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万見
- EMDB-44042: Cryo-EM Structure of Sf9 produced recombinant N-acetyltransferase... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-44042
タイトルCryo-EM Structure of Sf9 produced recombinant N-acetyltransferase 10 (NAT10) in complex with cytidine-amide-CoA bisubstrate probe and ADP/Mg2+.
マップデータ
試料
  • 複合体: Sf9 produced recombinant NAT10 in complex with ADP/Mg2+ and chemically synthetic cytidine-amide-CoA bisubstrate probe
    • タンパク質・ペプチド: RNA cytidine acetyltransferase
  • リガンド: ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE
  • リガンド: MAGNESIUM ION
  • リガンド: [[(2~{R},3~{S},4~{S},5~{R})-5-(6-aminopurin-9-yl)-4-oxidanyl-3-phosphonooxy-oxolan-2-yl]methoxy-oxidanyl-phosphoryl] [(3~{R})-4-[[3-[2-[2-[[1-[(2~{R},3~{S},4~{R},5~{R})-5-(hydroxymethyl)-3,4-bis(oxidanyl)oxolan-2-yl]-2-oxidanylidene-pyrimidin-4-yl]amino]-2-oxidanylidene-ethyl]sulfanylethylamino]-3-oxidanylidene-propyl]amino]-2,2-dimethyl-3-oxidanyl-4-oxidanylidene-butyl] hydrogen phosphate
キーワードRNA binding protein / ac4C modification / RNA acetyltransferase
機能・相同性
機能・相同性情報


rRNA acetylation involved in maturation of SSU-rRNA / tRNA N-acetyltransferase activity / tRNA acetylation / 転移酵素; アシル基を移すもの; アミノアシル基以外のアシル基を移すもの / nucleolus / ATP binding
類似検索 - 分子機能
Possible tRNA binding domain / RNA cytidine acetyltransferase NAT10 / Possible tRNA binding domain / Helicase domain / tRNA(Met) cytidine acetyltransferase TmcA, N-terminal / TmcA/NAT10/Kre33 / Helicase / tRNA(Met) cytidine acetyltransferase TmcA, N-terminal / GNAT acetyltransferase 2 / GNAT domain / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase
類似検索 - ドメイン・相同性
RNA cytidine acetyltransferase
類似検索 - 構成要素
生物種Thermochaetoides thermophila DSM 1495 (菌類)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.02 Å
データ登録者Zhou M / Marmorstein R
資金援助 米国, 3件
OrganizationGrant number国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)R35GM11890 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)ZIABC011488 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)P01AG31862 米国
引用ジャーナル: bioRxiv / 年: 2024
タイトル: Molecular Basis for RNA Cytidine Acetylation by NAT10.
著者: Mingyang Zhou / Supuni Thalalla Gamage / Khoa A Tran / David Bartee / Xuepeng Wei / Boyu Yin / Shelley Berger / Jordan L Meier / Ronen Marmorstein
要旨: Human NAT10 acetylates the N4 position of cytidine in RNA, predominantly on rRNA and tRNA, to facilitate ribosome biogenesis and protein translation. NAT10 has been proposed as a therapeutic target ...Human NAT10 acetylates the N4 position of cytidine in RNA, predominantly on rRNA and tRNA, to facilitate ribosome biogenesis and protein translation. NAT10 has been proposed as a therapeutic target in cancers as well as aging-associated pathologies such as Hutchinson-Gilford Progeria Syndrome (HGPS). The ∼120 kDa NAT10 protein uses its acetyl-CoA-dependent acetyltransferase, ATP-dependent helicase, and RNA binding domains in concert to mediate RNA-specific N4-cytidine acetylation. While the biochemical activity of NAT10 is well known, the molecular basis for catalysis of eukaryotic RNA acetylation remains relatively undefined. To provide molecular insights into the RNA-specific acetylation by NAT10, we determined the single particle cryo-EM structures of NAT10 ( NAT10) bound to a bisubstrate cytidine-CoA probe with and without ADP. The structures reveal that NAT10 forms a symmetrical heart-shaped dimer with conserved functional domains surrounding the acetyltransferase active sites harboring the cytidine-CoA probe. Structure-based mutagenesis with analysis of mutants supports the catalytic role of two conserved active site residues (His548 and Tyr549 in NAT10), and two basic patches, both proximal and distal to the active site for RNA-specific acetylation. Yeast complementation analyses and senescence assays in human cells also implicates NAT10 catalytic activity in yeast thermoadaptation and cellular senescence. Comparison of the NAT10 structure to protein lysine and N-terminal acetyltransferase enzymes reveals an unusually open active site suggesting that these enzymes have been evolutionarily tailored for RNA recognition and cytidine-specific acetylation.
履歴
登録2024年3月12日-
ヘッダ(付随情報) 公開2024年9月11日-
マップ公開2024年9月11日-
更新2024年9月11日-
現状2024年9月11日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_44042.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_44042.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 178 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
投影像・断面図

