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- EMDB-43714: Cryo-EM structure of VP3-VP6 heterohexamer -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-43714
タイトルCryo-EM structure of VP3-VP6 heterohexamer
マップデータ
試料
  • ウイルス: Bluetongue virus (serotype 1 / isolate South Africa) (ウイルス)
    • タンパク質・ペプチド: Core protein VP3
    • タンパク質・ペプチド: VP6
キーワードBluetongue virus / capsid protein / heterohexamer / VIRAL PROTEIN
機能・相同性VP6 blue-tongue virus inner capsid protein / Orbivirus helicase VP6 / Inner layer core protein VP3, Orbivirus / Orbivirus VP3 (T2) protein / Inner layer core protein VP3, Reovirus / viral capsid / structural molecule activity / Core protein VP3 / VP6
機能・相同性情報
生物種Bluetongue virus (serotype 1 / isolate South Africa) (ウイルス)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.5 Å
データ登録者Xia X / Sung PY / Martynowycz MW / Gonen T / Roy P / Zhou ZH
資金援助 米国, 英国, 2件
OrganizationGrant number国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)AI094386 米国
Wellcome TrustWT221749/20/Z 英国
引用ジャーナル: Cell / 年: 2024
タイトル: RNA genome packaging and capsid assembly of bluetongue virus visualized in host cells.
著者: Xian Xia / Po-Yu Sung / Michael W Martynowycz / Tamir Gonen / Polly Roy / Z Hong Zhou /
要旨: Unlike those of double-stranded DNA (dsDNA), single-stranded DNA (ssDNA), and ssRNA viruses, the mechanism of genome packaging of dsRNA viruses is poorly understood. Here, we combined the techniques ...Unlike those of double-stranded DNA (dsDNA), single-stranded DNA (ssDNA), and ssRNA viruses, the mechanism of genome packaging of dsRNA viruses is poorly understood. Here, we combined the techniques of high-resolution cryoelectron microscopy (cryo-EM), cellular cryoelectron tomography (cryo-ET), and structure-guided mutagenesis to investigate genome packaging and capsid assembly of bluetongue virus (BTV), a member of the Reoviridae family of dsRNA viruses. A total of eleven assembly states of BTV capsid were captured, with resolutions up to 2.8 Å, with most visualized in the host cytoplasm. ATPase VP6 was found underneath the vertices of capsid shell protein VP3 as an RNA-harboring pentamer, facilitating RNA packaging. RNA packaging expands the VP3 shell, which then engages middle- and outer-layer proteins to generate infectious virions. These revealed "duality" characteristics of the BTV assembly mechanism reconcile previous contradictory co-assembly and core-filling models and provide insights into the mysterious RNA packaging and capsid assembly of Reoviridae members and beyond.
履歴
登録2024年2月14日-
ヘッダ(付随情報) 公開2024年4月24日-
マップ公開2024年4月24日-
更新2024年5月8日-
現状2024年5月8日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_43714.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_43714.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 64 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.1 Å/pix.
x 256 pix.
= 281.6 Å		1.1 Å/pix.
x 256 pix.
= 281.6 Å		1.1 Å/pix.
x 256 pix.
= 281.6 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.1 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.27
最小 - 最大-0.0008736747 - 2.1416876
平均 (標準偏差)0.0077990624 (±0.071071886)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ256256256
Spacing256256256
セルA=B=C: 281.6 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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ハーフマップ: #2

ファイルemd_43714_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #1

ファイルemd_43714_half_map_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Bluetongue virus (serotype 1 / isolate South Africa)

全体名称: Bluetongue virus (serotype 1 / isolate South Africa) (ウイルス)
要素
  • ウイルス: Bluetongue virus (serotype 1 / isolate South Africa) (ウイルス)
    • タンパク質・ペプチド: Core protein VP3
    • タンパク質・ペプチド: VP6

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超分子 #1: Bluetongue virus (serotype 1 / isolate South Africa)

超分子名称: Bluetongue virus (serotype 1 / isolate South Africa)
タイプ: virus / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all / NCBI-ID: 10905
生物種: Bluetongue virus (serotype 1 / isolate South Africa)
ウイルスタイプ: VIRUS-LIKE PARTICLE / ウイルス・単離状態: SPECIES / ウイルス・エンベロープ: No / ウイルス・中空状態: Yes
宿主生物種: Ovis aries (ヒツジ)
分子量理論値: 460 KDa

