EMDB-44895: Cryo-EM structure of extracellular tube from Microcystis Aerugino...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: EMDB / ID: EMD-44895

タイトル

Cryo-EM structure of extracellular tube from Microcystis Aeruginosa pcc 7806SL

マップデータ

cryo-EM map of extracellular tube from Microcystis Aeruginosa pcc 7806SL

試料

複合体: pili filaments
- タンパク質・ペプチド: pilin

キーワード

extracellular tube / filament / pili / helical symmetry / PROTEIN FIBRIL

機能・相同性

Uncharacterized protein

機能・相同性情報

生物種

Microcystis aeruginosa PCC 7806SL (バクテリア)

手法

らせん対称体再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.4 Å

データ登録者

Petersen HA / Ricca JG / Louda JW / Wang F

資金援助

米国, 1件

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Cryo-EM structure of extracellular tube from Microcystis Aeruginosa pcc 7806SL
著者: Petersen HA / Ricca JG / Louda JW / Wang F

履歴

登録	2024年5月15日	-
ヘッダ(付随情報) 公開	2025年5月14日	-
マップ公開	2025年5月14日	-
更新	2025年5月14日	-
現状	2025年5月14日	処理サイト: RCSB / 状態: 公開

添付画像	emd_44895.png

-
EMDBアーカイブ

マップデータ	emd_44895.map.gz	20.2 MB		EMDBマップデータ形式
ヘッダ (付随情報)	emd-44895-v30.xml emd-44895.xml	14.1 KB 14.1 KB	表示表示	EMDBヘッダ
画像	emd_44895.png	135.9 KB
Filedesc metadata	emd-44895.cif.gz	5.1 KB
その他	emd_44895_half_map_1.map.gz emd_44895_half_map_2.map.gz	115.7 MB 115.7 MB
アーカイブディレクトリ	http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-44895 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-44895	HTTPS FTP

-
検証レポート

文書・要旨	emd_44895_validation.pdf.gz	803.1 KB	表示	EMDB検証レポート
文書・詳細版	emd_44895_full_validation.pdf.gz	802.7 KB	表示
XML形式データ	emd_44895_validation.xml.gz	14.2 KB	表示
CIF形式データ	emd_44895_validation.cif.gz	16.9 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-44895 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-44895	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	9btqMC M: このマップから作成された原子モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

EMDBのページ	EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource

ファイル

ダウンロード / ファイル: emd_44895.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 125 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)

注釈

cryo-EM map of extracellular tube from Microcystis Aeruginosa pcc 7806SL

投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他	反転上下逆

軸	Z (Sec.)	Y (Row.)	X (Col.)
	1.07 Å/pix. x 320 pix. = 342.4 Å	1.07 Å/pix. x 320 pix. = 342.4 Å	1.07 Å/pix. x 320 pix. = 342.4 Å
表面
投影像
断面 (1/3)
断面 (1/2)
断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズ

X=Y=Z: 1.07 Å

密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

表面レベル	登録者による: 7.27
最小 - 最大	-0.5425083 - 18.764292000000001
平均 (標準偏差)	0.112361394 (±0.8750982)

対称性

空間群: 1

詳細

-
ハーフマップ: halfmap A

ファイル

emd_44895_half_map_1.map

注釈

halfmap A

投影像・断面図

軸	Z	Y	X
投影像
断面 (1/2)

密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
ハーフマップ: halfmap B

ファイル

emd_44895_half_map_2.map

注釈

halfmap B

投影像・断面図

軸	Z	Y	X
投影像
断面 (1/2)

密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
全体 : pili filaments

全体	名称: pili filaments
要素	複合体: pili filaments タンパク質・ペプチド: pilin

-
超分子 #1: pili filaments

超分子	名称: pili filaments / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all
由来(天然)	生物種: Microcystis aeruginosa PCC 7806SL (バクテリア)

-
分子 #1: pilin

分子	名称: pilin / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)	生物種: Microcystis aeruginosa PCC 7806SL (バクテリア)
分子量	理論値: 15.515277 KDa
配列	文字列: MKASNYQEIA KAAILAGGLA AAGVLSVGES AQAQFIGTAS QSRVSAAVTS ILTDGNAAAT NSFAVEQVLP SSDYVFSGVV AVQVSYATT ISVGVGTAGA LTPVITAAEL TAPVVVNAGT QLTVERATAD AISKAATGSR FGDVSGIVRA WSAGTSVLD UniProtKB: Uncharacterized protein

-
構造解析

手法	クライオ電子顕微鏡法
解析	らせん対称体再構成法
試料の集合状態	filament

-
試料調製

緩衝液	pH: 7.4
凍結	凍結剤: ETHANE

-
電子顕微鏡法

顕微鏡	TFS KRIOS
撮影	フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 平均電子線量: 50.0 e/Å²
電子線	加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系	照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大デフォーカス（公称値）: 2.0 µm / 最小デフォーカス（公称値）: 1.0 µm
実験機器	モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

-
画像解析

最終再構成	想定した対称性 - らせんパラメータ - Δz: 3.69 Å 想定した対称性 - らせんパラメータ - ΔΦ: -14.74 ° 想定した対称性 - らせんパラメータ - 軸対称性: C₁ (非対称) 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 2.4 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 1875465
CTF補正	タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
初期モデル	モデルのタイプ: NONE
最終角度割当	タイプ: NOT APPLICABLE

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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超分子 #1: pili filaments

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分子 #1: pilin

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