作成 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 0.832 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
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-添付データ
-追加マップ: Original unsharpened map of truncated BOS complex
ファイル | emd_45294_additional_1.map | ||||||||||||
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注釈 | Original unsharpened map of truncated BOS complex | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: #1
ファイル | emd_45294_half_map_1.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: #2
ファイル | emd_45294_half_map_2.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-試料の構成要素
-全体 : Human truncated BOS complex
全体 | 名称: Human truncated BOS complex |
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要素 |
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-超分子 #1: Human truncated BOS complex
超分子 | 名称: Human truncated BOS complex / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#3 詳細: Human BOS complex of truncated NOMO (delta Ig 1-9), TMEM147, and NCLN |
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由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
-分子 #1: Nicalin
分子 | 名称: Nicalin / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
分子量 | 理論値: 63.047145 KDa |
組換発現 | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
配列 | 文字列: MLEEAGEVLE NMLKASCLPL GFIVFLPAVL LLVAPPLPAA DAAHEFTVYR MQQYDLQGQP YGTRNAVLNT EARTMAAEVL SRRCVLMRL LDFSYEQYQK ALRQSAGAVV IILPRAMAAV PQDVVRQFME IEPEMLAMET AVPVYFAVED EALLSIYKQT Q AASASQGS ...文字列: MLEEAGEVLE NMLKASCLPL GFIVFLPAVL LLVAPPLPAA DAAHEFTVYR MQQYDLQGQP YGTRNAVLNT EARTMAAEVL SRRCVLMRL LDFSYEQYQK ALRQSAGAVV IILPRAMAAV PQDVVRQFME IEPEMLAMET AVPVYFAVED EALLSIYKQT Q AASASQGS ASAAEVLLRT ATANGFQMVT SGVQSKAVSD WLIASVEGRL TGLGGEDLPT IVIVAHYDAF GVAPWLSLGA DS NGSGVSV LLELARLFSR LYTYKRTHAA YNLLFFASGG GKFNYQGTKR WLEDNLDHTD SSLLQDNVAF VLCLDTVGRG SSL HLHVSK PPREGTLQHA FLRELETVAA HQFPEVRFSM VHKRINLAED VLAWEHERFA IRRLPAFTLS HLESHRDGQR SSIM DVRSR VDSKTLTRNT RIIAEALTRV IYNLTEKGTP PDMPVFTEQM QIQQEQLDSV MDWLTNQPRA AQLVDKDSTF LSTLE HHLS RYLKDVKQHH VKADKRDPEF VFYDQLKQVM NAYRVKPAVF DLLLAVGIAA YLGMAYVAVQ HFSLLYKTVQ RLLVKA KTQ UniProtKB: Nicalin |
-分子 #2: BOS complex subunit NOMO2
分子 | 名称: BOS complex subunit NOMO2 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
分子量 | 理論値: 42.388957 KDa |
組換発現 | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
配列 | 文字列: MLVGQGAGLL GPAVVTAAVV LLLSGVGPAH GSEDIVYALA GVSFEIKAED DQPLPGVLLS LSGGLFRSNL LTQDNGILTF SNLSPGQYY FKPMMKEFRF EPSSQMIEVQ EGQNLKITIT GYRTAYSCYG TVSSLNGEPE QGVAMEAVGQ NDCSIYGEDT V TDEEGKFR ...文字列: MLVGQGAGLL GPAVVTAAVV LLLSGVGPAH GSEDIVYALA GVSFEIKAED DQPLPGVLLS LSGGLFRSNL LTQDNGILTF SNLSPGQYY FKPMMKEFRF EPSSQMIEVQ EGQNLKITIT GYRTAYSCYG TVSSLNGEPE QGVAMEAVGQ NDCSIYGEDT V TDEEGKFR LRGLLPGCVY HVQLKAEGND HIERALPHHR VIEVGNNDID DVNIIVFRQI NQFDLSGNVI TSSEYLPTLW VK LYKSENL DNPIQTVSLG QSLFFHFPPL LRDGENYVVL LDSTLPRSQY DYILPQVSFT AVGYHKHITL IFNPTRKLPE QDI AQGSYI ALPLTLLVLL AGYNHDKLIP LLLQLTSRLQ GVGALGQAAS DNSGPEDAKR QAKKQKTRRT UniProtKB: BOS complex subunit NOMO2, BOS complex subunit NOMO2 |
-分子 #3: Transmembrane protein 147
分子 | 名称: Transmembrane protein 147 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
分子量 | 理論値: 25.279848 KDa |
組換発現 | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
配列 | 文字列: MTLFHFGNCF ALAYFPYFIT YKCSGLSEYN AFWKCVQAGV TYLFVQLCKM LFLATFFPTW EGGIYDFIGE FMKASVDVAD LIGLNLVMS RNAGKGEYKI MVAALGWATA ELIMSRCIPL WVGARGIEFD WKYIQMSIDS NISLVHYIVA SAQVWMITRY D LYHTFRPA ...文字列: MTLFHFGNCF ALAYFPYFIT YKCSGLSEYN AFWKCVQAGV TYLFVQLCKM LFLATFFPTW EGGIYDFIGE FMKASVDVAD LIGLNLVMS RNAGKGEYKI MVAALGWATA ELIMSRCIPL WVGARGIEFD WKYIQMSIDS NISLVHYIVA SAQVWMITRY D LYHTFRPA VLLLMFLSVY KAFVMETFVH LCSLGSWAAL LARAVVTGLL ALSTLALYVA VVNVHS UniProtKB: Transmembrane protein 147 |
-分子 #4: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
分子 | 名称: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / タイプ: ligand / ID: 4 / コピー数: 1 / 式: NAG |
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分子量 | 理論値: 221.208 Da |
Chemical component information | ChemComp-NAG: |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
濃度 | 4 mg/mL | |||||||||||||||||||||
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緩衝液 | pH: 7.5 構成要素:
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凍結 | 凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 95 % / チャンバー内温度: 279 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV | |||||||||||||||||||||
詳細 | Sample solubilized and purified in GDN. |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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特殊光学系 | エネルギーフィルター - 名称: GIF Quantum LS / エネルギーフィルター - スリット幅: 20 eV |
撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 15929 / 平均電子線量: 60.0 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: SPOT SCAN / 撮影モード: DARK FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス(公称値): 3.0 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 1.0 µm / 倍率(公称値): 105000 |
試料ステージ | 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER ホルダー冷却材: NITROGEN |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
+画像解析
-原子モデル構築 1
初期モデル |
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得られたモデル | PDB-9c7u: |