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万見
- EMDB-43754: BsaXI-DNA complex I -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-43754
タイトルBsaXI-DNA complex I
マップデータBsaXI-DNA complex (P40-J522) conformation I map file P40-J538
試料
  • 複合体: Quaternary complex of RM, S and DNA complex
    • タンパク質・ペプチド: site-specific DNA-methyltransferase (adenine-specific)
    • タンパク質・ペプチド: S.BsaXI
    • DNA: DNA (41-MER) Top strand of BsaXI cognate DNA substrate
    • DNA: DNA (41-MER) Complementary strand of BsaXI DNA substrate
  • リガンド: S-ADENOSYLMETHIONINE
  • リガンド: CALCIUM ION
  • リガンド: S-ADENOSYL-L-HOMOCYSTEINE
  • リガンド: water
キーワードrestriction nuclease / restriction-modification systems / Type IIB / R-M complex / DNA BINDING PROTEIN / DNA BINDING PROTEIN-DNA complex
機能・相同性
機能・相同性情報


N-methyltransferase activity / DNA restriction-modification system / methylation / DNA binding
類似検索 - 分子機能
Type I restriction enzyme R protein, N-terminal domain / : / Type I restriction enzyme R protein N terminus (HSDR_N) / : / Type I restriction modification DNA specificity domain / Type I restriction modification DNA specificity domain superfamily / Type I restriction modification DNA specificity domain / N-6 DNA Methylase / DNA methylase, adenine-specific / N-6 Adenine-specific DNA methylases signature. ...Type I restriction enzyme R protein, N-terminal domain / : / Type I restriction enzyme R protein N terminus (HSDR_N) / : / Type I restriction modification DNA specificity domain / Type I restriction modification DNA specificity domain superfamily / Type I restriction modification DNA specificity domain / N-6 DNA Methylase / DNA methylase, adenine-specific / N-6 Adenine-specific DNA methylases signature. / DNA methylase, N-6 adenine-specific, conserved site / S-adenosyl-L-methionine-dependent methyltransferase superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Uncharacterized protein / Site-specific DNA-methyltransferase (adenine-specific)
類似検索 - 構成要素
生物種Geobacillus stearothermophilus (バクテリア)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.14 Å
データ登録者Shen BW / Stoddard BL / Xu S
資金援助 米国, 1件
OrganizationGrant number国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)Ro1-GM105691 米国
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Structural and biochemical analysis of subunit assembly, DNA recognition and cleavage by a Type IIB restriction-modification enzyme: BsaXI
著者: Shen BW / Heiter D / Xu S / Stoddard BL
履歴
登録2024年2月20日-
ヘッダ(付随情報) 公開2024年10月30日-
マップ公開2024年10月30日-
更新2024年10月30日-
現状2024年10月30日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_43754.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_43754.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 137.1 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈BsaXI-DNA complex (P40-J522) conformation I map file P40-J538
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.12 Å/pix.
x 330 pix.
= 369.6 Å		1.12 Å/pix.
x 330 pix.
= 369.6 Å		1.12 Å/pix.
x 330 pix.
= 369.6 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.12 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.15
最小 - 最大-0.33200872 - 0.80769074
平均 (標準偏差)0.00047588695 (±0.021524405)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ330330330
Spacing330330330
セルA=B=C: 369.6 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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マスク #1

ファイルemd_43754_msk_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
ハーフマップ: BsaXI-DNA J522 half map P40-J538-A

ファイルemd_43754_half_map_1.map
注釈BsaXI-DNA J522 half map P40-J538-A
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: BsaXI-DNA complex conformation I (J538) P40-J538-half-map-B

ファイルemd_43754_half_map_2.map
注釈BsaXI-DNA complex conformation I (J538) P40-J538-half-map-B
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Quaternary complex of RM, S and DNA complex