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分子 #1: Core protein VP3

分子名称: Core protein VP3 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 4 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Bluetongue virus (serotype 1 / isolate South Africa) (ウイルス)
株: BTV1
分子量理論値: 105.613969 KDa
組換発現生物種: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
配列文字列: MAHHHHHHSS GLEVLFQGPG MAAQNEQRPE RIKTTPYLEG DVLSSDSGPL LSVFALQEIM QKVRQVQADY MTATREVDFT VPDVQKILD DIKALAAEQV YKIVKVPSIS FRHIVMQSRD RVLRVDTYYE EMSQVGDVIT EDEPEKFYST IIKKVRFIRG K GSFILHDI ...文字列:
MAHHHHHHSS GLEVLFQGPG MAAQNEQRPE RIKTTPYLEG DVLSSDSGPL LSVFALQEIM QKVRQVQADY MTATREVDFT VPDVQKILD DIKALAAEQV YKIVKVPSIS FRHIVMQSRD RVLRVDTYYE EMSQVGDVIT EDEPEKFYST IIKKVRFIRG K GSFILHDI PTRDHRGMEV AEPEVLGVEF KNVLPVLTAE HRAMIQNALD GSIIENGNVA TRDVDVFIGA CSEPVYRIYN RL QGYIEAV QLQELRNSIG WLERLGHRKR ITYSQEVLTD FRRQDTIWVL ALQLPVNPQV VWDVPRSSIA NLIMNIATCL PTG EYIAPN PRISSITLTQ RITTTGPFAI LTGSTPTAQQ LNDVRKIYLA LMFPGQIILD LKIDPGERMD PAVRMVAGVV GHLL FTAGG RFTNLTQNMA RQLDIALNDY LLYMYNTRVQ VNYGPTGEPL DFQIGRNQYD CNVFRADFAT GTGYNGWATI DVEYR EPAP YVHAQRYIRY CGIDSRELIN PTTYGIGMTY HCYNEMLRML VAAGKDSEAA YFRSMLPFHM VRFARINQII NEDLHS VFS LPDDMFNALL PDLIAGAHQN ADPVVLDVSW ISLWFAFNRS FEPTHRNEML EVAPLIESVY ASELSVMKVD MRHLSLM QR RFPDVLIQAR PSHFWKAVLN DSPEAVKAVM NLSHSHNFIN IRDMMRWVML PSLQPSLKLA LEEEAWAAAN DFEDLMLT D QVYMHRDMLP EPRLDDIERF RQEGFYYTNM LEAPPEIDRV VQYTYEIARL QANMGQFRAA LRRIMDDDDW VRFGGVLRT VRVKFYDARP PDDVLQGLPF SYDTNERGGL AYATIKYATE TTIFYLIYNV EFSNTPDSLV LINPTYTMTK VFINKRIVER VRVGQILAV LNRRFVAYKG KMRIMDITQS LKMGTKLAAP TV

UniProtKB: Core protein VP3

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分子 #2: VP6

分子名称: VP6 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Bluetongue virus (serotype 1 / isolate South Africa) (ウイルス)
株: BTV1
分子量理論値: 22.5655 KDa
組換発現生物種: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
配列文字列: MSAAMLLAPG DVIKRSSEEL KQRQIQINLI DWTEGESEKE SKAEAKEGDK AEELKDGEGT QSERDLRRKE KSGAHAKAAE RGRRKQGKK PHGDAQREGT EEEKTSEEPA SVGITIEGVM SQKKLLSMIG GVERKMAPIG ARESAVMLVS NSIKDVVRAT A YFTAPTGD ...文字列:
MSAAMLLAPG DVIKRSSEEL KQRQIQINLI DWTEGESEKE SKAEAKEGDK AEELKDGEGT QSERDLRRKE KSGAHAKAAE RGRRKQGKK PHGDAQREGT EEEKTSEEPA SVGITIEGVM SQKKLLSMIG GVERKMAPIG ARESAVMLVS NSIKDVVRAT A YFTAPTGD PHWKEVAREA SKKKNILAYT STGGDVKTEF LHLIDHL

UniProtKB: VP6, VP6

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度1 mg/mL
緩衝液pH: 7.5
構成要素:
濃度名称式
10.0 mMTris
100.0 mMSodium ChlorideNaCl
1.0 mMDTT
グリッドモデル: Quantifoil R2/1 / 材質: COPPER / メッシュ: 200 / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 前処理 - 時間: 60 sec. / 前処理 - 雰囲気: AIR
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 281.15 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV
詳細Recombinated VP3-VP6 complex purified from insect cell

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
特殊光学系エネルギーフィルター - 名称: GIF Bioquantum / エネルギーフィルター - スリット幅: 20 eV
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k)
撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 2843 / 平均露光時間: 2.0 sec. / 平均電子線量: 50.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系C2レンズ絞り径: 50.0 µm / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.6 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.8 µm / 倍率（公称値）: 81000
試料ステージ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
ホルダー冷却材: NITROGEN
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

粒子像選択選択した数: 1451665
初期モデルモデルのタイプ: OTHER
最終 再構成使用したクラス数: 1 / 想定した対称性 - 点群: C2 (2回回転対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.5 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.1) / 使用した粒子像数: 138115
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 4.0)
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.1)
最終 3次元分類クラス数: 5 / 平均メンバー数/クラス: 120000 / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.1)

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原子モデル構築 1

精密化空間: REAL / プロトコル: AB INITIO MODEL / 温度因子: 107
得られたモデル

PDB-8w12:
Cryo-EM structure of VP3-VP6 heterohexamer

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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