画像のコントロール

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明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
0.86 Å/pix.
x 360 pix.
= 309.6 Å		0.86 Å/pix.
x 360 pix.
= 309.6 Å		0.86 Å/pix.
x 360 pix.
= 309.6 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

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ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.86 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.192
最小 - 最大-2.209698 - 3.418405
平均 (標準偏差)-0.0009052919 (±0.068004616)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ360360360
Spacing360360360
セルA=B=C: 309.6 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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ハーフマップ: #1

ファイルemd_44042_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #2

ファイルemd_44042_half_map_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Sf9 produced recombinant NAT10 in complex with ADP/Mg2+ and chemi...

全体名称: Sf9 produced recombinant NAT10 in complex with ADP/Mg2+ and chemically synthetic cytidine-amide-CoA bisubstrate probe
要素
  • 複合体: Sf9 produced recombinant NAT10 in complex with ADP/Mg2+ and chemically synthetic cytidine-amide-CoA bisubstrate probe
    • タンパク質・ペプチド: RNA cytidine acetyltransferase
  • リガンド: ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE
  • リガンド: MAGNESIUM ION
  • リガンド: [[(2~{R},3~{S},4~{S},5~{R})-5-(6-aminopurin-9-yl)-4-oxidanyl-3-phosphonooxy-oxolan-2-yl]methoxy-oxidanyl-phosphoryl] [(3~{R})-4-[[3-[2-[2-[[1-[(2~{R},3~{S},4~{R},5~{R})-5-(hydroxymethyl)-3,4-bis(oxidanyl)oxolan-2-yl]-2-oxidanylidene-pyrimidin-4-yl]amino]-2-oxidanylidene-ethyl]sulfanylethylamino]-3-oxidanylidene-propyl]amino]-2,2-dimethyl-3-oxidanyl-4-oxidanylidene-butyl] hydrogen phosphate

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超分子 #1: Sf9 produced recombinant NAT10 in complex with ADP/Mg2+ and chemi...

超分子名称: Sf9 produced recombinant NAT10 in complex with ADP/Mg2+ and chemically synthetic cytidine-amide-CoA bisubstrate probe
タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1
由来(天然)生物種: Thermochaetoides thermophila DSM 1495 (菌類)
分子量理論値: 244 kDa/nm

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分子 #1: RNA cytidine acetyltransferase

分子名称: RNA cytidine acetyltransferase / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
EC番号: 転移酵素; アシル基を移すもの; アミノアシル基以外のアシル基を移すもの
由来(天然)生物種: Thermochaetoides thermophila DSM 1495 (菌類)
分子量理論値: 121.475914 KDa
組換発現生物種: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
配列文字列: HHHHHHENLY FQGMTVQKTV DSRIPTLIRN GLQTKKRSFF VVVGDHAKEA IVHLYYIMSS MDVRQNKSVL WAYKKELLGF TSHRKKREA KIKKEIKRGI REPNQADPFE LFISLNDIRY CYYKETDKIL GNTYGMCILQ DFEAITPNIL ARTIETVEGG G LVVLLLKG ...文字列:
HHHHHHENLY FQGMTVQKTV DSRIPTLIRN GLQTKKRSFF VVVGDHAKEA IVHLYYIMSS MDVRQNKSVL WAYKKELLGF TSHRKKREA KIKKEIKRGI REPNQADPFE LFISLNDIRY CYYKETDKIL GNTYGMCILQ DFEAITPNIL ARTIETVEGG G LVVLLLKG MTSLKQLYTM TMDVHARYRT EAHDDVIARF NERFLLSLGS CESCLVIDDE LNVLPISGGK GVKPLPPPDE DE ELSPAAK ELKKIKDELE DTQPIGSLIK LARTVDQAKA LLTFVDAIAE KTLRNTVTLT AARGRGKSAA MGVAIAAAVA YGY SNIFIT SPSPENLKTL FEFVFKGFDA LDYKDHADYT IIQSTNPEFN KAIVRVNIHR NHRQTIQYIR PQDAHVLGQA ELVV IDEAA AIPLPLVKKL MGPYLVFMAS TISGYEGTGR SLSLKLIKQL REQSRAGANP NGGNAVEVDR STLKATKETT SVGGR SLKE ITLSEPIRYA QGDNVEKWLN TLLCLDATLP RSKISTTGCP DPSQCELLHV NRDTLFSFHP VSEKFLQQMV ALYVAS HYK NSPNDLQLMS DAPAHELFVL TGPIQEGRLP EPLCVIQVSL EGKISKQSIL KSLSRGQQPA GDLIPWLVSQ QFQDDEF AS LSGARIVRIA TNPDYMSMGY GSKALQLLVD YYEGKFADLS EDAAAEVPRS IPRVTDAELS KGSLFDDIKV RDMHELPP L FSKLSERRPE KLDYVGVSYG LTQQLHKFWK RAQFVPVYLR QTANDLTGEH TCVMIRPLQD GNDPSWLGAF AADFHKRFL SLLSYKFREF PSILALTIEE SANAGAMLDP SNAPTELTKA ELDQLFTPFD HKRLESYANG LLDYHVVLDL MPTIAQLYFT GRLREAVKL SGLQQAILLA LGLQRKDIDT LATELNLPGS QVLAIFMKIM RKVTQHFGAL VSGAIAAELP DPNKTVGVSK E NAMGIHDD EVVGLKFEAL EQRLEDELDE GGDEALRELR KKQRELIDSL PLDQYEIDGD DDAWKEAEKR VASAAKSGKK VD GTLVSVP SAKAAKRKAE EMAALRDELE KMEKGKERGS KKAKKEKRR

