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万見
- EMDB-45160: Infectious B19V capsid -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-45160
タイトルInfectious B19V capsid
マップデータA sharpened map of B19V-serpinA3 asymmetric complex map
試料
  • 複合体: Complex of B19V-ITIH4-serpinA3
    • 複合体: Capsid protein 2
      • タンパク質・ペプチド: Capsid protein 2
    • 複合体: ITIH4-serpinA3
      • タンパク質・ペプチド: Alpha-1-antichymotrypsin His-Pro-less
キーワードB19 / Virion / Capsid / VIRAL PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


maintenance of gastrointestinal epithelium / T=1 icosahedral viral capsid / regulation of lipid metabolic process / response to cytokine / platelet alpha granule lumen / acute-phase response / serine-type endopeptidase inhibitor activity / azurophil granule lumen / Platelet degranulation / extracellular matrix ...maintenance of gastrointestinal epithelium / T=1 icosahedral viral capsid / regulation of lipid metabolic process / response to cytokine / platelet alpha granule lumen / acute-phase response / serine-type endopeptidase inhibitor activity / azurophil granule lumen / Platelet degranulation / extracellular matrix / secretory granule lumen / blood microparticle / inflammatory response / Neutrophil degranulation / structural molecule activity / : / DNA binding / extracellular exosome / extracellular region / nucleus
類似検索 - 分子機能
Serpin, conserved site / Serpins signature. / Serpin superfamily, domain 2 / Serpin family / Serpin domain / Serpin superfamily / Serpin superfamily, domain 1 / Serpin (serine protease inhibitor) / SERine Proteinase INhibitors / Parvovirus coat protein VP2 ...Serpin, conserved site / Serpins signature. / Serpin superfamily, domain 2 / Serpin family / Serpin domain / Serpin superfamily / Serpin superfamily, domain 1 / Serpin (serine protease inhibitor) / SERine Proteinase INhibitors / Parvovirus coat protein VP2 / Parvovirus coat protein VP1/VP2 / Parvovirus coat protein VP1/VP2 / Capsid/spike protein, ssDNA virus
類似検索 - ドメイン・相同性
Alpha-1-antichymotrypsin / Capsid protein 2
類似検索 - 構成要素
生物種Human parvovirus B19 (B19 ウイルス) / Homo sapiens (ヒト)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.1 Å
データ登録者Lee H / Hafenstein S
資金援助1件
OrganizationGrant number国
Not funded
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2024
タイトル: Infectious parvovirus B19 circulates in the blood coated with active host protease inhibitors.
著者: Hyunwook Lee / Ruben Assaraf / Suriyasri Subramanian / Dan Goetschius / Jan Bieri / Nadia M DiNunno / Remo Leisi / Carol M Bator / Susan L Hafenstein / Carlos Ros /
要旨: The lack of a permissive cell culture system has limited high-resolution structures of parvovirus B19 (B19V) to virus-like particles (VLPs). In this study, we present the atomic resolution structure ...The lack of a permissive cell culture system has limited high-resolution structures of parvovirus B19 (B19V) to virus-like particles (VLPs). In this study, we present the atomic resolution structure (2.2 Å) of authentic B19V purified from a patient blood sample. There are significant differences compared to non-infectious VLPs. Most strikingly, two host protease inhibitors (PIs), inter-alpha-trypsin inhibitor heavy chain 4 (ITIH4) and serpinA3, were identified in complex with the capsids in all patient samples tested. The ITIH4 binds specifically to the icosahedral fivefold axis and serpinA3 occupies the twofold axis. The protein-coated virions remain infectious, and the capsid-associated PIs retain activity; however, upon virion interaction with target cells, the PIs dissociate from the capsid prior to viral entry. Our finding of an infectious virion shielded by bound host serum proteins suggests an evolutionarily favored phenomenon to evade immune surveillance and escape host protease activity.
履歴
登録2024年5月31日-
ヘッダ(付随情報) 公開2024年10月16日-
マップ公開2024年10月16日-
更新2025年6月4日-
現状2025年6月4日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_45160.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_45160.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 512 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈A sharpened map of B19V-serpinA3 asymmetric complex map
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.08 Å/pix.
x 512 pix.
= 552.96 Å		1.08 Å/pix.
x 512 pix.
= 552.96 Å		1.08 Å/pix.
x 512 pix.
= 552.96 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.08 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.05
最小 - 最大-0.16213317 - 0.25574148
平均 (標準偏差)0.00015770542 (±0.01254842)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin-256-256-256
サイズ512512512
Spacing512512512
セルA=B=C: 552.96 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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追加マップ: The deepEMhancer sharpened map of the B19V-serpinA3 asymmetric...