全体名称: Quaternary complex of RM, S and DNA complex
要素
  • 複合体: Quaternary complex of RM, S and DNA complex
    • タンパク質・ペプチド: site-specific DNA-methyltransferase (adenine-specific)
    • タンパク質・ペプチド: S.BsaXI
    • DNA: DNA (41-MER) Top strand of BsaXI cognate DNA substrate
    • DNA: DNA (41-MER) Complementary strand of BsaXI DNA substrate
  • リガンド: S-ADENOSYLMETHIONINE
  • リガンド: CALCIUM ION
  • リガンド: S-ADENOSYL-L-HOMOCYSTEINE
  • リガンド: water

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超分子 #1: Quaternary complex of RM, S and DNA complex

超分子名称: Quaternary complex of RM, S and DNA complex / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#4
由来(天然)生物種: Geobacillus stearothermophilus (バクテリア) / 株: Cpw230
分子量理論値: 2.69 kDa/nm

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分子 #1: site-specific DNA-methyltransferase (adenine-specific)

分子名称: site-specific DNA-methyltransferase (adenine-specific)
タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
EC番号: site-specific DNA-methyltransferase (adenine-specific)
由来(天然)生物種: Geobacillus stearothermophilus (バクテリア) / 株: Cpw230
分子量理論値: 107.195234 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列: MKNWQRIVEA KLEQQKHKVA EISLENGTVN YSKKIKHNRN LKALTGDEEI VRAFLIDRLV NELDYKPEYL ETEKEYTIKG GHSKINPRV DVLVKDDKGN PFFFIEVKAP NKFEEDKDEI EGQLFALAQA EERDFKTKVK YLVYYTVELI DDEIVDRAII I DFEKYPTY ...文字列:
MKNWQRIVEA KLEQQKHKVA EISLENGTVN YSKKIKHNRN LKALTGDEEI VRAFLIDRLV NELDYKPEYL ETEKEYTIKG GHSKINPRV DVLVKDDKGN PFFFIEVKAP NKFEEDKDEI EGQLFALAQA EERDFKTKVK YLVYYTVELI DDEIVDRAII I DFEKYPTY TDWSNGGFIS TGTELTAGYG EPKKQPLIKG HEKYDLRVRI DREEIEGLGR NLHNVLWGGG GTNDSEIFYS LV NIILAKI QDEYEKEDGQ EYDFQVYQYG DNVESPQKLF DRINALYKRA LREQLNVTDE QKIAEDNVIN RNKFPLNKLV YTV QALESL SFLEGRNSLD GKDILGDFFE SIIRDGFKQT KGQFFTPTPI VKFILYALQL DKLAIDRLNN DRELPLIIDP SAGS GTFLI EAMKLITKEV KYKQNHKVKS SRQITKRFEE LFMPDHNENK WAREYLYGCE INFDLGTASK VNMILHGDGS ANIFV QDGL LPFRFYVKET SPNYLETASP DALYGDKEVN GKFDVVVSNP PFSVDLDTQT QREVRNAFLF GDKKNSENLF IERYYQ LLK EGGRLGVVLP ESVFDTTENK YIRLFIFKYF KVKAVVSLPQ VTFEPFTSTK TSLLFAQKKT KEEVEQWNEL WDKYGKE WS LLKTRINDYF SYFVKGRPLN KKWAPDVVKD IQEGNEDNIR KNIFRFLKDH IKEEDKNLEI KDLLIKYAEE ISSISKHE K ETDVFGFYNA WWVFGEVAKE LDYPIFMAEA ENVGYKRTKK GEKPMPNDLY DLEYAPSTLD CEKVLSSFDI EINALEASK TKLSVEKGLL EEKLKDKEDK ENEKIQKRLN KISELLETIE NQLDSIRSKK LEVEGILEKY YENNKLKEEY SERDDEELIN HFKHGVLYQ YRSEDILLRN KTVHKILDEI RQGVIWD

UniProtKB: Site-specific DNA-methyltransferase (adenine-specific)

