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- EMDB-44071: EV-D68 in complex with inhibitor Jun11-54-1 -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-44071
タイトルEV-D68 in complex with inhibitor Jun11-54-1
マップデータHalfEV-D68 in complex with inhibitor Jun11-54-1
試料
  • ウイルス: EV-D68 US/MO/14-18947 (エンテロウイルス)
    • タンパク質・ペプチド: Capsid protein VP1
    • タンパク質・ペプチド: viral protein 3
    • タンパク質・ペプチド: viral protein 2
    • タンパク質・ペプチド: Capsid protein VP4
  • リガンド: N-{(4M)-4-[5-(aminomethyl)thiophen-2-yl]quinolin-8-yl}-4-[(propan-2-yl)oxy]benzamide
キーワードEV-D68 / Inhibitor / VIRAL PROTEIN / Structural Genomics / Center for Structural Biology of Infectious Diseases / CSBID
機能・相同性
機能・相同性情報


symbiont-mediated suppression of cytoplasmic pattern recognition receptor signaling pathway / host cell membrane / symbiont-mediated suppression of host cytoplasmic pattern recognition receptor signaling pathway via inhibition of MDA-5 activity / cysteine-type peptidase activity / protein sequestering activity / picornain 2A / symbiont-mediated suppression of host mRNA export from nucleus / symbiont genome entry into host cell via pore formation in plasma membrane / picornain 3C / T=pseudo3 icosahedral viral capsid ...symbiont-mediated suppression of cytoplasmic pattern recognition receptor signaling pathway / host cell membrane / symbiont-mediated suppression of host cytoplasmic pattern recognition receptor signaling pathway via inhibition of MDA-5 activity / cysteine-type peptidase activity / protein sequestering activity / picornain 2A / symbiont-mediated suppression of host mRNA export from nucleus / symbiont genome entry into host cell via pore formation in plasma membrane / picornain 3C / T=pseudo3 icosahedral viral capsid / helicase activity / host cell cytoplasmic vesicle membrane / viral capsid / nucleoside-triphosphate phosphatase / channel activity / monoatomic ion transmembrane transport / symbiont-mediated suppression of host toll-like receptor signaling pathway / symbiont-mediated suppression of host NF-kappaB cascade / host cell cytoplasm / RNA helicase activity / symbiont-mediated suppression of host innate immune response / endocytosis involved in viral entry into host cell / symbiont-mediated suppression of host gene expression / symbiont-mediated activation of host autophagy / RNA-directed RNA polymerase / cysteine-type endopeptidase activity / viral RNA genome replication / RNA-directed RNA polymerase activity / DNA-templated transcription / virion attachment to host cell / host cell nucleus / structural molecule activity / ATP hydrolysis activity / proteolysis / RNA binding / zinc ion binding / ATP binding / membrane / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Picornavirus coat protein / Poliovirus 3A protein-like / Poliovirus 3A protein like / Picornavirus 2B protein / Poliovirus core protein 3a, soluble domain / Picornavirus 2B protein / Peptidase C3, picornavirus core protein 2A / Picornavirus core protein 2A / Picornavirus coat protein VP4 / Picornavirus coat protein (VP4) ...Picornavirus coat protein / Poliovirus 3A protein-like / Poliovirus 3A protein like / Picornavirus 2B protein / Poliovirus core protein 3a, soluble domain / Picornavirus 2B protein / Peptidase C3, picornavirus core protein 2A / Picornavirus core protein 2A / Picornavirus coat protein VP4 / Picornavirus coat protein (VP4) / Peptidase C3A/C3B, picornaviral / 3C cysteine protease (picornain 3C) / Picornavirales 3C/3C-like protease domain / Picornavirales 3C/3C-like protease domain profile. / Picornavirus capsid / picornavirus capsid protein / Helicase, superfamily 3, single-stranded RNA virus / Superfamily 3 helicase of positive ssRNA viruses domain profile. / Helicase, superfamily 3, single-stranded DNA/RNA virus / RNA helicase / Picornavirus/Calicivirus coat protein / Viral coat protein subunit / RNA-directed RNA polymerase, C-terminal domain / Viral RNA-dependent RNA polymerase / Reverse transcriptase/Diguanylate cyclase domain / RNA-directed RNA polymerase, catalytic domain / RdRp of positive ssRNA viruses catalytic domain profile. / ATPases associated with a variety of cellular activities / AAA+ ATPase domain / Peptidase S1, PA clan, chymotrypsin-like fold / Peptidase S1, PA clan / DNA/RNA polymerase superfamily / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase
類似検索 - ドメイン・相同性
Genome polyprotein / Genome polyprotein / Genome polyprotein
類似検索 - 構成要素
生物種enterovirus D68 (エンテロウイルス) / EV-D68 US/MO/14-18947 (エンテロウイルス)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.3 Å
データ登録者Klose T / Kuhn RJ / Jun W
資金援助 米国, 2件
OrganizationGrant number国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)AI157046 米国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)AI147325 米国
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Design of enterovirus D68 capsid inhibitors with in vivo antiviral efficacy
著者: Li K / Rudy MJ / Klose T / Tan H / Wu X / Anderson JS / Yu W / Jadhav P / Zhang Q / Clarke P / Kuhn RJ / Tyler KL / Wang J
履歴
登録2024年3月13日-
ヘッダ(付随情報) 公開2025年3月19日-
マップ公開2025年3月19日-
更新2025年7月30日-
現状2025年7月30日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_44071.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 1000 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈HalfEV-D68 in complex with inhibitor Jun11-54-1
ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.89225 Å
密度
表面レベル登録者による: 0.38
最小 - 最大-1.6205627 - 2.6311872
平均 (標準偏差)0.0034702357 (±0.11703711)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ640640640
Spacing640640640
セルA=B=C: 571.04 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : EV-D68 US/MO/14-18947

