+
データを開く
-
基本情報
登録情報 | ![]() | |||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
タイトル | Cryo-EM structure of HMPV (MPV-2cREKR) | |||||||||
![]() | ||||||||||
![]() |
| |||||||||
![]() | Prefusion / HMPV / Cryo-EM / VIRUS / VIRAL PROTEIN | |||||||||
機能・相同性 | Precursor fusion glycoprotein F0, Paramyxoviridae / Fusion glycoprotein F0 / symbiont entry into host cell / fusion of virus membrane with host plasma membrane / viral envelope / host cell plasma membrane / virion membrane / membrane / Fusion glycoprotein F0![]() | |||||||||
生物種 | ![]() | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.33 Å | |||||||||
![]() | Yu X / Langedijk JPM | |||||||||
資金援助 | 1件
| |||||||||
![]() | ![]() タイトル: Efficacious human metapneumovirus vaccine based on AI-guided engineering of a closed prefusion trimer 著者: Bakkers MJG / Ritschel T / Tiemessen M / Dijkman J / Zuffiano AA / Yu X / Overveld D / Le L / Voorzaat R / Haaren M / Man M / Sharma S / Tamara S / Fits L / Zahn R / Juraszek J / Langedijk JPM | |||||||||
履歴 |
|
-
構造の表示
添付画像 |
---|
-
ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | ![]() | 118 MB | ![]() | |
---|---|---|---|---|
ヘッダ (付随情報) | ![]() ![]() | 14.6 KB 14.6 KB | 表示 表示 | ![]() |
画像 | ![]() | 39.4 KB | ||
Filedesc metadata | ![]() | 5.6 KB | ||
その他 | ![]() ![]() | 116.1 MB 116.1 MB | ||
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 1 MB | 表示 | ![]() |
---|---|---|---|---|
文書・詳細版 | ![]() | 1 MB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 14 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 16.5 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 8vt3MC ![]() 8vt2C M: このマップから作成された原子モデル C: 同じ文献を引用 ( |
---|---|
類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性 ![]() |
-
リンク
EMDBのページ | ![]() ![]() |
---|---|
「今月の分子」の関連する項目 |
-
マップ
ファイル | ![]() | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
投影像・断面図 | 画像のコントロール
画像は Spider により作成 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 0.91 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
|
-添付データ
-ハーフマップ: #2
ファイル | emd_43517_half_map_1.map | ||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
投影像・断面図 |
| ||||||||||||
密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: #1
ファイル | emd_43517_half_map_2.map | ||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
投影像・断面図 |
| ||||||||||||
密度ヒストグラム |
-
試料の構成要素
-全体 : Prefusion of HMPV (MPV-2cREKR) trimer complex
全体 | 名称: Prefusion of HMPV (MPV-2cREKR) trimer complex |
---|---|
要素 |
|
-超分子 #1: Prefusion of HMPV (MPV-2cREKR) trimer complex
超分子 | 名称: Prefusion of HMPV (MPV-2cREKR) trimer complex / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#2 |
---|---|
由来(天然) | 生物種: ![]() |
-分子 #1: Prefusion of HMPV (MPV-2cREKR), N-fragment
分子 | 名称: Prefusion of HMPV (MPV-2cREKR), N-fragment / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO |
---|---|
由来(天然) | 生物種: ![]() |
分子量 | 理論値: 8.296239 KDa |
組換発現 | 生物種: ![]() |
配列 | 文字列: GLKESYLEES CSTITEGYLS VLRTGWYTNV FTLEVGDVEN LTCSDGPSLI KTELDLTKSA LRELKTVSAD QLARE UniProtKB: Fusion glycoprotein F0 |
-分子 #2: Prefusion of HMPV (MPV-2cREKR), C-fragment
分子 | 名称: Prefusion of HMPV (MPV-2cREKR), C-fragment / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO |
---|---|
由来(天然) | 生物種: ![]() |
分子量 | 理論値: 41.865828 KDa |
組換発現 | 生物種: ![]() |
配列 | 文字列: FVLGAIALGR ATAAAVTAGV AIAKTIRLES EVTAIKNALK TTNEAVSTLG NGVRVLATAV RELKDFVSKN LTRAINKNKC DIDDLKMAV SFSQFNRRFL NVVRQFSENA GITPAISLDL MTDAELARAI SNMPTSAGQI KLMLENRAMV RRKGFGILIG V YGSSVIYM ...文字列: FVLGAIALGR ATAAAVTAGV AIAKTIRLES EVTAIKNALK TTNEAVSTLG NGVRVLATAV RELKDFVSKN LTRAINKNKC DIDDLKMAV SFSQFNRRFL NVVRQFSENA GITPAISLDL MTDAELARAI SNMPTSAGQI KLMLENRAMV RRKGFGILIG V YGSSVIYM VQLPIFGVID TPCWIVKAAP SCSEKKGNYA CLLREDQGWY CQNAGSTVYY PNEKDCETRG DHVFCDTAAG IN VAEQSKE CNINISTTNY PCKVSTGRNP ISMVALSPLG ALVACYKGVS CSIGSNRVGI IKQLNKGCSY ITNQDADTVT IDN TVYQLS KVEGEQHVIK GRPVSSSFDP IKFPPDQFNV ALDQVFENIE NSQAWVRKFD EILSSIEKG UniProtKB: Fusion glycoprotein F0 |
-分子 #5: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
分子 | 名称: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / タイプ: ligand / ID: 5 / コピー数: 3 / 式: NAG |
---|---|
分子量 | 理論値: 221.208 Da |
Chemical component information | ![]() ChemComp-NAG: |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
---|---|
![]() | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-
試料調製
緩衝液 | pH: 7.5 |
---|---|
凍結 | 凍結剤: ETHANE |
-
電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TALOS ARCTICA |
---|---|
撮影 | フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON IV (4k x 4k) 平均電子線量: 40.0 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 200 kV / 電子線源: ![]() |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス(公称値): 2.5 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 1.2 µm |
実験機器 | ![]() モデル: Talos Arctica / 画像提供: FEI Company |
-
画像解析
初期モデル | モデルのタイプ: INSILICO MODEL |
---|---|
最終 再構成 | 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.33 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 453003 |
初期 角度割当 | タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD |
最終 角度割当 | タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD |