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- EMDB-43985: Tetra-phosphorylated, E1435Q Ycf1 mutant in inward-facing wide co... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-43985
タイトルTetra-phosphorylated, E1435Q Ycf1 mutant in inward-facing wide conformation
マップデータ
試料
  • 細胞器官・細胞要素: Phosphorylated, E1435Q Ycf1 mutant in inward-facing wide conformation
    • タンパク質・ペプチド: Metal resistance protein YCF1
キーワードABC-transporter / ycf1 / r-domain / phosphorylation / heavy metal / MEMBRANE PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


ABC-type Cd2+ transporter / ABC-type cadmium transporter activity / Recycling of bile acids and salts / Heme degradation / Aspirin ADME / Paracetamol ADME / Atorvastatin ADME / P-type cadmium transporter activity / bilirubin transmembrane transporter activity / bilirubin transport ...ABC-type Cd2+ transporter / ABC-type cadmium transporter activity / Recycling of bile acids and salts / Heme degradation / Aspirin ADME / Paracetamol ADME / Atorvastatin ADME / P-type cadmium transporter activity / bilirubin transmembrane transporter activity / bilirubin transport / ABC-family proteins mediated transport / vacuole fusion, non-autophagic / ABC-type glutathione-S-conjugate transporter / ABC-type glutathione S-conjugate transporter activity / response to metal ion / fungal-type vacuole membrane / ATPase-coupled transmembrane transporter activity / response to cadmium ion / glutathione metabolic process / cell redox homeostasis / transmembrane transport / membrane raft / ATP hydrolysis activity / ATP binding / membrane
類似検索 - 分子機能
: / ABC transporter transmembrane region / ABC transporter type 1, transmembrane domain / ABC transporter integral membrane type-1 fused domain profile. / ABC transporter type 1, transmembrane domain superfamily / ABC transporter-like, conserved site / ABC transporters family signature. / ABC transporter / ABC transporter-like, ATP-binding domain / ATP-binding cassette, ABC transporter-type domain profile. ...: / ABC transporter transmembrane region / ABC transporter type 1, transmembrane domain / ABC transporter integral membrane type-1 fused domain profile. / ABC transporter type 1, transmembrane domain superfamily / ABC transporter-like, conserved site / ABC transporters family signature. / ABC transporter / ABC transporter-like, ATP-binding domain / ATP-binding cassette, ABC transporter-type domain profile. / ATPases associated with a variety of cellular activities / AAA+ ATPase domain / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase
類似検索 - ドメイン・相同性
Metal resistance protein YCF1
類似検索 - 構成要素
生物種Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.23 Å
データ登録者Carvalho RSA / Rasel MSI / Khandelwal NK / Tomasiak TM
資金援助 米国, 2件
OrganizationGrant number国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)NIH R01 AI156270 米国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)NIH S10 OD011981 米国
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Cryo-EM structure of the tetra-phosphorylated R-domain in Ycf1 reveals key interactions for transport regulation
著者: Carvalho RSA / Rasel MSI / Khandelwal NK / Tomasiak TM
履歴
登録2024年3月7日-
ヘッダ(付随情報) 公開2024年8月21日-
マップ公開2024年8月21日-
更新2024年8月21日-
現状2024年8月21日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_43985.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_43985.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 325 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
0.82 Å/pix.
x 440 pix.
= 361.68 Å		0.82 Å/pix.
x 440 pix.
= 361.68 Å		0.82 Å/pix.
x 440 pix.
= 361.68 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.822 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.1
最小 - 最大-0.24820127 - 0.5574108
平均 (標準偏差)0.000040163784 (±0.012052121)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ440440440
Spacing440440440
セルA=B=C: 361.68002 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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ハーフマップ: #2

ファイルemd_43985_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #1

ファイルemd_43985_half_map_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Phosphorylated, E1435Q Ycf1 mutant in inward-facing wide conformation

全体名称: Phosphorylated, E1435Q Ycf1 mutant in inward-facing wide conformation
要素
  • 細胞器官・細胞要素: Phosphorylated, E1435Q Ycf1 mutant in inward-facing wide conformation
    • タンパク質・ペプチド: Metal resistance protein YCF1

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超分子 #1: Phosphorylated, E1435Q Ycf1 mutant in inward-facing wide conformation

超分子名称: Phosphorylated, E1435Q Ycf1 mutant in inward-facing wide conformation
タイプ: organelle_or_cellular_component / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all / 詳細: c-AMP PKA treated E1435Q Ycf1 mutant
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
分子量理論値: 176462 kDa/nm

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分子 #1: Metal resistance protein YCF1

