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- EMDB-45191: Infectious B19V capsid -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-45191
タイトルInfectious B19V capsid
マップデータSubvolume of B19V capsid
試料
  • 複合体: Human parvovirus B19 with inter-alpha-trypsin inhibitor heavy chain H4
    • 複合体: Inter-alpha-trypsin inhibitor heavy chain H4
      • タンパク質・ペプチド: Inter-alpha-trypsin inhibitor heavy chain H4
    • ウイルス: Human parvovirus B19 (B19 ウイルス)
キーワードB19 / Virion / Capsid / PROTEIN BINDING
機能・相同性
機能・相同性情報


hyaluronan metabolic process / platelet dense granule lumen / endopeptidase inhibitor activity / response to cytokine / acute-phase response / serine-type endopeptidase inhibitor activity / Platelet degranulation / : / blood microparticle / extracellular exosome ...hyaluronan metabolic process / platelet dense granule lumen / endopeptidase inhibitor activity / response to cytokine / acute-phase response / serine-type endopeptidase inhibitor activity / Platelet degranulation / : / blood microparticle / extracellular exosome / extracellular region / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Inter-alpha-trypsin inhibitor heavy chain, C-terminal / : / Inter-alpha-trypsin inhibitor heavy chain C-terminus / VIT domain / Vault protein inter-alpha-trypsin domain / VIT domain profile. / Vault protein Inter-alpha-Trypsin domain / von Willebrand factor type A domain / von Willebrand factor (vWF) type A domain / VWFA domain profile. ...Inter-alpha-trypsin inhibitor heavy chain, C-terminal / : / Inter-alpha-trypsin inhibitor heavy chain C-terminus / VIT domain / Vault protein inter-alpha-trypsin domain / VIT domain profile. / Vault protein Inter-alpha-Trypsin domain / von Willebrand factor type A domain / von Willebrand factor (vWF) type A domain / VWFA domain profile. / von Willebrand factor, type A / von Willebrand factor A-like domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Inter-alpha-trypsin inhibitor heavy chain H4
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト) / Human parvovirus B19 (B19 ウイルス)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.9 Å
データ登録者Lee H / Hafenstein S
資金援助1件
OrganizationGrant number国
Not funded
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2024
タイトル: Infectious parvovirus B19 circulates in the blood coated with active host protease inhibitors.
著者: Hyunwook Lee / Ruben Assaraf / Suriyasri Subramanian / Dan Goetschius / Jan Bieri / Nadia M DiNunno / Remo Leisi / Carol M Bator / Susan L Hafenstein / Carlos Ros /
要旨: The lack of a permissive cell culture system has limited high-resolution structures of parvovirus B19 (B19V) to virus-like particles (VLPs). In this study, we present the atomic resolution structure ...The lack of a permissive cell culture system has limited high-resolution structures of parvovirus B19 (B19V) to virus-like particles (VLPs). In this study, we present the atomic resolution structure (2.2 Å) of authentic B19V purified from a patient blood sample. There are significant differences compared to non-infectious VLPs. Most strikingly, two host protease inhibitors (PIs), inter-alpha-trypsin inhibitor heavy chain 4 (ITIH4) and serpinA3, were identified in complex with the capsids in all patient samples tested. The ITIH4 binds specifically to the icosahedral fivefold axis and serpinA3 occupies the twofold axis. The protein-coated virions remain infectious, and the capsid-associated PIs retain activity; however, upon virion interaction with target cells, the PIs dissociate from the capsid prior to viral entry. Our finding of an infectious virion shielded by bound host serum proteins suggests an evolutionarily favored phenomenon to evade immune surveillance and escape host protease activity.
履歴
登録2024年6月4日-
ヘッダ(付随情報) 公開2024年11月13日-
マップ公開2024年11月13日-
更新2024年11月13日-
現状2024年11月13日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_45191.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_45191.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 83.7 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Subvolume of B19V capsid
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.08 Å/pix.
x 280 pix.
= 302.4 Å		1.08 Å/pix.
x 280 pix.
= 302.4 Å		1.08 Å/pix.
x 280 pix.
= 302.4 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.08 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.336
最小 - 最大-1.0774088 - 1.9321834
平均 (標準偏差)0.011595581 (±0.0857969)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ280280280
Spacing280280280
セルA=B=C: 302.40002 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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ハーフマップ: Half map-2 of the subvolume of B19V capsid

ファイルemd_45191_half_map_1.map
注釈Half map-2 of the subvolume of B19V capsid
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: Half map-1 of the subvolume of B19V capsid

ファイルemd_45191_half_map_2.map
注釈Half map-1 of the subvolume of B19V capsid
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Human parvovirus B19 with inter-alpha-trypsin inhibitor heavy chain H4

