[日本語] English
万見
- EMDB-45076: Structure of Sialyl transferase from Pasturella Multocida -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-45076
タイトルStructure of Sialyl transferase from Pasturella Multocida
マップデータ
試料
  • 細胞器官・細胞要素: Tetramer of Pasturella multocida sialyl transferase.
    • タンパク質・ペプチド: CMP-Neu5Ac--lipooligosaccharide alpha 2-3 sialyltransferase
キーワードGlycosyl Transferase / TRANSFERASE
機能・相同性Alpha-2,3-sialyltransferase / Alpha-2,3-sialyltransferase superfamily / Alpha-2,3-sialyltransferase (CST-I) / CMP-Neu5Ac--lipooligosaccharide alpha 2-3 sialyltransferase
機能・相同性情報
生物種Pasteurella (バクテリア)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.96 Å
データ登録者Subramanian R / Dhanabalan K
資金援助 インド, 1件
OrganizationGrant number国
Department of Biotechnology (DBT, India)DBT/PR12422/MED/31/287/2014 インド
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Ambient Ionization Mass Spectrometry and Cryo-Electron Microscopy for Label-Free Enzyme Characterization
著者: Morato Gutierrez NM / Dhanabalan K
履歴
登録2024年5月24日-
ヘッダ(付随情報) 公開2025年6月11日-
マップ公開2025年6月11日-
更新2025年6月11日-
現状2025年6月11日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

-
構造の表示

添付画像

emd_45076.png

ダウンロードとリンク

-
マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_45076.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 64 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.1 Å/pix.
x 256 pix.
= 281.6 Å		1.1 Å/pix.
x 256 pix.
= 281.6 Å		1.1 Å/pix.
x 256 pix.
= 281.6 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.1 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.27
最小 - 最大-2.6711264 - 3.8865662
平均 (標準偏差)-0.0010200922 (±0.07041967)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ256256256
Spacing256256256
セルA=B=C: 281.6 Å
α=β=γ: 90.0 °

-
添付データ

-
ハーフマップ: #2

ファイルemd_45076_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
ハーフマップ: #1

ファイルemd_45076_half_map_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
試料の構成要素

-
全体 : Tetramer of Pasturella multocida sialyl transferase.

全体名称: Tetramer of Pasturella multocida sialyl transferase.
要素
  • 細胞器官・細胞要素: Tetramer of Pasturella multocida sialyl transferase.
    • タンパク質・ペプチド: CMP-Neu5Ac--lipooligosaccharide alpha 2-3 sialyltransferase

-
超分子 #1: Tetramer of Pasturella multocida sialyl transferase.

超分子名称: Tetramer of Pasturella multocida sialyl transferase.
タイプ: organelle_or_cellular_component / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all
詳細: The C-terminal 32 aminoacids that are in the membrane are deleted for recombinant expression.
由来(天然)生物種: Pasteurella (バクテリア)
分子量理論値: 128 KDa

-
分子 #1: CMP-Neu5Ac--lipooligosaccharide alpha 2-3 sialyltransferase

分子名称: CMP-Neu5Ac--lipooligosaccharide alpha 2-3 sialyltransferase
タイプ: protein_or_peptide / ID: 1
詳細: The construct used for expression did not contain the C-terminal 32 amino acids.
コピー数: 4 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Pasteurella (バクテリア)
分子量理論値: 35.696895 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
配列文字列: MDKFAEHEIP KAVIVAGNGE SLSQIDYRLL PKNYDVFRCN QFYFEERYFL GNKIKAVFFT PGVFLEQYYT LYHLKRNNEY FVDNVILSS FNHPTVDLEK SQKIQALFID VINGYEKHLS KLTAFDVYLR YKELYENQRI TSGVYMCAVA IAMGYTDIYL T GIDFYQAS ...文字列:
MDKFAEHEIP KAVIVAGNGE SLSQIDYRLL PKNYDVFRCN QFYFEERYFL GNKIKAVFFT PGVFLEQYYT LYHLKRNNEY FVDNVILSS FNHPTVDLEK SQKIQALFID VINGYEKHLS KLTAFDVYLR YKELYENQRI TSGVYMCAVA IAMGYTDIYL T GIDFYQAS EENYAFDNKK PNIIRLLPDF RKEKTLFSYH SKDIDLEALS FLQQHYHVNF YSISPMSPLS KHFPIPTVED DC ETTFVAP LKENYINDIL LPPHFVYEKL GTIVSKKSRF HSNLIVRLIR DLLKLPSALK HYLKEK

UniProtKB: CMP-Neu5Ac--lipooligosaccharide alpha 2-3 sialyltransferase

-
実験情報

-
構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

-
試料調製

濃度0.8 mg/mL
緩衝液pH: 7.8 / 構成要素 - 濃度: 50.0 mM / 構成要素 - 式: PO4 / 構成要素 - 名称: PBS
詳細: 50 mM HEPES pH 8, 250 mM NaCl, 2% glycerol, and 3 mM DTT
グリッドモデル: Quantifoil R0.6/1 / 材質: GOLD / メッシュ: 300 / 支持フィルム - 材質: GOLD / 支持フィルム - トポロジー: HOLEY / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 前処理 - 時間: 150 sec.
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 90 % / チャンバー内温度: 293 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV
詳細The sample is monodisperse

-
電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 撮影したグリッド数: 1 / 平均電子線量: 53.5 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系最大 デフォーカス（補正後）: 5.0 µm / 最小 デフォーカス（補正後）: 1.0 µm / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 4.0 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 2.5 µm / 倍率（公称値）: 81000
試料ステージ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
ホルダー冷却材: NITROGEN
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

+
画像解析

粒子像選択選択した数: 1205487
CTF補正ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 4.1) / タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
初期モデルモデルのタイプ: INSILICO MODEL / In silico モデル: Alphafold-2 predicted model
最終 再構成使用したクラス数: 1 / 想定した対称性 - 点群: C4 (4回回転対称) / アルゴリズム: FOURIER SPACE / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 2.96 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 4.1) / 使用した粒子像数: 265055
初期 角度割当タイプ: NOT APPLICABLE
最終 角度割当タイプ: NOT APPLICABLE
最終 3次元分類クラス数: 50 / 平均メンバー数/クラス: 3000 / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC
FSC曲線 (解像度の算出)

-
原子モデル構築 1

初期モデルChain - Source name: AlphaFold / Chain - Initial model type: in silico model
精密化空間: REAL / プロトコル: FLEXIBLE FIT / 温度因子: 51.24
得られたモデル

PDB-9c08:
Structure of Sialyl transferase from Pasturella Multocida

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る