分子名称: Metal resistance protein YCF1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO / EC番号: ABC-type Cd2+ transporter
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
分子量理論値: 176.263234 KDa
組換発現生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
配列文字列: MASDYKDDDD KGALEVLFQG PSSPMAGNLV SWACKLCRSP EGFGPISFYG DFTQCFIDGV ILNLSAIFMI TFGIRDLVNL CKKKHSGIK YRRNWIIVSR MALVLLEIAF VSLASLNISK EEAENFTIVS QYASTMLSLF VALALHWIEY DRSVVANTVL L FYWLFETF ...文字列:
MASDYKDDDD KGALEVLFQG PSSPMAGNLV SWACKLCRSP EGFGPISFYG DFTQCFIDGV ILNLSAIFMI TFGIRDLVNL CKKKHSGIK YRRNWIIVSR MALVLLEIAF VSLASLNISK EEAENFTIVS QYASTMLSLF VALALHWIEY DRSVVANTVL L FYWLFETF GNFAKLINIL IRHTYEGIWY SGQTGFILTL FQVITCASIL LLEALPKKPL MPHQHIHQTL TRRKPNPYDS AN IFSRITF SWMSGLMKTG YEKYLVEADL YKLPRNFSSE ELSQKLEKNW ENELKQKSNP SLSWAICRTF GSKMLLAAFF KAI HDVLAF TQPQLLRILI KFVTDYNSER QDDHSSLQGF ENNHPQKLPI VRGFLIAFAM FLVGFTQTSV LHQYFLNVFN TGMY IKSAL TALIYQKSLV LSNEASGLSS TGDIVNLMSV DVQKLQDLTQ WLNLIWSGPF QIIICLYSLY KLLGNSMWVG VIILV IMMP LNSFLMRIQK KLQKSQMKYK DERTRVISEI LNNIKSLKLY AWEKPYREKL EEVRNNKELK NLTKLGCYMA VTSFQF NIV PFLVSCCTFA VFVYTEDRAL TTDLVFPALT LFNLLSFPLM IIPMVLNSFI EASVSIGRLF TFFTNEELQP DSVQRLP KV KNIGDVAINI GDDATFLWQR KPEYKVALKN INFQAKKGNL TCIVGKVGSG KTALLSCMLG DLFRVKGFAT VHGSVAYV S QVPWIMNGTV KENILFGHRY DAEFYEKTIK ACALTIDLAI LMDGDKTLVG EKGISLSGGQ KARLSLARAV YARADTYLL DDPLAAVDEH VARHLIEHVL GPNGLLHTKT KVLATNKVSA LSIADSIALL DNGEITQQGT YDEITKDADS PLWKLLNNYG KKNNGKSNE FGDSSESSVR ESSIPVEGEL EQLQKLNDLD FGNSDAI(SEP)LR RA(SEP)DA(TPO)LG(SEP)I DFGDD ENIA KREHREQGKV KWNIYLEYAK ACNPKSVCVF ILFIVISMFL SVMGNVWLKH WSEVNSRYGS NPNAARYLAI YFALGI GSA LATLIQTIVL WVFCTIHASK YLHNLMTNSV LRAPMTFFET TPIGRILNRF SNDIYKVDAL LGRTFSQFFV NAVKVTF TI TVICATTWQF IFIIIPLSVF YIYYQQYYLR TSRELRRLDS ITRSPIYSHF QETLGGLATV RGYSQQKRFS HINQCRID N NMSAFYPSIN ANRWLAYRLE LIGSIIILGA ATLSVFRLKQ GTLTAGMVGL SLSYALQITQ TLNWIVRMTV EVETNIVSV ERIKEYADLK SEAPLIVEGH RPPKEWPSQG DIKFNNYSTR YRPELDLVLK HINIHIKPNE KVGIVGRTGA GKSSLTLALF RMIEASEGN IVIDNIAINE IGLYDLRHKL SIIPQDSQVF EGTVRENIDP INQYTDEAIW RALELSHLKE HVLSMSNDGL D AQLTEGGG NLSVGQRQLL CLARAMLVPS KILVLDQATA AVDVETDKVV QETIRTAFKD RTILTIAHRL NTIMDSDRII VL DNGKVAE FDSPGQLLSD NKSLFYSLCM EAGLVNENGL VPRGSSAHHH HHHHHH

UniProtKB: Metal resistance protein YCF1

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度5.94 mg/mL
緩衝液pH: 7
構成要素:
濃度式名称
50.0 mMTRIS-HclTris
300.0 mMNaClNaCl
0.02 %GDNGDN
グリッドモデル: Quantifoil R1.2/1.3 / 材質: GOLD / メッシュ: 400
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 80 % / チャンバー内温度: 283 K / 装置: LEICA EM GP
詳細: 5 microliters of sample of concentrated E1435Q (5.94 mg/mL) PKA-treated Ycf1 sample was applied to QF-1.2/1,3 Au grid. Grids were place inside of a Leica EM GP2 equilibrated at 10 degress ...詳細: 5 microliters of sample of concentrated E1435Q (5.94 mg/mL) PKA-treated Ycf1 sample was applied to QF-1.2/1,3 Au grid. Grids were place inside of a Leica EM GP2 equilibrated at 10 degress Celcius amd 80% humidity. Following 10 seconds incubation, the side of the grid to which the sample was applied was blotted on a Whatman 1 paper (3.5 seconds) then immediately plunge frrozen in liquid ethan equilibrated at -185 degree Celcius..
詳細This sample was monodisperse

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電子顕微鏡法

顕微鏡TFS KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)
撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 8587 / 平均露光時間: 0.9 sec. / 平均電子線量: 54.0 e/Å2
詳細: Movies were collected at 22,500X magnification with automated super-resolution mode and defocus range of -0.9 to -2.1 micrometer. Moview frames cotained 60 frames with a per frame expousre of ...詳細: Movies were collected at 22,500X magnification with automated super-resolution mode and defocus range of -0.9 to -2.1 micrometer. Moview frames cotained 60 frames with a per frame expousre of 0.9 electrons per angstrom squared (54 electron/angstrom square total dose)
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.1 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 0.9 µm
試料ステージホルダー冷却材: NITROGEN
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

粒子像選択選択した数: 4840688
詳細: Manual and auto particle picking and extraction from 8380 curated micropgrahs
初期モデルモデルのタイプ: OTHER
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.23 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 4.2.1) / 使用した粒子像数: 68169
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD

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原子モデル構築 1

初期モデルPDB ID:

9109


Chain - Source name: AlphaFold / Chain - Initial model type: in silico model
精密化プロトコル: AB INITIO MODEL
得られたモデル

PDB-9ayc:
Tetra-phosphorylated, E1435Q Ycf1 mutant in inward-facing wide conformation

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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