全体名称: Human parvovirus B19 with inter-alpha-trypsin inhibitor heavy chain H4
要素
  • 複合体: Human parvovirus B19 with inter-alpha-trypsin inhibitor heavy chain H4
    • 複合体: Inter-alpha-trypsin inhibitor heavy chain H4
      • タンパク質・ペプチド: Inter-alpha-trypsin inhibitor heavy chain H4
    • ウイルス: Human parvovirus B19 (B19 ウイルス)

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超分子 #1: Human parvovirus B19 with inter-alpha-trypsin inhibitor heavy chain H4

超分子名称: Human parvovirus B19 with inter-alpha-trypsin inhibitor heavy chain H4
タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all

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超分子 #3: Inter-alpha-trypsin inhibitor heavy chain H4

超分子名称: Inter-alpha-trypsin inhibitor heavy chain H4 / タイプ: complex / ID: 3 / 親要素: 1 / 含まれる分子: all
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)

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超分子 #2: Human parvovirus B19

超分子名称: Human parvovirus B19 / タイプ: virus / ID: 2 / 親要素: 1 / NCBI-ID: 10798 / 生物種: Human parvovirus B19 / ウイルスタイプ: VIRION / ウイルス・単離状態: SEROTYPE / ウイルス・エンベロープ: No / ウイルス・中空状態: No

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分子 #1: Inter-alpha-trypsin inhibitor heavy chain H4

分子名称: Inter-alpha-trypsin inhibitor heavy chain H4 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 103.47025 KDa
配列文字列: MKPPRPVRTC SKVLVLLSLL AIHQTTTAEK NGIDIYSLTV DSRVSSRFAH TVVTSRVVNR ANTVQEATFQ MELPKKAFIT NFSMIIDGM TYPGIIKEKA EAQAQYSAAV AKGKSAGLVK ATGRNMEQFQ VSVSVAPNAK ITFELVYEEL LKRRLGVYEL L LKVRPQQL ...文字列:
MKPPRPVRTC SKVLVLLSLL AIHQTTTAEK NGIDIYSLTV DSRVSSRFAH TVVTSRVVNR ANTVQEATFQ MELPKKAFIT NFSMIIDGM TYPGIIKEKA EAQAQYSAAV AKGKSAGLVK ATGRNMEQFQ VSVSVAPNAK ITFELVYEEL LKRRLGVYEL L LKVRPQQL VKHLQMDIHI FEPQGISFLE TESTFMTNQL VDALTTWQNK TKAHIRFKPT LSQQQKSPEQ QETVLDGNLI IR YDVDRAI SGGSIQIENG YFVHYFAPEG LTTMPKNVVF VIDKSGSMSG RKIQQTREAL IKILDDLSPR DQFNLIVFST EAT QWRPSL VPASAENVNK ARSFAAGIQA LGGTNINDAM LMAVQLLDSS NQEERLPEGS VSLIILLTDG DPTVGETNPR SIQN NVREA VSGRYSLFCL GFGFDVSYAF LEKLALDNGG LARRIHEDSD SALQLQDFYQ EVANPLLTAV TFEYPSNAVE EVTQN NFRL LFKGSEMVVA GKLQDRGPDV LTATVSGKLP TQNITFQTES SVAEQEAEFQ SPKYIFHNFM ERLWAYLTIQ QLLEQT VSA SDADQQALRN QALNLSLAYS FVTPLTSMVV TKPDDQEQSQ VAEKPMEGES RNRNVHSGST FFKYYLQGAK IPKPEAS FS PRRGWNRQAG AAGSRMNFRP GVLSSRQLGL PGPPDVPDHA AYHPFRRLAI LPASAPPATS NPDPAVSRVM NMKIEETT M TTQTPAPIQA PSAILPLPGQ SVERLCVDPR HRQGPVNLLS DPEQGVEVTG QYEREKAGFS WIEVTFKNPL VWVHASPEH VVVTRNRRSS AYKWKETLFS VMPGLKMTMD KTGLLLLSDP DKVTIGLLFW DGRGEGLRLL LRDTDRFSSH VGGTLGQFYQ EVLWGSPAA SDDGRRTLRV QGNDHSATRE RRLDYQEGPP GVEISCWSVE L

UniProtKB: Inter-alpha-trypsin inhibitor heavy chain H4

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 7
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON III (4k x 4k)
検出モード: INTEGRATING / 平均電子線量: 100.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 3.0 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 0.5 µm
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

初期モデルモデルのタイプ: INSILICO MODEL
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 2.9 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 68391
初期 角度割当タイプ: RANDOM ASSIGNMENT
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
FSC曲線 (解像度の算出)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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