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万見
- EMDB-45086: Structure of the elongating DRT2 reverse transcriptase in complex... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-45086
タイトルStructure of the elongating DRT2 reverse transcriptase in complex with its non-coding RNA and dNTPs
マップデータSharpened map of the elongating UG2 reverse transcriptase ribonucleoprotein complex
試料
  • 複合体: UG2 reverse transcriptase ribonucleoprotein complex, elongating state
    • タンパク質・ペプチド: Reverse transcriptase/maturase family protein
    • DNA: ccDNA
    • RNA: DRT2 ncRNA
  • リガンド: MAGNESIUM ION
  • リガンド: THYMIDINE-5'-TRIPHOSPHATE
  • リガンド: POTASSIUM ION
キーワードreverse transcriptase / rolling circle amplification / phage defense / TRANSFERASE-DNA-RNA complex
機能・相同性: / Reverse transcriptase domain / Reverse transcriptase (RNA-dependent DNA polymerase) / Reverse transcriptase (RT) catalytic domain profile. / RNA-directed DNA polymerase activity / DNA/RNA polymerase superfamily / Reverse transcriptase/maturase family protein
機能・相同性情報
生物種Klebsiella pneumoniae (肺炎桿菌)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.17 Å
データ登録者Wilkinson ME / Zhang F
資金援助 米国, 1件
OrganizationGrant number国
Howard Hughes Medical Institute (HHMI) 米国
引用ジャーナル: Science / 年: 2024
タイトル: Phage-triggered reverse transcription assembles a toxic repetitive gene from a noncoding RNA.
著者: Max E Wilkinson / David Li / Alex Gao / Rhiannon K Macrae / Feng Zhang /
要旨: Reverse transcription has frequently been co-opted for cellular functions and in prokaryotes is associated with protection against viral infection, but the underlying mechanisms of defense are ...Reverse transcription has frequently been co-opted for cellular functions and in prokaryotes is associated with protection against viral infection, but the underlying mechanisms of defense are generally unknown. Here, we show that in the DRT2 defense system, the reverse transcriptase binds a neighboring pseudoknotted noncoding RNA. Upon bacteriophage infection, a template region of this RNA is reverse transcribed into an array of tandem repeats that reconstitute a promoter and open reading frame, allowing expression of a toxic repetitive protein and an abortive infection response. Biochemical reconstitution of this activity and cryo-electron microscopy provide a molecular basis for repeat synthesis. Gene synthesis from a noncoding RNA is a previously unknown mode of genetic regulation in prokaryotes.
履歴
登録2024年5月25日-
ヘッダ(付随情報) 公開2024年9月4日-
マップ公開2024年9月4日-
更新2025年5月21日-
現状2025年5月21日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_45086.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_45086.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 52.7 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Sharpened map of the elongating UG2 reverse transcriptase ribonucleoprotein complex
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
0.88 Å/pix.
x 240 pix.
= 212.16 Å		0.88 Å/pix.
x 240 pix.
= 212.16 Å		0.88 Å/pix.
x 240 pix.
= 212.16 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.884 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.02
最小 - 最大-0.08474546 - 0.13420972
平均 (標準偏差)-0.00014777922 (±0.0037313404)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ240240240
Spacing240240240
セルA=B=C: 212.16 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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ハーフマップ: UG2 RNP with dNTPs refinement, half-map 1

ファイルemd_45086_half_map_1.map
注釈UG2 RNP with dNTPs refinement, half-map 1
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: UG2 RNP with dNTPs refinement, half-map 2

ファイルemd_45086_half_map_2.map
注釈UG2 RNP with dNTPs refinement, half-map 2
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : UG2 reverse transcriptase ribonucleoprotein complex, elongating state

全体名称: UG2 reverse transcriptase ribonucleoprotein complex, elongating state
要素
  • 複合体: UG2 reverse transcriptase ribonucleoprotein complex, elongating state
    • タンパク質・ペプチド: Reverse transcriptase/maturase family protein
    • DNA: ccDNA
    • RNA: DRT2 ncRNA
  • リガンド: MAGNESIUM ION
  • リガンド: THYMIDINE-5'-TRIPHOSPHATE
  • リガンド: POTASSIUM ION

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超分子 #1: UG2 reverse transcriptase ribonucleoprotein complex, elongating state

超分子名称: UG2 reverse transcriptase ribonucleoprotein complex, elongating state
タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#3
由来(天然)生物種: Klebsiella pneumoniae (肺炎桿菌)
分子量理論値: 140 KDa

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分子 #1: Reverse transcriptase/maturase family protein

