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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-43815 | |||||||||
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タイトル | Cryo-EM structure of the active Lactococcus lactis Csm bound to target in pre-cleavage stage | |||||||||
マップデータ | ||||||||||
試料 |
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キーワード | Type III-A CRISPR-Cas / Csm / Cyclic Oligoadenylate synthesis / RNA BINDING PROTEIN-RNA complex | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 exonuclease activity / endonuclease activity / defense response to virus / RNA binding / ATP binding 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Lactococcus lactis subsp. lactis (乳酸菌) | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.79 Å | |||||||||
データ登録者 | Wang B / Goswami HN / Li H | |||||||||
資金援助 | 米国, 1件
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引用 | ジャーナル: Nucleic Acids Res / 年: 2024 タイトル: Molecular basis for cA6 synthesis by a type III-A CRISPR-Cas enzyme and its conversion to cA4 production. 著者: Hemant N Goswami / Fozieh Ahmadizadeh / Bing Wang / Doreen Addo-Yobo / Yu Zhao / A Carl Whittington / Huan He / Michael P Terns / Hong Li / 要旨: The type III-A (Csm) CRISPR-Cas systems are multi-subunit and multipronged prokaryotic enzymes in guarding the hosts against viral invaders. Beyond cleaving activator RNA transcripts, Csm confers ...The type III-A (Csm) CRISPR-Cas systems are multi-subunit and multipronged prokaryotic enzymes in guarding the hosts against viral invaders. Beyond cleaving activator RNA transcripts, Csm confers two additional activities: shredding single-stranded DNA and synthesizing cyclic oligoadenylates (cOAs) by the Cas10 subunit. Known Cas10 enzymes exhibit a fascinating diversity in cOA production. Three major forms-cA3, cA4 and cA6have been identified, each with the potential to trigger unique downstream effects. Whereas the mechanism for cOA-dependent activation is well characterized, the molecular basis for synthesizing different cOA isoforms remains unclear. Here, we present structural characterization of a cA6-producing Csm complex during its activation by an activator RNA. Analysis of the captured intermediates of cA6 synthesis suggests a 3'-to-5' nucleotidyl transferring process. Three primary adenine binding sites can be identified along the chain elongation path, including a unique tyrosine-threonine dyad found only in the cA6-producing Cas10. Consistently, disrupting the tyrosine-threonine dyad specifically impaired cA6 production while promoting cA4 production. These findings suggest that Cas10 utilizes a unique enzymatic mechanism for forming the phosphodiester bond and has evolved distinct strategies to regulate the cOA chain length. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
添付画像 |
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-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_43815.map.gz | 157.1 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-43815-v30.xml emd-43815.xml | 21.7 KB 21.7 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
FSC (解像度算出) | emd_43815_fsc.xml | 11.6 KB | 表示 | FSCデータファイル |
画像 | emd_43815.png | 80.8 KB | ||
Filedesc metadata | emd-43815.cif.gz | 7.2 KB | ||
その他 | emd_43815_half_map_1.map.gz emd_43815_half_map_2.map.gz | 154.5 MB 154.5 MB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-43815 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-43815 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_43815_validation.pdf.gz | 757.1 KB | 表示 | EMDB検証レポート |
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文書・詳細版 | emd_43815_full_validation.pdf.gz | 756.6 KB | 表示 | |
XML形式データ | emd_43815_validation.xml.gz | 20.5 KB | 表示 | |
CIF形式データ | emd_43815_validation.cif.gz | 26.5 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-43815 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-43815 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 9asiMC 9ashC M: このマップから作成された原子モデル C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_43815.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 166.4 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||
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ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.074 Å | ||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
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-添付データ
-ハーフマップ: #2
ファイル | emd_43815_half_map_1.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: #1
ファイル | emd_43815_half_map_2.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-試料の構成要素
+全体 : Lactococcus lactis Csm CRISPR-Cas complex, ATP bound and Cas10 fl...
+超分子 #1: Lactococcus lactis Csm CRISPR-Cas complex, ATP bound and Cas10 fl...
+分子 #1: CRISPR-associated protein Csm4
+分子 #2: CRISPR system Cms endoribonuclease Csm3
+分子 #4: CRISPR system Cms protein Csm2
+分子 #6: CRISPR system Cms protein Csm5
+分子 #7: CRISPR system single-strand-specific deoxyribonuclease Cas10/Csm1...
+分子 #3: CRISPR RNA
+分子 #5: Target RNA
+分子 #8: ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE
+分子 #9: MAGNESIUM ION
+分子 #10: ADENOSINE MONOPHOSPHATE
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
緩衝液 | pH: 7.5 |
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凍結 | 凍結剤: ETHANE |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k) 平均電子線量: 60.0 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | C2レンズ絞り径: 70.0 µm / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: OTHER / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス(公称値): 2.5 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 1.0 µm |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |