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基本情報
登録情報 | ![]() | |||||||||
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タイトル | CryoEM structure of DIM2-HP1-H3K9me3-DNA complex | |||||||||
![]() | sharpened map | |||||||||
![]() |
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![]() | DNA methyltransferase / Transferase-DNA Binding Protein-DNA complex | |||||||||
機能・相同性 | ![]() organic cyclic compound binding / DNA (cytosine-5-)-methyltransferase / DNA (cytosine-5-)-methyltransferase activity / pericentric heterochromatin / methylated histone binding / structural constituent of chromatin / nucleosome / methylation / chromatin remodeling / protein heterodimerization activity ...organic cyclic compound binding / DNA (cytosine-5-)-methyltransferase / DNA (cytosine-5-)-methyltransferase activity / pericentric heterochromatin / methylated histone binding / structural constituent of chromatin / nucleosome / methylation / chromatin remodeling / protein heterodimerization activity / chromatin binding / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / DNA binding / nucleus 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | ![]() | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.79 Å | |||||||||
![]() | Song J / Shao Z | |||||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: CryoEM structure of DIM2-HP1-H3K9me3-DNA complex 著者: Song J / Shao Z | |||||||||
履歴 |
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構造の表示
添付画像 |
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ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | ![]() | 59.4 MB | ![]() | |
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ヘッダ (付随情報) | ![]() ![]() | 20.3 KB 20.3 KB | 表示 表示 | ![]() |
画像 | ![]() | 67.1 KB | ||
Filedesc metadata | ![]() | 6.8 KB | ||
その他 | ![]() ![]() ![]() | 32.4 MB 59.5 MB 59.5 MB | ||
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 9baqMC M: このマップから作成された原子モデル C: 同じ文献を引用 ( |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性 ![]() |
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リンク
EMDBのページ | ![]() ![]() |
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「今月の分子」の関連する項目 |
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マップ
ファイル | ![]() | ||||||||||||||||||||
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注釈 | sharpened map | ||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.056 Å | ||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
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-添付データ
-追加マップ: unsharpened map
ファイル | emd_44411_additional_1.map | ||||||||||||
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注釈 | unsharpened map | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: Half map A
ファイル | emd_44411_half_map_1.map | ||||||||||||
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注釈 | Half map A | ||||||||||||
投影像・断面図 |
| ||||||||||||
密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: Half map B
ファイル | emd_44411_half_map_2.map | ||||||||||||
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注釈 | Half map B | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
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試料の構成要素
-全体 : DIM2-HP1-H3K9m3-DNA
全体 | 名称: DIM2-HP1-H3K9m3-DNA |
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要素 |
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-超分子 #1: DIM2-HP1-H3K9m3-DNA
超分子 | 名称: DIM2-HP1-H3K9m3-DNA / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#5 |
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由来(天然) | 生物種: ![]() |
-分子 #1: DNA (cytosine-5-)-methyltransferase
分子 | 名称: DNA (cytosine-5-)-methyltransferase / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO / EC番号: DNA (cytosine-5-)-methyltransferase |
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由来(天然) | 生物種: ![]() |
分子量 | 理論値: 139.935891 KDa |
組換発現 | 生物種: ![]() ![]() |
