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- EMDB-44747: A broadly-neutralizing antibody against Ebolavirus glycoprotein t... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-44747
タイトルA broadly-neutralizing antibody against Ebolavirus glycoprotein that can potentiate the breadth and neutralization potency of other anti-glycoprotein antibodies
マップデータ
試料
  • 複合体: Zaire Ebola Glycoprotein dTM (GP1 and GP2 including MLD) complexed with 11883 and 11886
    • 複合体: Zaire ebolavirus glycoprotein containing MLD
      • タンパク質・ペプチド: Virion spike glycoprotein GP1
      • タンパク質・ペプチド: Virion spike glycoprotein GP2
    • 複合体: 11883 Fab heavy and light chains
      • タンパク質・ペプチド: 11883 heavy chain
      • タンパク質・ペプチド: 11883 light chain
    • 複合体: 11886 Fab heavy and light chains
      • タンパク質・ペプチド: 11886 heavy chain
      • タンパク質・ペプチド: 11886 light chain
  • リガンド: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
キーワードEbola / IgG / neutralization / complex / glycoprotein / VIRAL PROTEIN-IMMUNE SYSTEM complex
機能・相同性
機能・相同性情報


clathrin-dependent endocytosis of virus by host cell / symbiont-mediated-mediated suppression of host tetherin activity / entry receptor-mediated virion attachment to host cell / symbiont-mediated suppression of host innate immune response / fusion of virus membrane with host endosome membrane / viral envelope / lipid binding / host cell plasma membrane / virion membrane / extracellular region / membrane
類似検索 - 分子機能
: / Filoviruses glycoprotein, extracellular domain / Filoviruses glycoprotein / Filovirus glycoprotein / Envelope glycoprotein GP2-like, HR1-HR2
類似検索 - ドメイン・相同性
Envelope glycoprotein / Envelope glycoprotein
類似検索 - 構成要素
生物種Ebola virus (エボラウイルス) / Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / Ebolavirus (エボラウイルス)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.0 Å
データ登録者Donnellan FR / Rayaprolu V / Rijal P / O'Dowd V / Parvate A / Callaway H / Hariharan C / Parekh D / Hui S / Shaffer K ...Donnellan FR / Rayaprolu V / Rijal P / O'Dowd V / Parvate A / Callaway H / Hariharan C / Parekh D / Hui S / Shaffer K / Hastie K / Shimanski L / Muller-Krauter H / Stecker T / Balaram A / Halfmann P / Saphire EO / Lightwood DJ / Townsend AR / Draper SJ
資金援助 英国, 1件
OrganizationGrant number国
Medical Research Council (MRC, United Kingdom)MR/N01796X/1 英国
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: A broadly-neutralizing antibody against Ebolavirus glycoprotein that can potentiate the breadth and neutralization potency of other anti-glycoprotein antibodies
著者: Donnellan FR / Rayaprolu V / Rijal P / O'Dowd V / Parvate A / Callaway H / Hariharan C / Parekh D / Hui S / Shaffer K / Hastie K / Shimanski L / Muller-Krauter H / Stecker T / Balaram A / ...著者: Donnellan FR / Rayaprolu V / Rijal P / O'Dowd V / Parvate A / Callaway H / Hariharan C / Parekh D / Hui S / Shaffer K / Hastie K / Shimanski L / Muller-Krauter H / Stecker T / Balaram A / Halfmann P / Saphire EO / Lightwood DJ / Townsend AR / Draper SJ
履歴
登録2024年5月5日-
ヘッダ(付随情報) 公開2025年11月5日-
マップ公開2025年11月5日-
更新2025年11月5日-
現状2025年11月5日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_44747.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_44747.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 512 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
0.67 Å/pix.
x 512 pix.
= 340.787 Å		0.67 Å/pix.
x 512 pix.
= 340.787 Å		0.67 Å/pix.
x 512 pix.
= 340.787 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.6656 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.055
最小 - 最大-0.17135307 - 0.35193503
平均 (標準偏差)0.000084950516 (±0.009169778)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ512512512
Spacing512512512
セルA=B=C: 340.7872 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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ハーフマップ: #1

ファイルemd_44747_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
ハーフマップ: #2

ファイルemd_44747_half_map_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Zaire Ebola Glycoprotein dTM (GP1 and GP2 including MLD) complexe...