ファイルemd_45160_additional_1.map
注釈The deepEMhancer sharpened map of the B19V-serpinA3 asymmetric complex map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: The half-map #2 of the B19V-serpinA3 asymmetric complex map

ファイルemd_45160_half_map_1.map
注釈The half-map #2 of the B19V-serpinA3 asymmetric complex map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: The half-map #1 of the B19V-serpinA3 asymmetric complex map

ファイルemd_45160_half_map_2.map
注釈The half-map #1 of the B19V-serpinA3 asymmetric complex map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Complex of B19V-ITIH4-serpinA3

全体名称: Complex of B19V-ITIH4-serpinA3
要素
  • 複合体: Complex of B19V-ITIH4-serpinA3
    • 複合体: Capsid protein 2
      • タンパク質・ペプチド: Capsid protein 2
    • 複合体: ITIH4-serpinA3
      • タンパク質・ペプチド: Alpha-1-antichymotrypsin His-Pro-less

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超分子 #1: Complex of B19V-ITIH4-serpinA3

超分子名称: Complex of B19V-ITIH4-serpinA3 / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all

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超分子 #2: Capsid protein 2

超分子名称: Capsid protein 2 / タイプ: complex / ID: 2 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #1
由来(天然)生物種: Human parvovirus B19 (B19 ウイルス)

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超分子 #3: ITIH4-serpinA3

超分子名称: ITIH4-serpinA3 / タイプ: complex / ID: 3 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #2
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)

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分子 #1: Capsid protein 2

分子名称: Capsid protein 2 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 6 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Human parvovirus B19 (B19 ウイルス)
分子量理論値: 60.78482 KDa
配列文字列: TSVNSAEAST GAGGGGSNPV KSMWSEGATF SANSVTCTFS RQFLIPYDPE HHYKVFSPAA SSCHNASGKE AKVCTISPIM GYSTPWRYL DFNALNLFFS PLEFQHLIEN YGSIAPDALT VTISEIAVKD VTDKTGGGVQ VTDSTTGRLC MLVDHEYKYP Y VLGQGQDT ...文字列:
TSVNSAEAST GAGGGGSNPV KSMWSEGATF SANSVTCTFS RQFLIPYDPE HHYKVFSPAA SSCHNASGKE AKVCTISPIM GYSTPWRYL DFNALNLFFS PLEFQHLIEN YGSIAPDALT VTISEIAVKD VTDKTGGGVQ VTDSTTGRLC MLVDHEYKYP Y VLGQGQDT LAPELPIWVY FPPQYAYLTV GDVNTQGISG DSKKLASEES AFYVLEHSSF QLLGTGGTAT MSYKFPPVPP EN LEGCSQH FYEMYNPLYG SRLGVPDTLG GDPKFRSLTH EDHAIQPQNF MPGPLVNSVS TKEGDSSNTG AGKALTGLST GTS QNTRIS LRPGPVSQPY HHWDTDKYVT GINAISHGQT TYGNAEDKEY QQGVGRFPNE KEQLKQLQGL NMHTYFPNKG TQQY TDQIE RPLMVGSVWN RRALHYESQL WSKIPNLDDS FKTQFAALGG WGLHQPPPQI FLKILPQSGP IGGIKSMGIT TLVQY AVGI MTVTMTFKLG PRKATGRWNP QPGVYPPHAA GHLPYVLYDP TATDAKQHHR HGYEKPEELW TAKSRVHPL

UniProtKB: Capsid protein 2

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分子 #2: Alpha-1-antichymotrypsin His-Pro-less

分子名称: Alpha-1-antichymotrypsin His-Pro-less / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 42.50075 KDa
配列文字列: GLASANVDFA FSLYKQLVLK APDKNVIFSP LSISTALAFL SLGAHNTTLT EILKGLKFNL TETSEAEIHQ SFQHLLRTLN QSSDELQLS MGNAMFVKEQ LSLLDRFTED AKRLYGSEAF ATDFQDSAAA KKLINDYVKN GTRGKITDLI KDLDSQTMMV L VNYIFFKA ...文字列:
GLASANVDFA FSLYKQLVLK APDKNVIFSP LSISTALAFL SLGAHNTTLT EILKGLKFNL TETSEAEIHQ SFQHLLRTLN QSSDELQLS MGNAMFVKEQ LSLLDRFTED AKRLYGSEAF ATDFQDSAAA KKLINDYVKN GTRGKITDLI KDLDSQTMMV L VNYIFFKA KWEMPFDPQD THQSRFYLSK KKWVMVPMMS LHHLTIPYFR DEELSCTVVE LKYTGNASAL FILPDQDKME EV EAMLLPE TLKRWRDSLE FREIGELYLP KFSISRDYNL NDILLQLGIE EAFTSKADLS GITGARNLAV SQVVHKAVLD VFE EGTEAS AATAVKITLL SALVETRTIV RFNRPFLMII VPTDTQNIFF MSKVTNPKQ

UniProtKB: Alpha-1-antichymotrypsin

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 7
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON III (4k x 4k)
平均電子線量: 100.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 3.0 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 0.5 µm
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
初期モデルモデルのタイプ: OTHER
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.1 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 380278
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
FSC曲線 (解像度の算出)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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