配列 | 文字列: GSMDSPDRSH GGMFIDVPAE TMGFQEDYLD MFASVLSQGL AKEGDYAHHQ PLPAGKEECL EPIAVATTIT PSPDDPQLQL QLELEQQFQ TESGLNGVDP APAPESEDEA DLPDGFSDES PDDDFVVQRS KHITVDLPVS TLINPRSTFQ RIDENDNLVP P PQSTPERV ...文字列: GSMDSPDRSH GGMFIDVPAE TMGFQEDYLD MFASVLSQGL AKEGDYAHHQ PLPAGKEECL EPIAVATTIT PSPDDPQLQL QLELEQQFQ TESGLNGVDP APAPESEDEA DLPDGFSDES PDDDFVVQRS KHITVDLPVS TLINPRSTFQ RIDENDNLVP P PQSTPERV AVEDLLKAAK AAGKNKEDYI EFELHDFNFY VNYAYHPQEM RPIQLVATKV LHDKYYFDGV LKYGNTKHYV TG MQVLELP VGNYGASLHS VKGQIWVRSK HNAKKEIYYL LKKPAFEYQR YYQPFLWIAD LGKHVVDYCT RMVERKREVT LGC FKSDFI QWASKAHGKS KAFQNWRAQH PSDDFRTSVA ANIGYIWKEI NGVAGAKRAA GDQLFRELMI VKPGQYFRQE VPPG PVVTE GDRTVAATIV TPYIKECFGH MILGKVLRLA GEDAEKEKEV KLAKRLKIEN KNATKADTKD DMKNDTATES LPTPL RSLP VQVLEATPIE SDIVSIVSSD LPPSENNPPP LTNGSVKPKA KANPKPKPST QPLHAAHVKY LSQELVNKIK VGDVIS TPR DDSSNTDTKW KPTDTDDHRW FGLVQRVHTA KTKSSGRGLN SKSFDVIWFY RPEDTPCCAM KYKWRNELFL SNHCTCQ EG HHARVKGNEV LAVHPVDWFG TPESNKGEFF VRQLYESEQR RWITLQKDHL TCYHNQPPKP PTAPYKPGDT VLATLSPS D KFSDPYEVVE YFTQGEKETA FVRLRKLLRR RKVDRQDAPA NELVYTEDLV DVRAERIVGK CIMRCFRPDE RVPSPYDRG GTGNMFFITH RQDHGRCVPL DTLPPTLRQG FNPLGNLGKP KLRGMDLYCG GGNFGRGLEE GGVVEMRWAN DIWDKAIHTY MANTPDPNK TNPFLGSVDD LLRLALEGKF SDNVPRPGEV DFIAAGSPCP GFSLLTQDKK VLNQVKNQSL VASFASFVDF Y RPKYGVLE NVSGIVQTFV NRKQDVLSQL FCALVGMGYQ AQLILGDAWA HGAPQSRERV FLYFAAPGLP LPDPPLPSHS HY RVKNRNI GFLCNGESYV QRSFIPTAFK FVSAGEGTAD LPKIGDGKPD ACVRFPDHRL ASGITPYIRA QYACIPTHPY GMN FIKAWN NGNGVMSKSD RDLFPSEGKT RTSDASVGWK RLNPKTLFPT VTTTSNPSDA RMGPGLHWDE DRPYTVQEMR RAQG YLDEE VLVGRTTDQW KLVGNSVSRH MALAIGLKFR EAWLGTLYD UniProtKB: DNA (cytosine-5-)-methyltransferase |
-分子 #2: Heterochromatin protein one
分子 | 名称: Heterochromatin protein one / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: ![]() |
分子量 | 理論値: 30.489086 KDa |
組換発現 | 生物種: ![]() ![]() |
配列 | 文字列: GSMPYDPSAL SDEEAASSVE LDTRSATSSS KKQSRDKKSV KYTIPEPEDF EDEEQNGDGA DEGGEDDEEG DEEEEDVYVV EKILDHMLN DDNEPLFLVK WEGYEKKSDQ TWEPEDTLIE GASERLKEYF TKIGGREKIF EASAAAQKIK KRGRPSSNSG T PQASSNKR ...文字列: GSMPYDPSAL SDEEAASSVE LDTRSATSSS KKQSRDKKSV KYTIPEPEDF EDEEQNGDGA DEGGEDDEEG DEEEEDVYVV EKILDHMLN DDNEPLFLVK WEGYEKKSDQ TWEPEDTLIE GASERLKEYF TKIGGREKIF EASAAAQKIK KRGRPSSNSG T PQASSNKR SRKNGDHPLN SEEPQTAKNA AWKPPAGSWE EHIAQLDACE DEDTHKLMVY LTWKNGHKTQ HTTDVIYKRC PQ KMLQFYE RHVRIIKRDP DSEDREGSVS Q UniProtKB: Heterochromatin protein one |
-分子 #3: Histone H3.2
分子 | 名称: Histone H3.2 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: ![]() |
分子量 | 理論値: 2.791302 KDa |
組換発現 | 生物種: ![]() ![]() |
配列 | 文字列: ARTKQTAR(M3L)S TGGKAPRKQL ATKAW UniProtKB: Histone H3.2 |
-分子 #4: DNA (5'-D(*AP*GP*TP*AP*GP*GP*AP*GP*GP*AP*GP*GP*AP*GP*TP*AP*GP*T)-3')
分子 | 名称: DNA (5'-D(*AP*GP*TP*AP*GP*GP*AP*GP*GP*AP*GP*GP*AP*GP*TP*AP*GP*T)-3') タイプ: dna / ID: 4 / コピー数: 1 / 分類: DNA |
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由来(天然) | 生物種: ![]() |
分子量 | 理論値: 5.709714 KDa |
配列 | 文字列: (DA)(DG)(DT)(DA)(DG)(DG)(DA)(DG)(DG)(DA) (DG)(DG)(DA)(DG)(DT)(DA)(DG)(DT) |
-分子 #5: DNA (5'-D(*AP*CP*TP*AP*CP*T)-R(P*(PYO))-D(P*CP*TP*CP*CP*TP*CP*CP*...
分子 | 名称: DNA (5'-D(*AP*CP*TP*AP*CP*T)-R(P*(PYO))-D(P*CP*TP*CP*CP*TP*CP*CP*TP*AP*CP*T)-3') タイプ: dna / ID: 5 / コピー数: 1 / 分類: DNA |
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由来(天然) | 生物種: ![]() |
分子量 | 理論値: 5.323441 KDa |
配列 | 文字列: (DA)(DC)(DT)(DA)(DC)(DT)(PYO)(DC)(DT)(DC) (DC)(DT)(DC)(DC)(DT)(DA)(DC)(DT) |
-分子 #6: S-ADENOSYL-L-HOMOCYSTEINE
分子 | 名称: S-ADENOSYL-L-HOMOCYSTEINE / タイプ: ligand / ID: 6 / コピー数: 1 / 式: SAH |
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分子量 | 理論値: 384.411 Da |
Chemical component information | ![]() ChemComp-SAH: |
-分子 #7: ZINC ION
分子 | 名称: ZINC ION / タイプ: ligand / ID: 7 / コピー数: 1 / 式: ZN |
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分子量 | 理論値: 65.409 Da |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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![]() | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
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試料調製
緩衝液 | pH: 8 |
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凍結 | 凍結剤: ETHANE |
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電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k) 平均電子線量: 50.0 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: ![]() |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス(公称値): 2.5 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 0.8 µm |
実験機器 | ![]() モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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画像解析
初期モデル | モデルのタイプ: NONE |
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最終 再構成 | 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 2.79 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 128667 |
初期 角度割当 | タイプ: ANGULAR RECONSTITUTION |
最終 角度割当 | タイプ: ANGULAR RECONSTITUTION |