全体名称: Zaire Ebola Glycoprotein dTM (GP1 and GP2 including MLD) complexed with 11883 and 11886
要素
  • 複合体: Zaire Ebola Glycoprotein dTM (GP1 and GP2 including MLD) complexed with 11883 and 11886
    • 複合体: Zaire ebolavirus glycoprotein containing MLD
      • タンパク質・ペプチド: Virion spike glycoprotein GP1
      • タンパク質・ペプチド: Virion spike glycoprotein GP2
    • 複合体: 11883 Fab heavy and light chains
      • タンパク質・ペプチド: 11883 heavy chain
      • タンパク質・ペプチド: 11883 light chain
    • 複合体: 11886 Fab heavy and light chains
      • タンパク質・ペプチド: 11886 heavy chain
      • タンパク質・ペプチド: 11886 light chain
  • リガンド: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose

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超分子 #1: Zaire Ebola Glycoprotein dTM (GP1 and GP2 including MLD) complexe...

超分子名称: Zaire Ebola Glycoprotein dTM (GP1 and GP2 including MLD) complexed with 11883 and 11886
タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#6
分子量理論値: 450 KDa

+
超分子 #2: Zaire ebolavirus glycoprotein containing MLD

超分子名称: Zaire ebolavirus glycoprotein containing MLD / タイプ: complex / ID: 2 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #5-#6
由来(天然)生物種: Ebola virus (エボラウイルス)
分子量理論値: 180 KDa

+
超分子 #3: 11883 Fab heavy and light chains

超分子名称: 11883 Fab heavy and light chains / タイプ: complex / ID: 3 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #1-#2
由来(天然)生物種: Oryctolagus cuniculus (ウサギ)
分子量理論値: 100 KDa

+
超分子 #4: 11886 Fab heavy and light chains

超分子名称: 11886 Fab heavy and light chains / タイプ: complex / ID: 4 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #3-#4
由来(天然)生物種: Oryctolagus cuniculus (ウサギ)
分子量理論値: 100 KDa

+
分子 #1: 11883 heavy chain

分子名称: 11883 heavy chain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 器官: Spleen / 細胞: Splenocytes
分子量理論値: 15.837846 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列:
SFEATMETGL RWLLLVAVLK GVQCQEQLVE SGGGLVQPEG SLTLTCTASG FSFSSNCWRC WVRQAPGKGL EWIACVCAGR SGGTTYYAS WAKGRFTISK TSSPTVTLQM TSLTAADTAT YFCARAGYDD YGDASFFNLW GPGTLVTVS

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分子 #2: 11883 light chain

分子名称: 11883 light chain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Oryctolagus cuniculus (ウサギ)
分子量理論値: 14.97094 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列:
SFEATMNMRA PTQLLGLLLL WLPGARCAVV LTQTASPVST PVGGTVTIKC QASQNIYSNL AWYQQKPGQP PKLLIYSAST LASGVPSRF KGSGSGTEYT LTISDLECAD AATYYCQRYY YLSGSADNTF GGGTEVVVKR T

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分子 #3: 11886 heavy chain

分子名称: 11886 heavy chain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Oryctolagus cuniculus (ウサギ)
分子量理論値: 15.854976 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列:
RSFEATMETG LRWLLLVAVL KGVQCQSVEE SGGRLVTPGT PLTLTCIVSG FSLSNYYMSW VRQVPGKGLE WIGVIGWSGT SSYASWAKG RFTISKTAST TVDLKITSPT TEDTATYFCA RVLYIGGGFN YYDAFDPWGP GTLVTVS