UniProtKB: RNA cytidine acetyltransferase

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分子 #2: ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE

分子名称: ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / タイプ: ligand / ID: 2 / コピー数: 2 / 式: ADP
分子量理論値: 427.201 Da
Chemical component information

ChemComp-ADP:
ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / ADP / ADP, エネルギー貯蔵分子*YM

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分子 #3: MAGNESIUM ION

分子名称: MAGNESIUM ION / タイプ: ligand / ID: 3 / コピー数: 2 / 式: MG
分子量理論値: 24.305 Da

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分子 #4: [[(2~{R},3~{S},4~{S},5~{R})-5-(6-aminopurin-9-yl)-4-oxidanyl-3-ph...

分子名称: [[(2~{R},3~{S},4~{S},5~{R})-5-(6-aminopurin-9-yl)-4-oxidanyl-3-phosphonooxy-oxolan-2-yl]methoxy-oxidanyl-phosphoryl] [(3~{R})-4-[[3-[2-[2-[[1-[(2~{R},3~{S},4~{R},5~{R})-5-(hydroxymethyl)-3,4- ...名称: [[(2~{R},3~{S},4~{S},5~{R})-5-(6-aminopurin-9-yl)-4-oxidanyl-3-phosphonooxy-oxolan-2-yl]methoxy-oxidanyl-phosphoryl] [(3~{R})-4-[[3-[2-[2-[[1-[(2~{R},3~{S},4~{R},5~{R})-5-(hydroxymethyl)-3,4-bis(oxidanyl)oxolan-2-yl]-2-oxidanylidene-pyrimidin-4-yl]amino]-2-oxidanylidene-ethyl]sulfanylethylamino]-3-oxidanylidene-propyl]amino]-2,2-dimethyl-3-oxidanyl-4-oxidanylidene-butyl] hydrogen phosphate
タイプ: ligand / ID: 4 / コピー数: 2 / 式: A1AH4
分子量理論値: 1.050772 KDa

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度0.8 mg/mL
緩衝液pH: 7.5
グリッドモデル: Quantifoil R1.2/1.3 / 材質: COPPER / メッシュ: 300 / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: HOLEY
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 280.15 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 平均電子線量: 42.9 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 3.0 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.0 µm
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

初期モデルモデルのタイプ: NONE
最終 再構成想定した対称性 - 点群: C2 (2回回転対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.02 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 162769
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
FSC曲線 (解像度の算出)

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原子モデル構築 1

初期モデルChain - Source name: Other / Chain - Initial model type: experimental model
詳細: The unpublished cryo-EM structure in complex with cytidine-amide-CoA bisubstrate probe and ADP
ソフトウェア名称: Coot (ver. 0.9.8.7)
精密化空間: REAL / プロトコル: RIGID BODY FIT
得られたモデル

PDB-9b0i:
Cryo-EM Structure of Sf9 produced recombinant N-acetyltransferase 10 (NAT10) in complex with cytidine-amide-CoA bisubstrate probe and ADP/Mg2+.

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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