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基本情報
登録情報 | ![]() | |||||||||
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タイトル | Cryo-EM structure of BTV star-subcore | |||||||||
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![]() | Bluetongue virus / capsid protein / assembly intermediate / VIRAL PROTEIN | |||||||||
機能・相同性 | VP6 blue-tongue virus inner capsid protein / Orbivirus helicase VP6 / Inner layer core protein VP3, Orbivirus / Orbivirus VP3 (T2) protein / Inner layer core protein VP3, Reovirus / viral capsid / structural molecule activity / VP6 / Core protein VP3![]() | |||||||||
生物種 | ![]() | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 4.4 Å | |||||||||
![]() | Xia X / Sung PY / Martynowycz MW / Gonen T / Roy P / Zhou ZH | |||||||||
資金援助 | ![]() ![]()
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![]() | ![]() タイトル: RNA genome packaging and capsid assembly of bluetongue virus visualized in host cells. 著者: Xian Xia / Po-Yu Sung / Michael W Martynowycz / Tamir Gonen / Polly Roy / Z Hong Zhou / ![]() ![]() 要旨: Unlike those of double-stranded DNA (dsDNA), single-stranded DNA (ssDNA), and ssRNA viruses, the mechanism of genome packaging of dsRNA viruses is poorly understood. Here, we combined the techniques ...Unlike those of double-stranded DNA (dsDNA), single-stranded DNA (ssDNA), and ssRNA viruses, the mechanism of genome packaging of dsRNA viruses is poorly understood. Here, we combined the techniques of high-resolution cryoelectron microscopy (cryo-EM), cellular cryoelectron tomography (cryo-ET), and structure-guided mutagenesis to investigate genome packaging and capsid assembly of bluetongue virus (BTV), a member of the Reoviridae family of dsRNA viruses. A total of eleven assembly states of BTV capsid were captured, with resolutions up to 2.8 Å, with most visualized in the host cytoplasm. ATPase VP6 was found underneath the vertices of capsid shell protein VP3 as an RNA-harboring pentamer, facilitating RNA packaging. RNA packaging expands the VP3 shell, which then engages middle- and outer-layer proteins to generate infectious virions. These revealed "duality" characteristics of the BTV assembly mechanism reconcile previous contradictory co-assembly and core-filling models and provide insights into the mysterious RNA packaging and capsid assembly of Reoviridae members and beyond. | |||||||||
履歴 |
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構造の表示
添付画像 |
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ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | ![]() | 112.7 MB | ![]() | |
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ヘッダ (付随情報) | ![]() ![]() | 20 KB 20 KB | 表示 表示 | ![]() |
画像 | ![]() | 65.9 KB | ||
Filedesc metadata | ![]() | 6.7 KB | ||
その他 | ![]() ![]() | 98 MB 98 MB | ||
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 1.1 MB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 1.1 MB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 14.1 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 16.6 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 8w19MC ![]() 8w12C ![]() 8w1cC ![]() 8w1iC ![]() 8w1oC ![]() 8w1rC ![]() 8w1sC M: このマップから作成された原子モデル C: 同じ文献を引用 ( |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性 ![]() |
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リンク
EMDBのページ | ![]() ![]() |
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「今月の分子」の関連する項目 |
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マップ
ファイル | ![]() | ||||||||||||||||||||
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ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.1 Å | ||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
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-添付データ
-ハーフマップ: #2
ファイル | emd_43716_half_map_1.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: #1
ファイル | emd_43716_half_map_2.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
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試料の構成要素
-全体 : Bluetongue virus (serotype 1 / isolate South Africa)
全体 | 名称: ![]() |
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要素 |
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-超分子 #1: Bluetongue virus (serotype 1 / isolate South Africa)