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分子 #4: 11886 light chain

分子名称: 11886 light chain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Oryctolagus cuniculus (ウサギ)
分子量理論値: 15.134112 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列:
RSFEATMNMR APTQLLGLLL LWLPGARCDV VMTQTPASVS EPVGGTVTIK CQASQSIGSN LAWYQQKPGQ PPKLLIYAAS TLASGVPSR FKGSGSGTEF TLTISDLECA DAATYYCQCT YYDSSYVYNN FGGGTEVVVK RT

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分子 #5: Virion spike glycoprotein GP1

分子名称: Virion spike glycoprotein GP1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 5 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Ebolavirus (エボラウイルス)
分子量理論値: 31.256092 KDa
組換発現生物種: Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ)
配列文字列: RSIPLGVIHN STLQVSDVDK LVCRDKLSST NQLRSVGLNL EGNGVATDVP SATKRWGFRS GVPPKVVNYE AGEWAENCYN LEIKKPDGS ECLPAAPDGI RGFPRCRYVH KVSGTGPCAG DFAFHKEGAF FLYDRLASTV IYRGTTFAEG VVAFLILPQA K KDFFSSHP ...文字列:
RSIPLGVIHN STLQVSDVDK LVCRDKLSST NQLRSVGLNL EGNGVATDVP SATKRWGFRS GVPPKVVNYE AGEWAENCYN LEIKKPDGS ECLPAAPDGI RGFPRCRYVH KVSGTGPCAG DFAFHKEGAF FLYDRLASTV IYRGTTFAEG VVAFLILPQA K KDFFSSHP LREPVNATED PSSGYYSTTI RYQATGFGTN ETEYLFEVDN LTYVQLESRF TPQFLLQLNE TIYTSGKRSN TT GKLIWKV NPEIDTTIGE WAFWETKKNL TRKIRSEELS FT

UniProtKB: Envelope glycoprotein

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分子 #6: Virion spike glycoprotein GP2

分子名称: Virion spike glycoprotein GP2 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 6 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Ebolavirus (エボラウイルス)
分子量理論値: 15.206248 KDa
組換発現生物種: Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ)
配列文字列:
AIVNAQPKCN PNLHYWTTQD EGAAIGLAWI PYFGPAAEGI YTEGLMHNQD GLICGLRQLA NETTQALQLF LRATTELRTF SILNRKAID FLLQRWGGTC HILGPDCCIE PHDWTKNITD KIDQIIHDFV DKTLPD

UniProtKB: Envelope glycoprotein

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分子 #8: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose

分子名称: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / タイプ: ligand / ID: 8 / コピー数: 9 / 式: NAG
分子量理論値: 221.208 Da
Chemical component information

ChemComp-NAG:
2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度1.9 mg/mL
緩衝液pH: 7.5
構成要素:
濃度名称式
50.0 mMTris
150.0 mMsodium chlorideNaCl
20.0 uMLMNG
グリッドモデル: C-flat-2/1 / 材質: COPPER / メッシュ: 300 / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 前処理 - 時間: 35 sec. / 前処理 - 雰囲気: AIR
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 278 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
特殊光学系エネルギーフィルター - 名称: GIF Bioquantum
詳細Total dose of 50e/A2
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k)
撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 9552 / 平均電子線量: 50.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.5 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.0 µm / 倍率（公称値）: 75000
試料ステージ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
ホルダー冷却材: NITROGEN
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

CTF補正ソフトウェア - 名称: cryoSPARC / タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
初期モデルモデルのタイプ: PDB ENTRY
PDBモデル - PDB ID:

7tn9

最終 再構成想定した対称性 - 点群: C1 (非対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.0 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC / 使用した粒子像数: 66500
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 角度割当タイプ: ANGULAR RECONSTITUTION
FSC曲線 (解像度の算出)

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原子モデル構築 1

精密化プロトコル: AB INITIO MODEL
得られたモデル

PDB-9bop:
A broadly-neutralizing antibody against Ebolavirus glycoprotein that can potentiate the breadth and neutralization potency of other anti-glycoprotein antibodies

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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