分子名称: Reverse transcriptase/maturase family protein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Klebsiella pneumoniae (肺炎桿菌)
分子量理論値: 49.788645 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列: MNNDDYPWFR KRGYLHFDEP VSLKKAVKYV SSPEKIIKHS FLPFLSFEVK SFKIKKDKST KQLSKTEKLR PIAYSSHLDS HIYAFYAEY LTGHYELLIQ ENNLHENILA FRSLNKSNIE FAKRAFDTIT EMGECSAVAL DLSGFFDNLD HQILKHQWCK V IGTEALPQ ...文字列:
MNNDDYPWFR KRGYLHFDEP VSLKKAVKYV SSPEKIIKHS FLPFLSFEVK SFKIKKDKST KQLSKTEKLR PIAYSSHLDS HIYAFYAEY LTGHYELLIQ ENNLHENILA FRSLNKSNIE FAKRAFDTIT EMGECSAVAL DLSGFFDNLD HQILKHQWCK V IGTEALPQ DHFAIYKSIT RYSKVDKNRA YEILGISKNN PKYNRRKICT PVDFRNKIRK NGLIIVNNSQ KGIPQGSPIS AL LSNIYML DFDIEMRDYA QERGGHYYRY CDDMLFIVPT KYNKTLAGDV AQRIKHLKVE LNTKKTEIRD FIYKDSTLVA NMP LQYLGF IFDGSNILLR SSSLARYSER MKRGVRLAKA TMDSKNRIRE NKGEALKALF KKKLYARYSH IGRRNFLTYG YRAA KIMNS KAIKRQLKPL QKRLENEILK

UniProtKB: Reverse transcriptase/maturase family protein

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分子 #2: ccDNA

分子名称: ccDNA / タイプ: dna / ID: 2 / コピー数: 1 / 分類: DNA
由来(天然)生物種: Klebsiella pneumoniae (肺炎桿菌)
分子量理論値: 2.745821 KDa
配列文字列:
(DT)(DA)(DT)(DG)(DC)(DT)(DG)(DT)(DA)

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分子 #3: DRT2 ncRNA

分子名称: DRT2 ncRNA / タイプ: rna / ID: 3 / コピー数: 1
由来(天然)生物種: Klebsiella pneumoniae (肺炎桿菌)
分子量理論値: 90.951438 KDa
配列文字列: GGCCCUAAAC AAAGGUUUAG GGGUAUUGUA CAGGUUGUCA AGCCUCCCAC AGGUCUUGGU GAAACCAAUC ACUGUGACGA CGGUAAGCA ACACUUGGAU GAUAUUCAUA AUUGACUCCA CGCUACUGAU UACAUUAUAC AGCAUAUCUA ACAUUUGCGG C GAGGUUCA ...文字列:
GGCCCUAAAC AAAGGUUUAG GGGUAUUGUA CAGGUUGUCA AGCCUCCCAC AGGUCUUGGU GAAACCAAUC ACUGUGACGA CGGUAAGCA ACACUUGGAU GAUAUUCAUA AUUGACUCCA CGCUACUGAU UACAUUAUAC AGCAUAUCUA ACAUUUGCGG C GAGGUUCA CAAUUUGUAU UUAGGUACUG AUUGUGGAUG AGAAGGUUGG AGAAAGACCA CUUGGUUAAG CCGGAGGAUG UG UCCUAGA AUUGUCGCUA UUCUGUCAUC CUCCGGUUUU GCUAAU

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分子 #4: MAGNESIUM ION

分子名称: MAGNESIUM ION / タイプ: ligand / ID: 4 / コピー数: 1 / 式: MG
分子量理論値: 24.305 Da

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分子 #5: THYMIDINE-5'-TRIPHOSPHATE

分子名称: THYMIDINE-5'-TRIPHOSPHATE / タイプ: ligand / ID: 5 / コピー数: 1 / 式: TTP
分子量理論値: 482.168 Da
Chemical component information

ChemComp-TTP:
THYMIDINE-5'-TRIPHOSPHATE

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分子 #6: POTASSIUM ION

分子名称: POTASSIUM ION / タイプ: ligand / ID: 6 / コピー数: 1 / 式: K
分子量理論値: 39.098 Da

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 7.9
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 18453 / 平均電子線量: 40.3 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.7 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.0 µm
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

粒子像選択選択した数: 3313207
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
初期モデルモデルのタイプ: INSILICO MODEL
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.17 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 4.0) / 使用した粒子像数: 136601
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
FSC曲線 (解像度の算出)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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