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分子 #2: S.BsaXI

分子名称: S.BsaXI / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Geobacillus stearothermophilus (バクテリア) / 株: Cpw230
分子量理論値: 55.038824 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列: MGLIQRRNFS TFASEPSVRF DFNYMKSVTP TTEEYYTYKS LFEVVPSTVP TLDESEPFKY AEIGHVSKNG EVFPVTLSFE DRDELNEDL FKKIEKGDIF LPERGNILIS AIRPYLNKIV LIKEDDKTDI YFTKAFIQIK PLINSRILYY ALRTIFSEKI N AVSRQGKG ...文字列:
MGLIQRRNFS TFASEPSVRF DFNYMKSVTP TTEEYYTYKS LFEVVPSTVP TLDESEPFKY AEIGHVSKNG EVFPVTLSFE DRDELNEDL FKKIEKGDIF LPERGNILIS AIRPYLNKIV LIKEDDKTDI YFTKAFIQIK PLINSRILYY ALRTIFSEKI N AVSRQGKG YPTLKEDDLK TIQFSKKVID NLLAKEEELI SNIDALEKDI KELKSIQRSK KEIVDEVFSS HFNINMVELM AL DSQRRVD VGLSSISSLN STIRYSYRWN KMKLIQKYLY RDIDCIEPLG KYILSSNNGW SPESVVGGEG IPILGQEHLE FDG VLNVSP TKATTKTKNN MENFFIQEGD LFISRGNTVD LVGLACVVET EVTEDIIYPD LYIRLKIDEK VIHKKYLALL FNSF FGRLY FKYVSKGKNQ TMVKISSNEL LNYYLPIPPM EEQLEIVGKI EEQIGAQNEI EKQIEEKRNQ IRVIIEETAR S

UniProtKB: Uncharacterized protein

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分子 #3: DNA (41-MER) Top strand of BsaXI cognate DNA substrate

分子名称: DNA (41-MER) Top strand of BsaXI cognate DNA substrate
タイプ: dna / ID: 3 / コピー数: 1 / 分類: DNA
由来(天然)生物種: Geobacillus stearothermophilus (バクテリア)
分子量理論値: 16.083387 KDa
配列文字列: (DA)(DA)(DT)(DA)(DA)(DG)(DC)(DT)(DG)(DA) (DA)(DT)(DA)(DT)(DT)(DG)(DT)(DC)(DG)(DG) (DA)(DA)(DC)(DC)(DA)(DA)(DG)(DT)(DC) (DT)(DC)(DC)(DA)(DT)(DA)(DT)(DG)(DG)(DA) (DA) (DT)(DT)(DA)(DA)(DT) ...文字列:
(DA)(DA)(DT)(DA)(DA)(DG)(DC)(DT)(DG)(DA) (DA)(DT)(DA)(DT)(DT)(DG)(DT)(DC)(DG)(DG) (DA)(DA)(DC)(DC)(DA)(DA)(DG)(DT)(DC) (DT)(DC)(DC)(DA)(DT)(DA)(DT)(DG)(DG)(DA) (DA) (DT)(DT)(DA)(DA)(DT)(DA)(DA)(DG) (DC)(DT)(DA)(DG)

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分子 #4: DNA (41-MER) Complementary strand of BsaXI DNA substrate

分子名称: DNA (41-MER) Complementary strand of BsaXI DNA substrate
タイプ: dna / ID: 4 / コピー数: 1 / 分類: DNA
由来(天然)生物種: Geobacillus stearothermophilus (バクテリア)
分子量理論値: 15.963281 KDa
配列文字列: (DC)(DT)(DA)(DG)(DC)(DT)(DT)(DA)(DT)(DT) (DA)(DA)(DT)(DT)(DC)(DC)(DA)(DT)(DA)(DT) (DG)(DG)(6MA)(DG)(DA)(DC)(DT)(DT)(DG) (DG)(DT)(DT)(DC)(DC)(DG)(DA)(DC)(DA)(DA) (DT)(DA)(DT)(DT)(DC)(DA) ...文字列:
(DC)(DT)(DA)(DG)(DC)(DT)(DT)(DA)(DT)(DT) (DA)(DA)(DT)(DT)(DC)(DC)(DA)(DT)(DA)(DT) (DG)(DG)(6MA)(DG)(DA)(DC)(DT)(DT)(DG) (DG)(DT)(DT)(DC)(DC)(DG)(DA)(DC)(DA)(DA) (DT)(DA)(DT)(DT)(DC)(DA)(DG)(DC)(DT) (DT)(DA)(DT)(DT)

