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万見
- EMDB-43282: Cryo-EM of capsid of bacteriophage Chi -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-43282
タイトルCryo-EM of capsid of bacteriophage Chi
マップデータ
試料
  • ウイルス: Chivirus chi (ウイルス)
    • タンパク質・ペプチド: Major capsid protein
    • タンパク質・ペプチド: Decorator protein D
キーワードFlagellotropic bacteriophage / Siphophage / Capsid / VIRUS
機能・相同性Head decoration protein D / Bacteriophage lambda head decoration protein D / Major capsid protein GpE / Phage major capsid protein E / viral capsid / host cell cytoplasm / Decorator protein D / Major capsid protein
機能・相同性情報
生物種Chivirus chi (ウイルス)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.3 Å
データ登録者Sonani RR / Esteves NC / Scharf BE / Egelman EH
資金援助 米国, 1件
OrganizationGrant number国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)GM122510 米国
引用ジャーナル: Structure / 年: 2024
タイトル: Cryo-EM structure of flagellotropic bacteriophage Chi.
著者: Ravi R Sonani / Nathaniel C Esteves / Birgit E Scharf / Edward H Egelman /
要旨: The flagellotropic bacteriophage χ (Chi) infects bacteria via the flagellar filament. Despite years of study, its structural architecture remains partly characterized. Through cryo-EM, we unveil ...The flagellotropic bacteriophage χ (Chi) infects bacteria via the flagellar filament. Despite years of study, its structural architecture remains partly characterized. Through cryo-EM, we unveil χ's nearly complete structure, encompassing capsid, neck, tail, and tail tip. While the capsid and tail resemble phage YSD1, the neck and tail tip reveal new proteins and their arrangement. The neck shows a unique conformation of the tail tube protein, forming a socket-like structure for attachment to the neck. The tail tip comprises four proteins, including distal tail protein (DTP), two baseplate hub proteins (BH1P and BH2P), and tail tip assembly protein (TAP) exhibiting minimal organization compared to other siphophages. Deviating from the consensus in other siphophages, DTP in χ forms a trimeric assembly, reducing tail symmetry from 6-fold to 3-fold at the tip. These findings illuminate the previously unexplored structural organization of χ's neck and tail tip.
履歴
登録2024年1月6日-
ヘッダ(付随情報) 公開2024年10月2日-
マップ公開2024年10月2日-
更新2024年10月2日-
現状2024年10月2日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_43282.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_43282.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 1.7 GB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.07 Å/pix.
x 768 pix.
= 819.994 Å		1.07 Å/pix.
x 768 pix.
= 819.994 Å		1.07 Å/pix.
x 768 pix.
= 819.994 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.0677 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.28
最小 - 最大-0.51162916 - 1.029425
平均 (標準偏差)0.013243433 (±0.064313926)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ768768768
Spacing768768768
セルA=B=C: 819.99365 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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ハーフマップ: #2

ファイルemd_43282_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #1

ファイルemd_43282_half_map_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Chivirus chi

全体名称: Chivirus chi (ウイルス)
要素
  • ウイルス: Chivirus chi (ウイルス)
    • タンパク質・ペプチド: Major capsid protein
    • タンパク質・ペプチド: Decorator protein D

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超分子 #1: Chivirus chi

超分子名称: Chivirus chi / タイプ: virus / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all / NCBI-ID: 1541887 / 生物種: Chivirus chi / ウイルスタイプ: VIRION / ウイルス・単離状態: OTHER / ウイルス・エンベロープ: No / ウイルス・中空状態: No

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分子 #1: Major capsid protein

分子名称: Major capsid protein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 7 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Chivirus chi (ウイルス)
分子量理論値: 39.959625 KDa
配列文字列: MAGLYTTYQL LEVQRKLKTL PAFFLQWFPR QINFQEDMIA FDKVIQDVTR VAPFVAPNVQ GRVIKESGYN TKTFKPAYVK PKHVIDPNM IIPRQPGEAL GTGTLSIAQR RDRVIAYLLM KHRAMHENTW EWMAAQAAQY GYVDVQGQDY PLVRVDFGRD A ALTMTTDW ...文字列:
MAGLYTTYQL LEVQRKLKTL PAFFLQWFPR QINFQEDMIA FDKVIQDVTR VAPFVAPNVQ GRVIKESGYN TKTFKPAYVK PKHVIDPNM IIPRQPGEAL GTGTLSIAQR RDRVIAYLLM KHRAMHENTW EWMAAQAAQY GYVDVQGQDY PLVRVDFGRD A ALTMTTDW TAAGVTLMDM IADLRDGQRL VSDKSMSGTV IRDYIFGGDA WDQFVKVGGK ELWGKDGLMD STIRGSETNV TR LWDDVEG VQYMGELVGA NGAGRMRIWV NTQKYRDQND QEQFLMKQKA VMGISSAIEG VRCFGAILDK GAGYQALDYF PKM WDQEDP SVEYLMSQGA PLMVPADPNA SFLLTVMS

UniProtKB: Major capsid protein

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分子 #2: Decorator protein D

分子名称: Decorator protein D / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 7 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Chivirus chi (ウイルス)
分子量理論値: 14.401047 KDa
配列文字列:
MNLLTMMAAT SLPNYLAGNG DLGSWEPTQI FAGEADIVTE GGAAGADIEI YQVIAKNAAG AMVPHDPTAT TGTSPDEVPA PQSVAIGIA AQPAKSGQNV PYYIGGVFNH AALGWHASLD TLAKRQAVFD RTNIHIGNLY

UniProtKB: Decorator protein D

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 8
凍結凍結剤: ETHANE
詳細Capsid of bacteriophage Chi

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 平均電子線量: 50.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.4 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.2 µm
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

初期モデルモデルのタイプ: NONE
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.3 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 28512
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
FSC曲線 (解像度の算出)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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