超分子 | 名称: Bluetongue virus (serotype 1 / isolate South Africa) タイプ: virus / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all / NCBI-ID: 10905 生物種: Bluetongue virus (serotype 1 / isolate South Africa) ウイルスタイプ: VIRUS-LIKE PARTICLE / ウイルス・単離状態: SPECIES / ウイルス・エンベロープ: No / ウイルス・中空状態: Yes |
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宿主 | 生物種: ![]() ![]() |
分子量 | 理論値: 460 KDa |
-分子 #1: Core protein VP3
分子 | 名称: Core protein VP3 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 10 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: ![]() |
分子量 | 理論値: 103.410508 KDa |
組換発現 | 生物種: ![]() ![]() |
配列 | 文字列: MAAQNEQRPE RIKTTPYLEG DVLSSDSGPL LSVFALQEIM QKVRQVQADY MTATREVDFT VPDVQKILDD IKALAAEQVY KIVKVPSIS FRHIVMQSRD RVLRVDTYYE EMSQVGDVIT EDEPEKFYST IIKKVRFIRG KGSFILHDIP TRDHRGMEVA E PEVLGVEF ...文字列: MAAQNEQRPE RIKTTPYLEG DVLSSDSGPL LSVFALQEIM QKVRQVQADY MTATREVDFT VPDVQKILDD IKALAAEQVY KIVKVPSIS FRHIVMQSRD RVLRVDTYYE EMSQVGDVIT EDEPEKFYST IIKKVRFIRG KGSFILHDIP TRDHRGMEVA E PEVLGVEF KNVLPVLTAE HRAMIQNALD GSIIENGNVA TRDVDVFIGA CSEPVYRIYN RLQGYIEAVQ LQELRNSIGW LE RLGHRKR ITYSQEVLTD FRRQDTIWVL ALQLPVNPQV VWDVPRSSIA NLIMNIATCL PTGEYIAPNP RISSITLTQR ITT TGPFAI LTGSTPTAQQ LNDVRKIYLA LMFPGQIILD LKIDPGERMD PAVRMVAGVV GHLLFTAGGR FTNLTQNMAR QLDI ALNDY LLYMYNTRVQ VNYGPTGEPL DFQIGRNQYD CNVFRADFAT GTGYNGWATI DVEYREPAPY VHAQRYIRYC GIDSR ELIN PTTYGIGMTY HCYNEMLRML VAAGKDSEAA YFRSMLPFHM VRFARINQII NEDLHSVFSL PDDMFNALLP DLIAGA HQN ADPVVLDVSW ISLWFAFNRS FEPTHRNEML EVAPLIESVY ASELSVMKVD MRHLSLMQRR FPDVLIQARP SHFWKAV LN DSPEAVKAVM NLSHSHNFIN IRDMMRWVML PSLQPSLKLA LEEEAWAAAN DFEDLMLTDQ VYMHRDMLPE PRLDDIER F RQEGFYYTNM LEAPPEIDRV VQYTYEIARL QANMGQFRAA LRRIMDDDDW VRFGGVLRTV RVKFYDARPP DDVLQGLPF SYDTNERGGL AYATIKYATE TTIFYLIYNV EFSNTPDSLV LINPTYTMTK VFINKRIVER VRVGQILAVL NRRFVAYKGK MRIMDITQS LKMGTKLAAP TV UniProtKB: Core protein VP3 |
-分子 #2: VP6
分子 | 名称: VP6 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 5 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: ![]() |
分子量 | 理論値: 35.592672 KDa |
組換発現 | 生物種: ![]() ![]() |
配列 | 文字列: MSAAMLLAPG DVIKRSSEEL KQRQIQINLI DWTEGESEKE SKAEAKEGDK AEELKDGEGT QSESSQKKES SKETKDADVD RRIHTAVGS GSSAKGPGER ANENVDRGDG KVGGGGGDAD AGVGATGANG GRWVVLTEEI ARAIESKYGT KIDVYRDEVP A QIIEVERS ...文字列: MSAAMLLAPG DVIKRSSEEL KQRQIQINLI DWTEGESEKE SKAEAKEGDK AEELKDGEGT QSESSQKKES SKETKDADVD RRIHTAVGS GSSAKGPGER ANENVDRGDG KVGGGGGDAD AGVGATGANG GRWVVLTEEI ARAIESKYGT KIDVYRDEVP A QIIEVERS LQKELGISRE GVAEQTERLR DLRRKEKSGA HAKAAERGRR KQGKKPHGDA QREGTEEEKT SEEPASVGIT IE GVMSQKK LLSMIGGVER KMAPIGARES AVMLVSNSIK DVVRATAYFT APTGDPHWKE VAREASKKKN ILAYTSTGGD VKT EFLHLI DHL UniProtKB: VP6 |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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![]() | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
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試料調製
濃度 | 1 mg/mL | ||||||||||||
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緩衝液 | pH: 7.5 構成要素:
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グリッド | モデル: Quantifoil R2/1 / 材質: COPPER / メッシュ: 200 / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 前処理 - 時間: 60 sec. / 前処理 - 雰囲気: AIR | ||||||||||||
凍結 | 凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 281.15 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV | ||||||||||||
詳細 | In vitro assembled capsid by using the purified proteins |
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電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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特殊光学系 | エネルギーフィルター - 名称: GIF Bioquantum / エネルギーフィルター - スリット幅: 20 eV |
撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k) 撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 9015 / 平均露光時間: 2.0 sec. / 平均電子線量: 50.0 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: ![]() |
電子光学系 | C2レンズ絞り径: 50.0 µm / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス(公称値): 2.6 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 1.8 µm / 倍率(公称値): 81000 |
試料ステージ | 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER ホルダー冷却材: NITROGEN |
実験機器 | ![]() モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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画像解析
-原子モデル構築 1
精密化 | 空間: REAL / プロトコル: AB INITIO MODEL / 温度因子: 90 |
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得られたモデル | ![]() PDB-8w19: |