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分子 #5: S-ADENOSYLMETHIONINE

分子名称: S-ADENOSYLMETHIONINE / タイプ: ligand / ID: 5 / コピー数: 1 / 式: SAM
分子量理論値: 398.437 Da
Chemical component information

ChemComp-SAM:
S-ADENOSYLMETHIONINE

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分子 #6: CALCIUM ION

分子名称: CALCIUM ION / タイプ: ligand / ID: 6 / コピー数: 1 / 式: CA
分子量理論値: 40.078 Da

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分子 #7: S-ADENOSYL-L-HOMOCYSTEINE

分子名称: S-ADENOSYL-L-HOMOCYSTEINE / タイプ: ligand / ID: 7 / コピー数: 1 / 式: SAH
分子量理論値: 384.411 Da
Chemical component information

ChemComp-SAH:
S-ADENOSYL-L-HOMOCYSTEINE / S-アデノシルホモシステイン

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分子 #8: water

分子名称: water / タイプ: ligand / ID: 8 / コピー数: 5 / 式: HOH
分子量理論値: 18.015 Da
Chemical component information

ChemComp-HOH:
WATER

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度0.3 mg/mL
緩衝液pH: 8 / 構成要素 - 濃度: 20.0 mM / 構成要素 - 名称: TrisHCl / 詳細: 20 mM TrisHCl, 250 mM Nacl, 2 mM CaCl2
グリッドモデル: Quantifoil R1.2/1.3 / 材質: COPPER / メッシュ: 300 / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: HOLEY / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 前処理 - 時間: 15 sec. / 前処理 - 雰囲気: AIR
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 95 % / チャンバー内温度: 278 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV
詳細Sample was monodisperse.

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電子顕微鏡法 #1

Microscopy ID1
顕微鏡FEI TALOS ARCTICA
温度最低: 170.0 K
特殊光学系位相板: VOLTA PHASE PLATE
撮影Image recording ID: 1
フィルム・検出器のモデル: DIRECT ELECTRON DE-10 (5k x 4k)
検出モード: COUNTING / デジタル化 - 画像ごとのフレーム数: 2-50 / 撮影したグリッド数: 3 / 実像数: 1579 / 平均露光時間: 2.0 sec. / 平均電子線量: 40.0 e/Å2
電子線加速電圧: 200 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系C2レンズ絞り径: 100.0 µm / 最大 デフォーカス（補正後）: 5.0 µm / 最小 デフォーカス（補正後）: 1.2 µm / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 5.0 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.2 µm
試料ステージ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
ホルダー冷却材: NITROGEN
実験機器
モデル: Talos Arctica / 画像提供: FEI Company

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電子顕微鏡法 #1~

Microscopy ID1
顕微鏡FEI TITAN KRIOS
温度最低: 170.0 K / 最高: 170.0 K
特殊光学系位相板: OTHER
撮影Image recording ID: 2
フィルム・検出器のモデル: DIRECT ELECTRON DE-20 (5k x 3k)
検出モード: COUNTING / デジタル化 - 画像ごとのフレーム数: 2-50 / 撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 2238 / 平均露光時間: 2.0 sec. / 平均電子線量: 40.0 e/Å2
電子線加速電圧: 3000 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系C2レンズ絞り径: 100.0 µm / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 5.0 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.2 µm
試料ステージ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
ホルダー冷却材: NITROGEN
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

Image recording ID1
初期モデルモデルのタイプ: NONE
最終 再構成使用したクラス数: 2 / 想定した対称性 - 点群: C1 (非対称) / アルゴリズム: FOURIER SPACE / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.14 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 3.3) / 使用した粒子像数: 245111
初期 角度割当タイプ: COMMON LINE / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 3.3)
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 3.3)
最終 3次元分類クラス数: 2 / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 3.3)
FSC曲線 (解像度の算出)

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原子モデル構築 1

初期モデルChain - Source name: Other / Chain - Initial model type: experimental model / 詳細: manual built model in coot
精密化空間: REAL / プロトコル: BACKBONE TRACE
得られたモデル

PDB-8w2p:
BsaXI-DNA complex I

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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