全体名称: EV-D68 US/MO/14-18947 (エンテロウイルス)
要素
  • ウイルス: EV-D68 US/MO/14-18947 (エンテロウイルス)
    • タンパク質・ペプチド: Capsid protein VP1
    • タンパク質・ペプチド: viral protein 3
    • タンパク質・ペプチド: viral protein 2
    • タンパク質・ペプチド: Capsid protein VP4
  • リガンド: N-{(4M)-4-[5-(aminomethyl)thiophen-2-yl]quinolin-8-yl}-4-[(propan-2-yl)oxy]benzamide

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超分子 #1: EV-D68 US/MO/14-18947

超分子名称: EV-D68 US/MO/14-18947 / タイプ: virus / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#4 / NCBI-ID: 42789 / 生物種: EV-D68 US/MO/14-18947 / ウイルスタイプ: VIRION / ウイルス・単離状態: STRAIN / ウイルス・エンベロープ: No / ウイルス・中空状態: No

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分子 #1: Capsid protein VP1

分子名称: Capsid protein VP1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO / EC番号: picornain 2A
由来(天然)生物種: enterovirus D68 (エンテロウイルス)
分子量理論値: 34.242734 KDa
配列文字列: LDHLHAAEAA YQIESIIKTA TDTVKSEINA ELGVVPSLNA VETGATSNTE PEEAIQTRTV INQHGVSETL VENFLSRAAL VSKRSFEYK DHTSSTARAD KNFFKWTINT RSFVQLRRKL ELFTYLRFDA EITILTTVAV NGSGNNTYVG LPDLTLQAMF V PTGALTPE ...文字列:
LDHLHAAEAA YQIESIIKTA TDTVKSEINA ELGVVPSLNA VETGATSNTE PEEAIQTRTV INQHGVSETL VENFLSRAAL VSKRSFEYK DHTSSTARAD KNFFKWTINT RSFVQLRRKL ELFTYLRFDA EITILTTVAV NGSGNNTYVG LPDLTLQAMF V PTGALTPE KQDSFHWQSG SNASVFFKIS DPPARITIPF MCINSAYSVF YDGFAGFEKN GLYGINPADT IGNLCVRIVN EH QPVGFTV TVRVYMKPKH IKAWAPRPPR TLPYMSIANA NYKGKERAPN ALSAIIGNRD SVKTMPHNIV NT

UniProtKB: Genome polyprotein

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分子 #2: viral protein 3

分子名称: viral protein 3 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: enterovirus D68 (エンテロウイルス)
分子量理論値: 27.112814 KDa
配列文字列: GVPTYLLPGS GQFLTTDDHS SAPALPCFNP TPEMHIPGQV RNMLEVVQVE SMMEINNTES AVGMERLKVD ISALTDVDQL LFNIPLDIQ LDGPLRNTLV GNISRYYTHW SGSLEMTFMF CGSFMAAGKL ILCYTPPGGS CPTTRETAML GTHIVWDFGL Q SSVTLIIP ...文字列:
GVPTYLLPGS GQFLTTDDHS SAPALPCFNP TPEMHIPGQV RNMLEVVQVE SMMEINNTES AVGMERLKVD ISALTDVDQL LFNIPLDIQ LDGPLRNTLV GNISRYYTHW SGSLEMTFMF CGSFMAAGKL ILCYTPPGGS CPTTRETAML GTHIVWDFGL Q SSVTLIIP WISGSHYRMF NNDAKSTNAN VGYVTCFMQT NLIVPSESSD TCSLIGFIAA KDDFSLRLMR DSPDIGQLDH LH AAEAAYQ

UniProtKB: Genome polyprotein

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分子 #3: viral protein 2

分子名称: viral protein 2 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: enterovirus D68 (エンテロウイルス)
分子量理論値: 27.567135 KDa
配列文字列: SPSAEACGYS DRVLQLKLGN SAIVTQEAAN YCCAYGEWPN YLPDHEAVAI DKPTQPETAT DRFYTLKSVK WETGSTGWWW KLPDALNNI GMFGQNVQHH YLYRSGFLIH VQCNATKFHQ GALLVVAIPE HQRGAHNTNT SPGFDDIMKG EEGGTFNHPY V LDDGTSLA ...文字列:
SPSAEACGYS DRVLQLKLGN SAIVTQEAAN YCCAYGEWPN YLPDHEAVAI DKPTQPETAT DRFYTLKSVK WETGSTGWWW KLPDALNNI GMFGQNVQHH YLYRSGFLIH VQCNATKFHQ GALLVVAIPE HQRGAHNTNT SPGFDDIMKG EEGGTFNHPY V LDDGTSLA CATIFPHQWI NLRTNNSATI VLPWMNAAPM DFPLRHNQWT LAIIPVVPLG TRTTSSMVPI TVSIAPMCCE FN GLRHAIT Q

UniProtKB: Genome polyprotein

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分子 #4: Capsid protein VP4

分子名称: Capsid protein VP4 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: enterovirus D68 (エンテロウイルス)
分子量理論値: 7.468157 KDa
配列文字列:
MGAQVTRQQT GTHENANIAT NGSHITYNQI NFYKDSYAAS ASKQDFSQDP SKFTEPVVEG LKAGAPVLK

UniProtKB: Genome polyprotein

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分子 #5: N-{(4M)-4-[5-(aminomethyl)thiophen-2-yl]quinolin-8-yl}-4-[(propan...

分子名称: N-{(4M)-4-[5-(aminomethyl)thiophen-2-yl]quinolin-8-yl}-4-[(propan-2-yl)oxy]benzamide
タイプ: ligand / ID: 5 / コピー数: 1 / 式: A1AIE
分子量理論値: 417.523 Da

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 7.4
グリッドモデル: PELCO Ultrathin Carbon with Lacey Carbon / 材質: COPPER / メッシュ: 400 / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: LACEY / 支持フィルム - Film thickness: 3 / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 前処理 - 時間: 60 sec. / 前処理 - 雰囲気: AIR
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 95 % / チャンバー内温度: 298 K / 装置: LEICA EM GP

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
特殊光学系エネルギーフィルター - 名称: GIF Bioquantum / エネルギーフィルター - スリット幅: 20 eV
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k)
撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 7663 / 平均露光時間: 3.12 sec. / 平均電子線量: 35.4 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系C2レンズ絞り径: 70.0 µm / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.0 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 0.6 µm / 倍率（公称値）: 64000
試料ステージ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
ホルダー冷却材: NITROGEN
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

CTF補正ソフトウェア - 名称: cryoSPARC / タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
初期モデルモデルのタイプ: OTHER
最終 再構成想定した対称性 - 点群: I (正20面体型対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 2.3 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC / 使用した粒子像数: 160815
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC
最終 3次元分類ソフトウェア - 名称: cryoSPARC

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原子モデル構築 1

初期モデルPDB ID:

7tag


Chain - Source name: PDB / Chain - Initial model type: experimental model
精密化空間: REAL / プロトコル: OTHER
得られたモデル

PDB-9b19:
EV-D68 in complex with inhibitor Jun11-54-1

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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